从20世纪30年代起，世界著名的物理学家爱因斯坦被美国联邦调查局怀疑为间谍。
怀疑的主要内容是：曾在德国柏林给苏联当过间谍；支持民权运动、和平主义者和社会主义者；研究一种具有神奇力量的“死光”；和一个共产主义组织试图掌管好莱坞。因此，调查局一度对爱因斯坦进行跟踪、监视、监听等，但是，直至爱因斯坦去世也没有拿到有利的证据。
2002年9月，一本名为《爱因斯坦档案：埃德加·胡佛对付世界最著名科学家的秘密战争》的书与读者见面，它深入地剖析了当年联邦调查局对爱因斯坦所做的一切调查，并提供了足够的证据来揭开人们对这一案件的好奇心理。
《爱因斯坦的档案：埃德加·胡佛对付世界最著名科学家的秘密战争》的作者弗雷德·杰罗姆是一名报道民权运动的记者，曾经当过教师和媒体顾问，并建立了一个促进记者和科学家相互了解的媒体资源中心。
杰罗姆说，他在美国公民诉讼组织的帮助下，从政府和FBI那里得到了关于爱因斯坦的调查文件。经过仔细的研究，杰罗姆说，与他的想象相反，爱因斯坦身为理想主义者，实际上却又是一位见多识广、机敏而冷静的战士，他知道自己应该支持什么样的组织。
在杰罗姆的书中提到，联邦调查局局长胡佛的确是一位干练的情报官，自1924年FBI成立，到1958年这长长的34年里，美国更换了14名司法部长、7任总统，但胡佛的职位始终没有变过。对爱因斯坦的调查就是他下的命令。
在他的授意下，FBI检查爱因斯坦的垃圾，监视他的邮件和电话。杰罗姆说，这些似乎是FBI的家常便饭。“情报人员打开别人的邮件并监听电话，就像他们早上起床、刷牙一样。”
FBI对爱因斯坦的监视，直至他1955年去世才终止。然而，FBI却什么证据也没有拿到。尽管调查没有什么成果，胡佛却在此期间根据个人的想当然，曾与美国移民和归化局一起，动过把爱因斯坦驱逐出境的念头。无奈碍于爱因斯坦的威望，这一想法没有实现。
说爱因斯坦与共产主义有关，其实与当时的历史环境有着一定的关系。当时在世界范围内，并存着资本主义和共产主义两大阵营，他们都赢得了世界人民的尊重，都在努力地缔造人类的和平。作为科学家，没有什么理由会像政治家那样去极度偏向哪一个政治制度。爱因斯坦也同样如此。
杰罗姆的书中提到了有关爱因斯坦与共产主义有关的内容。书中提到：FBI关于爱因斯坦的调查文件长达1427页。文件中说，爱因斯坦与共产党有关联。自1937年至1954年，此人一直是34个共产主义性质组织的成员、发起人或与之有联系往来、他还是3家共产主义组织的名誉主席。但FBI拒绝就此内容进行明确评论。FBI发言人表示，他们听凭公众评估这份材料。
在杰罗姆的书中称，爱因斯坦是一位非常厌恶战争的人。爱因斯坦一生都没有掩饰过对战争的厌恶。
爱因斯坦1879年3月14日出生于德国的乌尔姆镇，父母都是犹太人。青少年时他曾在慕尼黑受教育，1895年10月，转到瑞士求学，据说部分原因便是不喜欢德国的黩武主义。
1914年4月，成名后的爱因斯坦接受德国科学界的邀请，回到柏林，当年8月即爆发了第一次世界大战。
第一次世界大战爆发的第二个月，爱因斯坦参与发起反战团体“新祖国同盟”，这个组织后来被宣布为非法，其成员大批被捕并遭到迫害，故该组织被迫转入地下活动。
在此情况下，爱因斯坦仍坚决参加这个组织的秘密活动。1914年10月，德国科学界和文化界在军国主义分子的操纵和煽动下，发表了所谓“文明世界宣言”，为德国发动的侵略战争辩护。在“宣言”上签名的有93人，许多享有世界声望的德国名人，包括伦琴、普朗克、斯脱等都在上面签了名，但爱因斯坦却坚决予以拒绝。在拒绝的同时，他在反战的《告欧洲人书》上签上了自己的名字，成为《告欧洲人书》仅有的4位国际知名签名者之一。爱因斯坦的这一行为当即震动了世界。此后，尽管工作繁忙，爱因斯坦仍不时出席一些致力于和平和裁军的活动。1931年，在牛津大学短期任教时，他参加的争取和平的活动甚至多于科学会议。1945年8月，美国原子弹在日本广岛、长崎爆炸，造成人类战争史上空前的灾难。消息传来，爱因斯坦极度震惊。
他虽然没有直接参加美国研制
原子弹的“曼哈顿计划”，但他的著名质能方程式E=mc2就是制造原子弹的理爱因斯坦头像（石雕）论根据。爱因斯坦当即写信给《大西洋月刊》说：“我在担心新的战争到来。”1955年，爱因斯坦与英国著名哲学家罗素联名发表了反对核战争呼吁世界和平的《罗素—爱因斯坦宣言》。
第二次世界大战结束后，爱因斯坦继续积极参加多种社会活动。1946年，他支持黑人歌手、演员和运动员团结起来反对私刑。1952年，他公开呼吁给因间谍罪被判死刑的朱利叶斯·罗森堡夫妇免除死刑。
杰罗姆的书中说，也许正是因为如此，胡佛就认为爱因斯坦是一个左翼人士，是有着共产主义意识的人物，也就是一个“危险的人物”。
胡佛曾专门写了封信总结爱因斯坦的反战和左翼活动，还拟就了一个未署名、未标明日期的“传记梗概”。
记道，在20世纪30年代初，即爱因斯坦于1933年到美国前的两三年里，爱因斯坦在柏林的住宅是“一个共产主义活动的中心”，他在英国卡珀斯乡下的别墅是“莫斯科特使的匿身之处”。因此推测：“基于这种背景，此人在短短时间内摇身一变，成为一个忠诚的美国人，看来是不可能的。”一些历史学家怀疑，胡佛受到了德国右翼情报来源的影响。
一些历史学家都认为，FBI盯上爱因斯坦一点也不奇怪。《没有象牙塔：麦卡锡主义和大学》的作者、耶希瓦大学历史学家埃伦·施雷克说：“爱因斯坦危险，因为他赞同共产主义者的理想。”“他们认为爱因斯坦是左翼人士，故而是危险人物。”
《秘密的权力：埃德加·胡佛的一生》的作者、市立纽约大学的历史学家理查德·吉德·鲍尔也认为，这并不奇怪，因为爱因斯坦太出名了，美国政府势必担心他这样的知名人物批评美国的政策，那会“误导”老百姓，所以FBI只有选择监视他，特别是在第二次世界大战后。
第二次世界大战后，FBI对爱因斯坦的监视工作逐渐升级，他们监视的范围已经不限于爱因斯坦本人。爱因斯坦的秘书海伦·杜卡、爱因斯坦的姐姐，还有他的继女马戈都受到了监视。
FBI对爱因斯坦的秘书杜卡可谓“情有独钟”。1943年，FBI就曾闯入杜卡的侄子、一个反法西斯组织的领导者家中“搜集证据”。1944年，FBI又表示，杜卡很可能已经通过爱因斯坦取得有关原子弹的情报，声称她卷入了“高度可疑的”活动。
到了1946年，根据FBI文件备忘录，负责监视爱因斯坦的情报人员一度要求允许监听杜卡的电话，但FBI上层拒绝了这一请求，因为担心“画虎不成反类犬”，如果被抓住的话，容易惹祸上身。
然而，情报人员仍然跟踪打到爱因斯坦家的电话和送到他家的邮件，前去收集有关爱因斯坦所接触人物的资料。然而，他们并没有得到什么有“价值”的“情报”。
1950年2月2日，美国逮捕了参与“曼哈顿计划”的德国籍科学家克劳斯·富克斯。据称此人向克里姆林宫透露了关于1945年第一次原子弹试验的情况，并提供了一张原子弹的草图；富克斯的被捕，引发了美国对苏联间谍的大搜捕，FBI对爱因斯坦监视也进一步加强。
据杰罗姆说，巧合的是，当年2月12日，爱因斯坦出席了埃莉诺·罗斯福的电视节目，讨论军备竞赛的危险性。13日早晨，该节目第一次播出后，胡佛立即要求对爱因斯坦进行全面调查，并命令取得所有相关的“反面信息”。
杰罗姆的新书透露，FBI也注意到爱因斯坦曾与马加丽塔·科年科娃有过密切接触，后来有人说马加丽塔·科年科娃是苏联间谍，但证据并不充足。
而据1998年在索斯比拍卖行拍卖的爱因斯坦的有关手写信件中发现，科年科娃其实是爱因斯坦的情人。
直至爱因斯坦去世，胡佛也没有找到能证实爱因斯坦是间谍的材料，只好封存档案，不了了之。