苦杏仁中含有氰苷。氰苷在人体内可分解出氢氰酸。氢氰酸可使人的血红蛋白失去运送氧气的能力，造成人体缺氧，呈窒息状态，严重时可致死。氢氰酸的最低致死量为每千克体重0.3～0.5毫克。中毒的潜伏期为0.5～5小时。中毒后，初期可感口中苦涩、流口水、头晕、恶心、心悸、四肢无力。重者可感到胸闷、呼吸困难、意识不清、四肢冰冷、全身出现阵发性痉挛、瞳孔散大，最后因呼吸麻痹而死亡。
预防苦杏仁中毒，主要是注意不生吃未经处理过的苦杏仁。特别要看管好儿童，不要误食。不可将苦杏仁误作甜杏仁而生吃。一旦误食可喝绿豆汤进行解毒。
苦杏仁味苦涩，呈扁心脏形，顶端尖，基部钝圆而厚，左右略不对称；甜杏仁味淡甘，大而扁，基部略对称。