水环境污染直接或间接地影响人体健康是人们普遍关心的问题。水环境污染对人体健康的影响主要有以下几方面。
1.急性或慢性中毒
水体受化学有毒物质污染后，通过饮水或食物链便可能造成中毒，如甲基汞中毒（水俣病）、镉中毒（骨痛病）、砷中毒、铬中毒、氰化物中毒、农药中毒、多氯联苯中毒等。铅、钡、氟等也可对人体造成危害。这些急性和慢性中毒是水污染对人体健康危害的主要方面。
2.致癌作用
某些有致癌作用的化学物质，如砷、铬、镍、铍、苯胺和其他的多环芳烃、卤代烃污染水体后，可以在悬浮物、底泥和水生生物体内蓄积。长期饮用含有这类物质的水，或食用体内蓄积有这类物质的生物就可能诱发癌症。有些饮用以地面水为水源的自来水的居民患癌症的死亡率较饮用地下水为水源的自来水的高，这是因为地面水受污染较地下水为重。
3.以水为媒介的传染病
人畜粪便等生物污染物污染水体可能引起细菌性肠道传染病，如伤寒、副伤寒、痢疾、肠炎、霍乱、副霍乱等。肠道内常见的病毒，如脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒、腺病毒、肠弧病毒、传染性肝炎病毒等，皆可通过水污染引起相应的传染病。某些寄生虫病，如阿米巴痢疾、血吸虫病、贾第虫病等，以及由钩端螺旋体引起的钩端螺旋体病等，也可通过水传播。
4.间接影响
水体污染后，常可引起水的感官性状恶化。例如，某些污染物在一般浓度下，对人的健康虽无直接危害，但可使水发生异臭、异味、异色、呈现泡沫和油膜等，妨碍水体的正常利用。铜、锌、镍等物质在一定浓度下能抑制微生物的生长和繁殖，从而影响水中有机物的分解和生物氧化，使水体的天然自净能力受到抑制，影响水体的卫生状况。