在处理对日关系上，郭松龄也显得失策。开始，郭松龄对日本要人的谈话产生误解，以为日本政府会支持自己的行动，故对日本抱有幻想。后来，日本政府采取援张反郭的政策，郭松龄的幻想破灭，却又找不到应对之策，只能听之任之，十分被动。当关东军司令官白川派浦澄江向郭军发出警告时，郭松龄未能站在维护国家主权、反对外国干涉的高度上予以反驳，只是在如何解释不平等条约，如何理解满铁附属地的确切界限上，与日方讨价还价。郭军进军营口为日军所阻，郭松龄也未采取积极措施，实际上予以默认。态度如此软弱，更助长了日本的嚣张气焰。
郭松龄自身存在着许多致命的弱点。郭松龄虽然能打硬仗，但当军事发展到政治、外交和军事相互交错的时候，他就不能正确地处理，反映出他缺乏运筹帷幄和利用敌方内部矛盾的机谋。在个人气质上，他的个性太强，遇事容易冲动，刚愎自用，听不进别人的意见。他的陆军大学同学徐永昌，甚至说他的“脑筋根本有问题”。
正因为存在客观和主观两方面的因素，郭松龄倒戈的失败，就带有一定的必然性。经过这次内部动乱，奉系集团元气大伤。此后，奉系集团虽然卷土重来，并再次控制了北京政权，但实际上已十分虚弱。
在平定这次内乱之后，张作霖采取了不少别出心裁的“善后”措施，从而使奉系集团暂时躲过了立即垮台的命运。
巨流河决战之后，郭军大批官兵或投降或被俘。这些官兵原来都是张氏父子的部下，后来不管是自愿还是被迫，毕竟都是跟着郭松龄背叛了张氏父子和奉系集团。郭松龄失败之后，如何处置这批官兵，事关奉系集团的稳定。当时，在奉系高层人士中，存在完全不同的看法。以吴俊升为代表的一派意见，主张对他们严惩，至少要杀掉几个。而以张作相、张学良为代表的一派，则要求宽容他们，不予追究。张学良是这些反叛官兵的顶头上司，他连郭松龄都不主张杀，对其他人自然更要保护了。但他因郭松龄事件深受牵连，受到父亲的严厉斥责，处境比较困难，发言分量大大减轻。张作相则不同，他是张作霖的老伙伴，说话颇有分量。
郭松龄未被打败之前，吴俊升等人就要求张作霖严惩参与“叛乱”者，甚至提出，对那些仍住在奉天的“叛乱”官兵家属，也要严厉处置。张作相坚决反对，他对张作霖说：“郭松龄反奉，利用的都是汉卿的军队，也是你老的军队，都是家乡子弟，不能处理一大片，结下子孙仇。”张作霖听了觉得很有道理，也表示同意，并立即派人分头给郭军官兵的家属送米、送面，进行抚慰。这对瓦解郭军士气起了不小的作用。
郭军彻底失败后，许多被俘官兵开始人心惶惶，担心会受到严惩。直到张作相亲自接见他们，对他们进行一番安慰之后，大家才安下心来。张作相对他们说：“我们都是多年袍泽、乡亲，在这次战乱中，兵戎相见，这是东北的不幸，也是每个人所痛心的。如今郭松龄已逃走，一切过错都应由他负责。他临行时，既然嘱咐大家听张军团长命令，这就是愿意我们再行团结。因此人人应本着这个意见，释去嫌疑。在战斗中，死去的袍泽已无法挽救，活着的官兵由我负责，保护大家安全。明天张军团长即可到来，你们要听他的话。我去奉天向老将请求宽恕。有我一息尚存，就不致再有什么不幸的事发生。我自问同大家是有好感情的，请大家信赖我，听我的好音。”
张作相说话算数，回到奉天以后，他果然向张作霖提出，郭松龄既死，其他人员一律免究。他说：“这是奉军内部自家的事，就当作一次演习吧！郭松龄已死了，别追究了，保留元气吧。”但是，吴俊升等人仍不赞成张作相的意见，强烈要求张作霖惩办参与反叛的主要军官，他们一再说：“总得杀几个，太宽容了不行。”张作相与之辩论，仍不能说服他们。最后，他竟声泪俱下地说：“那就先杀了我，免得再发生惨剧。”吴俊升等人顿时语塞，气氛也渐趋缓和。张作霖终于明确表态，说：“那就让小六子看着办吧！”张作相听了，还不放心。他怕张作霖再变卦，便要求张作霖当场给张学良挂电话，亲口告之对郭部官兵一律免于追究的决定。张作霖打完电话，张作相心中一块石头才落了地。此后，郭军的被俘军官不但全被赦免，许多人仍继续受到重用。这对巩固奉军内部团结起了很大作用。
接着，张作霖在奉天举行盛宴，庆祝胜利。宴会进行中，几个参谋人员突然抬来一只箱子。参谋当众向张作霖报告说：这是从郭鬼子的司令部里缴获的。里面装有许多密信，都是奉天城里的人写给郭鬼子的。在场的许多官绅一听这话，都惊呆了。因为郭松龄举事之后，奉天城里不少官员为保自己的官位和身家性命，暗中都给郭松龄写过信。如今，这些信落到张作霖手中，若被扣上“私通叛贼”的罪名，他们的脑袋也就难保了，一个个吓得半死。不料，张作霖听完报告后，却非常豁然地说：“只是郭鬼子这一个坏蛋造反，与别人何干？他既死，事已了，其余一概不究。今天是庆贺宴会，我要和大家一起共庆，快把这些信都拿出去烧了。大家尽管多吃多喝，以后再也不要议论这些败兴事了。”此话一出，那些心中有愧的人才定下心来，内心里暗暗感激张作霖的宽宏。张作霖这一套，显然是照搬了《三国演义》中曹操的做法。除郭松龄夫妇外，奉系“未戮一人”，不搞株连，保持了奉系集团的稳定。张作霖深知，此次内乱已使他在东北的统治地位受到动摇，如不采取措施，收买人心，后果不堪设想。为了维护自己的统治地位，除了不搞株连外，张作霖还演了一场“斩子让贤”的戏。
1925年12月29日，即击败了郭松龄5天之后，张作霖在大帅府召开东三省善后会议。会议一开始，张作霖就说：“今天这个会虽然还是由我主持，但我是来向大家作交代的。”说完，他把一份电报稿交给袁金铠，又说：“四哥，你先把通电念一下，这通电明天就发表。”与会者皆不知通电内容，便竖起耳朵。袁金铠朗声道：“作霖才德菲薄，招致战祸，当引咎辞职，还政于民。今后，将东北行政交王公岷源（王永江的字），军事交吴公兴权（吴俊升的字），请中央另派贤能来主持东北大局……”
原来，在郭松龄倒戈占领锦州之后，张作霖曾“下诏罪己”，并说过战争结束后，自己将引咎告退，还政于民。现在，战争真的结束了，尽管他根本不打算下台，却不能不有所表示。所以，他拟了这份电报稿，以示自己准备兑现诺言的诚意。
袁金铠还未将电稿念完，吴俊升就跳起来打断袁的话，冲着张作霖说：“唔，唔，我一天也担当不了，你不干，咱们就一块撂挑子吧！”接着，王永江也站起来说：“永江代理一省政务，尚不称职，何况三省。惟有大帅在，我方能随时请示，才不致误国。现在，吴督军不肯负责军务，我又不能胜任政务，东北大局就不堪设想，倘有不测，招致内忧外患，大帅将有负于国家、人民倚托之重。”第三个站起来发言的则是杨宇霆，他说：“苏、皖挫败，牵动全局，终于招致叛乱，宇霆实为罪魁祸首，理应明正军法，但蒙大帅宽容，许我戴罪立功。现在，李景林已退出天津，冯玉祥正挥师东下，形势岌岌可危。为此，只有尽速收编郭军残部，扼守辽西要塞，然后再派劲旅入关，策应齐鲁联军，占领京津，以安北方大局，方为上策。当此危急存亡之秋，决不是大帅颐养天年之时。”
吴俊升、王永江、杨宇霆一开了头，其他人也都纷纷表态。这个说，“大帅不能引退”；那个说，“平定叛乱，全托大帅洪福”，等等。总之，与会者没有一个人赞成张作霖引退。
张作霖要的就是这种气氛，见火候已到，便顺势下台阶。他站起身来，用手往下一压，让会场静下来后，说道：“照大家的意思，我还得干下去？既然如此，那我就再干一把。将来如有能人出来主持大局，我一定让贤！”他的话音尚未落地，会场上立即响起了掌声。
待大家鼓过掌，他又说道：“不过，既然让我继续干，大家得听我的。”“我们都听大帅的！”与会者齐声答道。“那好。”说到这，张作霖突然脸色一变，厉声喊道：“执法处长常荫槐来没来？”常荫槐一听张作霖叫他，赶快站起身来回答：“到！”张作霖接着又大声喊道：“常处长，我命令你坐专车把张学良给我抓回来，我要自己枪毙他。你要是让他跑了，哼，哼，那就提脑袋来见！”
“是！”常荫槐答应了一声，转身刚要走，就被吴俊升拦住了，并说道：“唔，常处长，你慢走，我有话说。”他的话还未说完，张作霖便怒气冲冲地对他喝道：“你还有什么说的？”吴俊升并不睬他：“唔，要说过去没有汉卿还将就，现在要是没有他，我看一天也不行。”“胡说！”张作霖一边说，还一边跺脚。可吴俊升知道，张作霖此时的发火生气，都是硬装出来的，所以根本不怕。他不但继续说下去，而且用的是“质问”的口气：“唔，你先别横，听我说完了，你再横也不晚。我问你：郭鬼子那些散兵，谁敢去招抚？我是不敢，你大帅也不行，非得张军长去才行。他往那儿一站一摆手，散兵就都回来了。再说，魏益三那小子还带着2万兵，霸着山海关呢。他要是和冯玉祥合兵一处，不比郭鬼子力量还大几倍？要是打过来，奉天能顶住吗？还不得张军长去顶，他胸脯一挺，天津、北京才又是咱们的。到那时，我才敢保你坐北京。”
张作霖觉得戏还没到收场的时候，故又吼道：“你住口！我姓张的用人，向来一秉大公，赏罚分明，并不是我养出来的都是好的。小六子这个损种就上了郭鬼子的贼船嘛。什么讲武堂、教导队，花了几百万块现大洋，这帮杂种算狗屁！‘天下好’王永清带一个骑兵团就把这帮兔崽子打得懵头转向了。郭鬼子、小六子瞧不起吉、黑两省的军队，瞧不起于兰波。我的天下就是这些人打的。我姓张的用人向来一秉大公，李景林、张启坤、许兰洲这些人都是外来的，和我素无瓜葛；还有于孝侯，是吴子玉的外甥，谁不知道我和曹、吴对头多年，可是我对他外甥是重用的。郭鬼子这个鳖羔子，到奉天来，扛个行李卷，有两个茶碗还有一个没把的。小六子说他是人才，能吃苦耐劳，我一次就给了他2000块大洋，给他安家。那时候，他感激得要命。后来，他自以为有功，在座的谁不比他资格老。汤二哥与我穿一条裤子，出生入死，现在和郭鬼子拉平辈。小六子上了贼船，郭鬼子叫他学李世民，清君侧。要没有小六子，郭鬼子能兴起风，作起浪吗？今天我若不亲自毙了小六子，对不起在座诸位。常荫槐！你不执行我的命令，我先枪毙你！”
杨宇霆十分机灵，见张作霖已说的差不多了，便站起来劝道：“请大帅息怒，请大帅息怒！还是吴督军说得对，为大局计，张军长不但不能法办，还得授他统帅全军的大权；扭转大局，非张军长不可。至于郭鬼子叛变，我们大家都有责任，不能怪罪张军长一个人。”接着，王永江也站起来说：“近来大帅操劳过度，应该为国家保重身体，我建议马上休会。”他刚说完，张作相、吴俊升二人就跑了过来，不由分说，一左一右地架着张作霖退席了。张作霖边走还边喊：“张学良免去本兼各职，听候查办！”
“让贤斩子”的戏就这样收场。张作霖不愧是个“好演员”，真可谓演得有声有色。他的用心也十分清楚，就是要通过这场戏扬老派、抑新派，并表明自己是“一秉大公”的，借以收买人心，巩固奉系内部团结，巩固自己的统治地位。必须承认，张作霖基本上达到了目的。
穷途末路
以笔杆子倒戈
平定了郭松龄倒戈之后，张作霖迎来了新的一年-1926年。奉天城的新春喜庆气氛如往年一样热闹，侥幸躲过一劫的张作霖自以为一生福星高照，总能逢凶化吉，乐呵呵地接受众官绅们的庆贺。他哪里知道，眼前的一切对他个人而言只是一种回光返照。
在郭松龄举兵倒戈时，张作霖曾一度悲观失望，思想上灰得不能再灰了。借助日本人的帮助，击败了郭松龄之后，张作霖通过一些有效的“善后”措施，保住了在东三省的统治地位，又神气了起来。郭松龄的倒戈，使奉系集团的许多潜在问题暴露无遗。张作霖本应当趁此机会好好反省，吸取教训，像他在声明中所说的那样，承认连年内战导致了生灵涂炭、劳民伤财，今后当“修明内政，不勤远略，以期与民休息”，放弃内战政策。可是，张作霖的军阀本性依旧，安分不下来，他那难以抑制的政治野心又重新膨胀起来，矛头直指冯玉祥的国民军。
对冯玉祥和国民军，张作霖真可谓恨之入骨。一则，冯玉祥与张作霖最头痛的“赤俄”拉上了关系，又同南方的“赤党”眉来眼去，要在中国搞“赤化”；二则，冯玉祥策动和勾结郭松龄“造反”，将他这位张大帅搞得好生狼狈；三则，国民军又乘郭松龄倒戈，奉系被搅得天翻地覆之机，夺走了奉系在京、津地区的热河、直隶等省的地盘。总之，新仇加旧恨，使张作霖必欲除之而后快。国民军呆在华北一天，张作霖就一天也不能安生。
张作霖使出的仍然是远交近攻的策略，联合老对头吴佩孚，夹攻冯玉祥。想当初在第二次直奉战争中还是因为冯玉祥倒戈，张作霖才将直军打得大败，吴佩孚几乎只身脱逃。1925年秋，吴佩孚在孙传芳等人的鼓动下，就任“十四省讨贼联军总司令”。他要讨的“贼”，起初指的就是张作霖。不过，吴佩孚的名声虽大，实际上手下的兵将却不多，因而对张作霖威胁不大。倒是孙传芳、冯玉祥和郭松龄等人把张作霖狠狠地打了一下。
时过境迁，这对曾结下血海深仇的仇敌，却在1926年初化敌为友，并且互换兰谱，变成了所谓的“异姓兄弟”。
促使张作霖与吴佩孚捐弃前嫌、重归于好的因素，主要有两个，一是冯玉祥及国民军的崛起，二是南方革命势力的壮大。
打击冯玉祥的国民军，是两人不约而同的契合点。吴佩孚当然不会忘记，他在第二次直奉战争中被张作霖打得一败涂地，一个非常重要的原因，就是冯玉祥在战场“倒戈”，背叛了他。因此，只要一想到冯玉祥，他就寝食不安。只是因为他被张作霖打败之后，心有余而力不足，无法对冯玉祥进行报复。尽管如此，吴佩孚并不死心。随着形势的变化，张作霖与吴佩孚的利害冲突逐渐退居次要地位，而冯玉祥与张作霖、吴佩孚的矛盾却越来越尖锐，军阀之间的重新组合也就成了必然的趋势。在对待冯玉祥及国民军的问题上，张作霖与吴佩孚又有了共同语言。如同1920年，他们联合对付段祺瑞一样，现在，张作霖、吴佩孚也都感到有必要联合起来对付冯玉祥了。
促使张作霖、吴佩孚重新携手的另一个因素，是以国共合作为基础的南方革命势力的迅速壮大。到1925年底、1926年初，以广东为基地的南方革命军不但成为一支劲旅，而且很快将进行拟议中的北伐。盘踞两湖的吴佩孚首当其冲。张作霖虽然暂时还不会直接面对南方的革命军，但也感觉到了威胁的存在。因此，共同对付南方革命势力，阻止国民革命军北伐，就成了张作霖和吴佩孚重新联合起来的又一重要基础，用他们自己的话来说，就是要联合起来共同“反赤”。
正是由于上述因素，张作霖和吴佩孚这对冤家对头，一变而成了盟友。
事实上，吴佩孚刚打起“讨贼”，亦即“讨张”的旗号不久，张、吴之间就开始暗送秋波。在这方面，张作霖采取了主动。他一边让张宗昌在山东放风，大谈山东奉系“愿意服从玉帅指挥”，向被称为玉帅的吴佩孚示好，一边派代表拜访吴佩孚，对他说，直奉战争是“鹬蚌相争，渔翁得利”，只有直奉联合起来，才能“天下无敌”；并向吴佩孚提出合作条件，即奉军出关，释放曹锟，拥直系元老王士珍为总统，等等。吴佩孚“投我以桃，报之以李”，爽快地向张作霖的代表表示：“过去的事情，不用谈谁是谁非了，今后只有合作才能救国。”初步沟通以后，张作霖和吴佩孚就开始相互致电问候。当郭松龄倒戈，张作霖处境艰难之时，吴佩孚曾在电报中说：“以前冯玉祥倒戈，令我痛心，现在郭松龄倒戈，你也是痛心，我愿意帮助你。”同病相怜之情，跃然纸上。郭松龄倒戈一失败，吴佩孚亦正式宣布结束“讨奉”战争。
从1926年初开始，张作霖与吴佩孚的联合进入了实质性阶段。1月间，张作霖派张景惠专程到汉口拜访吴佩孚，并同吴佩孚的代表张志潭会谈。与此同时，吴佩孚也派吴天民、杜孝穆等人到奉天拜访张作霖。双方初步商讨了直奉联合进攻国民军的计划。
双方一边协商，一边付诸行动。张作霖首先派兵攻打已改编为国民军第四军驻山海关的郭松龄残部。该部在奉系攻击下，由魏益三率领，从山海关撤退至京津地区。1月19日，奉军即重新占领山海关和九门口，控制了进关的大门。与此同时，张作霖又命令由李景林、张宗昌所部改称的直鲁联军，从山东向直隶的国民军进攻。就在奉系攻占山海关的同一天，吴佩孚也在汉口召集军事会议，决定直系军队分两路进攻河南的国民军，其中一路由湖北北上河南，一路与直鲁联军会合，从山东进军豫东。至2、3月间，吴佩孚的直军即先后占领了郑州、开封，并继续北上，迫近石家庄。李景林、张宗昌的直鲁联军，也突破马厂国民军的防线，逼近天津。国民军节节退却，逐渐陷入三面包围之中。冯玉祥为缓和张作霖、吴佩孚的进攻，通电宣布下野，将所部国民军改称西北军，交张之江指挥，他自己则暂时避往蒙古、苏联。
正当张作霖准备挥师入关，大干一场时，奉系集团内部又起了大波浪。代理奉天省省长职务、被称为奉系后方大总管的王永江，突然辞职不干了。如同前一年的郭松龄倒戈一样，此事也给了张作霖一个沉重打击。难怪张作霖后来抱怨说：“郭松龄以枪杆子倒戈，王永江则以笔杆子倒戈。”事情的严重性，由此可见一斑。
王永江撂挑子并不是为了实现个人野心，而是在政见上与张作霖分歧太大。素有“理财能手”之称的王永江呕心沥血整顿奉天财政，仍难以满足奉系集团日益膨胀的巨大军费开支。以1925年为例，奉省的财政总收入约为2300万元，而军费总开支却高达5100万元，仅东三省兵工厂一年的费用，即需2300万元。为了填补这一空缺，王永江绞尽脑汁，一方面加征赋税，一方面则被迫滥发纸币――奉票。这又无异于饮鸩止渴，不但造成百业凋敝，而且导致金融紊乱。结果，通货膨胀，物价飞涨，东三省的老百姓深受其苦。王永江为巨额赤字急得一度“左目失明”。