徐桐等人以为只要“杖八十……降三级调用”就可混蒙过去，不料光绪帝不肯草草收场，他朱批说：“礼部尚书怀塔布等，竟敢首先抗违”，“若不予以严惩，无以儆戒将来。”凡参与压制的官员“均著即行革职。至该部主事王照，不畏强御，勇猛可嘉，著赏给三品顶戴，以四品京堂候补外，用昭激励。”礼部是顽固派势力对抗变法运动的桥头堡，光绪帝抓住战机，猛烈轰击，顽固堡垒终于被攻破，两位尚书连同他们的一伙爪牙左右侍郎等人一窝端，“均行革职”。这一事件光绪帝处理得干净利落，他的政治斗争艺术在维新变法的实践中得到锻炼和提高。光绪帝拿礼部顽固势力开刀的另一目的是为了鼓励“士民”上书言事，撑维新派人士的腰杆子，所以他表彰王照“不畏强御，勇猛可嘉”，并赏给“三品顶戴”。这一震撼朝廷上下的断然处置，煞了顽固派的威风，长了维新派的志气，“维新者无不称快。”
光绪帝把顶住顽固派对抗变法的逆流与推进变法同步进行。在捅礼部马蜂窝之举的前两天，七月十四日（8月30日）发出上谕，将在中央的“闲曹”詹事府、通政司、光禄寺等衙门“著即行裁撤”，还裁撤了地方督抚同城以及“事务甚简”的粮道、盐道。并严正警告“内外诸臣……不准藉口体制攸关，多方阻格。”对中央和地方“闲曹”的裁撤，是光绪帝推进政治体制改革的一次尝试。清朝的衙门和官缺的设置是载入《会典》的“祖制”的，决不能轻易改变，而今光绪帝发谕旨裁撤这些衙门，虽然对整个官僚体制来说是微不足道的，但这一举动意味着向“祖制”挑战，其深刻的影响力是不能低估的，所以康有为称颂光绪帝这一果断决策是“变政勇决”的行动。
权衡新旧
在维新和守旧的冲突日益尖锐的形势下，张之洞于5月发表了他所撰的《劝学篇》一书。据他说，写这本书的目的，是鉴于“士大夫顽固益深”，而近来又“邪说遂张”，所以“乃着《劝学篇》上下卷以辟之。大抵会通中西，权衡新旧。”他这里所说的“邪说”主要是指康有为、梁启超所宣传的“孔子改制”和“民权”学说，所以辜鸿铭说张之洞写《劝学篇》的目的是为了“绝康梁以谢天下”，表示他所主张的变法与康梁的变法宗旨是不同的。
《劝学篇》全书共24章，分“内篇”9章和“外篇”15章，“内篇务本以正人心，外篇务通以开风气。”《劝学篇》核心内容是提出了“中体西用”的文化模式。张之洞将《劝学篇》“二十四篇之义，括之以五知”：
一、知耻。
耻不如日本，耻不如土耳其，耻不如暹罗（按：今泰国），耻不如古巴。
二、知惧。
惧为印度，惧为越南、缅甸、朝鲜，俱为埃及，惧为波兰。
三、知变。不变其习不能变法，不变其法不能变器。
四、知要。
中学考古非要，致用为要。西学亦有别，西艺非要，西政为要。
五、知本。在海外不忘国，见异俗而不忘亲，多智巧不忘圣。
张之洞从世界大势和中国危局出发，提出“不变其习不能变法，不变其法不能变器”。“西艺非要，西政为要”，表明他不仅认识到变法的重要性和迫切性，而且主张仿效“西政”，进行制度性的改革，与60年代洋务大吏“中国文武制度事事远出于西人之上”的观念相比，已经有了较大的进步，开始承认西洋“文武制度”也值得中国仿效。
《劝学篇》具体提出了设学校、改学制、派游学、译西书、阅报刊、变法制、变科举、兴实业、修铁路、练新军等等方面的变法构想。张之洞主张仿效的西政，主要是指西方国家的一些具体制度，并不包括国体与政体这样的根本制度。《劝学篇？变法》提出的变法原则是：“夫不可变者，伦纪也，非法制也；圣道也，非器械也；心术也，非工艺也。”一句话，就是在不改变清王朝的统治地位、坚持中国传统伦理道德前提下，学习和仿效西艺、西政，以实现中国的富强。
《劝学篇》一发表，立刻得到了清廷的重视。光绪披览后，认为“持论平正通达，于学术人心，大有裨益”，谕令各省“广为刊布，实力劝导，以重名教，而杜危言。”《劝学篇》借助朝廷的力量，很快刊行全国，据估计，该书先后印行了200万册。
张之洞作为一种新旧势力严重冲突的平衡力量，表现出“权衡新旧”的姿态，他既坚决捍卫纲常名教，又竭力倡导新学新政。不过在不同的人眼里，《劝学篇》卫道与开新的侧重点是不同的。在编《翼教丛编》诋毁康、梁的苏舆看来，《劝学篇》强调重心在“卫道”，称“劝学数篇，挽澜作柱”，对康、梁的学说就“辞而避之”，“专以明教正学为义。”而在当时的洋人看来，张之洞强调重心却在“开新”。美国传教士丁韪良便认为《劝学篇》的旨趣是“盖谓日人之所以致强者，实因弃东学西，中国亦不可不改弦更张。”张之洞“权衡新旧”的姿态还使他得到了京内外一些官员的推崇，希望他入京主持大计。
在甲午战争失败之际，张之洞就曾因不为朝廷重用，无法施展其才干而发出过感叹。谭嗣同曾转述过张之洞当时的一番议论：
无怪乎合肥（按：指李鸿章）之得志也！遍观中外大小臣工，学问非不好，品行非不好，即心术亦未必都不好，然问以大小炮数百种，后膛精枪亦数百种，形式若何，运用若何，某宜水，某宜陆，某利攻，某利守，某利山林，某利平地，其左右前后之炮界何在，昂度低度若何，平线若何，抛物线若何，速率若何，热度若何，远近击力若何，以及水雷旱雷炮台地营一切攻守之具，无一人能知，且并其名亦不能辨，又况西人政事法度之美备，有十倍精于此者。某国当兴，某国当拒，某国善良，某国凶狡，吾之联之而备之者，其道何在，宜更无一人知之矣。稍知之者，惟一合肥。国家不用之而谁用乎？
按张之洞的看法，由于清朝官员中懂得洋务者寥寥无几，才使得朝廷不得不倚重李鸿章，大有“世无英雄，遂使竖子成名”之感慨。言下之意，他自己比起李鸿章来说，不仅精通洋务，而且知道“西人政事法度之美备”，十倍精于军事技术，颇有胸怀大志而不得朝廷重用的遗憾。
还在4月底，素以保守著称的大学士徐桐便出来保奏调张入京。据说，调张入京的建议首先由是张之洞的弟子杨锐提出的，杨锐鉴于当时一些“新学之士”，“言论过激”，新旧两派冲突形同水火，认为“非得有学术通达时事大臣，居中启沃，费克匡救。”协助袁世凯在小站练兵的徐世昌也致函杨锐，力主“非南皮入政府不可”。杨锐便“与乔树木冉说大学士徐桐，并代作疏荐张，得旨陛见。枢府翁同（不悦张，会沙市有教案，乃与张荫桓密谋中阻。张已至上海，奉旨折回。”
又据陈庆年《戊戌己亥见闻录》记载，4月29日，他就从钱恂处得知“南皮师入觐，系因徐中堂（徐桐）奏请，并非出于特旨，亦非政府之意。徐不过言国事艰难，南皮公忠，请饬陛见，以备顾问，上亦循例愈允而已。”当天陈庆年又从梁鼎芬处得知“徐中堂奏上，上意未决，呈皇太后乃定，意召南皮陛见。然则南皮师入京以后或有大用，能否回任尚未能必。”
原来，张之洞接到总理衙门来电传旨“著即来京陛见，有面洵事许”后，便于5月7日将总督政务交湖北巡抚谭继洵暂行兼署，然后乘轮起程，5月15日到达上海，即奉旨回任处理沙市教案，于27日返回武昌。终未能入京主政，成为一位“维新宰相”。
据此说来，张之洞之所以未能入京，是由于军机大臣翁同张荫桓的反对。而翁同（对张之洞反感似乎由来已久。据张之洞说，当年他为京官时，翁同（之兄翁同书，被问罪下狱时，他曾前往探视；翁同书被发配充军，他又为之写诗送行，可以说“与翁氏分谊不浅。”但翁同（为军机大臣时，却对他“一意倾陷，仅免于死”。虽然这可能是张之洞的一面之词，但是二人存在较深的芥蒂一定是事实。梁启超在得知朝廷召张之洞入京时，在给夏曾佑的信中预料说：“香帅到京，恐未必大用，位次太末，用亦未必有权”，他还特地注明“幸亦如此，否则以忌刻之夫而当国，亦非所宜。”照梁启超看法，张之洞入京，并不会受到重用，也不会有多大实权，即使受到重用，也不会对康、梁等有利。张之洞对《时务报》的既支持又干预的态度，已经使梁启超对张之洞的为人产生反感，故称之为“忌刻之夫。”关于张之洞的为人，与翁同（关系甚密的张謇也曾对友人谈过这样的评价：
承问，謇与某公（按：指张之洞）交不深。闻人之言曰：某公有五气：少爷气、美人气、秀才气、大贾气、婢姬气。又云某公是反君子，为其费而不惠，怨而不劳，贪而不欲，骄而不泰，猛而不威。然今天下大官贵人，能知言，可与言者，无如某公，若好谀不近情，则大官贵人之通病，不足怪。
张謇所说的“闻人之言”，大概可以代表翁同（等人对张之洞的看法。这可能也是翁同（等人不同意张之洞入京的一个原因。张謇办大生纱厂，曾得到张之洞的支持；到武昌参观了张之洞办实业、兴教育的成绩，对他的印象有所改变，因而才有稍好的评价，“然今天下达官贵人，能知言，可与言者，无如某公。”
张謇所说的张之洞的“五气”，在当时确有传闻。据另一类似的记载：
张文襄公初督江南时，朝令暮更，政局为之一变，其时难免有窃窃议之者。一日，宾僚燕集，谈论及之，有掌教某公莞然曰：诸君无费词。以我视之，张公胥一部习气大全耳。众请其说，曰：世所谓书生习气，名士习气，纨绔习气，滑头习气，与夫近世之新界习气，张公胥兼而有之，得不谓之习气大全。
大概张之洞“权衡新旧”的姿态，既为清流名士，又任封疆大吏；既效忠朝廷，又喜交布衣；既维护名教，又热心洋务：凡此种种便构成了一部亦新亦旧、不新不旧的“习气大全”。
6月11日，光绪颁布了《明定国是》诏，正式向中外宣布变法。诏书宗旨以“圣贤义理之学”为本，而“博采西学”之用，与张之洞《劝学篇》的路数是一致的。
从颁布《明定国是》诏到9月21日慈禧宣布重新训政时为止，光绪先后颁布了180多条有关变法的诏令，历时103天，史称“百日维新。”百日维新颁行的新政既属于康、梁所赞同的变法内容，也没有超出张之洞《劝学篇》所说的西艺、西政的范围。在变法的这一层面上，张之洞与康、梁并无多大分歧。
百日维新没有推出设立议院的举措，近年发现的故宫档案证明康有为那篇著名的变法纲领《应诏统筹全局折》中原本没有制定宪法，实行立宪的内容。人们常把公开赞扬西洋议会政治、主张中国设立议院的言论作为判断是否“维新派”的重要尺度。其实，在维新运动时期，康有为没有把设立议院作为出台的变法举措，而主张设立议会者却大有人在，设立议院大概已经算不上什么惊人之论了。如候选郎中陈时政上书主张“上下议院宜亟开设也，泰西议院为立国最良之规模，实有国不易之宏纲。”状元骆成骧也曾上折谏言：“当今各国，其政治最善者，莫要于议院；其议院之最善者，莫要于公举执政。”《时务报》上曾发表《开议院论》一文，呼吁：“若不急开议院，则上下之情不通，即门户之见不化，又安望有富强之一日耶？”出生官宦世家的孙宝王宣也在日记中写了不少设立议会的言论，如光绪二十三年七月十二日（1897年8月9日）日记写道：“法非不可变，未造变法之机器耳。变法之机器奈何？曰：开民智，兴民学，扶民权。民智奚开？曰：设报馆。民学奚兴？曰：立学校。民权奚扶？曰：开议院。”可见，开议院已经是当时比较流行的主张了。
康、梁在维新运动中，反倒是不赞成速开议院的。梁启超在1896年写的《古议院考》中就曾说：“凡国风气已开，文学已盛，民智已成，乃可设议院。今日而开议院，取乱之道也。故强国以议院为本，议院以学校为本。”而康有为对于不能速开议院的原因讲得更为清楚。1898年1月他在向光绪进呈的《日本变政考》中“力发议院为泰西第一政”，认为“日本变法以民选议院为大纲领。”同时他又指出：“变法之道，必有总纲，有次第”，“吾今于开国会，尚非其时也。”7月16日他又在《国闻报》上发表《答友人论议院书》，强调民众不能“自主”，“议院”不能“速开。”在康有为看来，议院应该是体现民权的“民选议院”，而当时还不具备开议院的条件：第一，中国民智未开，民权没有普及；第二，守旧势力太大，速开议院必然使变法受到阻力。他在《日本变政考》中强调说：“民智未开，遽用民权，则举国聋瞽，守旧愈甚，取乱之道也。故立国必以议院为本，议院必以学校为本。”所以当内阁学士“上疏请开议院”时，康有为竭力劝阻，“而今守旧盈朝，万不可行。”
康有为主张不速开议院并不是他在百日维新中采取了“倒退”的行为，而是其变法思路是按照开民智、改官制、定宪法、开国会的进程“有次第”地推行。所以在百日维新前他致力于立学会、办报刊，从事开民智的工作，到了百日维新时，才开始推出改官制的变法举措，在光绪召见和总理衙门大臣垂询时，他都强调“宜变法律，官制为先”，具体举措便是设立“制度局”，这是一个辅佐光绪皇帝变法而兼有议政、行政职能的中枢机构，选拔维新人士参与决策有关新政事宜，下设12个推行新政的机关。只是因遭到军机大臣的抵制而未能成立。至于定宪法，开国会，实行君主立宪，那是待条件成熟后才能实现的远期目标。
张之洞在《劝学篇？正权》中也认为“外国筹款等事，重在下议院；立法等事，重在上议院。”说明他对西方的议会制度是有所了解的。他认为中国之所以还不能设立议院，一是因为民智未开，“中国士民至今安于困陋者尚多，环球之大势不知，国家之经制不晓，外国兴学立政、练兵制器之要不闻。”二是缺乏有经济实力的绅商，“家有中资者”乃得举为议员，而今“华商素鲜巨资，华民又无远志。”因为缺乏设立议院的基础，所以“必俟学堂大兴，人才日盛，然后议之，今非其时也。”在关于设立议会所需要的社会条件上，他与康有为、梁启超等人看法并无多大分歧。
但是张之洞对议会政治的基础“民权”却持坚决反对的态度：“民权之说，无一益而有百害”，“使民权之说一倡，愚民必喜，乱民必作，纪纲不行，大乱四起。”为了反对在中国提倡民权，他还从“学理”上作了论证，对“民权”作过如下的诠释：
考外洋民权之说所由来，其意不过曰国有议院，民间可以发公论，达众情而已，但欲民伸其情，非欲民揽其权。译者变其文曰民权，误矣……泰西诸国无论君主、民主、君民共主，国必有政，政必有法，官有官律，兵有兵律，工有工律，商有商律，律师习之，法官掌之，君民皆不得违其法。政府所令，议员得而驳之；议院所定，朝廷得而散之。谓之人人无自主之权则可，安得曰人人自主哉？
张之洞理解的“外洋民权”可归结为三个要素：第一，实行议会制（“国有议院”）；第二，民众有议政权利（“民间可以发公论，达众情”）；第三，任何人都要受法律的制约（“君民皆不得违其法”）。
那么，“民权”的内涵究竟是什么呢？当时的人又是如何理解“民权”的呢？
“民权”一词来自于日文，其意是指人民的权利，包括人民参政的权利（russrage）和人民的基本人权（civil rights）。日文中也有“民主”（democracy）一词，是指国家主权属于国民。当时一些维新人士多赞成“民权”而反对民主。陈炽在为郑观应《盛世危言》一书写的序中曾说：“民主之制，犯上作乱之滥觞。”康有为、严复、黄遵宪对“民主”也都持反对态度。他们按照中国的文化传统和语言习惯来理解，民主就意味着“人民做主”，具有激进的色彩；而“民权”意味着“人民的权利”，则可以理解为在保留君权的前提下，给人民以某些权利。19世纪后期中文词汇中使用的“民主”一词则来自中国的《尚书》《左传》等经籍，本意为“民之主”，一些在华传教士最先把人民选举国家元首即“选举民主”的国家称为“民主之国。”1874年9月5日在上海出版的《万国公报》第301卷，业已称美、法、瑞士等国为“民主之国。”可见，19世纪后期中文词汇使用的“民主”是特指人民选举国家元首，严格意义上讲还不是de-mocracy的意译，而日文仍把democracy译为“民主”。中文最初把democracy音译为“德谟克拉西”，后来才意译为“民主。”因此当时的维新人士认为“民权”是特指君主立宪制，“民主”则是指共和立宪制。“民权者，其国之君仍世袭其位，民主者，其国之君由民选立。”
张之洞针对有人把“民权”理解为“民揽其权”，“人人有自主之权”，而借此“犯上作乱”，因而对“民权”持反对态度，表现了政治上的保守倾向。不过，若“民权”是特指日本那样的君主立宪制，张之洞所理解的“外洋民权”三要素，也大致不错，而他反对一些维新人士所提倡的“民权”，又大致相当于陈炽所理解并反对的“民主。”难怪梁启超在戊戌政变后一再强调“民权与民主二者，其训诂绝异”，认为他们提倡的“民权”之所以为当道者不容，正是因其对“民权”的涵义产生了误解：
吾侪之昌言民权，十年于兹矣，当道者忧之嫉之畏之，如洪水猛兽然，此无怪其然也，盖由不知民权与民主之别，而谓言民权者，必以彼所戴之君主为仇，则其忧之嫉之畏之也固宜，不知有君主之立宪，有民主之立宪，两者同为民权，而所以驯致之途，亦有由焉。