由于元末民族矛盾和阶级矛盾的激化，1351年爆发了红巾军农民大起义。朱元璋原为红巾军的领袖人物之一，1368年建立了明封建王朝。明初统治者采取了一些有利于恢复生产的措施，如奖励垦荒、兴修水利等，因此，明代初年的社会生产力有明显的提高。但是，自明英宗正统年间以后，明王朝的封建统治渐趋衰落。
明朝建立以后，继续把理学奉为官方思想。明代科举所用的八股制义，是明太祖与刘基所规定的，也以理学家的传注为主。明成祖永乐十三年（公元1415年）将《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》颁行天下，作为钦定教本，其内容也完全是程朱理学。
理学家吴与弼的弟子陈献章，开始转入陆九渊的“心本”论，且赋予“心”以独立思考的思想内容，反映了背叛程朱理学而强调个体意识的思想内容。明代中叶王守仁发展了“心本”论思想，对人的主体作了细致的分析，特别强调了个体意识的重要性，其思想一方面片面夸大主观意识的作用，另一方面又包含有独立思考和个性解放的若干因素。明代的王学与理学曾经展开过论争，不过，王学并未能取代理学在思想界的统治地位。明代中叶，出现了以王廷相为代表的反对理学思潮的先驱人物。
王守仁以后，王学传播甚广，分为若干学派。各派在理解和领会王守仁思想方面各有不同，有的强调“彻悟”，有的重视“修行”；从形式上看，仿佛以往朱学与陆学之争又重新出现，其实这只是现象。在王学各派的思想论争中，值得重视的一点是，许多学者自觉或不自觉地想从王学中撷取个体意识觉醒的因素，寻找新的思路。在这方面，泰州学派的后学特别引人注目。一种要求独立思考、离经叛道的新思想在艰难地成长，尽管她的力量微弱，但她展现出若干新的面貌。而这种情况的出现，和晚明社会已出现资本主义生产关系的萌芽以及力量微弱的市民阶层是分不开的。
激烈动荡的社会，不能不引起思想的剧变。明末清初，出现了早期启蒙思潮。其代表人物大都有丰富的社会实践经验，而对中国古代文化深有素养，他们的著作宏富，从哲学、政治思想、史学、军事学诸学术领域阐述了一些新的思想观点，尽管这些思想观点从根本上还摆脱不了封建思想的总框架。这些思想家，如王夫之、顾炎武、黄宗羲、方以智、陈确等等，在思想史和学术史方面都留下了宝贵的精神财富。
历史的发展是曲折的。明末清初的早期启蒙思潮在古老的中国土地上并不能生根、成长、壮大。残酷的封建专制主义统治迫使学者们走上了考据学的道路。这就是清朝康熙朝以后直到嘉庆年间的学术思想风貌，大体相当于公元纪年的18世纪；这个时候盛行汉学、朴学，亦称考据学。当时的学者在古籍文献整理方面做出了贡献。
然而，不少的汉学家博学多才，他们的研究并不完全局限于古籍文献的整理，有的仍然注意研究现实问题，他们在注解经书的形式下对理学——当时的统治思想作了猛烈的抨击。戴震、汪中、章学诚、焦循和阮元就是这批学者的代表。