伊斯兰教于唐代之传入中国，是一个不争的事实。当蒙古族皇帝入主中原时，已经是“回回遍天下”的景象。明清之际，兴起了具有鲜明中国特色的经堂教育，这是伊斯兰教中国化的文化自觉。经堂教育的发生、发展及其成就，影响着伊斯兰教中国化的程度与内容。
第一节 伊斯兰教东传中国
伊斯兰教究竟何时传入中国以及传入中国的路线，迄今为止学界一直未有定论。例如，关于传入时间，有隋代传入说和唐代传入说两种。对照伊斯兰教史，穆罕默德大约出生于公元571年，时为中国陈宣帝太康三年；609年（另一说610年），穆罕默德宣布奉到独一神安拉的“启示”，并开始在亲友中秘密传播，时为隋大业五年（隋大业六年）；612年，穆罕默德开始在麦加公开宣传安拉“启示”，号召古莱什人抛弃偶像、信奉独一神安拉，时为隋大业八年；622年（希吉来历元年），穆罕默德自麦加“迁徙”麦地那，时为唐武德五年；632年（希吉来历11年），穆罕默德去世，时为唐贞观六年。《旧唐书·本纪第四》“高宗上”谓，永徽二年（651年）“八月乙丑，大食国始遣使朝献。”是年乃希吉来历31年，值第三任哈里发奥斯曼时期（希吉来历23～35年/公元644～656年）。
一、伊斯兰教的传入
关于伊斯兰教何时传入中国，主要有隋代传入和唐代传入两种说法。其中，隋代传入说主要有“隋开皇七年（587年）”传入与“隋开皇中”（581～600年）传入两说。唐代传入说则主要有唐武德中、唐贞观初年、唐永徽二年（651年）、唐景云二年（712年）和唐至德二年（757年）等说。
（一）隋代传入说
隋开皇中，其时穆罕默德尚未奉到独一神安拉的“启示”，因此，该说之错误，不言自明。桑原骘藏谓，“《旧唐书·大食传》隋开皇中云云，殆本之贾耽《四夷述》。叙述有关隋开皇年代之大食国史事，而毫无中国、大食交通关系。后人牵强误解之，以为自隋开皇年间，隋与大食交通，回教亦于此时传入中国。此说当起自明以后。《明史》卷三三二及《明一统志》卷九二明记：隋开皇中，其国撒哈八撒阿的斡葛思始传其教入中国。明以后书记回教东渐者，必以隋开皇起源，明以前书无记隋开皇中传教者。”然据元至正八年（1348年）河北定州《重修礼拜寺记》（对于该碑记内容有学者提出异议），似乎揭示出此说之形成或者别有渊源，且不限于明代。
（二）唐代传入诸说
该说主要有唐武德中、唐贞观初年、唐永徽二年（651年）、唐景云二年（712年）和唐至德二年（757年）等五种不同的说法。
第一，唐武德（618～626年）中传入说。见明何乔远《闽书·方域志》卷七“灵山”条：“默德那国有吗喊叭德圣人……门徒有大贤四人，唐武德中来朝，遂传教中国。”
第二，唐贞观初年传入又有两说：二是贞观二年（628年）传入说。见民间传说《回回原来》（一名《西来宗谱》）：“大唐贞观二年，……回王遣该思、吴哀思、嘎心三人，投奔中国。行至中途，该思、吴哀思，不服水土而亡，余嘎心一人至中国。唐王选三千唐兵移至西域，更换三千回兵来中国，生育无穷，中国乃有回回也。”二是贞观六年（632年）传入说。刘智《天方至圣实录》卷三（至圣）“六十四岁迁都十一年”条谓：“密速尔帝遣使来朝，问为帝王之道——赤尼帝使至，复遣赛尔弟斡歌士以经教东——法而西帝率属国数十王来朝，请训授帝王箴。”又见清人蓝煦《天方正学》卷七“旺各斯墓志”：“大人道号旺各斯，天方人也，西方至圣之母舅也。奉使护送天经而来，于唐贞观六年，行抵长安。”
第三，唐永徽二年（651年）传入说。唐人杜佑的《通典·大食传》，与新旧《唐书·大食传》以及《册府元龟》，均谓永徽二年，大食始遣使朝贡。梅逊（Issac Mason）《回回教入中国考》谓，大食之初次通聘中国，在西历651年。
陈垣（1880～1971年）考证说，回历纪元，明以来皆谓始于隋开皇十九年己未（599年），其误盖因明洪武十七年（1384年），甲子采用回历时，为回历786年，由此按中历上推786年，则为隋开皇十九年；若按回历推算，实为唐武德五年壬午（622年），与隋开皇己未说，相差23年。根据大食始遣使朝贡，陈垣认为伊斯兰教于永徽二年（651年）传入中国，史学界基本接受这一观点。然而，也有学者提出疑问，即大食始遣使朝贡是一回事，伊斯兰教之传入中国是另一回事，因此认为，“永徽二年只能是两国正式通使之年，而不能作为伊斯兰教传入中国的确切年代。”
二、伊斯兰教传入中国的路线
632年（唐贞观六年）穆罕默德去世时，阿拉伯半岛初始统一，伊斯兰政权尚不稳定，未能对外扩张。阿拉伯与唐之间，有信仰拜火教的波斯帝国。哈里发艾卜·伯克尔（632～634年）和欧麦尔（634～644年）时期，时为唐贞观六年至十八年，阿拉伯穆斯林开始大规模对外扩张，东方征服伊拉克、波斯等地，在中亚已大体与中国接壤。此时，唐也在对西域用兵。贞观三年（629年）灭东突厥，贞观四年（630年）灭北突厥，贞观六年（632年）置西伊州，贞观十四年（640年）平高昌，置西州（今新疆吐鲁番）、庭州（今新疆吉木萨尔）；同年九月，置安西都护府于交河城；贞观十八年（644年）讨焉耆（今新疆焉耆）；贞观二十年（646年），西突厥乙毗射匮可汗（646～650年）曾谴使向唐请婚，唐太宗要他“割龟兹、于阗、疏勒（今新疆喀什）、朱俱波、葱岭等五国为聘礼”，可见当时唐尚未全部控制包括今天新疆部分地区在内的西域。贞观二十二年（648年），平龟兹（今新疆库车）；同年，西突厥五咄陆部降唐，碎叶川东和今新疆全部才为唐控制。这一时期，唐还面临着南方政权吐蕃王朝的有力竞争。根据新旧唐书《吐蕃传》记载，贞观八年（634年），吐蕃国王弃宗弄赞谴使唐朝通好，这是汉藏两族发生直接关系并见之于正式记载之始，弃宗弄赞并于其后谴使求婚；贞观十五年（641年），唐谴宗室女文成公主和亲吐蕃。
综上所述，至少在公元648年之前，唐与大食之陆路交通，尚未实现畅通无阻。而当时的海路，大约有如下几条：其一，自中国东南沿海，途经南海、满剌加（马六甲）海峡、孟加拉湾、马拉巴海岸，经过阿拉伯海和波斯湾到达大食；这是主要的一条海路，又称“香料之路”。其二，自大食经海道到安南，再由安南从陆路到中国云南；其三，自大食经海道到天竺，再由天竺从陆路到中国云南。
综上所述，唐与大食的陆路交通，因为大食在中亚的战事以及唐在西域的用兵，基本上处于停顿状态；而当时大食与唐之间的海上交通则较为发达，波斯、阿拉伯商人来中国通商者，大多经海道而来。他们从海路先至广州、泉州和扬州，再转往杭州、山东等地。伊斯兰教即随商人的脚步经海路首先传入中国东南沿海，然后再向内陆传播。伊斯兰教自海路传入中国，是波斯和大食穆斯林商人来华经商的一个副产品，因为伊斯兰教没有如基督教般严格的教会组织，也少有四处活动的、以传播信仰为使命的传教士。
伊斯兰教之传入新疆，迟至唐朝末年，始于奥古尔恰克汗统治时期（约892～910年），阿图什大清真寺的出现。代之而起的萨图克·布格拉汗（910～956年）成为新疆地区第一个穆斯林身份的汗王，在他的积极宣传下，伊斯兰教在新疆地区迅速传播。上述可见，伊斯兰教自陆路传入中国新疆地区，一开始就与地区政治紧密结合，成为汗王夺取王朝统治权和对外扩张的工具。伊斯兰教于11世纪传播到于阗，13世纪传播到库车，15世纪维吾尔族全部信仰伊斯兰教。
伊斯兰教初传中国的不同情形，对其后来在中国的发展带来了深远影响，从而形成了不同的区域特色。新疆地区，由于与政治权力的结合，形成全民信仰的景象。东南沿海，由于与大食商人的密切联系，因此与大食商人商业活动的消长息息相关，大食商人的聚居地，也就是伊斯兰教的落足处；大食商人生活所及地区，也就有穆斯林的点点遗迹；大食商人活动所及之外，则罕有伊斯兰教的迹象。
第二节 元时回回遍天下
有元一代，中亚、西亚诸穆斯林政权，遭到蒙古大军的扫荡。丧失政权的中亚、西亚各民族穆斯林，有一部分作为工匠、战士以及作为俘虏的平民，大量来华；随着中西交通的畅通，回回商人、教士、学者等不断东来。元世祖统一中国后，回回人也已遍及塞北、中原和江南。
一、元时回回遍天下
“元时回回遍天下”，蒙古人统治下的元朝，回回作为色目人而受到优待，回回大体上处于社会的中上层。据《元史·百官志》，元时有专门为回教人而设立的官职，更有专门为回教学术而设立的政府机构。其中专为回教学术而设立的政府机构有：
第一，回回司天监，专司观测天象推衍历法。
第二，广惠司，专司修制御用回回药物及和剂，用以治疗诸宿卫士及在京孤寒者；至元二十九年（1292年），另外设置大都回回药物院和上都回回药物院，执掌回回药物。
第三，回回炮手军匠上万户府。
第四，回回国子监学，延佑元年（1314年）置，“以掌亦思替非宫属归之”。
上述四种政府机构，都是侧重于应用的伊斯兰教学术。机构设立的根据，亦即回教人传入之西学。元时回教人所传入的西学多为应用技术，较少学理之介绍；之所以如此，原因可能是双向的，一方面是蒙元统治者对于其学理并不感兴趣，另一方面介绍者也只是具有一技之长的专业技术人员而已。此时回教传入的所谓“西学”有四种：一是天文历算学；二是药物学；三是造炮学；四是语言文字学。
另外，元时回教人在科举、服官、荫叙、刑律及私有兵马等方面，均享有较为优厚的待遇。由于拥有上述这些特权和待遇，所以元代回回自西域东来，不分此疆彼界，散居中国内地各重要城市，正如许有壬《至正集》卷五三《西域使者哈只哈心碑》谓：“我元始征西北诸国，西域最先内附，故其国人柄用尤多。大贾擅水陆利，天下名城巨邑必居其津要，专其膏腴。”此时的回回人不是作为外国人而侨居中国，而是与蒙古人一道作为中国的统治者而居住中国，并与蒙古人一样以中原为家。如元人周密《癸辛杂识》续集上说，“今回回皆以中原为家，江南尤多”。关于色目人以中原为家的记载，还可见于王礼《麟原集》卷六《义塚记》：“唯我皇元，肇基龙朔，创业垂统之际，西域与有劳也。洎于世祖皇帝，四海为家，声教渐被，无此疆彼界；朔南名利之相往来，适千里者如在户庭，之万里者如出邻家。于是西域之仕于中朝，学于南夏，乐江湖而忘乡国者众矣。岁久家成，日暮途远，尚何屑屑首丘之义乎？”由此可见，元代西域来华的回回人，因为协助蒙古人统一中原而进入中国，所以蒙元建国以后，主要是回回人的色目人和蒙古人一道成为中国的主人，借着蒙古人政治与军事的力量，回回人在中国“大分散、小集中”的全国性居住格局终于形成。
二、“三掌教制”形成
随着穆斯林人数的增多和地位的改变，伊斯兰教成为元代上流社会的一种信仰，其宗教活动与国家政权的联系更加密切。伴随这一变化，元时的伊斯兰教制度也发生了新的变化，由唐宋时期的“番坊制”，进而发展成为较为完善的“三掌教制”。根据作于元至正九年（1349年）的吴鉴《清净寺记》，约有下面几种宗教职务：
第一，“摄思廉”，《清净寺记》谓“犹华言‘主教’也”。即“谢赫·伊斯兰”的简称，是阿拉伯文“”的音译，意为“伊斯兰教长老”。由于回回人是国家的上等公民，所以政府在各大城市都任命了一位“伊斯兰教长老”，作为穆斯林宗教问题或宗教事务方面名义上的领袖，以服务并指导穆斯林大众的宗教生活。当时，“中国每一城市都设有谢赫·伊斯兰，总管穆斯林的事务”。
第二，“益绵”，“犹言住持也”。是阿拉伯文“”（“伊玛目”）的音译，即清真寺教长。此时的教长由穆斯林大众选举。
第三，“哈悌卜”，是阿拉伯文“”的音译，今译“海推布”，协助教长举行宗教活动，如主麻日面向大众高念“呼图白”（演讲词），宣讲教义、教法。旧译“协教”、“襄教”，又称“二掌教”。
第四，“谟阿津”，《清净寺记》谓“谟阿津犹言‘唱拜者’也”。“谟阿津”是阿拉伯文“”的音译，今译“穆安津”，意译为宣礼员、唤礼员，又称“三掌教”。主要职责是每天按时登上“邦克楼”诵念“唤礼词”，召唤穆斯林前来礼拜。
第五，“没塔完里”，《清净寺记》谓“犹言‘都寺’也”。“没塔完里”是阿拉伯文“”的音译，意为“保管人”、“监护人”，职责是管理清真寺财产与一般寺务。
上述可见，“三掌教制”在元代是一个完整的宗教教务体系。理论上，“摄思廉”（伊斯兰教长老）作为“益绵”（教长）之上的宗教教义方面的阐释者和宗教教法方面的说明者，负责一个城市的伊斯兰教信仰问题，“摄思廉”更多的是关注涉及伊斯兰教义与教法的重大的现实问题与理论问题。“益绵”负责一个清真寺的具体宗教事务，为前来该寺礼拜的穆斯林大众提供各种有关宗教生活方面的服务，由“益绵”、“哈悌卜”和“谟阿津”构成“三掌教制”的核心。“没塔完里”是负责处理有关清真寺的非宗教事务的，是“三掌教制”的经济基础；“摄思廉”是“三掌教制”的宗教领袖和精神支柱，更是其拥有合法性和合宗教性的根据。从唐宋的“番坊制”到元之“三掌教制”，是伊斯兰教在中国发生新的变化的标志，即伊斯兰教由中国化外的外来宗教，转而成为中国社会内部所信奉的一种“本土化”宗教。
元代的“哈的”（）制度，更是穆斯林地位的集中反映。元代为了处理涉及回回人的事务，在中央有“回回掌教哈的所”，负责掌教念经、为国家和大汗祈福、行使独立的司法权；在地方，“中国每一城市都设有谢赫·伊斯兰，总管穆斯林的事务。另有法官一人，处理他们之间的诉讼案件”。这是元顺帝至正六年（1346年）时来华旅游的伊本·白图泰的见闻录。《元史》卷二十四：仁宗于至大四年（1311年）四月登极伊始，即下令：“罢回回哈的司属。”次年十二月颁旨：“敕回回哈的所如旧祈福。凡词讼悉归有司，仍拘还先降敕书。”泰定帝致和元年（1328年）八月降旨：“罢回回掌教哈的所。”另据《元史》卷一〇二《刑法志》：“诸哈的大师，止令掌教念经，回回人应有刑名、户籍、钱粮、词讼，并从有司问之。”元代回回掌教“哈的”率众是为非穆斯林的蒙古族帝王祈祷，并颂扬其文治武功等德政。元代掌教哈的所“为国祈福”的宗教实践活动，开启明清之际中国穆斯林学者“二元忠诚”思想的先河。即在非伊斯兰国家的穆斯林，既要忠于安拉，又要忠于君王；君王代主宣化，管理天下，不忠君即为背主。只有既忠于安拉，又忠于君王，才是伊斯兰正道。
有元一代，回回足迹遍华夏。回回人与中国人的接触范围更加广大，接触程度更加深入。“三掌教制”的形成，是伊斯兰教实现中国化的重要阶段。元末明初，基于共同的信仰和共同的生活习俗，以伊斯兰教为纽带形成了回回民族，即今天的回族。回回民族的形成，使得伊斯兰教在中国内地如同在新疆地区一样，有了坚实的民族基础，是东来中国的穆斯林注重宗教践履而轻视宗教理论宣传的结果之一。回回民族作为中华民族的一分子，如何处理与居于社会主导地位的汉民族的关系，以及与非穆斯林统治者的关系；回回民族作为穆斯林，如何处理与已经扎根中国的佛教和中国原有宗教的关系，是其生存和发展的基础。即作为一个新的宗教民族，回族要处理好四大关系：其一，是与执政的非穆斯林统治者之间的政治关系；其二，是与以汉族为主体的传统社会的民族之间的民族关系；其三，是与国内其他宗教之间的宗教关系；其四是与居于社会思想正统地位的传统儒家文化之间的文化关系。
第三节 明清“回回教”与“清真教”
伊斯兰教传入中国后，历经唐宋元，称谓问题一直处于变动之中，迄无定名。如“大食法”（唐《经行记》）、“大食教度”（宋《诸蕃志》），元代“回鹘”、“回纥”、“回回”概念演进至以回回称呼穆斯林，故明初称“回回教门”（《瀛涯胜览》），并“回回教”、“天方教”、“清真教”之称，明末清初称为“清真教”。元时自中亚东来的穆斯林，迄于明代，散居中国已经一个世纪。大明王朝以“驱逐胡虏，恢复中华”之民族主义旗帜为号召而立国，并以“中国居内，以割夷狄；夷狄居外，以奉中国”（《皇明通记》卷二）为宗旨，所以明太祖朱元璋对于回回仍有歧视性规定。如洪武元年（1368年）颁布诏书，“复衣冠如唐制”，禁止辫发、椎髻、胡服、胡语、胡姓；继之严禁色目人本类自相嫁娶，强制变胡姓为汉姓。《明律》规定：“凡蒙古色目人，听与中国人为婚姻，不许本类自相嫁娶。违者，杖八十，男女入官为奴。”其注云：“胡元入主中国，其种族散处天下者，难以遽绝，故凡蒙古及色目人，听与中国之人相嫁娶，为婚姻。……夫本类嫁娶有禁者，恐其种类日滋也。”明初推行重农政策，实行严厉的海禁，限制外族内迁，这一切对于擅长商贸的穆斯林无疑是雪上加霜。明代作为单一民族中央集权制度，其对于少数民族政策，一面是限制，一面是“防闲”。
一、回回民族的诞生
伊斯兰教在明朝继续发展，明初有“十大回回保国”之佳话，后来山东、云南等地的一些穆斯林聚居区，就是这些军人征战、驻防、屯垦与经营而发展起来的。另外，明前期鼓励陆路与西域交通，西域穆斯林又一次大规模入附中原。如永乐年间（1403～1424年），改变西域贡使三年、五年一贡的限制性政策，按距中原远近“或比年，或间一岁，或三岁，辄入贡”（《明史》卷三三二“西域四”），并在赋税、安全、住宿、贸易等方面提供优惠待遇，西域与内地的交往大大增加。如正统四年（1439年），入贡京师的商人“不下千数”。主要是基于上述原因，始于元代的伊斯兰教在中国内地的大范围传播活动，在明朝前期又继续地如元代一样被动地传播了200年。这是伊斯兰教在中国传播的主要特点。明朝前期穆斯林继续向“大分散、小集中”的全国性居住格局发展，原因如下：
第一，随穆斯林文臣武将的为官、驻防、屯垦而发展起来的农村。
第二，中亚和中国西北边疆地区的穆斯林，或因政治原因，或因经济原因而继续频繁内迁；如正统元年（1436年），政府数次将甘州、肃州、凉州等地的几批穆斯林迁往江南、陕西、山东、河北、河南等所谓“腹里”安插，以防其同类“勾引接连”。
第三，随着回回整体政治地位的下降，以及“海禁”政策的影响，擅长商业贸易的穆斯林被迫由通商口岸与中心城市向中小城市和乡镇农村流动。
明代，除形成回族外，从13世纪至17世纪，我国的撒拉族、东乡族、保安族等也相继接受了伊斯兰教。由此而成为内地信奉伊斯兰教的四个新兴穆斯林民族。
自唐宋时期初次传入，特别是元时的大规模传入到明中叶，伊斯兰教在中国形成两大特点：一是“大分散，小集中”的分布格局；二是民族宗教一体，即宗教以民族为物质基础，民族以宗教为精神旨归，宗教与民族一体化，形成所谓“民族宗教”和“宗教民族”。
明代的伊斯兰教与穆斯林，进一步适应中国传统文化，采取认同、接受等方式，尽可能吸收和改变自己，以适应新的政治与社会环境。首先，明代的穆斯林表现出强烈的“慕义来朝”倾向，愿意接受中国文化。如明嘉靖二年（1523年），宣化清真南寺《重修礼拜寺记》说：“凡有血气者靡不倾心向化，慕中国而杂居于其间，不可枚举也。”明隆庆六年（1572年），易州清真寺《住持题名碑记》谓，东来的穆斯林“继圣传流，向化于中国”，表达出对中国的热爱和向往之情。其次，是对中国传统文化的学习与接受。如元末明初著名回族诗人丁鹤年（1335～1424年），幼年时就推辞荫叙袭官而立志“奋身为儒生”，十七岁时精通《诗》、《书》和“三礼”，一生行事严格以儒家伦理要求自己，元亡时，33岁的他正当人生壮年，却甘愿做元朝的一个“草泽遗民”而“偷生江南”，但求“只留清气在人间”。他主张做人“毋忘孝与忠”，被誉为“忠孝诗人”。时人乌斯道曾撰《丁孝子传》和《丁孝子诗》，丁鹤年既是著名诗人，又是有名的孝子。再如嘉靖七年（1528年）的济南清真南大寺《来复铭》碑刻，由该寺掌教陈思撰写，以“无极太极，两仪五行，元于无声，始于无形”来描述生命之初始（“来”），表现出很深的理学功底，以至于有人认为“宋人理学由回教蜕化而出”，国学大师章太炎甚至也发出“张子（指张载——原引者注）或许是从回教求得的”感慨。最后是从理论上接受中国传统的政治伦理文化，特别是忠君报国和忠君孝亲的观念，并在实践中加以遵行。如上述丁鹤年甘愿做元朝的一个“草泽遗民”以及清初米喇印、丁国栋的“反清复明”起义等，都表现出对中央政权的忠诚和报效之心。忠君和孝亲，是中国传统社会伦理的核心。伊斯兰教也强调孝敬父母并服从主事人，所以与儒家的忠孝思想顺利“接轨”，没有任何排斥。后来忠孝观念进一步与对安拉的崇拜结合，如天启二年（1622年），大同清真大寺《重修礼拜寺记》称伊斯兰教的“念功”为“敬天忠君孝亲，务践其实”⑤，开始引入儒家伦理思想，并加以会通。《圣训》“爱国是伊玛尼的一部分”，在中国与忠君观念融合为一，成为中国穆斯林报效祖国、建设祖国的经典依据。清真寺里也供起了皇帝的圣旨，以及在祈祷中加入“祝延圣寿”的内容。如“上祝皇王寿万年，下祷黎民期难老”成为穆斯林碑刻与祝祷的常用语。早在元代，中央一级的机构“回回哈的所”就有为国祈福的职责，亦即代表全国穆斯林为蒙元皇帝祈福。明朝的一个显著变化是，虽然中央一级没有专设的回回管理机构，但敕赐礼拜寺的修建、修缮，需由礼部行文；其掌教住持的任命，要报呈礼部并由礼部发给札副冠带，以“俾专焚修，祝延圣寿”。
作为中国人一分子的明朝穆斯林，随着在全国范围内由大中城市、主要商业中心向中小城镇和农村的移动，最后形成“大分散，小集中”的居住格局，以及社会政治经济地位的变迁，其生活方式逐步由商业经营为主过渡到以农业经济为主、商业经营为辅，即由游牧商业经济形态向定居的农业经济形态转变，逐步与土地结合，以适应中国“以农为本”的基本国情。伴随这一改变，曾经活跃于中国和阿拉伯之间的国际贸易领域、富甲一方、风光无限的回回巨商大贾们也逐渐蜕变为走街串巷的小商小贩。伊斯兰教作为一种宗教信仰，自然地转变为依附于土地的农业经济方式下的若干民族所共同遵守的生活习俗和伦理规范。这是因为迄今为止伊斯兰教在中国尚未达到自觉传播的阶段，仅仅是一个附属物和一种伴生现象。
明清之际，伊斯兰教苏非主义在中国的影响日益增加。清初百年，历经顺治、康熙、雍正三代及乾隆前期，清廷认为伊斯兰教“乃其先代留遗，家风土俗”，虽允许其存在，但却相当鄙视，谓其“原一无所取”。有清一代，满族统治者对于各族穆斯林的政策，渐由民族和宗教的歧视发展为政治与军事的迫害，对于敢于反抗的穆斯林则进行残酷的屠杀和镇压，实行高压为主、怀柔为辅的铁血政策。这一时期，伊斯兰教在中国有了如下新变化：第一，伊斯兰教首次成为中国境内10个民族所共同信仰的民族宗教，密切影响着这10个民族的经济、政治、文化和社会生活，对于这10个民族的民族进步与社会发展，举足轻重。第二，随着伊斯兰教对于中国传统文化的进一步吸收和融合，中国伊斯兰宗教教育制度的兴起，以及汉文译著活动的展开，具有鲜明中国特色的伊斯兰教哲学（即中国伊斯兰教哲学）应运而生。第三，适应中国穆斯林“大分散，小集中”的民族区域居住特色，以及中华民族总的民族区域分布和自然地理特点，顺应中国国内社会经济发展不平衡的总状况，伊斯兰教在中国呈现出突出的民族特色和区域特色。民族特色即明显地表现为两大民族系统：以维吾尔族为代表的突厥语诸民族系统和以回族为代表的汉语诸民族系统；区域特色，要而言之即呈现出新疆、西北和内地三个明显不同的文化区域。
二、经堂教育的勃兴
16世纪中叶兴起于陕西渭城的经堂教育又称寺院教育或回文大学，是中国伊斯兰教的一种宗教教育制度。经堂教育一般是在清真寺内进行，由对伊斯兰教经典有一定研究的教长（伊玛目）担任教师，学生都是穆斯林弟子，经堂教育旨在传授伊斯兰教一般知识和培养穆斯林宗教生活所需要的接班人。
回回等族伊斯兰教的经堂教育，一般认为其倡兴者为明嘉靖、万历年间陕西咸阳渭城人胡登洲（1522～1597年）。渭城位于关中的西端，东距长安（今西安）不及百里，北邻泾阳，南襟渭水，是西出关中的要道，也是中原和西域客商云集之地。至明中叶，关中经济得到恢复和发展，农业、制茶业、皮毛业、土产购销等获得一定程度的发展，穆斯林以农为主、农商结合的经济与之相适应，获得适度发展。胡登洲，字明普，幼习儒书，长受伊斯兰教育，并拜来华的阿拉伯伊斯兰教经师“缠头叟”为师，学习有关伊斯兰教的天人性命之学。由于目睹当时伊斯兰教“经文匮乏，学人寥落，既传译之不明，复阐扬之无自”的现状，胡登洲“遂慨然以发明正道为己任”，最先在家里设馆授徒，并且设法给学生提供生活费：或者自己供给学生生活，或者让学生半工半读。这种类似私塾式的教育活动，便是后来经堂教育的开端。随着经堂教育的普遍展开，伊斯兰教知识得以在中国穆斯林中广泛传播。
经堂教育包括小学、中学和大学，小学是专为少年儿童开设的入门班；中学是专为成年人开设的补习班或扫盲班；大学是专为培养伊斯兰教接班人阿訇而设，学生称为“海里凡”或“满剌”，是经堂教育的主要形式。三者之间不是一种连贯的教育体制，学习期限也没有严格规定。就是较为系统的大学，只要学生学完必修经典、具备必要的宗教知识和独立宣讲教义的能力，就可以毕业。毕业典礼是由教坊经师和教众为其举行“穿衣”或“挂幛”仪式。“穿衣”包括：精工绣制的礼拜帽一顶，“戴斯塔儿”（缠头巾）一条，绿呢大衣一件，大衣的前胸和后襟均用金色丝线绣有阿拉伯文“都阿”；由经师、阿訇或有威望的“乡老”为毕业的学生穿戴，接着由毕业生代表做关于《古兰经》和《圣训》的演讲。此后，“海里凡”即成为“穿衣阿訇”，具备了担任阿訇的资格。毕业典礼后，亲友咸来道贺。南方盛行“穿衣”，北方习惯“挂幛”。“挂幛”即在一块锦帛上书写毕业生的姓名、学历及师承关系，类似文凭，可以悬挂，故名。因为是用锦帛书写，又称“锦幛”。
经堂教育的主要课程，一般称为“十三本经”（或“十四本经”）。主要包括《古兰经》、《圣训》及《〈古兰经〉注释》，以及认主学（教义学）、教法学和阿拉伯语法与修辞学，还有宗教哲学、文学等著作。经堂教育课本多是阿拉伯文和波斯文原文，主要也是由于经堂教学的实际需要，产生了“经堂语”和“小儿锦”。
自胡登洲到现在，三四百年间，寺院教育的主要课程不外乎教法和宗教哲学。课本，或用阿拉伯文，或用波斯文。现在回教寺院教育普遍有“十四本经”之说。这十四种经籍，并不是每一个经学生必须完全学习的，也不是于这十四种以外，不准学别的东西。这不过是寺院教育中的主要课程罢了。
“经堂语”是阿拉伯文、波斯文词汇的汉文音译与汉文词汇共同构成的一种混合语言，在使用汉语作为生活与交际语言的回族穆斯林经堂教育中流行。如“朝汉志”，其中“朝”是汉文，为动词；“汉志”则是阿拉伯文朝觐的音译。“朝汉志”意为朝觐。
“小儿锦”是一种使用阿拉伯文字母拼写汉语的一种汉语拼音文字，并包含有阿拉伯语、波斯语语汇，有时也夹杂一两个汉字。云南穆斯林称此为“别字经”。“小儿锦”亦称“消经”、“小经”，所谓“消经”即将所学经典消化理解之意。在新疆地区，是将仅有辅音的阿拉伯语经文加上标注元音的符号，这种标注元音符号的《古兰经》等经典，称为“消经”；在甘青宁地区，是将所学经文用阿拉伯字母拼译成汉语作为课后复习时的参考，这种办法称为“消一消”。所谓“小经”，是与《古兰经》等经典相对而言，阿拉伯文原文经典称为“大经”，而把用阿拉伯文字母拼写、按汉语发音的经典称为“小经”。“小儿锦”适应了使用汉语作为生活与交际语言（而非书面语言）的广大北方（包括西北）地区回族穆斯林的语言状况，在经堂教育中广为流行。
第四节 中国伊斯兰文化
明清之际的伊斯兰文化，集中表现为经堂教育的勃兴、汉文译著活动的展开以及一大批“学通四教”、“经汉两通”的中国伊斯兰学者的涌现。明清之际伊斯兰文化的勃兴，主要有两个原因：其一是穆斯林内部新生代宗教知识的普遍匮乏，在穆斯林内部产生了一种迫切希望了解民族宗教信仰的现实需要；其二是由于居于中国社会主导地位的汉语知识阶层的日益增加的误解与曲解，迫使穆斯林知识分子中的先进者（内地主要是回族学者）挺身而出，著书立说，阐发伊斯兰教教旨、弘扬伊斯兰文化。
经堂教育基本上是对内的，是一种内部的宗教教育制度，从满足内地回族等族的广大穆斯林基本宗教生活需要出发，较好地顺应了伊斯兰教中国化的历史进程。宗教学术活动，则兼有对内传播宗教知识与对外交流宗教文化两个基本功能，由于学术研究的个体特性和局限于知识阶层，所以其范围受到限制。加之这种宗教学术活动主要表现为汉文译著，以汉文作为书面语和学术语言，成为广大穆斯林接受时的一个巨大障碍，首先使得客观上不能阅读汉文（或汉文程度不高）者望而却步；其次是主观心理上拒绝汉文这种非经典文字者，不仅会加以拒绝，而且会加以反对。所以伊斯兰汉文译著活动，一面是曲高而和者寡，一面是在与回族等族穆斯林大众宗教心理的沟通方面尚有一定距离，因此汉文译著活动虽然一时间形成“星星之火”的繁荣局面，但三百年逝去了，“燎原之势”尚未到来。
经堂教育实际上是满足了作为宗教信仰者宗教信仰生存的基本需要，并且采取穆斯林喜闻乐见的形式，如主要使用阿拉伯语、波斯语等经典语言来进行书面教学，汉语成为生活、交际语言与学习工具，满足了穆斯林的社会心理与宗教心理，所以成为穆斯林社会广为接受、支持和嘉许的宗教教育活动。明清鼎革之际兴起的伊斯兰汉文译著活动，顺应了当时回族系统的穆斯林先进学者探讨民族宗教进一步发展的需求，获得了一定程度的发展，但并不能单独完成中国伊斯兰教近代化和现代化的转变，只是为此一转变奠定了一个基础。
一、经堂教育学派
康熙五十七年（1718年）韩城县贾毓麟所撰之《建修胡太师祖佳城记》谓，“维吾教之流于中国者，远处东极，经文匮乏，学人寥落，既传译之不明，复阐扬之无自。天运循环，无往不复，而有明嘉靖元年（1522年）我胡太师祖出焉。师祖讳登洲，字明普，世籍渭滨，幼肄儒业，长随同乡高师祖习受本教之学，聆其大略，而于经文教典之义，天人性命之理，无不豁然尽解矣。遂慨然以发明正道为己任，远近负笈来学者，师祖悉为供给，乐为教育”。胡登洲（1522～1597年）率先改革口头传授教义的传统方法，在陕西地区清真寺内招收学员，讲经授业，开中国伊斯兰教寺院经堂教育之先河。经四代掌门人传授，授徒数百人，百年后所造就之人才多若繁星。著名弟子有冯二阿訇和海巴巴。不属于胡登洲传授系统的著名经师有王龙、黑云南和刘长清，他们和周老爷同时，都在陕西讲学，学问与弟子方面和周老爷不相伯仲，当时曾有歌谣说：“王一角，周半边，黑云上来遮满天。”还有歌谣：“周一点，刘一片，黑云上来遮满天。”
由于经堂教育是自发地在全国各地开展，没有统一教材，也没有统一标准，全靠教师的个人努力和师传特色。所以很快以地域为特点，因教学内容和教学特点的不同而形成的中国伊斯兰教经堂教育学派应运而生，主要学派有：
一是陕西学派，以胡登洲（1522～1597年）及其初传弟子为代表。该派注重讲授“认主学”（“尔噶一德”即伊斯兰教义学），多采用阿拉伯文课本，主张讲解经文“精而专”，影响及于西北、河南和安徽。胡登洲对于正心诚意、穷理尽性之学，十分重视。弟子“冯二巴巴”著有《米萨依德·纳直》，是用阿拉伯文撰写的问答体教义学著述。
二是山东学派，以常志美（约1610～1670年）、李永寿（延龄）为代表。常、李二人均为济宁人，幼时二人同读儒书，及长又同习伊斯兰教经典。先师从胡登洲四传弟子马真吾，后师从其三传弟子张少山。常侧重于《纳哈瓦》（语法学）和《白亚尼》（修辞学），李侧重于《费格哈》（教法学）。著名经师舍起灵、伍遵契、马鸣皋、米万济、马伯良等，均出其门下。山东学派擅长《古兰经》注疏和波斯文经典，主张“精而熟”，阿拉伯文和波斯文课本兼授，传播于华北及东北地区。常志美编著的波斯文法《海瓦依·米诺哈吉》享誉“西域天方诸国”。弟子舍起灵（字蕴善）译《醒迷录》，由蕴善口授、弟子赵灿撰写《经学系传谱》；米万济著《教款微论》，马伯良著《教款捷要》；伍遵契著《修真蒙引》，合译《归真要道》（《米尔萨德》）；再传弟子常杰著《舍凡雷哈凡拉一都》一册，并曾手抄《波阿字典》三册。
三是金陵学派，以王岱舆（约1584～1670年）、刘智（约1655～1745年）为代表，汉文化造诣较高，学通“四教”（儒、释、道和伊斯兰教），以汉文注释伊斯兰教经学，其汉文译著被称做“汉凯塔卜”（即汉文经典）。
四是云南学派，以马注（1640～1711年）、马德新（1794～1874年）、马联元（1841～1903年）为代表，长于阿拉伯文、波斯文经典，兼有陕西、山东两学派的特点。既直接获得北方经堂教育的传承，又形成于深受儒家文化影响的南方（云南）地区，故兼有北方经学与南方汉文译著两大学术特色。
经堂教育自16世纪中叶肇始于陕西渭城，经历明清两代三百余年的历史嬗变，不仅顺利完成伊斯兰教中国化的历史进程，而且还为我国穆斯林民族培养了一代又一代“经汉两通”的宗教人才，促进了穆斯林民族的文化教育。庞士谦谓，自“果园哈只”马万福（1849～1934年）20世纪初提出“尊经革俗”以来，“旧式所用之课本，渐渐亦有变动，除原有课本外，又增添《麦勒格》（教法经），《伊尔沙德》（教法及宗教道德），《麦克土布》（教法及宗教道德），《托里格台》（宗教道德），甚至于讲授《》沙米（为教法中最大者）等，大致乃趋重于教法及宗教道德的一类书。此乃由深研认主学而变为深研教法学的一个时期。”这是使用汉语的西北穆斯林经堂教育的情形，至于广大的东部穆斯林，如北京、山西、河南、山东、上海、四川和云南等地，均由单纯的“回文大学”改为“中阿兼受”（即增加了汉语言文化课程）。庞士谦谓，“于是旧日所用之阿文课程及课本，又为之一变。除教授中文功课而外，而又使阿文教授方法现代法，多有编定课程标准，采用埃及最新教本者矣。”
二、汉文译著的涌现
16世纪末至19世纪末，明清300年间的伊斯兰汉文译著活动，要而言之，分为两个阶段。第一阶段从王岱舆（约1570～1660年）、马注（1640～1711年）到刘智（约1660～约1730年）大约150年，第二阶段从马德新（1794～1874年）到马联元（1841～1895年）大约100年。汉文译著活动的第一阶段以南京、江苏为中心，译著的内容基本上限于宗教哲学和宗教典制以及伊斯兰教史与教法方面。第二阶段，译述和发表地域以云南为主，译著内容发展到阿拉伯语语法与修辞学以及天文、历法、地理和《古兰经》的汉译。
（一）汉文译著的区域与背景
汉文译著活动的展开是伊斯兰学术运动兴起的重要表现，明清之际，继北方兴起经堂教育运动之后，南方地区，先是以南京、苏州为中心出现了以王岱舆、刘智为代表的“汉学派”。其后，以云南为中心出现了以马注、马德新、马联元为代表的云南学派。汉文译著活动一般兴起于文化经济均较发达的中心城市，参与其间的译著者一般均具有较高的经（阿拉伯文、波斯文）汉文造诣，对于中国传统文化和阿拉伯伊斯兰文化均有较为深入系统的把握，大多数学者堪称学通“四教”，且重视使用汉文作为书面语言和学术语言来注释和翻译伊斯兰教经典，有大量被称做“汉凯塔卜”的汉文译著，个别学者也有阿拉伯文、波斯文伊斯兰教著述。汉文译著活动的目的：一是对于穆斯林内部，特别是那些深受汉语言文化影响的内地回族穆斯林，通过书面的形式来宣传伊斯兰教，改变过去那种“教义不彰，教理不讲”的状况，使那些穆斯林新生代在远离清真寺之时也能获得相关的伊斯兰教知识；二是对于广大的非穆斯林社会，特别是其中的知识阶层，介绍伊斯兰教、弘扬伊斯兰文化，旨在把伊斯兰教作为一种文化知识加以介绍，而非传教，俾使汉族士大夫认识到伊斯兰教与儒教“隔教不隔理”。前者顺应了时代的潮流和南方地区的社会与经济发展的一般状况，是传教思路（理念）上的重大变革，即通过汉语言文字这一学术文化主流传播媒介来宣传与介绍伊斯兰教，使得伊斯兰教由于与汉语言文字的紧密结合而获得了全新的生存空间和一定的独立性。就是说即使没有清真寺、没有伊玛目（阿訇或教长）、没有“卡的”（伊斯兰教法官），而只要有汉语言文字，伊斯兰教就有可能存在。当然，此时的伊斯兰教也就成为“伊斯兰教知识”、“伊斯兰教文化”等理论形态的存在，因为任何宗教一旦与其必要的宗教实践相脱离，则将蜕变成为一种“宗教知识”与“宗教理论”，而非完整意义上的宗教。
1536年的一份泉州《丁氏家谱》说，“回回已不懂《古兰经》的文义，也没有要求懂得的意思。”万历年间（1573～1619年），不少穆斯林对于《古兰经》能诵读而不解其义，更有学者主张“吾于经取其不译而已矣”，因为“禅经译而经杂，净经（指《古兰经》）不译而经不杂”，所以主张“多言释道，不如冥冥”。苏州阿訇周士骐欲译经并注释，其表兄张君时（著作有《四篇要道》）表示译经典不易，而且非有名师去做不可，否则不但不会被大众接受，而且还会遭人物议。清初对于使用汉文著述，人们仍心存疑虑，“非乐于令人习学汉文，而不习经文，万勿以此自限，以阻学经之念”。另外，由于对于伊斯兰教的隔阂，知识界产生了许多误解和成见。一代大师顾炎武（1613～1682年）《日知录》谓：“天子无故不杀牛。而今之回子终日杀牛为膳。宜先禁此，则夷风可以渐革。唐时赦文，每曰十恶五逆、火光行劫、持刃杀人、官典犯脏、屠牛铸钱、合造毒药，不在原赦之限，可见古法以屠牛为重也。”
（二）汉文译著的成就与宗旨
面对上述理论与现实的困境，王岱舆著《正教真诠》（1642年刊行）、《清真大学》，一面试图“真实地诠释正教”（伊斯兰教），一面企图构建中国伊斯兰教义学——“真一哲学”（即“认一论”、“讨赫德学”），开始了“以回道包儒道”（金世和“《清真大学》序”）和“以儒诠经”的伟大学术创举。马注约在康熙二十二年（1683年）撰成《清真指南》一卷，欲呈朝廷以求御览。旨在全面介绍伊斯兰教，“上穷造化，中尽修身，末言后世”，内容涉及伊斯兰教历史、教义、教法、哲学、天文、传说等。刘智著译《天方性理》（约1704年）、《天方典礼》（1710年）、《天方至圣实录》（1778年），并于乾隆四十七年（1782年）进呈，其中《天方典礼》被收入《四库全书总目》子部杂家类存目。“《典礼》者明教之书也，《性理》者明道之书也，今复著《至圣录》以明教道渊源之自出而示天下，以证[教]道之全体也”（刘智：“《天方至圣实录》著书述”）。即《典礼》旨在阐明伊斯兰教基本信仰和礼仪，《性理》旨在说明伊斯兰教的基本教义和哲理，《至圣录》旨在阐述伊斯兰教及其哲理之渊源。《天方性理》“首言大世界理象显著之序，以及天地人物各具之功能与其变化生死之故；次言小世界身性显著之序，以及身心性命所藏之用与其圣凡善恶之由；末章总合大小世界分合之妙理、浑合之精义而归竟于一身”（刘智：“《天方性理》序”）。刘智通过《天方性理》成为中国伊斯兰哲学的集大成者，体系完备、义理精深的中国伊斯兰哲学（以“认一论”为核心），由是而建立。至此，经堂教育使得伊斯兰教的寺院教育实现了中国化，穆斯林的汉文译著（尤其是《清真大学》和《天方性理》）使得伊斯兰教在义理方面实现中国化。
（三）宗教经典的语言
此时穆斯林学者处于十分为难的境地：一方面为许多穆斯林“幼而失学”不懂教门的现状焦虑，另一方面又担心由于学习汉文伊斯兰教经典译著而可能妨碍人们的“学经之念”。这里其实有一个宗教经典的语言表述问题，因为《古兰经》曾明确地说，“我的确知道，他们说过：‘这只是一个凡人所传授的。’他们所倾向的那个人的语言是化外人〔的语言〕，而这〔部经典的语言〕是明白的阿拉伯语。”（16：103）“这《古兰经》确是全世界的主所启示的。那忠实的精神把它降示在你的心上，以便你警告众人，以明白的阿拉伯语。”（26：192～195）在阿拉伯伊斯兰帝国，阿拉伯语作为神圣经典《古兰经》的语言和统治者的语言，是国家宗教的语言和官方语言，取得了空前未有的权威地位和学术文化上的巨大成就，因而又成为学术语言和科学语言。然而，相对于阿拉伯伊斯兰文化来说，中国就是一个文化意义上的边缘。唐宋时期来华的大食商人也好，元时作为蒙古人的“西域亲军”而被迫东迁的、数以百万计的西域回回也罢，均未能使阿拉伯伊斯兰文化成为中国社会的中心文化和主导文化，伊斯兰教也从来没有成为中国居于统治地位的宗教，这与阿拉伯人到达波斯和埃及等地全然两样，可以说根本是完全不同。大食商人之东来是为了商业利润，元时回回之东迁则是出于国破家亡后的一种无奈。为了生存，宗教信仰成为他们所固守的精神家园。
如何解决经典的语言问题，首先应该是哈里发和教法说明官的职责，但是在没有政权的情形下，即没有哈里发、甚至也没有权威的教法学家的情形下，如何解决此类问题，一直是中国穆斯林心中的块垒。
综上所述，伊斯兰教自唐宋之初传至元明的普传，其信仰者经历了十分重大的身份变化：唐宋时期，东来的大食商人与“蕃客”，多系外籍侨民；元代开始，遍及华夏的回回已经是以“中原为家”了，无论是从国家政治层面、社会法律与制度层面，“回回”均非“化外之民”，早已是中华子民。明清以降开始的穆斯林汉文译著活动，特别是王岱舆和刘智的著作，成功地构建了“中国伊斯兰教义学”，也就是实现了伊斯兰教信仰的“中国化”。伊斯兰教在中国的“中国化”，表现为民族化、地方化；经堂教育为信仰的“中国化”提供了可能，汉文译著活动中“以儒诠经”的努力为“宗教义理”的“中国化”开辟了道路。与此同时，宗教制度（“蕃坊制”、“三掌教制”）与宗教派别的“中国化”，也从一个重要方面共同促进了“中国伊斯兰教”的诞生。