国有资本预算作为政府宏观调控的衍生手段，难以独立发挥作用。在处理国有资本预算和公共财政预算关系时，要始终以构建公共财政预算为主导的独立与统一相结合的政府预算体系为目标，把国有资本预算作为公共财政的附加预算。这既有利于维护政府预算的统一性，又能够保证国有资本发挥比保值增值更大的作用。
一、国有资本预算收入可用来弥补公共财政缺口
在公共财政为改革支付的成本中，一部分要用于支持国有企业改革。深化国资管理体制改革，是为了推进国有企业的全面改制，而国有企业全面改制必然加大公共财政支出。与此相适应，要通过正确处理国有资本预算与公共财政预算的关系，解决公共财政支出加大而形成的公共财政缺口弥补问题。
1.改革与发展的双重任务使公共财政缺口呈现加大态势
近年来的经济发展和财政体制改革，使政府税收收入持续快速增长，但政府同时面临着改革与发展的双重任务，其支出需求也在加速扩大，仅靠税收增长难以化解支出压力，公共财政缺口因而呈现加大态势。
第一，公共财政要承担改革成本。我国的经济体制改革一直是政府推动的，与此相对应，由此而产生的各项改革成本也责无旁贷地由政府承担，公共财政一直是改革成本的主要支付载体。以经济体制改革中的国有商业银行市场化为例，国有商业银行的每一步改革都伴随着公共财政的巨额成本支付，金融不良资产剥离，公共财政支付了成本，国有商业银行上市，公共财政还要再支付成本。公共财政为支持改革而支付的成本，有的是地方财政支出，有的是中央财政支出的。随着以经济体制为主导的单向改革转变为经济政治社会体制的全面改革，中国的改革进入了一个新的阶段，也进入一个攻坚阶段。在全面改革的攻坚阶段，需要支付的改革成本更大，公共财政需要继续为经济体制改革的深化支付成本，还要为政治体制改革、社会体制改革支付成本。与经济体制改革循序渐进分阶段支付成本相比，在全面改革的攻坚阶段，改革成本要求在几年内集中式的大额支付，公共财政面临更大的支付压力。需要强调的是，支付改革成本作为缓和改革所产生利益矛盾的补偿机制，具有较大的支出刚性，如果支付不到位，将会加大公共风险发生的可能性。
第二，公共财政要承担发展任务。中国的各项改革，是以不放松发展为前提的改革，虽然中国的经济发展模式已经由政府推动为主导逐步转变为以市场推动为主导，但政府作为公共产品的提供者，仍然要承担重要的发展任务。首先，政府要承担社会协调发展的任务。在改革开放的前二十年，中国一直按照非均衡发展的思路，强调以经济建设为中心，在取得了巨大成就的同时，也造成了许多方面公共产品的提供不足，影响了经济社会的协调发展。在今后相当长的时期内，公共财政要对偿还公共产品负债承担更大的责任，在推动新农村建设、改善自然环境、提高国防现代化水平等方面投入更大的财力，这些方面的支出在范围上涉及全局，在数额上需求量大，在时效上需要连续投入，这无疑是对公共财政支付能力的巨大挑战。其次，政府要满足人民群众全面发展的需要。构建和谐社会要求在经济发展的基础上不断满足人民群众日益增长的物质文化需要，财政要为全社会弱势群体提供相对更多的物质文化保障，要满足老龄化和社会保障逐渐覆盖广大农民而加大的社保要求。财政支出逐年加大，而且在某一阶段，支出加大的比例会远远超过收入增长幅度。
2.部分国有资本预算收入应该用于维持公共财政预算的平衡
按照预算管理的收支对应原则和经济体制改革的指导思想，国有资本预算收入的一部分应该用于弥补公共财政预算的缺口，维持公共预算的平衡。
第一，以部分国有资本预算收入弥补公共财政预算缺口符合收支对应原则。当前和将来一段时期，中国公共财政缺口在相当程度上是由于支付国有企业改革成本而产生的，而国有资本预算收入的很大一部分是国有资本变现收益，这部分收益来源于历史存量，以历史存量来弥补历史成本符合财政预算编制的收支对应原则，这部分国有资本预算收入理应用于弥补公共财政预算缺口。国有企业改革及其分离企业办社会职能，对于财力较好、非国有经济比重高的地区，不会形成较大的公共财政支出缺口；对于国有经济比重高、财力不好的中西部与东北地区，会形成较大的财政缺口。在地方财政层面，不仅存在着地区数额的差异，而且存在着财政缺口消化能力的巨大差异。在东部沿海的发达地区，这一公共财政缺口不会影响地区经济发展；在中西部地区，受财力制约，这一公共财政缺口会严重影响地区经济发展。在中央财政方面，虽然不需要为国有企业分离其社会职能支付更高成本，但是，中央财政要为全国国企的政策性破产而支付成本，为政治社会改革支付更大成本。一段时间内，中央财政为支持各项改革而加大的支付不会影响国家履行公共职能，但是，从长远看，仅依靠税收增长是弥补不了公共财政缺口的。当然，相比较而言，在中央政府级次的国有企业占用的国有资产额更多更大，可用于弥补公共财政缺口的国有资本额也应该更大。中央级次的国有资产管理机构应该按照5年或10年的预算，分阶段变现竞争性领域的部分国有资产，同时把资源性国有资产的大部分收益划归中央财政，用于弥补中央公共财政缺口。
第二，以部分国有资本预算收入弥补公共财政缺口符合市场化改革方向。市场取向的经济体制改革客观上要求市场在经济发展和资源配置中发挥基础性作用，国有资本除继续保持并加强在自然垄断行业、支柱产业和关系国计民生的重要产业中的主导地位，从而提高对国民经济的控制力之外，应该有计划、有步骤地从竞争领域中逐步退出，为民营经济的发展腾出空间。政府应该更加专注于为经济发展提供和谐的社会环境和有利的国际环境。这种改革的总体思路体现在公共财政预算和国有资本预算的关系上，一方面要通过把竞争性领域的国有资本进行变现的方式调整国有资本布局，变现收益作为国有资本预算收入；另一方面要把国有资本预算收入的一部分通过政府预算体系内的资金流通渠道转移到公共财政预算，从而最终完成国有资本从竞争性领域向公共产品领域的战略性转移。
二、国有资本预算应该成为公共财政预算的附加
公共财政职能，尤其是公共财政为包括国有企业在内的各项改革支付成本，决定了国有资本预算不能独立于公共财政预算之外。国有资本预算要服从公共财政预算，是公共财政预算的附加预算。
1.国有资本预算的收支数额要实现与公共财政缺口的对应
在明确了以国有资本预算收入的一部分来弥补公共财政预算缺口的思路之后，还需要进行定量化的制度安排，实现国有资本预算收支数额与公共财政预算缺口的对应。
第一，应确立主要用国有资本变现收益弥补公共财政预算缺口的指导原则。国有资本预算收入主要包括国有资本变现收入和国有资本经营收入两个部分，无论在制度安排中是否明确划分国有资本变现预算和国有资本经营预算，在实际操作中都有必要对两种不同来源的收入予以区别，其中国有资本变现收入应主要用来弥补公共财政预算缺口。
首先，国有资本变现收入具有稳定性。国有资本变现收入来源于对历史存量的变现，其可控制程度高，只要符合国家政策的相关规定，通过产权交易市场能够较为容易地取得变现收入，因而能够作为弥补公共财政缺口的稳定收入来源。其次，国有资本变现收入具有可预见性。国家可以根据国民经济布局调整的需要，制定国有资本从特定经济领域的退出规划，根据规划并参照国有资本存量规模、交易市场价格等因素，可以较为准确地估算出较长时期内国有资本变现产生的现金流量，从而使预算编制部门清楚地知道在未来一段时间内可用于弥补公共财政预算缺口的资金数量，便于实现预算的整体平衡。
反观国有资本经营收入，由于受市场环境和企业运营能力等多方面因素的限制，其收入的稳定性和可预见性较差，因而不适于用作弥补公共财政缺口的资金来源。由此可见，在国有资本预算的制度设计上，应该确立主要用国有资本变现收益弥补公共财政预算缺口的指导原则。
第二，应明确未来5～10年可用于弥补公共财政预算缺口的资金数额。国有资本预算既要考虑年度平衡，也要关注中长期平衡，其中国有资本中长期变现收益，主要以弥补公共财政缺口、社保基金缺口为支出导向。在国有资本预算编制中，应明确未来5年或10年用于弥补公共财政缺口的具体数额。在实际操作中，需要公共财政预算的编制和执行部门进行准确分析和预测，对中长期公共财政可能出现的缺口资金有一个较为科学的测评标准，确定应由国有资本变现支付的数额及进度，进而确定未来5年或10年应该实现变现的资金额度。当然，国有资本预算中的弥补公共财政缺口的数额，不一定完全对应全部财政缺口，只是确定可弥补多大比例的公共财政缺口，从而保证国有资本预算与公共财政预算的统一与平衡。
要实现对公共财政缺口资金的准确度量，需要有一个较为科学的量化指标。量化中对公共财政缺口问题要充分认识，既要考虑那些比较明显的，例如国企分离企业办社会职能带来的支出增加；还要考虑一些相对隐性的，例如县乡财政赤字、国有商业银行的金融风险等造成的预期公共财政缺口。必须充分考虑到防范潜在的突发性的公共财政风险问题，可以考虑利用国有资本中长期预算，拿出部分资金建立以防范公共财政风险为目标的储备性质的基金，以用于应对公共财政风险之需。
2.国有资本预算的上报形式应该作为公共财政预算的附加
建立以公共财政预算为主导的政府预算体系，体现在预算的上报形式上，就是公共财政预算与国有资本预算不是平行上报，而是把国有资本预算作为公共财政的附加预算上报人大。
第一，国有资本预算以公共财政预算附加的形式上报人大。国有资本预算必须纳入公共财政预算框架内，是政府宏观调控与构建和谐社会的要求。国有资本预算服务于并从属于公共财政预算，不仅表现为国有资本预算的最终目标要服务于公共财政预算的目标，而且表现为国有资本预算制度要依托现有的公共财政预算体系。国有资本预算从编制到审批及审批后执行，都不能独立于公共财政框架外。在公共财政预算体系下，国有资本预算由国资管理机构与财政部门共同编制后，可以保持其相对独立的特征，以公共财政预算附加预算的形式报送人大讨论，在立法机关经过修正与改进后，接受人大的审批，进而执行。这样既保证政府预算的完整性，又可以将国有资本预算和公共预算区别开来。可以说，国有资本以附加预算的形式向人大提交并审批，与逐渐建立统一的政府预算的目标是一致的。
第二，以编制国有资本预算为契机充实人大职能。从制度安排上来讲，人大是国家的最高权力机关，拥有预算的审批和监督权力。但是人大履行自身职责的能力需要有一个循序渐进的提高过程，编制国有资本预算为充实人大职能，提高人大的履责能力提供了契机。首先，编制国有资本预算要求人大调整机构设置。把国有资本预算作为公共财政预算的附加形式纳入政府预算体系，客观上要求加强国有资本预算与公共财政预算之间的协调，而由于在中国的行政机构设置上，国有资产管理部门与财政部门之间是平行关系，其协调难度较大，因此，可以考虑在人大设立一个超部门的协调机构，专职负责不同预算之间的协调，保证各预算部门之间的信息共享和资金流转顺畅，实现预算的整体动态平衡。其次，编制国有资本预算要求人大改进工作方式。根据西方国家的预算管理经验，权力机构在预算审批和监督过程中，要提高公众的参与程度，这一点在中国的预算管理中体现得并不到位。国有资产从法理上讲属于全体公民，在国有资本预算的审批和监督过程中，也要强调公民的参与。可以通过辩论制度、听证制度以及质询制度等制度安排提高人大的工作水平和公信度，实现真正意义的权力制衡与监督。