建立复式预算体系，是为了体现政府的不同职能，提高预算管理的科学程度，而不是人为地把政府预算分割为互不相关的独立板块。建立政府预算体系，应当首先构建公共财政预算、国有资本预算、社保基金预算为支柱的基本预算框架。在由三种预算组成的政府预算体系中，既要强调独立运行和分别管理，又要强调统筹规划和动态平衡。
一、三种预算统一与平衡的含义
坚持公共财政预算、国有资本预算、社保基金预算的统一与平衡，意味着在保持三种预算相对独立性的同时，又要通过系统化的制度安排，加强预算的协调与平衡，构建职能清晰、分工明确、沟通顺畅、运转协调的复式预算体系。
1.三种预算组成相对独立又相互统一的预算体系
作为政府预算体系的有机组成部分，三种预算既相对独立又相互统一，在保持独立性的前提下实现整体平衡。
第一，三种预算相对独立。中国的政府预算体系包括公共财政预算、国有资本预算和社保基金预算三个组成部分，与传统的单式预算相区别，在复式预算体系下，三种预算之间是相对独立的。三种预算在各自承担的预算职能、遵循的编制原则，运用的编制方法等等方面存在较大差异，实现三种预算的相对独立，有利于体现政府的双重职能，有利于提高预算管理的精细化程度，也有利于人大实现对预算的决策和监督。三种预算的相对独立性主要体现在两个方面，从形式上讲，国有资本预算和社保基金预算不再与公共财政预算混合编制，而是作为公共财政预算的附加预算上报人大；从平衡方式上讲，三种预算力求分别实现收支平衡，继而在此基础上实现整体平衡。
第二，三种预算相互统一。强调三种预算的相对独立性，并不是要把政府预算割裂为三个互不联系的组成部分，三种预算的相对独立，是在坚持相互统一前提下的相对独立。改革与发展的双重任务和复杂的国际环境客观上要求政府有所作为，承担起更大的责任，而有所作为的前提是建立强大统一的政府预算，机械地强调三种预算的独立性将会削弱政府的综合平衡能力，破坏财政的统一性。特别是在现阶段，三种预算各自所承担的职能并不是完全分离的，公共财政既要承接国有企业改制过程中所剥离的社会职能，也承担着弥补社保基金缺口的责任，这种职能的交叉构成了三种预算实现统一的现实基础。三种预算的相互统一主要体现在两个方面：从职能分工上讲，三种预算的编制执行过程都要强调财政部门的参与，而不是由相关部门独立编制和上报；从协调机制上讲，要建立三种预算的信息通道和对接科目，实现信息共享和整体平衡。
2.三种预算之间建立联系通道实现政府预算平衡
在复式预算的运行模式下，既要实现各种预算的分别平衡，又要保证政府预算的整体平衡，这就要求在三种预算之间建立信息通道和资金通道来实现信息共享和资金调剂。
第一，建立三种预算之间的信息通道。在三种预算的编制过程中，要强调多个部门的共同参与，预算编制的基础准备工作，面临着信息如何实现共享以及如何解决信息不对称的矛盾等问题，因此必须在三种预算之间构建通畅的信息通道，而且从长远看，应当使这一渠道制度化。考虑到参与预算编制过程中各部门之间的行政平行关系，一个部门并不必然承担向其他部门通报这些信息并保证信息真实性的义务。因此，较为妥当的做法是最好有一个超部门的机构进行调控，比如可以考虑在人大设立一个这样的协调机构，要求各预算参与部门及时报送信息，而后再送达有关政府部门。这一机构的设置，不仅可以保证信息在各部门之间的共享，还可以负责协调公共财政预算、国有资本预算和社保基金预算的一致和平衡。
第二，建立三种预算之间的资金通道。要实现三种预算的协调和统一，在建立便捷的信息流通渠道的同时，还需要建立顺畅的资金流通渠道。国有资本预算的建立，不仅要着眼于国有资产保值增值，而且要承接弥补改革成本的责任。这些改革成本包括：国企改制重组向地方政府卸交所承担的社会职能从而给地方财政增加的支出；国企破产、改制和主辅分离等都将一部分失业职工推向社会，各级社保基金压力加大；积极财政政策淡出后国债还本付息的负担和风险；中央财政为弱化国有商业银行金融风险必须支付的成本等等。这些改革成本都与国企改革有着密切关系，最终要表现为公共财政预算和社保基金预算潜在和现实的缺口，需要通过国有资本预算划拨来实现三种预算的统一平衡。预算之间要设置相应的对接科目，通过资金的相互流动和调剂来保持平衡。
二、公共财政预算应该在政府预算体系中处于主导地位
公共财政预算、国有资本预算和社保基金预算共同作为政府预算的组成部分，但三者在政府预算体系中的地位和作用是不同的，公共财政预算应该居于主导地位。
1.公共财政预算维系着国家机器运转及国防安全
国家机器运转和国防安全是政府履行职能的前提和基础，离开了国家机器运转和国防安全，国家的国有资本管理职能和社会保障职能就会因为失去根基而弱化及至消亡。特别是在经济社会全面改革、国际形势风云变幻的内外背景下，国家机器的高效运转和国防实力的迅速增强更是民生安定、国本稳固的根本保证。公共财政维系着国家机器运转和国防安全。
第一，公共财政预算资金的充裕供应是国家机器运转和国防安全的基石。充实国家机器、提高国防实力都要以加大资金投入为前提，由于国家政权建设和国防建设都属于公共投资领域，其资金需求也只能由公共财政预算来满足，公共财政资金的充裕程度直接决定着国家政权建设和国防建设的水平。
第二，公共财政预算体系的高效运行对于提高国家机器运转效率和国防建设质量具有重要意义。公共财政预算作为配置公共资源的主要渠道，其运行效率决定了公共资源的配置效率。以规范的决策程序、完善的监督体系、顺畅的收支渠道和科学的评价机制为主要特征的现代公共财政预算可以有效地避免公共资源的错误配置和粗放利用，使有限的财政资金真正用于加强国家机器和国防建设的薄弱环节和关键环节，从而提高国家机器运转效率和国防建设质量。
2.公共财政预算主导着政府社会职能的履行
三种预算分离的基础是政府职能的多重性，其中公共财政预算体现了政府的社会管理职能，国有资本预算则主要体现了政府的经济职能。社会管理职能是政府的核心职能。
第一，从政府职能演变的历史渊源来看，以西方为代表的现代国家政府最初秉承“廉价政府”的执政理念，把政府的职能范围压缩到最低限度，当时的政府职能只包括抵御外国侵略、维护社会秩序和建设必要的公共工程三个方面，这三个方面都属于政府的社会管理职能，是政府职能的初始形式，也是政府职能的核心部分，而政府的经济职能则是随着国家经济生活的日益复杂，客观上要求政府进行宏观调控而产生的，它属于政府的衍生职能，与社会管理职能相比，应该居于次要地位。
第二，从中国当前的具体实际来看，随着市场化改革的进一步深入，政府高度集权并承担经济建设主要责任的时代已经成为过去，在国家的经济生活中，应该由市场发挥基本的调节作用，政府要把主要职能放在社会管理方面，着重为市场运行创造和谐的社会环境和国际环境。由于社会管理职能在政府职能体系中的核心作用，公共财政预算作为政府履行社会职能的经济保证，也应该在政府预算体系中处于主导地位。
3.公共财政预算承担着预算体系的托底责任
公共财政预算在政府预算体系中的主导地位，不仅源自政府社会管理职能的核心作用，也根源于公共预算在现实条件下所承担的重要责任。公共财政预算在当前预算体系中的重要责任，主要表现在公共财政预算是政府预算体系的最后防线，承担着政府预算的托底责任。
第一，国有资本盈利能力的不确定性决定了国有资本预算难以承担最终的平衡责任。国有资本与其他的资本形态一样，要求在流动中增值，但国有资本毕竟是资本的特殊存在形式，其在追逐利润的同时，也要注重社会效益，往往需要进入那些经济效益较低甚至是负效益，而社会效益很高的行业，这部分国有资本难以通过自身的运营实现增值，从而也难以为国有资本预算提供收入。同时，由于我国的国有企业改革尚未最终完成，符合市场竞争需要的产权结构和法人治理结构尚未真正建立，相当多的竞争性领域的国有企业由于自身机制不够顺畅而陷于困境，也难以成为国有资本预算的稳定收入来源。
第二，社保基金薄弱的承载能力决定了社保基金预算也难以为整体预算平衡提供资金支持。中国的社保基金的收取和支付缺乏全盘的统筹规划，由于建立时间较短，各地的社保基金账户普遍资金不足，“空账”现象较为严重，加之缺乏良好的管理运作，基金的增值能力有限。同时，国有企业改革和建设和谐社会的双重背景将使社保体系今后的承载压力大大增加，社保基金预算在相当长时期内将处于较为紧张的运行状态，难以为平衡预算做出太大贡献。
第三，公共财政预算稳定增长的收入来源能够承担政府预算的托底责任。与国有资本预算和社保基金预算不同，公共财政预算的主要收入来源是税收，税收收入具有强制性特征，其为公共财政预算提供的资金支持是稳定的、可预见的，特别是随着中国分税制改革的推进和国民经济的持续增长，税收收入呈现出稳定增长的良好态势，由此可见，公共财政预算拥有稳定增长的收入来源，能够承担政府预算体系的托底责任。
三、国有资本预算和社保基金预算应纳入政府预算体系
在保持相对独立性的前提下把国有资本预算和社保基金预算纳入政府预算体系，既有利于充分利用公共财政多年来的改革成果，也符合建立统一政府预算的发展方向。
1.纳入政府预算体系有利于强化相关部门的制衡监督
当前的国有资产管理和社保基金管理都存在不同程度的制度性缺陷，近一段时间以来，涉及社保基金的腐败案件频频发生，而且数额巨大，影响恶劣；国有资本预算付诸实施之后，其涉及的变现和经营收益所产生的现金流也将十分可观，如果在制度设计上出现漏洞，将造成难以估计的损失，这就要求在政府预算体系的设计中，要把加强监督放在重要地位。把国有资本预算和社保基金预算纳入政府预算体系有利于强化部门之间的制衡和监督。
第一，纳入政府预算体系有利于实现预算信息的透明和共享。预算信息垄断是导致预算资金体制性流失的重要原因，如果国有资本预算和社保基金预算不纳入政府预算体系，而是由国有资产管理部门和社保部门单独编制和上报，就难免因为信息不对称而出现暗箱操作，反之，如果在把国有资本预算和社保基金预算纳入政府预算体系的前提下构建各部门共享的信息平台，将会有效提高预算信息的透明度，实现真正的阳光操作。
第二，纳入政府预算体系有利于实现部门分工基础上的相互监督。坚持多个部门的共同参与，规避权力的过度集中，是抑制违规操作的有效手段，把国有资本预算和社保基金预算纳入政府预算体系之后，通过部门之间的合理分工，可以延长预算管理的链条，实现各个环节的相互监督，特别是国有资本预算收入和社保基金收入的结算可以通过公共财政预算的收支渠道统一进行，大大降低跑冒滴漏的机率。
2.纳入政府预算体系有利于降低预算管理的运行成本
在政府预算体系的设计中，如何把制度的运行成本降低到最低限度是需要着重考虑的问题，把国有资本预算和社保基金预算纳入政府预算体系有利于降低预算管理的运行成本。
第一，如果国有资产管理部门和社保部门单独进行预算管理，由于缺乏相关的人才和机构，将不可避免地走上机构扩张和人员膨胀之路，这无疑会加大政府的行政成本，有悖于建设高效政府的执政思路。
第二，从技术角度来讲，随着公共财政制度改革的不断深入，已经形成较为成熟的财政收支渠道。特别是2000年以来，财政国库管理制度改革取得了长足进展。相关的试点工作表明，国库集中支付制度是“最终规范政府性资金收付的最彻底、最完善、最可靠的模式”。为了全面实施财政国库管理制度改革，财政体系建设了许多保障措施，例如“金财工程”的投入，在技术上保证了国库管理业务实现实时运行、安全可靠、高效快捷的要求。当然，国库集中支付制度还有待于进一步推进和完善，但是财政现有的收支渠道完全可以满足国有资本预算和社保基金预算的资金收支需要。应该认识到，以国库集中支付体系为代表的财政收支渠道是改革开放以来财税体制改革的宝贵成果，如果国有资本预算和社保基金预算能够利用这一成果，将会节约大量的技术和人力成本，避免重复建设。
3.纳入政府预算体系有利于防范公共风险
很多国家的发展经验表明，当国民经济发展到一定阶段，具体来说就是人均国内生产总值达到1 000～3 000美元的阶段，将是各种社会矛盾的多发期，政府将面临较大的公共风险压力。当前，我国政治稳定、经济发展，构建和谐社会不断取得新的实质性进展，但潜在的公共风险仍然不容忽视。我国在今后一段时期可能面临的公共风险主要包括社会矛盾加剧、自然灾害爆发以及国际环境恶化等方面，要防范和化解公共风险，一方面要求政府提高执政水平和驾驭能力，另一方面需要有雄厚的财力支持。虽然我国近年来政府财政收入保持了较快的增长速度，但面对可能发生的大规模突发性公共风险，仍然可能出现较大的资金缺口，需要强调政府资金的统筹安排和集中使用。把国有资本预算和社保基金预算纳入政府预算体系，可以提高政府在特殊条件下的统筹调度能力，确保有限政府资金的集约使用，从而增强抵御公共风险的能力。