对行政事业性资产分类与整合，是行政事业性国有资产实现高效管理的前提和基础，同时也是行政事业性国有资产管理改革的突破口。在行政事业性资产的分类和整合工作中，亟须解决的是非经营性资产转经营性资产的管理工作，其中又以设计经营性资产管理模式、妥善处置经营性资产收益、确定非经营性国有资产转经营性国有资产相关程序等问题为重点。
一、行政事业单位经营性资产的统一管理
行政事业性国有资产的目标是为了完成行政职能及提供公共产品（服务），合理的运行机制下不应该出现以追求利润为目标、与民争利、与企业争利的经营性资产。但是，我国转型时期的特定国情客观上为经营性资产在行政事业单位框架内的存在提供了必要的土壤。转型初期，在建设社会主义市场经济的探索中，对行政事业单位管理出现了一些过度强调商业化、市场化的倾向。在一些地方和部门，行政事业性国有资产被赋予了原职能之外的任务，承担起弥补行政事业经费支出不足、补偿部门行业福利开支等责任，特别是上世纪80年代初期全民经商热潮下行政事业单位的经营性资产急剧扩大。尽管后期国家对此出台了很多限制政策，但经营性资产的存在及由此带来的管理、运行方面的问题却一直没有得到彻底的解决。因此，在推进行政事业性国有资产管理体制改革中，应关注并强化行政事业单位非经营性国有资产转经营性国有资产的管理。
1.行政机关经营性资产的完全分离及归口管理
行政机关国有资产的管理目标是确保资产的安全和完整，实现资产的有效利用，而不是为了实现资产的增值，因此必须强调资产的非经营性特征。对行政机关经营性资产的处置思路应该十分清晰，即先实行彻底剥离并交归口部门统一管理。具体可以分以下几步：①资产甄别。过去有关部门多次严禁行政机关办实体、从事经营性质的活动，如1993年中共中央办公厅发文要求中央党政机关与所办经济实体和管理的直属企业脱钩，并实现职能、财务、人员、名称“四脱钩”；1998年，中共中央办公厅再次发文，要求军队、武警部队和政法机关一律不再从事经商活动，政府部门不再管理企业。经两次清理后，中央和地方党政机关与所办经济实体和管理的直属企业基本脱钩。当前行政机关经营性资产具有一定的隐蔽性：如办公楼房、用地的部分出租等行为。因此加强清理和甄别是行政机关经营性资产管理的基础。方式应以单位自查申报为主，主管部门、财务部门监督核查为辅。②资产剥离。凡是存在经营性资产的行政机关要限期处理：对以固定资产用于投资、入股的要勒令退出，出租、出赁资产要收回。③归口管理。行政机关经营资产剥离后继续采取归口统一管理的方式，可以由归口部门统一委托资产经营机构管理。此时管理的内容主要是按照相关政策的要求解决收益处置、占用费如何收取以及落实相应的国有资产保值增值责任等问题。最终目标是要使行政机关彻底与经营性资产划清界限。
2.财政拨款事业单位经营性资产的委托监管
由于历史沿革以及自身发展需要，我国事业单位经营性资产存在较为普遍，可以按照资产形成来源的差异制定不同的管理方案。对于财政拨款事业单位来说，基本思路是采取委托监管的方式，实施该方式的关键是设立委托监管机构。即在主管部门或归口单位的级次上设置经营性资产委托监管机构，按照有关规定，该机构适合定位于事业法人，可以新建，也可以依托原有事业机构。据此，对事业单位资产按照隶属关系，由主管部门或归口单位统一委托该机构进行委托监管，并尽量保持原有的收益分配格局。这种方式的优势在于：①长期以来事业单位发展和所属经营性资产之间已经形成了一定的依赖关系，特别是一些非全额拨款事业单位。因此，完全剥离会影响事业单位的正常运作和发展。②有利于提高事业单位公共服务质量。事业单位在享有非经营性资产的使用权或者说是在占有公共财政资源的情况下，其职能是向社会提供优质公共服务，不宜同时进行市场化、商业化运营。③委托监管可以实现监管主体的集约化、规范化，实行监管范围内资产的重组整合，提高资产运营效率。作为中间层次，委托监管部门统一向上级机构负责被委托经营性资产的安全、完整以及保值增值。在财政拨款事业单位经营性资产的委托监管中，还应该注意的是这种委托监管的范围不宜过大，仍以归口管理为主。需要指出，委托经营管理是一种带有过渡色彩的体制，是为了消化一部分改革成本、延缓经营性资产剥离带来的财政支出、人员分流等压力。从本质上看，财政拨款事业单位（尤其是全额拨款事业单位）中的国有资产来源于公共财政支出、使命是效力于公共服务，却成为谋求某一部门或单位经济利益的投入性资本，这本身就是对公共财政体制、市场机制的极大扭曲。因此，从长期看财政拨款事业单位同样应当逐步剥离经营性资产。
3.自收自支事业单位的资产归口管理
对于自收自支事业单位的非转经的管理，其管理权仍采取归口部门管理的方式。在自收自支事业单位中，基本不再产生新的公共财政支出所形成的国有资产，其运行模式和企业接近，因此资产管理的重点之一是要核查该单位是否现存以非经营性资产投资、入股的资产，是否还占用所属部门的非经营性资产。对于和所属部门非经营性资产有关联的单位，要坚持有偿使用原则，健全资产价值补偿制度，可以采取的处置方式主要是剥离，以退还或回购的方式和原部门理清财务关系。其中对于所属资产与所属部门非经营性资产没有历史和现实关联的，仅仅是行政隶属关系、形式上“挂靠”某一部门的事业单位，归口部门的管理内容主要是做好“脱钩”工作，加快由事业法人变为企业法人的步伐。
二、事业单位经营性资产的收益处置
在明确行政机关经营性资产完全剥离的原则后，对行政事业单位经营性资产的收益处置则主要是针对事业单位。随着改革的深入，收益处理将成为事业单位经营性资产管理的重点（此时的收益指的是税后收益），它体现的是对事业单位经营性资产收益如何进行二次分配的问题。
1.财政拨款事业单位经营性收益纳入预算
对财政拨款事业单位经营性收益处置的基本原则是：一是尊重现有利益格局，考虑到事业单位对经营性资产的依赖较大，有些单位甚至部分基本支出都存在困难，因此，为了保持事业单位服务质量和人员稳定，有必要维持现有利益分配格局，收益分配中以原收益主体为主。二是规范预算和财务管理，提高财务透明度和加强监督。可以按照“收支两条线”的基本精神，效仿一些行政事业性收费的处置方式，行政事业单位非转经资产收益使用“应缴财政预算收入”科目，全部纳入预算管理，并采取按月预缴、全年清算的办法上缴国库。之后由预算按比例以事业经费补充支出的方式部分或全额返还给事业单位或其归口部门。据此，财政拨款事业单位经营性收益监管的重点就落在几个点上：一是在各级财政预算中可专设事业单位经营性收益预算，专户专用。二是加强财务管理，审计和核查，防止账外收入的发生，防止体外循环，保证收益按时足额上缴预算。三是科学制定预算返还比例。该比例制定应该由归口部门、资产委托监管机构、事业单位共同完成，财政部门审批及备案。比例确定的主要依据是事业单位中经营性资产的净资产值、经营效益、上年收益上缴额等等。
2.自收自支事业单位转变为企业法人
自收自支事业单位的改革基本方向是由归口部门负责，促使其加快脱钩改制的步伐，成为独立的企业法人。届时，其收益的处理完全遵守企业化模式，将不再和归口部门发生关系。事业法人转企业法人不仅是工商登记注册的形式上的变更，事业单位、企业化管理的体制与独立的企业法人有着很大的区别。事转企后，笼统地意味着运营单位应对市场竞争时的弹性、自主性大大提高。其中资产性质将打破事业单位国有独资的现状，实现从单一到多元的变化，融资渠道上市场成为调配资本的主要因素，此外还有助于运营单位拥有完整的法人财产权，独立承担民事义务和责任等。总之，事转企对于消除垄断、减少权力寻租、维护市场秩序都有积极的作用，不仅有助于资产管理，更有助于理顺体制和可持续发展。但是应当看到，改制确实具有一定的难度。首要一点就是改革的动力不足，尽管此类单位运行中面临着“双重婆婆”的制约——归口部门的资产、人员上的监管以及行业部门业务上的监管，但是由于归口部门的存在常常带来更多的“关联交易”和“部门保护伞”，所以此类事业单位宁愿维持现状；而对归口部门来说，此类事业单位的存在无疑是提供了一个现实的解决部门职工福利或是其他预算外资金的大本营，同样不愿触动现有格局。第二个难点在于改制中企业定性、清理历史占用的经营性资产、职工转变身份、职工养老无法衔接等问题的处理难度较大。改制后企业是否一定要剥离历史上已占有的原部门经营性资产，企业如何定性，现有人员医疗、养老、身份转换如何处置都是改制的现实障碍。理想的转制状态是“四个到位”，即产权清晰到位、职工身份转换到位、社会保险落实到位、债权债务处理到位，使运营单位成为自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展的法人实体和市场竞争主体。真正实现“四个到位”，需要有关部门的强力推进以及配套政策的支持。
三、非经营性国资转经营性国资的程序
在当前行政事业单位非经营性国资转经营性国资管理中，急需并且具备现实操作可能的是做好非经营性资产和经营性国资的甄别工作和已转经营性资产的统计、登记工作。在这一过程中，要由行政事业性国有资产改革的主导部门——财政部门制定相关细则和实施办法，规范程序，严明惩处条例。
1.非经营性国资转经营性国资的申请
现有行政事业单位中的经营性资产，很多仍然是以非经营性资产的名义存在或者没有经过主管部门、监管部门的认定。加强管理的第一步就要做好这部分资产非转经的申请工作。非经营性国有资产转经营性资产的申请工作要注意以下几个问题：①申请主体是存在非转经资产的事业单位，申报的第一主体为主管部门或归口部门，申报的最终主体是财政部门。②所转资产必须遵守国家有关规定和政策，国家财政拨款、维持事业单位正常发展的资产等不得转作经营性资产。③申请应当包括如下内容：非经营性资产转经营性资产的方式，如投资、入股、合资、出租等方式；申报报告，其中应包括资产评估报告、可行性论证报告、投资、入股、合资、出租等合同、财务报表等等。
2.非经营性国资转经营性国资的批准
非经营性国资转经营性国资的第一道关由提出申请的事业单位的主管部门或归口部门负责，最终批准权在各级财政部门。在主管部门这一级次，要对申请单位的申请报告严加审核，核实资产，并做出批复和审查意见，整改后报财政部门批准。财政单位对各部门的申报材料要进行审核、抽查，要采取资产公示的方式，将自报和核实资料对外公布，接受公众监督。财政部门要形成信息化管理，及时掌握资产动态变化。
3.非经营性国资转经营性国资的产权变更
在行政事业单位非经营性国资转经营性国资的过程中，一定要注意防止出现新的产权不清、产权虚置的情况。因此，对资产必须进行产权登记，其中一部分资产可能涉及产权变更。对待行政机关、财政拨款事业单位和自收自支事业单位的非转经资产的产权变更要有所区别。①行政单位机关明确为经营性的资产依法剥离后应当由归口部门委托资产经营机构统一接收变更产权，产权为归口部门。②财政拨款事业单位经营性资产可能出现两种情况，对条件成熟（产权明晰并用于非转经的资产整体剥离）的采取产权（含由事业单位以货币或实物入股、合资、合作、联营等投资方式形成的股权和收益）整体移交的方式，由主管部门委托的资产运营机构统一接收变更产权、统一管理、统一经营，此时需要进行产权变更；对条件尚不具备的（包括整体资产中部分用于非转经并无法对产权进行分立的资产）则产权仍由原单位保留，运营管理由资产运营机构负责。③自收自支事业单位中对和所属部门资产关系已经清晰的拟脱钩单位，产权最终归属没有变化，但法人将由事业法人变为企业法人。