审计监督是政府经济活动的专业性监督。按照我国当前国家审计机关的职责分类，对国有资本经营预算的审计属于财政审计的范畴，国有资本经营预算必须接受财政审计监督的规范和制约。鉴于我国目前的国家审计监督还属于政府内部性质，只是一种相对独立的监督，因此，国有资本经营预算在加强政府财政审计、实现权力监督和专业监督的同时，还应当积极引入外部审计，强化国有资本经营预算审计的独立特征。
一、加强国有资本经营预算的财政审计
加强国有资本经营预算的财政审计，必须明确审计的核心目的是实现对国有资本经营预算编制与执行的权力监督，同时审计应当是全程化的审计，而不仅仅是预算执行性审计。
1.国有资本经营预算审计属于财政审计的范畴
按照我国国家审计署的分类，审计工作包括财政审计、金融审计、企业审计和经济责任审计（即3 1审计）。可以说除了金融审计、企业审计和经济责任审计之外，所有审计工作都可归结为财政审计的范围。特别是随着审计与财政改革的互动和深入，财政审计越来越表现为一种“大财政审计”的概念，即审计的范围、职能都有所扩大。不仅包括政府一切收支活动，而且还包括社会保障收支；不仅审计财政收支的真实性、合法性，而且还包括对财政收支效益性的审计；不仅包括审计财政的一般收支活动，而且还包括财政固定资产投资和各类专项资金的收支的审计。由于国有资本经营预算是一项新生事物，不可能预先写在财政审计的职责范围内，但是基于国有资本经营预算是政府预算体系的组成部分，是无可争议的政府性收支活动，因此毫无疑问应当和公共财政预算一样接受财政审计的监督。
2.国有资本经营预算财政审计的核心目的是实现权力监督
财政审计是一项专业性监督。但从更深层次上，财政审计对国有资本经营预算监督的核心目的在于实现权力监督。在国有资本经营预算的编制和执行中，除财政部门、国资部门（尽管该部门属于国务院特设机构，但是从职能性质上看，仍然带有强烈的权力执行色彩）外，还包括经济规划部门、劳动部门、社会保障部门。也就是说，国有资本经营预算是多个权力部门行使权力的结果。从经济学意义上，审计机关、被审计部门以及社会公众三者之间构成了一个委托代理关系的链条，即财产委托人（社会公众）、审计人（审计机关）和代理人（被审计部门）三方。审计机关受社会公众的委托（我国的情况属于间接委托，即人大委托政府，再由政府委托审计机关），对被审计部门进行监督核查。在这一委托代理关系中，不仅存在着委托人与代理人的博弈，而且还存在着委托人和审计人的博弈及委托人、代理人和审计人之间的三方博弈，是一个三方权力制衡与博弈的一个过程。在相互博弈中出现的理想结果之一就是代理人行为的规范化。国有资本经营预算审计的重点就是要规范代理人（国有资本经营预算的编制和执行部门）的职能和权限，而在形式上则表现为财政审计机关从经济角度监督负有受托经济责任的各部门是否管好、用好了国家资金，是否充分发挥了国家机构的经济管理职能。
3.国有资本经营预算财政审计链条的全程化
对于国有资本经营预算来说，其所规范的重点不能单纯停留在预算的执行环节，而应当涵盖收入收缴、预算编制以及决算环节。按照我国现行审计制度，正常的审计程序是一种事后审计。事后审计属于一种事后监督和纠错模式，可以起到发现问题、惩前毖后的作用。财政审计的“事后”主要体现在对预算执行的监督上。但是随着我国转型经济改革的深入，事后审计模式已经越来越无法满足预算管理制度改革以及财政审计自身发展的需要。在党的十六届三中全会通过的《关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》中提出了“改革预算编制制度，完善预算编制、执行的制衡机制，加强审计监督”的目标。这表明，从中央决策的高度，已经开始关注预算编制阶段的审计监督，并且把审计监督作为完善预算编制制衡机制的有效手段来看待。对于国有资本经营预算，审计工作的真正到位还不仅仅需要涵盖预算编制环节，还要求高度重视预算收入收缴环节。特别是在国有资本经营预算实施初期，必须前移审计窗口，尽量实现国有资本经营预算审计工作的全程化。
二、国有资本经营预算审计的重点
在财政审计国有资本经营预算的过程中，总体上来说和对公共财政预算的审计内容和形式基本一致。
1.财政审计国有资本经营预算的重点
我国现阶段实行的是政府领导下的行政型审计模式，这就决定了财政审计在一定程度上是为政府和立法机构审计，是从满足政府及人大管理、控制国有经济和政府收支需要的角度出发，侧重于对宏观经济运行的全局性、综合性、外部性问题的监督，是政府和人大监管经济的重要手段。财政审计的侧重点是人代会关心的、政府关注的国有资本经营预算在宏观管理及宏观效应方面的问题，对预算管理中具体事项的监督则应由财政部门通过事前或事中的预警性财政监督来进行，不属于财政审计的范畴。
2.财政审计国有资本经营预算的主要内容
第一，收入收缴审计。主要审查国有资本经营收入和变现收入是否真实、可靠，是否具有科学依据；收入标准的设置是否科学，是否反映国家产业政策的相关要求。第二，预算审计。主要审查预算的编制是否科学合理，是否按规定的程序报经批准，经批准的预算是否得到认真贯彻执行，执行中的预算调整项目是否合理合法。第三，收支审计。主要审查国有资本经营预算收入是否及时足额入库，各项支出是否合法合理，收支活动中是否存在违法乱纪行为，预算支出是否合法、合理，支出结构是否优化合理，是否体现了国家经济结构调整和产业技术升级政策，是否有利于国有资产保值增值，是否有利于国有资本退出竞争性、经营性领域；预算支出中对公共财政预算、社保基金预算的划转是否经过多部门协商和测算等等。第四，决算审计。主要审查国有资本经营决算的编制是否符合规定的程序和时间，其内容是否完整，数据是否真实可靠等等。
3.审计结果形成《国有资本经营预算审计工作报告》并报送人大对国有资本经营预算的最后审计结果要形成《国有资本经营预算审计工作报告》。审计机关依据《审计法》赋予的职权和程序在政府的领导下开展审计工作并报告工作情况，政府通过审计结果报告，可以进一步了解预算执行的情况和存在的问题，从而制定正确的宏观调控政策，加强预算管理，促进社会经济发展。审计机关在预算执行审计后，受政府委托向人大常委会提交审计工作报告，人大可以更好地了解政府的预算执行情况，强化对政府财政收支的监督，从法律上规范政府的预算执行行为。
三、加强国有资本经营预算审计与财政监督、人大监督的配合在现行审计体制下，做好国有资本经营预算的监督，更好发挥财政审计的监督作用，必须强调财政审计监督与其他监督的协调配合。由于财政审计宏观性强，涉及面广，需要处理好与本级政府、本级人大常委会、上下级审计机关、财税部门以及审计机关内其他专业审计等方面的关系，共同完善对国有资本经营预算的监督。
1.加强和财政监督的配合
财政审计与财政监督是两种不同类型的监督，各自有其发挥作用的范围和领域，决不能认为财政监督是在重复着财政审计工作。因为财政审计不能取代财政管理，自然也就不能取代财政监督，而财政监督同样也不能取代财政审计，应接受审计监督。但是财政审计和财政监督在根本目标和作用上是具有兼容性的，财政审计作用的发挥直接或间接地达到了财政监督的作用和目标，通过财政审计，可以及时发现、揭露和抑制市场经济秩序中的紊乱现象，为财政监督提供和创造良好的外部环境；而财政监督则更关注具体层面上财经秩序的维护。两者都是我国经济监督体系中不可或缺的重要组成部分，也是从经济角度出发对行政部门所承担的经济责任进行制衡的重要方式，只有加强协调、配合运用，才能相辅相成、互为补充又相互渗透，达到预期的监督效果。
2.加强和人大监督的配合
我国实行的人民代表大会制政体，客观上要求人民代表大会必须有效监督国务院正确履行法律规定的职责，国务院也有义务接受人民代表大会的监督。具体在人大监督和审计监督的关系中，要加强两者的协调与配合。一方面，人大应逐步将预算批准细化到各部门、单位及项目，为财政审计提供依据。同时，人大应以审计部门的审计结果为依据审议批准决算。另一方面，审计部门应将人大审计批准的预算作为主要依据开展财政审计。
3.加强和各相关部门的联系
国家审计机关要加强和其他各相关部门的沟通和联系。主要是注重发挥审计工作接触经济领域广、掌握情况真实可靠的优势，努力从宏观着眼微观入手，从不同侧面、不同角度对大量分散、零星的审计情况进行宏观综合分析研究，及时反映经济运行中各种倾向性的问题，以及经济运行中普遍存在和反复出现的问题；并从政策、制度、管理等方面，从全局上、规律上查清原因，提出对策建议，出具有分量、有价值的审计报告和信息材料，把事前审计调查，事中审计、事后评价有机地连成一体并及时反馈给国有资本经营预算编制和执行的有关部门。
四、积极引入国有资本经营预算的外部审计
依法独立审计是财政审计应当坚持的首要原则。财政审计的对象是各级政府的理财活动，审计的内容是财政收支预算执行及其经济效率，审计的目的是为了监督和促进政府合理、高效开展经济活动。这些特点要求财政审计保持较强的独立性，能够站在政府经济活动之上，以客观公正的态度开展审计活动，避免利益共沾和内部寻租。鉴于我国的实际情况，应当探讨引入政府外部审计的可行机制。
1.我国财政审计的相对独立性
目前我国的财政审计是一种政府内部的、行政性审计模式：宪法规定国务院设立审计机关，国家审计机关隶属于国家行政系列，是国家行政机构的一部分，是依托于行政关系对国务院各部门和地方各级政府的财政收支、对国家的财政金融机构和企业事业组织的财务收支进行的审计监督。应该说，这种政府内部的行政性审计模式不利于保证财政审计的独立性，容易引起经济关联和其他利益关联，妨碍审计工作的公正和效率。在现有模式不可能马上打破的前提下，强调财政审计的依法相对独立审计更为必要，要着力从现有模式出发探讨实现依法相对独立审计的可能性和可行路径。对此，需要从强化政府职能分工和廉洁自律角度对审计机关和被审计单位提出共同约束，在人、财、物方面要求审计机关与被审计单位彻底脱钩，财政上应为这种脱离提供财力上的经费保障；法律上应为这种分离提供充分的法律依据。当然，随着政治经济体制改革的深化，应该逐步探索从模式的角度为依法独立审计提供制度依托和保障，即借鉴发达市场经济国家的经验，实现由行政型向立法型的转变。
2.引入国有资本经营预算的外部审计
在我国短期内不可能实现审计由行政型向立法型转变的前提下，要积极探讨引入国有资本经营预算的外部审计机制。目前，较为可行的就是赋予人大直接委托外部审计的职能。即人大有权直接委托社会审计机构对国有资本经营预算进行审计。这样做的目的主要是使国有资本经营预算审计工作不受到政府内部关联的影响，而是直接接受人大机关的委托，独立开展工作，从而加强审计结果的公正性和客观性。人大的这一职能应当明确在国有资本经营预算的法律法规中，并使相应的委托审计机制作为一种常规性机制来加以执行。