编制国有资本经营预算是规范政府与国有企业或公司之间的利益分配、增加政府财政收入、提高政府宏观调控能力的重要措施，也是建立现代政府预算管理体系的关键步骤。国有资本经营预算能够在多大程度上达到预期的政策目标，取决于制度设计的科学程度。在制度设计中，要把握两个重点：一是合理地划分各相关部门的职能边界，避免因职能边界模糊而产生制度空隙。二是在此基础上实现各部门之间的有序协调，避免部门之间的利益摩擦带来效率损耗。财政部门和国资部门是参与国有资本经营预算管理的两个关键部门，二者之间的职能边界可以按照财政部门履行预算管理的宏观职能，国资部门履行预算管理的微观职能的思路进行划分。另外，由于两个部门处于同一行政级次，协调难度较大，可以考虑在国务院设立专职的协调机构进行预算管理的统一协调。
一、预算管理部门之间的职能分工
按照建立政府预算体系的目标模式，国有资本经营预算既是相对独立的预算形式，又是政府预算体系的重要组成部分，在预算编制的各个环节，必然涉及财政部门、国资部门及其他部门。各横向部门，特别是财政部门和国资部门之间合理的职能分工和顺畅的统筹协调，是降低预算管理成本，提高预算管理绩效的关键。
1.财政部门履行国有资本经营预算管理的宏观职能
国有资本经营预算是政府预算的重要组成部分，为维护政府预算体系的统一性和完整性，它必须按照预算法律、法规的统一要求进行编制，并接受财政部门的管理。财政部门应该在预算的宏观管理方面发挥更大的作用。
第一，确定预算的编制原则。预算管理是政府宏观调控的重要手段，随着经济规模的迅速膨胀和经济运行的日益复杂，政府宏观调控责任和压力也越来越大，这就要求预算管理在宏观调控中发挥更大的作用。预算管理发挥宏观调控功能的主要手段就是根据对经济运行整体趋势的把握和预测，按照“逆经济风向而动”的原则，灵活调整收支总量和结构，从而促进社会供求的总量平衡和结构合理。要有效发挥预算管理的宏观调控功能，在预算编制之前，就要明确宏观调控的任务和方向，进而提出年度预算收支的原则，这属于预算管理的宏观职能，应该由财政部门来行使。一方面，财政部门一直承担着宏观调控职能，拥有丰富的经验和技术手段。另一方面，财政部门确定国有资本经营预算的编制原则，也有利于维护公共财政预算、国有资本经营预算和社保基金预算编制原则的统一，提高宏观调控的协调性，以保证调控目标的顺利实现。
第二，确定预算的收支额度。国有资本经营预算的收支规模，不仅影响国有资本内部的再分配规模，更关系到政府预算体系内各个组成部分之间的整体平衡，关系到宏观经济供求的总量平衡，因此，预算收支额度应该超出国资部门的微观视野，纳入预算管理的宏观层面，由财政部门行使最终决定权。当然，财政部门行使最终决定权，并不意味着否定国资部门的作用，财政部门在决策之前，要与国资部门进行充分的协调沟通，以保证决策的科学程度。
第三，确定预算的编报程序。财政部门是政府预算的组织者和编制者，应在政府预算的框架内，按照相关的法律法规，对国有资本经营预算编制时间、报送程序和步骤予以明确规定，以保证政府整体预算体系编制进程的协调统一。国有资本管理部门必须在规定的时间内，按照相应的程序和步骤向财政部门报送预算，进而由财政部门根据建立政府统一预算体系的要求，把国有资本经营预算以附加预算的形式，上报给人大进行审批。
2.国资部门履行国有资本经营预算管理的微观职能
从整个政府复式预算体系来看，国有资本经营预算是与公共财政预算、社保基金预算相互独立、自成体系、自我循环的。在预算的具体环节中，微观层面的职能应由国资部门完成。
第一，确定收入类别及国有资本再投资的额度。从预算收入方面来看，国有资本经营预算的收入是指国资部门及其所属国有企业对国有资本进行投资经营和产权运作所产生的收益。它包括了国有及国有控股企业经营收益、国有产权交易收益、投资基金收益等。很显然，确定国有资本经营预算收入所需要的数据必须依靠国有企业、国有资产管理公司、国资部门提供。同时，国有资本经营预算收入的确定具有较强的专业性和技术性，如果缺乏相应的机构人员，就很难对预算的收入进行科学的分类。国资部门既是国有资本出资人的代表，又对国有企业的情况非常熟悉和了解，对预算的汇总、审核和整体规划也有着职能上的优势，因此，应当由国资部门确定国有资本经营预算收入的收入类别。
从预算支出方面来看，国资部门行使出资人职责，享有国有资本收益的管理权和国有资本收益的支出权。在国有资本经营预算框架下，支出权主要是确定国有资本经营预算支出方向和结构。在预算年度内，国资部门应在参考分析上年度预算执行情况的基础上，根据经济发展需要和各预算单位的实际情况，征求有关部门和企业的意见，按照既定的支出原则，确定年度或中长期国有资本经营预算的再投资额度，并分解到相关企业。
第二，负责国有资本经营预算的组织实施。国有资本经营预算的组织实施包括收支两个方面。从收入方面来看，国资部门作为国有资本的所有者代表和出资人，负责按照编制的国有资本经营预算对国有资本收益进行收缴。具体来说，就是对企业改制中国有资本转让、国资经营公司国有股份、股权转让收益，由国资部门在产权变更环节负责收缴。对国有资产经营红利收益，则授权资产经营公司在董事会、股东大会通过利润分配方案后进行收缴。对国有企业按照规定的上缴比例，分别由作为出资人的资产经营公司或国资部门直接负责收缴。对其他国有资本经营收益（如配股权转让、经营权拍卖等），由国资部门负责收缴。收缴的国有资本收益全部纳入预算。
从支出方面来看，国有资本经营预算经人大批准后，国资部门应尽快根据支出的规模和方向，将其分解细化，制定出具体的支出计划，下达到相关企业，并责成企业制定各自的支出时间、数额，上报国资部门。国资部门严格按照预算和支出计划执行。
第三，对国有企业和国有控股公司的绩效进行考评及奖惩。国资部门应建立和完善考核与奖励制度，将国有资本经营预算的执行情况作为评价国有企业经营业绩的重要依据。通过有效的考评和奖惩机制，来约束和规范国有企业或国有控股公司的领导者，提高国有资本运营效率。国有资本运营的奖惩机制要落实到自然人，并以企业经营者为主要对象。以国有资本经营预算收益为考核依据，对于实现预期经营目标的企业经营者要兑现预先设定的高薪和物质奖励；对于经营业绩突出、有重大贡献的企业经营者则另行给予其他形式的物质奖励；而对于那些没有实现国有资本经营预算指标的企业经营者，则采取降撤职、降低薪酬等惩罚措施。这种激励机制应当建立在科学、合理的考核标准和考核程序之上。
二、建立国有资本经营预算的协调机制
由于编制国有资本经营预算是一个全新的探索，没有现成的经验可以借鉴，而且编制过程中涉及的部门较多，利益关系较为复杂，建立协调机制的任务就显得十分必要和迫切。
1.政府设立专职预算协调机构
在单式预算条件下，由于预算编制较为简单，没有必要设立专职的协调部门，随着国有资本经营预算的编制和复式预算体系的建立，预算的参与部门增多，编制流程更加复杂，这就加大了部门之间的协调难度，客观上要求设立专职的协调机构。
第一，预算协调机构的设置级次。专职的预算协调机构究竟设置在财政部门，或是国资部门，还是其他部门，这是建立协调机构中需要考虑的首要问题。在当前情况下，可以参照美国总统预算办公室的做法，在国务院设立专职的预算办公室，由国务院直接领导。之所以进行这样的制度安排，是因为在我国现行行政体制下，财政、国资以及社保等各相关预算管理部门处于平等的行政级别，部门之间只能进行业务指导，而没有服从与被服从的硬性规定，协调机构设置在任何部门，都难以对其他部门的预算管理行为形成有力的约束。设立由国务院直接领导的预算办公室，可以变水平化协调为垂直化协调，提高协调的力度和效果，同时，由于所处的级次较高，协调部门可以超脱于部门利益之外，提高协调的公正性和可信度。
第二，预算协调机构的职能定位。预算协调机构的设立初期，应该本着机构精简的原则，专注于最基本的核心职能，之后可以根据预算管理的发展需要，逐步增加新的职能。从短期来看，预算协调机构的职能应该定位于协调国有资本经营预算编制过程中产生的利益冲突，建立预算管理部门之间的信息共享机制和事务协调机制，提高预算的管理效率。从长期来看，其职能应该不断充实，把预算管理宏观职能的一部分纳入进来。
2.建立预算管理的信息共享机制
建立预算管理部门之间的信息共享机制是提高预算管理绩效的重要手段，从技术角度来讲，信息的透明和共享可以降低编制预算过程中的沟通成本，加快预算的编制进度。从制度角度来讲，可以极大地压缩暗箱操作的空间，防范预算资金流失的制度风险。
国有资本预算编制中最为基础的信息应该是企业信息，特别是管理和经营信息，财政、社保、劳动部门只有掌握着这部分信息的总成，才能和国资部门讨论和测算用于弥补公共财政与社保基金支出缺口的可能额度。而实际上，这些部门和企业之间存在着严重的消息不对称，因此需要寻找建立相应的信息沟通渠道。考虑到参与国有资本预算编制的各部门之间的行政平行关系，作为主要的信息提供者，国资管理部门并不必然具有向其他部门通报这些信息的义务，也不承担保证这些信息真实性的权利。因此，预算协调的专职机构应该在建立信息共享机制中发挥主导作用，要求国资管理部门作为出资人（全体人民）代表负责企业管理经营信息的报送，而后再送达有关政府部门。
3.建立预算管理的事务协调机制
在政府分工体系中，预算管理部门行使财权，其他职能部门行使事权，要实现财权与事权的匹配和对应，必须建立预算管理部门与其他职能部门之间的事务协调机制。
第一，预算管理部门与宏观调控部门之间的协调机制。政府对经济运行进行有效调控，一个重要条件就是要保证各种调控手段之间的协调统一。国有资本经营预算作为政府宏观调控的衍生手段，其收支规模和方向对国民经济的总量和结构会产生很大影响，但其宏观调控作用的发挥，需要以强化与其他宏观调控部门的协调为前提。在预算编制之前，财政部门应该与其他宏观调控部门进行沟通，明确宏观调控的共同目标和方向，进而以此为依据制定年度预算的编制原则，并由国资部门在预算编制中予以具体实施；预算执行过程中的调整，需要以其他宏观调控部门提供的宏观经济运行参数为依据，并与其他宏观调控部门采取的调控措施相协调。
第二，预算管理部门与产业部门之间的事务协调机制。国有资本经营预算作为加强国有资产管理的重要措施，其基本目标是实现国有资本的保值增值，要实现国有资本的保值增值，一个基础性的条件就是提高国有资本的竞争力。需要强调的是，提高国有资本的竞争力，不仅要提高其在国民经济中的竞争力，更要着眼于提高其在全球经济中的竞争力，国有资本的特殊属性赋予了其特殊的历史使命，其必须在维护国家经济安全，改善中国在世界经济分工格局中的地位方面承担比民间资本更大的责任。提高国有资本乃至中国经济整体竞争力的一个重要途径，就是通过国有资本经营预算的再分配功能，把有限的资金配置到国民经济中亟须强化的关键环节、薄弱环节，比如振兴装备制造业。预算管理部门作为政府的理财部门，不可能对各个产业的现状和发展需求掌握得非常细致，因此，在预算收入组织特别是预算资金投向上，预算管理部门要加强与各产业部门之间的协调。
产业发展规划要与中长期预算安排相协调。产业发展规划实施的时间跨度较长，其产生的资金需求在未来若干年度中是持续不断的，产业部门在制定发展规划时，要综合考虑整个规划期内的资金需求和产业自身的积累能力，进而测算出可能出现的资金缺口，并及时与预算管理部门进行协调沟通。预算管理部门要对各个产业中长期的资金需求有一个清晰的把握，并根据财力可能进行预算安排，如果确实难以提供充足的资金支持，必须及时与相关产业部门协商，使其调整规划或从其他渠道筹措资金，避免规划实施过程中资金供应中断造成损失。