世界卫生组织对药物不良反应的定义是：“药物在正常的人用剂量下，用于疾病的预防、诊断或调节生理功能时发生的有害或非期望的反应。它包括药物的副作用，毒性作用，过敏反应，继发反应，特异性遗传反应，致癌、致畸、致突变作用，后遗反应，致病原的耐药性及药物依赖性等等。”
1.副作用 是指药物本身具有的药理作用，因为一种药物可以有多种作用，当利用它一种作用治疗疾病时，其表现出来的其他作用被称为副作用。因为其副作用与治疗作用是同时存在的，所以在治疗过程中难以避免。例如阿托品在用于治疗胃肠平滑肌痉挛时，其可抑制唾液腺的分泌作用，会使病人出现口干的副作用。药物的副作用常可通过合并用药使其减小或消除。
2.毒性作用 是指用药剂量过大或时间过长（有时用药量不大，但是病人存在着某些遗传缺陷，或患有其他疾病以及对此种药物的敏感性较高）而出现的一些严重的不良症状，就称为毒性作用。包括继发性反应、后遗效应、致畸作用等。继发性反应指由于药物的治疗作用所引起的不良后果，如长期用四环素及广谱抗生素，可引起葡萄球菌伪膜性肠炎或白色念珠菌病等。后遗效应指停药后血液浓度已降至最低有效浓度以下所残存的生物效应，如长期大量应用氨基糖苷类抗生素如卡那霉素、庆大霉素等所引起的听神经损害，也叫药物中毒性耳聋，这就是药物毒性的结果。致畸作用指有些药物能影响胚胎的正常发育而引起畸胎。
3.过敏反应 也叫特异质反应，因为这种反应只发生于对某些药物非常敏感者，而一般人即使应用较大剂量也不会发生这种反应，说明过敏反应与用药剂量无关。能引起过敏反应的药物起到了致敏原的作用，致敏原可以是药物本身，也可以是药物在体内的代谢产物，或者是药物制剂中的杂质。例如苯巴比妥、磺胺类药引起的药疹，青霉素类药引起的过敏性休克等。
4.耐受性是指少数人对于药物的敏感性很低，甚至用到中毒剂量才产生治疗作用而不引起中毒的一种特性。为防止耐受性的产生，应避免长期应用一种药物，可采用与其他药物交替应用或采用间歇用药的方法。
5.药物的依赖性 是指连续用药一段时间后，病人在精神上产生依赖性，停药后会出现主观上的不适感，但没有严重的精神和全身症状，病人会要求继续应用该药来解除停药后的不适。依赖性继续发展就会变成成瘾性，中断用药时可引起戒断症状，出现烦躁不安、流泪、流口水、哈欠连天、出汗、腹痛、呕吐，严重者可出现休克。预防方法是不要长期或超量使用安眠药及成瘾性镇痛药，严格掌握这类药物的适应症、剂量和疗程。
6.耐药性耐药性也称为抗药性，是指病原体对于药物的抵抗性。在治疗细菌感染性疾病或寄生虫病时，长期使用某种药物，病原体反复多次与之接触后反应性降低，以致病原体能抵抗该药而不被抑制或杀灭。为预防耐药性的产生，应合理使用抗生素，应用过程中，剂量要足够，疗程要适当，避免长期使用，可与其他药合用，从不同环节控制细菌的耐药性的产生。