政府职能的实施与完善是区域经济发展的重要外生变量，而在市场化进程中，中央政府和地方政府面临着角色的调整和转换。2007年区域经济发展的有关研究中，学者们特别重视政府在推动地区经济发展和区域协调发展方面的作用。政府的财税政策能否有效促进区域经济的发展，政府职能能否在中央政府和地方政府之间合理分配，将直接影响不同地区的经济发展进程。
（一）区域经济发展中的财税体系
我国地域辽阔，在改革开放进程中，各地区面临着不同的初始条件，而财税体系及其变革也将对不同地区产生不同的效果。
在财政分权方面，王文剑等认为1994年分税制改革是中央和地方政府分权关系法制化的标志，而分税制改革时不同地区的市场经济制度水平已存在显著差异，并且财政分权促进地区经济增长的效果存在地区差异，这与其对市场经济制度增长效应的影响所呈现出地区差异基本对应。在市场经济较为发达的东部，较早的改革开放为地方政府提供了充足的税源，地方政府有强烈的动机加强改革开放的力度，为非公有制经济的发展提供了优越的外部环境，这就强化了本地区的经济发展优势。在市场经济相对落后的中西部地区，市场经济发展滞后，无法为地方政府的财政收入提供充足的税源，而且背负包括国有经济在内的沉重历史包袱，尚需要地方政府予以财源方面的支持。为缓解财政税收的压力，地方政府势必要通过预算外收入加大对非公有制经济的攫取，非公有制受压抑意味着地区市场经济发展滞后，如果再考虑到计划经济的路径依赖效应，我们可以得出结论，中西部地区的市场经济滞后具有很强的自我强化效应。
在财政政策效应方面，靳春平认为财政政策的经济增长效应在空间上存在明显差异，而经济发展水平较低地区的增长效应大大好于经济发展水平较高的地区。基于资本边际生产力递减规律，从9个方面考察了影响财政政策在不同经济体中的经济增长效应差异性的主要原因——初始资本存量、公共资本支出的效率损失、基础设施建设的饱和性差异、财政性投资的引致性差异、公共资本支出对民间投资的基础效应、公共资本支出对技术创新的影响、公共资本支出对人力资本产出的影响、公共资本支出对人力资本积累的影响以及经济发展缺乏第一推动力的迫切程度等。9个方面综合分析的结果表明，由于经济发展水平较低经济体的资本产出弹性增幅、资本存量的增幅、人力资本产出弹性的增幅、技术进步水平的增幅都大于经济发展水平较高经济体的相应指标增幅，所以同一单位的财政资本支出产生的GDP增长幅度在经济发展水平较低经济体相对要大，也就是同一财政政策的经济增长效应对于较低发展水平的经济体来说更大。中国东、西部地区在经济发展程度方面的差别就很符合如上理论逻辑，而实证检验的结果也支持如上观点。实证分析同时发现，地方政府财政收支对地区经济增长的短期效应非常明显，特别是对西部地区短期产出影响冲击很大。
（二）区域经济发展中的行政协调
区域化是中国经济发展的显著特征，无论是“先富带动后富”的发展模式，还是增长极的发展战略都体现出鲜明的区域化特征。区域化发展促进了中国改革开放30年以来的快速发展，然而区域化的前提依据是行政区域，在“行政区经济”发展的框架下，各地区之间必然存在各自的地区利益，经济发展目标与行政目标之间关系错综复杂导致了地方保护主义等一系列问题，所以区域经济发展中的行政协调是区域经济继续发展的关键点。
杨龙指出，中国的行政区经济有两个突出的特点：第一，经济活动的组织是在特定的行政区范围内，无论一个行政区域规模大小，其政府都有法定的经济管理职权，对区域内的经济进行管理和控制；第二，行政区域政府对辖区经济发展的自组织。在具体操作过程中，地方利益则被各地方政府放在一个突出的位置，其发展模式有封闭性的倾向，其弊端有：第一，导致了国内市场分割，不断下降的省际贸易率表明封锁行为保护了本地生产效率低的企业，不利于统一市场的形成；第二，重复建设，为了提高本省的增长速度，地方政府往往把重点放在相同的产业或产品上，地区间无法顺利实施分工协作；第三，阻碍经济区域化，资源无法充分自由流动。随着改革开放的深入，这种条块分割的现状开始被打破，出现了以长三角、珠三角等为代表的经济区域，这是经济系统的内在要求，是改革开放的历史过程。在中国经济区域化发展的框架下，杨龙提出了一个三层次区域协调机构的构想：第一个层次是建立在中央以下、省以上的行政层级或一级行政协调机构；第二层次是在省内建立跨地县的行政区；第三层次是建立对应跨省界的小范围经济区的行政协调机构。
孙红玲等则主张修正以往行政协调的区域模块，倡导将中国传统的东中西部“三大块”纵向划分，转变为横向划分的泛珠三角、泛长三角和大环渤海“三大块”区域，在“三大块”的预算平台上实施区域财政的横向转移支付，并且在区域内部实现财政分配的基本均衡。在建立过程公平的区域竞争规则中，在中央-地方的框架下，以行政协调的办法构建区域政策调控体系尤为重要。国家财政预算和经济社会发展规划是国家统一制定的发展方略，在“三大块”模式下，三大区域性规划的具体实施必须依靠区域间的协调，从而解决各区域内经济发展布局、基础设施建设、城市规划、环境治理、产业整合和财税分配及利益调整等重大问题。从具体操作来看，可以由国家发展改革委和财政部牵头、央行与国土资源部作为重要部门参与咨询，并吸收“三大块”各省（市、区）代表分别参与其区域规划的制定。可见，行政协调不仅是横向同级别单位的协调，而是结合了上下级单位纵向协调、同级单位横向协调、不同主管部门跨领域协调的综合协调框架。