终于到了毛人凤做大当家的时候了。他从来就不是一个愿意停下来休息的人，而且保密局还有太多的工作要忙，他必须牢牢把住了自己的位置，不给别人可乘之机。
保密局的内部组织，与“军统”时期大致相同。在局长、副局长之下，设局长办公室主任。郑介民一走，毛人凤也把郑介民的心腹张继勋从局长办公室主任的位置上给踢走，取而代之的是自己的亲信。
局本部设7个处，从收集情报，到绑架暗杀等特殊行动，再到电报电讯，监狱司法等等，都有专门的负责人员和机构，设置和过去的军统基本无异。其中值得一提的是重庆“中美合作所”内的“白公馆”和“渣滓洞”两个看守所，也由毛人凤手下的司法处管理，这才造成了日后大屠杀的悲剧。
另外一个特殊的部门，叫做“特种政治问题研究组”，专门研究有关中共的问题，成员都是一些叛徒。这个机构在“军统”时代，由张国焘主持，张离去后，由瞿梦秋任组长。毛人凤对于这些人是不放心的，只想利用他们的旧关系为保密局工作，所以这个组不在保密局里面办公，只在有事时，找瞿梦秋去开开会，别的成员都不让到保密局去。
“军统”原有的设计委员会，保密局照样保留，专作储备高级特务之用，先后由张严佛、刘启瑞等当过主任委员。另外还有由局本部直接领导的高级情报员14名，其中有的是国民政府中央各部门的高级幕僚，有的是大商人，有的是过时的官僚政客，专搞一些所谓上层情报。
保密局外勤省站的编制，按国防部核定的人数分为三种：如上海、天津、北平、四川、云南等大一点地区，称为甲种站，为160人；安徽、贵州、新疆等称为乙种站，为110人；再小一点的地方称为丙种站，为60人。甲种站除站长、副站长外，有一个书记、一个至两个助理书记，一个情报编审、一两个助编，两个司书，一个译电员以及主管人事、总务、会计、交通等人员。此外，还有一个专搞学生特务工作的学运指导员，和一个专搞工人特务工作的工运指导员，与几个直属省站的情报员。另有一个由局本部督察室派去的督察员，受督察室和站长的双层领导。
省站一级，大都由局本部电讯处配置一个电讯支台，各组则设有组台，由支台直接和保密局总台联系。这个支台是站的配属单位，不受站长领导。支台一般有两三部大型电机，组台都是小型的特工机。
保密局成立时，毛人凤因为担心对外勤人员控制不了，所以各省站的站长，用的大都是“军统”临澧特训班的毕业生和提升起来的一些中级特务，有意不用资格老的人。但因为由“军统”时期起便有一条规定“秘密领导公开”，而各省公开单位的负责人，又多是“军统”的老特务，他们对那些年资浅的省站站长都不买账，所以各站的工作也就推不动。等到毛人凤把郑介民挤了出去之后，一方面已经大权在握，一方面也感到再这样下去实在不行了，才决定把一些将官级的人员调出去当站长。并在1948年春天，把新调任的站长和准备保留的一些老站长总共30人左右，在南京办了一个站长讲习班，由他自己亲自主持，训练了一个月。而把原有的一些资历较浅的站长，降为副站长。
在站长讲习班结束时，蒋介石还在黄埔路“官邸”接见了这些参加讲习的站长。他对毛人凤调整省站人事的办法，极为赞许。又说各省的工作重点应摆在省站，并要各省站的负责人，对外勤特务必须加以调整。又说保密局的外勤人员必须社会化，每个人都要有一个公开的职业作为掩护，以便打入社会各阶层去活动，特别要设法打入各民主党派和进步团体，多多拉拢一些动摇分子参加特务工作。而最主要的是要千方百计、不惜任何代价地打入共产党在各地方的组织去。他又吩咐，不称职或身份已暴露的特务人员，应调到公开机关去安插。还要不断吸收新人员参加。蒋介石说，各省站的负责人，除了管省站的工作外，还要亲自去从事高一级的情报活动。并提出，省站站长可以用国防部专员的名义，在当地做公开活动，站长以下则要绝对秘密。
那些被戴笠视若至宝的特训班学生对毛人凤来说，却是一个不小的累赘。因为戴笠死前招收的最后一批学生年龄尚小，培养起来还要好几年，无论从费用、人力、时间来说，都需要大量投入，并且不知回报如何。所以毛人凤决定中止这期特训班，遣散学生。
在由军统变保密局的大裁军过程中，为了保持军统的本色不变，毛人凤上报蒋委员长批准，采取汰弱留强的办法。军统特务按参加早晚，分为三种人：一、核心分子，指抗战以前参加军统的老特务；二、基本人员，多为抗战期间军统各个训练班的毕业生；三、一般分子，主要包括抗战期间从各公开机关吸收的特务，由私人介绍加入军统的及由士兵提升转化的特务。这次裁汰的标准，主要是保留核心分子、基本人员，对一般分子则根据表现予以遴选。被裁汰的人员怒气冲天，保留下来的也愤愤不平：“我们是抗日反共的有功之臣，这样做不是过河拆桥、卸磨杀驴是什么？”戴笠在世时，参加军统是只准进不准出，特务们自以为加入了军统就是捧上了铁饭碗。现在铁饭碗碎了，没碎的了快变成了泥饭碗，特务们一个个都气得破口大骂，不堪入耳。
毛人凤想出了他自己的一套办法来安抚人心。
他一方面仍学戴笠的老办法，每天中午，在局本部与副处长以上人员一起吃饭，一起谈问题，以期增加效率。在和公开特务机关的联系上，也保留军统过去的成例，每月约集宪兵司令、中统局长、警察总署署长、国防部第二厅厅长等开会一次。
保密局成立时，是在南京马台街22号办公，1947年上半年才迁入洪公祠新建的大厦。之后，毛人凤又特别在傅厚岗通往玄武门的马路上，弄了一幢房子，取名“诚庐”，作为各特务单位首脑开会之用。一些有关对付共产党及镇压民主爱国运动等问题，便在这种会议上提出来，以便各特务机关能采取协作的步骤。毛人凤还规定：各省站站长，必须参加各地省一级的特务汇报，以便在反共方面，能取得更多的联系。又规定各省站站长每月至少要召开一次“公秘汇报”（公开和秘密的特务机关负责人的会报），轮流报告各单位工作，然后汇报保密局。
蒋介石对毛人凤的工作也是十分关注。一方面他对毛人凤的能力还持保留意见，另一方面是形势对他愈来愈不利，他也愈来愈指望其特务机关能发挥更大更多的作用，就比以前更加下工夫了。因此，在“军统”改为“保密局”之后，他一再亲自出马对上层成员“训话”，也一再集体地或个别地接见派到各地去的省站人员，指示打气，希望他们多多拼命。而毛人凤在这时期，为了争取表现，巩固其黑暗“事业”，也特别大卖力气。
在保密局时期，所能控制的公开机关，已不如军统时期那样多。而在被控制的机关中，由于权力之争的加剧，其负责人也不如军统时期那样听话。当时，最大的公开特务机关，要数全国警察总署，署长是唐纵。如果戴笠不死，这个警察头子的职位很可能落在“中央警校”教育长李士珍的手上，因李在抗战胜利后所拟的“十年建警计划”很得蒋介石的重视，也有戴季陶等人的极力支持；且蒋之驭下，一向爱用互相牵制的手段，也有意把警权交给李。但戴笠一死，蒋为了使军统的人安心，又把这一组织交给了军统的唐纵。唐既被郑介民和毛人凤挤了出来，为了建立个人的势力，便一心要搞出自己的一套。
唐纵首先提出要使警察人员“正规化”，凡不是警官学校毕业的人不能当警官。所以对于保密局介绍去的人，非经他亲自批准，不派工作，实际上等于拒绝。但蒋介石虽把这个警察组织交给唐纵，但在重要人事上仍要加以控制，特别是一些大城市的警察局长，都得由他亲自决定。因此又造成另一种情况：郑介民和毛人凤既不便越过唐纵去请蒋介石批准；而唐纵也不会为保密局去争取。结果，保密局要在警察系统安插人，更加不顺手了。
抗战胜利以后，各大城市的警察局长，都由蒋介石亲自派出，上海给了宣铁吾，北平给了陈卓，天津给了毛文佐，南京给了黄珍吾。本来，照戴笠的暗中安排，天津要安插李汉元，但这个在天津租界为外国人当了10多年奴才的“天津通”、老“军统”，结果只好屈居毛文佐之下，当了个副局长。南京的警察厅长一职，原本是戴笠留给任建鹏的。在南京撤退时，任建鹏担任首都警察厅保警总队长，带着一批武装保安警察向重庆逃跑时，把首都警察厅的印信带在身边，早已野心勃勃。到重庆后，他改任内政部警察总队长。由于有戴笠撑腰，以为胜利一来，首都警察厅长非他莫属。岂知人算不如天算，蒋介石把这个位子给了别人，他自己只弄到一个汉口警察局长。以后北平的陈卓走了。宪兵司令张镇又推荐他的参谋长汤永成去接充，戴笠派去的副局长祝维屏也没有推上去。一直到1948年，几个大城市的警察局长，才慢慢落到军统的手上，先是天津归了李汉元，北平归了杨清植，上海在解放前给了毛森。因此毛人凤常埋怨唐纵，说“唐先生只会向家里（指军统）要东西，要去了马台街的房子，要去了不少的汽车，要去了中美所的刑事实验室全部器材，就是不肯要人！”特别是以后唐兼了国防部保安事务局长之后，也只挑了赵世瑞等几个人去工作，更加深了军统老特务的反感。
保密局所控制的第二个公开的机关，是交通部全国交通警察总局，先后由吉章简、周伟龙、马志超任总局长。这个局的成员，大都是原来军委会水陆交通统一稽查处和军委会“别动军”司令部及“忠义救国军”的人马，基本上还接受保密局的领导。当时，几条铁路的警务处长，如京沪、沪杭甬的王兆槐，平汉的朱若愚，津浦的吴安之，陇海的程一鸣，胶济的贺元，粤汉的张辅邦，湘桂的史铭，滇越的田动云，都是军统老特务。公路方面，公路总局之下的各地公路局的警卫稽查组和运输处的警稽室，也都由“军统老特务控制。交通警察总局的20多个交通警察总队，也全是由原属军统指挥的特务武装部队改编而成的。”
按照过去军统的传统，公开机关国防部第二厅，也应由保密局控制。这在郑介民以保密局长兼第二厅长的时期，还不成问题。后来郑被免去保密局长和第二厅厅长兼职，由副厅长侯腾升任厅长后，便不愿受保密局的控制。侯还想把原来在第二厅的军统特务排挤出去，一手把持军事情报，而让保密局专搞党政情报，分庭抗礼。毛人凤因为自知在军事情报方面抢不过第二厅，但又不肯放手，只好暗中指使留在该厅的军统成员，继续与保密局保持工作关系，并设法与侯腾捣鬼。一直到逃台之前，双方都钩心斗角，互相争宠。
保密局控制得最多的是各地的稽查处，这是军统从抗战胜利后便首先抢到的公开单位，如上海淞沪警备司令部稽查处长程一鸣、南京卫戍司令部稽查处长何龙庆、北平警备司令部稽查部倪超凡、天津警备司令部稽查处长陈仙洲等等，都是戴笠亲自安排的，以后也一直掌握在保密局手中。至于原来大后方的一些地区，如重庆、成都、西安、兰州等地的稽查处，在保密局时期，也一直没有放过手。另外，各大城市的侦缉大队或刑警处，也都掌握在保密局手中。保密局在各地掌握了这两种公开特务机关，不但对逮捕、搜查、监禁等方面的活动，可用“合法”的面目从事，得到很大的方便。
另外，在保密局控制下的，还有兵工署的稽查处。这个处成立于抗战初期，原来叫警卫稽查处。抗战胜利后仍旧保留下来，改名“稽查处”。保密局内部则称之为兵工稽查处，以区别于各地警备司令部的稽查处。这个处的成立，是专门为了防止共产党在各兵工厂活动和镇压各兵工厂工人的。国民党政府又把各兵工厂工人列为现役军人，不准组织工会。各兵工厂都设有警稽组和警卫大队，他们对待兵工厂工人，也动辄是“军法从事”。抗战期间，这个处的处长是张师，胜利后是廖宗泽，这两人都是投入军统的间谍。
保密局的外围组织，最大的一个要算是“中国新社会事业建设协会”。这个组织，是由抗战时期戴笠所主持的“人民动员委员会”扩充起来的。当时，戴笠的野心很大，想把全国的青帮、洪帮、袍哥、哥老会以及各地的流氓组织统一起来，归他自己领导，以加强军统的外围力量。被邀参加这个组织的委员，有杜月笙、王晓籁、向松坡、杨虎、张啸林、范绍增等近100人。1946年在上海静安寺路丽都花园开筹备成立大会时，各路人马均赶去参加，曾被认为是一个“盛举”。戴笠死后，由军统大特务徐亮负责，已经抓不起来，特别是在发展组织时，遭到CC派和政学系等各方面的攻击与阻挠。其中主要原因，是他们怕保密局掌握了各地帮会组织之后，对于选举“国大代表”和“立法委员”时，会起操纵作用，对于他们的派系不利。郑介民和毛人凤一看风头不对，这个会才在无形中停止了活动。
跟戴笠比起来，毛人凤虽然也有野心，但是时代不同了，他无法再像从前那样无止境地扩张保密局的势力。同时，他也不是一个有大魄力的人，不敢自作主张制定计划，报蒋介石审批后执行。他所习惯的就是在蒋介石划定的框框内，小心翼翼地把上面交代的任务全力完成好。
或许是他自己也了解光凭自己这样按部就班地做事，并不能保证地位的安全。万一某一天一个闪失，那他就再难翻身了。为了给自己增加安全系数，他开始费尽心思地巴结那些国民党的元老人物。