（1）一些药物对营养素的吸收有阻碍作用，其作用方式包括药物对肠道内营养素的直接作用；改变胃肠功能如胃肠内pH值、胆酸活性、胃肠道转运时间、肠道吸收机制、药源性肠炎等，如氢氧化铝可与膳食中的磷酸根结合，形成不溶性的磷酸铝而使磷不能被吸收。过度使用含铝的抗酸药可造成体内磷酸盐耗竭综合征。碳酸氢钠等抗酸药可升高胃肠内pH值，从而影响膳食中非血红蛋白铁的吸收。抗酸药还不利于硫胺素的稳定，长期服用时易导致硫胺素缺乏。消胆胺和降胆宁可阻止胆汁酸在肠道的重吸收，促进胆固醇向胆汁酸转化，从而降低血液胆固醇含量。这些药物同时也降低胆汁酸的活性，因而会引起脂肪、脂溶性维生素、维生素B12及叶酸的吸收障碍。导泻药缩短食物在肠道内的停留时间，可影响糖类、蛋白质、钙、钾等营养素的消化吸收。而对氨基水杨酸等可阻碍维生素B12的肠道转运。大量应用广谱抗生素会破坏肠道中产生维生素K的正常菌群，使可吸收的维生素K减少，从而引起维生素K的缺乏。
（2）多数药物及营养素都在小肠吸收，这是两者相互作用的主要部位。因缺乏足够证据证实药物及营养素间存在主动转运过程中底物竞争作用，故不能认定药物引起的营养素吸收不良，但因药物及营养素吸收时相互竞争是有证据表明，药物可通过干扰运载系统而抑制营养素吸收，特别是所需钠的利用，降低了许多营养素的转运。