脂质的消化是从胰脂肪酶的分泌开始的。脂质含量的增加能够刺激十二指肠的黏膜细胞释放缩胆囊素（CCK）。CCK主要促进胰脂肪酶的释放和胆汁的分泌。胆汁是一种乳化剂能够辅助脂解作用。甘油三酯分解后的甘油一酯和脂肪酸与胆汁混合形成微胶粒。微胶粒更易穿越小肠刷状缘表面的水相介质，使吸收更为充分。到达顶膜后，微胶粒的内容物通过简单扩散进入细胞，而微胶粒重返肠腔被循环利用。短链和中链的脂肪酸及甘油可被黏膜细胞直接吸收并转运到门脉循环。
磷脂的吸收方式与甘油三酯类似。胆固醇也可直接被黏膜细胞吸收。分泌至肠道的胆汁有90%在远端小肠被重吸收，随门静脉血流回输至肝。回流的胆汁可再次被分泌或储存在胆囊中备用。这种循环利用胆盐的途径被称为肠肝循环。
游离脂肪酸被吸收后在肠上皮细胞内重新合成甘油三酯，与胆固醇、磷脂和蛋白质包装在一起形成乳糜微粒。乳糜微粒是脂质在淋巴系统中运行的载体。短链和长链的脂肪酸是水溶性的，因此能够通过易化扩散直接进入血液。进入血液循环的脂质消化产物可被肝脏利用以合成更多甘油三酯、胆固醇及其他化合物。掺入乳糜微粒的脂质经胸导管进入血液循环，被身体各部位的细胞摄取利用，或者被贮存在脂肪组织中。到达肝脏时乳糜微粒中只剩下蛋白质和一些残余的脂质。残留的乳糜微粒被肝吸收以合成新的脂蛋白。
沙奎那韦是第一个上市的蛋白酶抑制药。尽管这种高剂量药物用水服用后仅有5%～10%能进入循环系统，但当患者服用这种药同时摄入高脂食品时，其系统生物利用度可增加5～10倍。新剂型利用这个特点，将药物与脂质载体做成软胶囊。