消化的过程受到中枢神经系统、胃肠激素、神经递质和旁分泌物质的调节。神经轴能够对一餐中的外源性信号（气味、外形）和内源性信号（体积、营养物质的成分）进行反应。
吸收是营养物质（包括水和电解质）从肠腔向血管或淋巴系统运转的过程。机体进化出几种不同类型的转运功能来完成吸收。这些运转功能可以是能量依赖或非依赖的，涉及被动或主动转运、简单扩散、内吞，甚至经过细胞旁路的转移等多种途径。尽管全部小肠都有吸收能力，但大部分的营养物质都是在空肠被吸收的。在胃内容物到达回肠时，营养物质吸收的过程已经几近完成了。
