腹泻常导致营养不良、多种维生素缺乏和多种感染。
（1）营养不良：小儿常因腹泻后营养不良，使全身抵抗力下降而受感染。常见的并发症有皮肤化脓性感染、泌尿系感染、中耳炎、上呼吸道感染、支气管炎、肺炎、败血症。病毒性肠炎偶有并发心肌炎。
（2）鹅口疮：病程迁延或原有营养不良的患儿易并发鹅口疮，尤其在长期使用广谱抗生素后更易并发鹅口疮，如不及时停药，真菌可侵入小儿的肠道，甚至引起小儿全身性真菌病。
（3）中毒性肝炎：腹泻病程中可出现黄疸，多见于原有营养不良的患儿。大肠埃希菌引起的肠炎，并发大肠埃希菌败血症，导致中毒性肝炎。腹泻后病情很快加重，出现黄疸后很快死亡。但如及早发现，及时注射多黏菌素、氨苄或羧苄青霉素，多数患儿可治愈。
（4）营养不良和维生素缺乏：小儿腹泻迁延日久，或反复多次禁食，长期能量不足，易导致营养不良、贫血和维生素A的缺乏。久泻致肝功能受损，维生素K吸收减少和凝血酶原降低，而导致出血。
（5）其他并发症：脱水重时可并发急性肾衰竭。此外，还可出现中毒性肠麻痹、肠出血、肠穿孔、肠套叠和胃扩张；也可因输液不当引起小儿急性心力衰竭、高钠或低钠血症，或高钾血症。婴儿呕吐护理不周时，还可引起窒息。