朱元璋对腐败分子深恶痛绝，为了做到官吏队伍的政治空气清洁，他苦下匠心，把遗留的腐败分子不管社会背景有多大，地位多高，决不留情，一一清除。据洪四年（1371年）甄录天下官吏，八年（1375年）兴起空印案，十三年（1380年）连坐胡惟庸党，十八年（1385年）穷治郭桓案，十九年（1386年）逮捕积年害民官吏，二十三年（1390年）
严惩妄言者。每次集中清洗，都使大批官吏丧命，少者数千人，多者数万人。其中以空印案、郭桓案规模最大，牵连被杀者共有数万人。
所谓“空印”，就是在空白表册上加盖印章。按照当时规定，各布政使司以及府、州、县，每年都要派计吏到户部报告地方财政收支账目，经户部审核，各项数字完全相符，才准许结账。如有不符，即使数额很小，户部也要驳回，需要重新填造表册。布政使司和府、州、县距离京师，远的有六七千里，近的也在千里上下，回到原衙门重新造册盖印，近的来回要花费十天半月时间，远的则需在路途上奔波数月，十分不便。为了减少麻烦，节省时间，及时结账，逐渐形成了一项惯例，就是各地计吏都带上盖好印章的空白表册，遇到户部驳回，便可就地重造。这种空白表册上盖的是骑缝章，除了向户部报账外，无法移作别用，所以谁也不认为这么做有什么不妥。不料在洪武八年（1375年），朱元璋偶然了解到这种情况，认为其中一定大有跷蹊，龙颜大怒，下令将户部尚书和各地衙门的长官全部处死，副职以下的官员杖一百，发配远方充军。数千名官员，就这样稀里糊涂地成了刀下鬼。
朱元璋的做法拘于严厉，但当时的社会背景若果不采取这种措施，社会就不安宁，百姓就受遭殃。因此采取这一厚黑决策并非是过失而是大得民心，大得人心。也教育、镇压一批正在迷惘的犯罪分思想悔悟。除了上述之外，使百姓憎恨的营私舞弊案。
郭桓案发生在洪武十八年（1385年）三月。当时，御史余敏等举告北平布政使司、按察使司的官员李或、赵全德等，与户部侍郎郭桓、胡益、王道亨等相互勾结，营私舞鳖，侵盗官粮。朱元璋命令将有关人员逮捕，严加追查。据朱元璋后来公布的材料说，经过审讯查明：郭桓等收受浙西秋粮时，有一百九十万石米私自卖掉，没有上仓入库；又接受浙西四府钞五十万贯；又串通承运库官范朝宗偷盗金银，患通广惠库官张裕擅自支取钞六百万贯；除去盗取库中宝钞、金银以外，盗卖库存和未入库的税粮，以及鱼、盐等各项税收，共折米二千四百多万石。于是，朱元璋下令将牵连人内的礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦至德等斩首示众，六部左右侍郎以下全部处死，涉及到的各布政司官吏也均被诛杀。此案株连被杀者，多达数万人。由于株连太广，闹得举国惊慌，许多人抱怨“朝廷罪人，玉石不分”。朱元璋为了平息众怨，将郭桓等人的罪状公开宣示天下，又斥责原审法官吴庸等生奸害民，用磔刑残酷处死。
朱元璋身为明朝开国国君，以身作则，执法如山，不管皇亲国戚犯了法，都一视同仁面对法律的尊严，也毫不容情。朱元璋在西北边境地区实行茶马贸易，即用内地的茶叶换取少数民族的马匹。这种贸易都是由官方进行，贩运私茶悬为厉禁。可是，驸马都尉欧阳伦却不顾禁令，派家人周保去贩茶牟利。周保等倚仗权势，所到之处，横行霸道，骚扰百姓，并强迫地方官府派车运茶，先后征用了五十辆车。到达兰县（今甘肃兰州）河桥巡检司时，周保肆意殴打小吏，小吏不堪忍受，向朝廷告发。朱元璋勃然大怒，将欧阳伦和知情不报的布政司官全部处死，周保等悉被诛杀。朱元璋还写了一道敕书？派人送到河桥巡检司，褒奖那位告发的小吏。欧阳伦的妻子安庆公主，马是马皇后亲生，很受朱元璋宠爱，可朱元璋为了维护法纪，整肃吏治，宁可让自己钟爱的女儿做寡妇，也不肯曲法赦免欧阳伦。
在“刑用重典”原则指导下，明初对贪官污吏的清洗打击，带有浓重的血腥气味，许多刑罚残酷异常，令人毛骨悚然。可是，这种严酷政策确实带来了吏治的改观。《明史·循吏传》对明初吏治状况给予极高评价，说：“一时守令畏法，洁己爱民，以当上指，吏治涣然丕变矣。”也许，正像朱元璋所说，仁政“推之于君子则可，小人则不可”，在贪官横行的非常时期，只能采取非常手段。