陈友定，字安国，福建福清人。他出身贫苦，幼年父母双亡，为人佣工，红巾军进入福建，他因参加抗击红巾军升为县尹，1362年（至正二十二年），陈友定攻战了汀州，被升为福建行省参政，八月，官至福建行省平章政事，镇守闽中八郡。方国珍招降后，朱元璋开始兵分三路挺进福建。1367年（吴元年）十月，他令胡廷瑞为征南将军，何文辉为副将军，率领南昌、宁国、无为等诸路步骑兵由江西进入福建。这一路军于十一月份渡越杉关，先后攻克了光泽、邵武和建阳。同年十二月，朱元璋出奇兵又命汤和、廖永忠、吴祯等率舟师从明州由海路攻取福州，此为第二路。再命李文忠率第三路军由浦城攻取建宁。三路大军分道进取。李文忠率兵三万从浙江南下，打败友定部将胡璃，进驻浦城，汤和率军从福州南门攻人城中，占领了福州，1368年（洪武元年）正月，胡廷瑞率军攻占了建宁；汤和也率军直抵延平城下；廖永忠也率兵渡水到达延平西门。延平被围，陈友定部将刘守仁归降汤和。汤和乘机猛攻陈友定，城破，友定被押往应天，父子同时被杀。至此，福建全境平定。平闽战役结束后，接下来就是两广。攻取两广的战役部署，也是分三路。第一路出发比较早。早在1367年（吴元年）十月，朱元璋就命令杨憬、周德兴等率领武昌、荆州等各路军民由湖南进取广西。第二年正月抵达广西永州（今湖南零陵），经过数月浴血奋战，才攻克此城，随后又克全州今广西全县）。不久，杨憬又围困靖江（今广西桂林）。1368年二月，朱元璋又任命廖永忠为征南将军，朱亮祖为副将军，率第二路军自福州从海道进攻广东，同时第三路军马由胡通、陆仲亭率领，从韶关出发直捣德庆，三路大军的第二路为主力，互相配合，互为犄角。朱元璋特别指示廖永忠：可先遣人招降广东领袖何真。又指出广东要地是广州，攻打广东主要是先拿下广州，然后再与杨憬合兵攻广西。廖永忠按指示行事，何真归降，被朱元璋授予江西行省参知政事；1368年四月，陆仲亨领兵连克英德、清远、连州、肇庆、德庆等郡县，随后廖永忠率部，沿西江入广西。派朱亮祖率军北上与杨憬合兵，进围靖江（广西桂林）。杨憬率部屯兵北关，张彬屯兵西关，朱亮祖屯兵东门象鼻山下。时持时战，交战两个月，最后，杨壕以张宋为内应，攻人城中，元守将也儿吉尼被擒，攻克靖江。不入，南宁、柳州也相继归降，至七月广西平定。
浙东、福建、两广克平后，朱元璋北伐已无后顾之忧。而且江南富饶，为北上灭元提供了可靠的保证。
北伐出师之前，朱元璋对北伐的作战计划和战略部署进行了认真反复的研究，1367年（吴元年）十月十七日，朱元璋召集诸将，商讨北伐战略战术。常遇春等人纷纷出谋划策，但都不完善，最后，朱元璋提出了一个先解决外围，砍掉羽翼，然后再攻腹心的作战方案：“先取山东，撤掉）大都的屏障；再回师河南，翦断他们的羽翼，力拔潼关据守，占领他们的门户。这样东、西、南三面军事要塞全掌握在我军手中，之后再攻取大都，那时元朝已是势孤援绝，则不战而下了。大都拿下，擂鼓西进，云中、九原以及关陇，可席卷而下”这个战术稳扎稳打，步步推进，集中兵力，分割歼敌，扫清外围，再捣腹心。得到了诸将的赞许。同年十月二十一日，朱元璋任命徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率军二十五万，由淮入河，北伐中原，出发前，朱元璋特别告诫徐达：“我把北伐重任交给你，队伍出发以后，一定要部队严整，上下同心，进退审慎，灵活机动，才能战无不胜，攻无不克。”又说：“作为统率三军的大将，一定要立威势，立威信则将士听命，势重则敌不敢犯。”又叮嘱他：大敌当前，以遇春作先锋，和参将冯胜分左右翼将精锐进击。右丞薛显、参将傅友德勇冠诸军，各领一军，使其独当一面，你大将军专主中军，责任是运筹帷幄，决胜千里，策励诸将，不可亲自出动。然后向将士申明纪律，所经之地，不许杀人，抢财物，不许毁坏房屋，破坏农具；不许杀耕牛，掠人子女。为了号召、动员，组织人民支持北伐，北伐前，朱元璋发布讨元檄文，檄文这样写道：
……自是以后，元之臣子，不遵祖训，废坏纲常……
至于弟收兄妻，子承父妾，上下相习，恬不为怪，其于父子、君臣、夫妇、长幼之伦，渎乱甚矣……及其后嗣沉荒，失君臣之道，又加以宰相专权，宪台报怨，有司毒虐，于是人心离叛，天下兵起，使我中国之民，死者肝脑涂地，生者骨肉不相保……“当此之时，天运循环，中原气盛，亿兆之中，当降生圣人，驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民……”……予恭天承命，罔敢自安，方欲遣兵北逐群虏，拯生民于涂炭，复汉官之威仪。虑民人未知，反为我仇，挈家北走，陷溺尤深。故先谕告：兵至，民人勿避。予号令严肃，无秋毫之犯，归我者永安于中华，背我者自窜于塞外。
……如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异。
檄文谴责元朝上层统治阶级破坏封建伦理纲常，渎乱君臣父子、夫妇、长幼之伦的罪过。提出了“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的民族斗争口号，宣布北伐的目的，就是要“拯生民于涂炭”。这对于深受元朝统治的广大贫苦百姓，有极大的感召力，对北伐起了一定的积极作用。北伐军先攻山东。早在平江战役结束后，朱元璋就派张兴率一千精锐赴淮安待命，准备以后会同大军进攻胶州、登州（今山东蓬莱）等地，攻取山东，有两条进军路线可供选择。徐达决定由江淮北经沂州（今山东临沂）直取益都。十月二十四日，徐达、常遇春抵达淮安与张兴会师，收降沂州，周围峰州、日照等县也不战而降，徐达准备直达益都，朱元璋派人告诫徐达：取益都，应先守住黄河要道，隔断其援兵。于是徐达令韩政守黄河要道，又令张头祖率兵取东平、济宁，自己亲率大军一举攻克益都。又连克寿光、临淄、昌乐等州县，十二月，收复济南、莱阳等州县，不久，东平、济宁也被收复。1368年（洪武元年）二月，常遇春又攻克东昌（今山东聊城）等州县。三月，北伐军平定山东全境，降卒三万二千余人，马一万六千余匹。第二步由山东攻取河南，1368年（洪武元年）三月，徐达自郓城率舟师渡黄沙；直奔汴梁东北的陈桥。汴梁不战而降，四月初，徐进塔儿湾（今河南偃师附近），与元将脱因帖木儿五万兵交战，元军惨败，接着徐达又未动干戈率军就进入河南府（今河南洛阳）。朱元璋又另派冯胜率兵西取陕州，随后直逼潼关。元守将弃潼关而逃，至此，河南全境尽归朱元璋所有。
就在北伐军以迅雷不及掩耳之势横扫中原时，元朝上层集团正在内讧、打内战，当北伐军攻下潼关，准备取大都之时，元顺帝才慌了手脚，但一切都似乎太晚了。1368年（洪武元年）五月下旬，徐达提出直取大都的作战方案，并向诸将提示两点：一是北方地势平旷，利于骑战，要选备精锐骑兵；二是粮饷供应筹措可从山东解决。七月，徐达率军渡河北上，在临清汇集各路兵马。令傅左德率骑兵开辟陆路，又令顾时疏通河道，七月十五日，徐达自临清率水陆大军同时并进，很快达德州，又会同常遇春等几路兵马，直取长芦（今河北沧州），二十二日攻克大沽（天津狮子林桥西）并占领出海口，又乘胜抵达通州附近。二十七日夜攻克通州。元顺帝非常地惊恐，连夜召集太子、后妃，收拾细软出德胜门逃往上都，八月二日，徐达率北伐军浩浩荡荡开进大都。斩监国淮王帖木儿不花，中书左丞相庆童等人还下令封闭了元朝府库、图书户籍和宫殿，元朝灭亡。