朱元璋被郭子兴任命为和州总兵，驻守在和州城中的众将官，多数都是郭子兴的部下，资深年长。起义时间也比朱元璋长，而朱元璋从总管升为和州总兵，节制诸将，论资历他最浅，论年纪他最轻，他料想诸将不会服气，为了树立威信，使大家对他服气，朱元璋先让手下人将议事大厅主将的公座撤掉，只摆上几条长木凳。次日五鼓，召集各位将领到议事大厅议事，朱元璋有意迟到，一看十来个将领都已经就座。当时坐席以右为尊，朱元璋到达后，见大家都已经落座，就只有一个末座留给他。朱元璋见此并没有动声色，讨论军政大事，诸将都呆若木鸡，闭口不语；轮到元璋发言，他对敌情形势剖析准确透彻，提出的办法有理有据，诸将听后，连连点头称是。日子一长，大家觉得朱元璋年轻有为，有胆有识，办事公道，确有长处，稍稍有些心服。只有个别几个将领仍然是口服心不服。接着，朱元璋又召集诸将商议修筑城墙防御工事，分成若干段，每位将领每人认定一段，限定三天完工，三天过去了，朱元璋同各个将士一同检查验收。朱元璋负责的一段，已经由徐达率众修完，而其余各段都没有完成。朱元璋认为这是一个整顿纪律、制服诸将、树立威信的好机会。检查完毕，回到议事大厅后，朱元璋把主将公座朝南一摆，板起了面孔来，将郭子兴的令牌放在上面，让诸将叩头朝拜。然后非常严肃地说：
“总兵乃主帅之命，非我擅自专权，总兵责任重大，不可没有法纪；今修城一事皆不能如期完工，贻误军机与事何补？话要说明白，既往不咎，自今以后，如再有违令者，军法从事！”诸将自知理亏，谁也不敢吭气，只好谢罪。再有徐达、汤和等人非常守纪律，服从命令，而且对朱元璋毕恭毕敬，也为诸将树立榜样，加上李善长善于疏通协调，朱元璋本人做事有板有眼，有分寸，有节制，众人也都看在眼里，久而久之，在诸将的心目中，其总兵的威信也就树立起来了。郭子兴的队伍成分比较复杂，义兵、民兵、流民、流氓、地主武装全有。原本纪律就很差，他们每每攻破城池，就抢掠四邻，不分地主富豪还是平民百姓，全部都打劫一空，烧杀抢掠，无恶不作。这一次攻占了和州，他们还是恶习不改，破城横暴，虏人妻女，闹得百姓妻离子散，家破人亡，民众怨恨。谋士范常提醒朱元璋说：“得一城而使人肝脑涂地，何以成大事？”朱元璋也感到问题严重，立即召集诸将，申明大义。他说：大军从滁州来时，人皆只身，并无妻小。入城虏人妻女，使百姓夫妻离散，军队没有纪律，怎能安抚地方。并下令：今后取城池，凡所得妇人女子，只有无丈夫、未出嫁的可以留下，有丈夫的妇女不许占有。第二天，元璋下令召集全城的妇女、男人皆到衙门口前集合，让男人们分列门外大街两旁，将掠来的妇女从衙门内列队而出，让他们夫妻相认，父子相聚，合家团圆。朱元璋这一举动，深得民心，百姓们奔走相告，合家欢庆。至正十五年（1355年）三月，因为濠州缺粮，孙德崖率兵到和州就食。朱元璋虽然害怕他会图谋不轨，却又担心两军发生点什么事，只得暂且容忍。就在这个时候，忌嫉朱元璋的一些人向郭子兴进谗言，说朱元璋投靠了孙德崖，借此离间他们的关系，想除掉他，郭子兴本来就心胸狭隘，再加上他和孙德崖原本就不和，非常生气，他一气朱元璋不该让孙德崖进驻和州，二恨孙德崖不该强行到他的地盘就食。现在听别人如此说，更是怒发冲冠，于是匆忙赶到和州问罪，事先朱元璋根本不知道郭子兴来和州，当他知道郭子兴已到和州后，急忙深夜前来面见郭子兴。见子兴脸色不好，急忙跪下，不敢吭声；郭子兴看着他，过了好长一段时间才发问：“你可知罪，罪责难逃！”朱元璋急忙放低声回答：
“儿女有罪，然家事可早可晚，外面事要速想办法。”子兴忙向：外事指什么？朱元璋仍压低声音说：孙德崖在此地，昔日与大人积怨尤深，现城内外都有他的军队，要马上作好安排，以防不测。
郭子兴听后，才知道自己听信谗言，错怪了朱元璋，心中的疑虑和怨气全都消了，反而还安慰朱元璋，说自己是听了别人的话，让他不要介意。
孙德崖得知郭子兴深夜赶来和州的消息，第二天天还不亮，他就派人告诉朱元璋：你丈人来了，我准备去别处。朱元璋感到事情不妙，一方面派人告诉郭子兴及早作好准备，而自己马上去见孙德崖。见到孙德崖，朱元璋说：何必这么急着要走？孙德崖说：你丈人不好相处，我得走。朱元璋观他神色，似乎不想火并。于是就说，现两军同住一城，应该先让队伍走，元帅殿后为好，万一发生摩擦，也好解决，别伤了和气。
孙德崖听了朱元璋的话，表示同意。朱元璋这才稍稍放心，并亲自为孙德崖的队伍送行。谁知刚走出十多里地，正准备回城，突然接到报告，说城里两军交火了，伤亡不小，朱元璋听后，忙将一起同来的耿柄文、吴祯叫住，勒马飞奔回城。不料，路上又被孙军擒住，并且还用铁索锁住他的脖子，孙德崖的弟弟举刀想杀死朱元璋，被身边的军官劝住，说孙元帅现在还在城里，你杀了朱公，那么孙元帅还能活吗？不如我们先派人进城看一看再做道理。于是派一军官，立即进城，发现孙德崖也被锁着脖子，正在那和郭子兴对饮，这样朱元璋才未被杀。郭子兴不久得知朱元璋落在了孙军手上，也非常着急，决定与孙军走马换将，双方达成协议，先由郭子兴用徐达等人换回朱元璋，朱元璋回城后再放孙德崖，孙德崖回去后再放徐达等人。几天以后，朱元璋脱险回城。郭子兴最恨孙德崖，这次有机会抓住他，原本想杀了他以泄上次被囚受辱之愤。没想到朱元璋也被孙军俘虏，无奈之下只好放了孙德崖。这口气始终闷在心里，忧郁成疾，不想这病越来越重，不到三个月的时间，便不治身亡了，朱元璋、张天佑以及郭子兴的儿子郭天叙还有郭子兴的夫人护送灵柩回滁州安葬。由于在这件事中，全仗朱元璋的帮助，孙德崖才化险为夷，所以他在心中一直对朱元璋心存感激之情，如今郭子兴去世了，朱元璋十分伤心，在他称王后，他追封郭子兴为滁州王，并为其立庙祭祀。