1937年3月，新疆省政府主席盛世才报请南京国民政府批准，任命包尔汉为中国驻苏联斋桑领事馆领事。包尔汉接到通知后，途经塔城前往苏联，又一次走出国门。
“七七”卢沟桥事变的消息传到斋桑，包尔汉立即中止了准备组织到苏联各地参观的活动，把全部精力投入到支援国内抗战的工作中去。包尔汉组织领事馆全体工作人员开座谈会，讨论如何为抗日救国出力。他含泪讲述团结抗日的重要性，动员大家积极捐献。在包尔汉的带动下，领事馆全体工作人员节衣缩食，把省下的15000卢布邮回国内，支援抗日战争。包尔汉还在斋桑的华侨中间积极宣传抗日，动员他们捐钱捐物，支援国内抗战。
1938年2月，盛世才电召包尔汉回新疆述职，3月底包尔汉离开斋桑途经阿拉木图回国，入境后乘坐运货的汽车前往乌鲁木齐，途中被盛世才派来的武装人员押送到伊犁，4月12日又被押送到乌鲁木齐第二监狱。
包尔汉被捕后，接受了多次审讯，监狱当局给他安上“帝国主义走狗”、“里通外国”、“依靠德国和日本势力在新疆搞独立的回教国家”等莫须有罪名。包尔汉当然不能承认这种诬陷，结果就招致重刑，审讯人员强迫他跪到碎砖头上，还要高举双手，搞得他昏死过两次。醒过来后，包尔汉试图进行辩解，但招来的仍是刑罚，让他高举双手连续站立20多个昼夜。这种审讯持续了两年，1939年11月底又把他关在黑牢里达60多天。
盛世才在新疆的倒行逆施引起各族人民的反抗，尤其是北疆各地爆发多次武装斗争。当了10年多“新疆王”的盛世才，已经无法维持他的反动统治，他同国民党之间的明争暗斗也遭到失败。1944年8月，重庆国民政府任命盛世才为农林部部长，他带着自己在新疆搜刮的金银钱财乘飞机离开新疆，由吴忠信接任新疆省省长。吴忠信主政新疆后，为了标榜自己的新疆政策与盛世才不同，使出了“治新三板斧”，即清理监狱、宣抚地方和敦睦邦交，包尔汉才得以获释出狱。
在盛世才的监狱中，包尔汉经受了残酷折磨和非人待遇，但他始终没有丧失信仰，在黑暗和潮湿中，他曾用火柴梗蘸墨在莫合烟纸上写了一篇维文诗《崇高的敬意献给毛泽东》，诗中写道：“无论狂风暴雨、山崩地裂，都扑不灭我心中对您无限热爱的火炬！”在身体极度虚弱的情况下，他写下了大量诗歌、散文以及有关历史、语言方面的文章，还写过反映新疆教育事业状况的剧本《阿合买提校长》。这些文稿，除极少数在解放后曾整理发表过外，其余绝大部分都在“文化大革命”中散失了。
包尔汉在狱中编写了一部《维汉俄辞典》，并将孙中山先生的《三民主义》一书译成维语。最为著名的作品，是包尔汉在狱中写的剧本《火焰山的怒吼》。这个剧本取材于1913年到1914年新疆吐鲁番克孜里塔克山（即火焰山）一带发生的维吾尔族农民领袖艾买提领导农民起义的史实，这次起义是继1911年在哈密爆发帖木儿起义失败后掀起的又一次有影响的农民起义。艾买提率领义军在吉木萨尔等地的山中转战，机动灵活地同敌人斗争。在斗争中，维吾尔族和汉族人民结下了战斗友谊，起义最后由于叛徒的出卖而失败。剧中的很多情节，就是根据这次起义的真人真事写成的，一些人物如艾买提、赵正奎、夏克尔、阿依木汗、依明、夏依提等，都是真实姓名。
剧本运用细腻的文学笔法，饱含深情地歌颂了新疆近代历史上起过重大作用的农民斗争，歌颂了维、汉族人民在反压迫反剥削斗争中结成的战斗友谊，表达了各族人民对盛世才反动统治的憎恨，以及希望人民起来推翻其反动统治的强烈愿望。
这个剧本的初稿是1942年在监狱里写成的。初稿完成后，几经周折，逃过了反动派的多次查抄，终于保存下来，并于1961年重新修改定稿。1962年剧本公开发表后，受到文艺界的普遍欢迎和好评。中央实验话剧院、新疆自治区话剧团先后将该剧搬上舞台，上海文艺出版社将剧本公开出版。