中央政府非常关心西藏的民主改革。1956年陈毅副总理率中央代表团到拉萨庆祝西藏自治区筹委会成立。在自治区筹委会成立大会上，曾做过关于进行民主改革准备工作的决定。西藏平定叛乱之后，原西藏地方政府已经解散。毛泽东在北京接见阿沛·阿旺晋美时指出，西藏民主改革的问题，随着叛乱的迅速平定，现在已经有了条件，要根据西藏的特点逐步改革，在改革中要严格执行政策，要团结各阶层的爱国僧俗人民，要区别对待没参加叛乱的、被裹胁参加叛乱迅速投诚的和坚决参加叛乱的农奴主，保护宗教信仰自由和文物古迹。1959年3月21日，中共中央发布了《关于在西藏平叛中实现民主改革的若干政策问题的指示（草案）》。
根据党中央、毛泽东的指示，西藏自治区筹委会于1959年7月召开第二次全体会议，作出了关于进行民主改革的决议，从此开展了轰轰烈烈的民主改革运动。
在平息了3月10日的叛乱后，恰逢西藏地区的春耕播种时期。西藏工委于4月4日报请中央批准，确定了一个“谁种谁收”的政策，加上风调雨顺，当年农牧业都获得了丰收。这样，当年的粮食生产问题解决了，老百姓的生活有了保障，西藏的民主改革就有了更坚实的基础。
在封建农奴制社会，农奴没有自己的土地，没有人身自由，连自己的身体都不属于自己，祖祖辈辈受压迫、受剥削，哪里来的生产劳动积极性呢？他们基本上还是奴隶！在党的领导下，实行民主改革，农奴成了新社会的主人，成了西藏土地的主人，有了自己的土地，生产热情就高涨了。生产发展了，生活就得到了显著的改善和提高。
在民主改革过程中，阿沛·阿旺晋美经常深入调查研究，针对有些地方的土地改革出现操之过急的问题。阿沛认为，过去封建农奴制社会，农民受压迫，受剥削，生活一直很苦，民主改革后，有了自己的土地，又获得丰收，生活有了明显改善，需要有一个相对稳定发展的时期，有些政策的出台不能太快太急。
中央政府高度重视阿沛·阿旺晋美的意见，指出西藏目前应该稳定发展，就是要稳定一个时期发展个体经济，可以先搞互助组形式，短时期内不搞合作社，连试点也不搞。让刚翻了身的农奴休养生息，尝尝自己土地的香味，尝到民主改革带来的好处。事实证明，中央提出稳定发展的方针，不照搬内地省份的做法，短期内不办农业合作社，是完全正确的，是符合西藏实际情况的。
因此，在西藏进行的民主改革，没有像内地土改那样划分地主和富农阶层。这是因为西藏地区是封建农奴制经济，没有或只有极少数的自耕农，没有自由雇工，所以还没有达到资本主义经济形态，因此西藏没有富农经济和富农阶级。此外，西藏如果硬要按照内地的做法划出一个富农阶级，不仅不符合实际，还容易混淆敌我界限，扩大打击面，达不到团结大多数、孤立打击极少数的目的。
阿沛·阿旺晋美按照中央政府的指示精神，在西藏自治区党委的领导下，参与主持制定了西藏民主改革的方法、步骤和许多具体政策，使西藏的平叛和民主改革顺利进行并取得成功。阿沛·阿旺晋美从西藏的实际出发，把坚定的革命原则和灵活的策略相结合，除对叛乱的农奴主实行没收政策以外，对未参加叛乱的农奴主和其他上层人士实行赎买政策，这成为在西藏解决民族问题的一项成功创举。通过民主改革，推翻了罪恶的封建农奴制，百万农奴彻底翻身解放。阿沛·阿旺晋美为西藏民族的发展进步，为西藏人民的自由幸福，作出了重要贡献。