1950年10月，在与西藏当局和平谈判毫无进展时，为了尽早尽快解放西藏，人民解放军被迫举行昌都战役。此时，阿沛·阿旺晋美是西藏地方政府昌都地区的总管。在战役最后阶段，阿沛·阿旺晋美率残部西撤至拉贡附近，当听说解放军已堵住去路后，折回昌都西的朱古寺与解放军联系，并命令藏军全部放下武器，昌都战役全部结束。
解放军发起昌都战役的胜利，震慑了西藏上层统治集团，摄政达扎不体面地下台，正当西藏反叛势力为策动达赖喇嘛外逃而乱作一团的时候，阿沛·阿旺晋美从昌都派人专程来到拉萨，转达中央人民政府和毛泽东主席关于和平解放西藏的意见，建议噶厦速派和谈代表赴京，保证达赖喇嘛的人身安全，保证西藏政教事业及贵族利益不受侵犯。为响应中央人民政府的建议，达赖喇嘛亲政后，于1951年2月派出西藏地方全权代表5人前往北京，与中央人民政府进行谈判，达赖选中的首席代表便是阿沛·阿旺晋美。
根据达赖的指示，阿沛·阿旺晋美带领土登列门、桑颇·丹增顿珠于3月29日从昌都起程，4月22日到达北京，凯墨·索安旺堆、土丹旦达携带达赖喇嘛和噶厦关于和谈的委托书，从亚东经加尔各答、香港于4月26日到达北京。受毛泽东主席的委派，周恩来、朱德和各界群众数千人到车站欢迎西藏和谈代表。
到达北京后，阿沛·阿旺晋美率代表团拜见了中央政府领导人，呈交了达赖喇嘛的信件和礼品，不久即同中央指定的全权代表李维汉、张经武、张国华、孙志远等，就和平解放西藏问题开始谈判。双方代表通过亲切会谈，交换意见，平等协商，很快就许多原则问题取得了一致意见。阿沛·阿旺晋美和西藏代表接受了中央政府提出的10条建议，西藏代表提出9条建议，中央政府代表对正确的部分加以采纳和研究，对不合理的部分进行了耐心解释。
在谈判过程中，西藏代表对宗教信仰、寺庙收入等提的建议较多，中央政府大都采纳了。所以，当谈判代表签订协议返藏后，不少寺庙和宗教界人士纷纷给阿沛·阿旺晋美等谈判代表写信，对他们的努力表示满意和致谢。
协议中最关键的条款，即关于人民解放军进入西藏、巩固国防这一条。阿沛·阿旺晋美及谈判代表指出，由于噶厦曾交代不得许诺，所以代表团不愿接受。中央政府谈判代表当时并没勉强他们，而是耐心地解释解放军进藏的目的和任务，并拿出清代历史文件，证明中央有权派军队入藏，而且早有先例，说明巩固国防是全国各民族的共同任务。阿沛·阿旺晋美及谈判代表逐步消除了顾虑，就积极协助人民解放军进藏问题最终达成了协议。
经过友好协商和共同努力，以阿沛·阿旺晋美为首席的西藏地方政府代表团，和以李维汉为全权代表的中央政府代表团，于5月23日签订了和平解放西藏办法的“十七条协议”，并向全世界作了公布。同时，西藏代表也立即发电报给达赖和噶厦，报告了“十七条协议”的内容。阿沛·阿旺晋美身负重任，完成了这项历史性任务。