1945年9月2日，日本政府在投降书上签字，宣告日本无条件投降。为了加强党对东北地区的领导，9月15日党中央决定成立彭真任书记的中共中央东北局，9月18日，彭真等到达沈阳。9月21日，在沈阳大帅府召开会议，宣布东北局正式成立，局机关设在沈阳。
遵照中央指示，刘锡五和朱光、郭维城以及林彪等一起，由曹里怀带一个团护送，从中共中央北方局所在地濮阳出发，途经承德于10月下旬抵达东北局所在地沈阳。
抗日战争胜利后，以蒋介石为首的国民党统治集团，极力抢夺抗战胜利果实。具有重要战略地位和丰富资源的东北，更成为他们抢夺的目标。但是，由于国民党军队不能很快进入东北。于是国民党就先在东北各地建立党部、成立反动的社团，收罗日伪残余分子。刘锡五奉命调到嫩江后，与国民党展开了场艰苦卓绝的斗争，建立起巩固的嫩江根据地。
10月底，根据彭真的指示，刘锡五带领嫩江工委人员来到了省会齐齐哈尔。在齐齐哈尔组织了民主大同盟，建立了人民自卫军，对开辟嫩江根据地和剿匪斗争，建立嫩江省政权，起到了重大作用。
11月9日，中共嫩江省工作委员会成立，彭真及东北局决定刘锡五任书记，于毅夫、王明贵、朱光等为委员。同时，改嫩江省人民自卫军为东北人民自治军嫩江省军区，由王明贵任司令员，刘锡五任军区政委。
东北局指示刘锡五，当前的主要任务是，在接管东北的过程中，与苏联军队密切合作，广泛发动群众，坚决肃清土匪，建立人民政权，完善政权组织，创建和巩固嫩江革命根据地。
刘锡五坚决贯彻党中央、东北局的指示，11月15日他致电中共中央东北局，提出了今后一个阶段的主要任务，报告中说：“我们的中心工作是扩军，建立各级人民政权，发展和壮大我党在东北的力量。”接着，刘锡五主持召开军政会议，研究战略计划，决定集中力量拒绝国民党反动派派来的以彭济群为省主席的嫩江省政府来嫩江接收，力争巩固齐齐哈尔。
12月27日，他在给东北局的报告中提出了建军计划，力争在短期内扩军达到l万2千人，并给各市县下达了建军、扩军任务，嫩江省机关迁到甘南之后，刘锡五一方面部署开展根据地建设的各项工作，一方面与王明贵等军事干部，共同研究剿匪大计，确定省军区的主要任务是先除掉甘南外围土匪武装，站稳脚跟后再一口一口吃掉国民党盘踞在嫩江的土匪。由于刘锡五采取了政治攻势与军事打击相结合的正确方针，很快就肃清了甘南一带的匪患，粉碎了敌人企图进攻甘南、消灭我嫩江省政权的阴谋，从而极大地鼓舞了斗志。
从1945年末到1946年3月，嫩江省人民自卫军在剿匪中，按照集中优势兵力，采取一口一口吃掉的战术，展开了全歼土匪的斗争，消灭土匪近万人，在仅仅一年多的时间内，活动在嫩江的几股土匪全部被消灭，争取了军事上的主动权。我军在剿匪中，一面发动群众，一面领导斗争，每解放一个地方，就帮助建立地方政权和武装，先后解放了齐齐哈尔及周围的各个县城，国民党省政权陷于日益孤立的境地。