在雍正、乾隆、嘉庆三朝时期里对康熙时天主教的禁教活动推向高峰，经过雍正与乾隆两朝的种种打击，天主教活动从地上活动完全转为地下活动，虽然政府严励打击，但这种活动依然很活跃。嘉庆帝即位后，由于白莲教等民间宗教对清朝政府威胁越来越大，朝廷将天主教也视为一种地下民间宗教，采取了更严厉的态度。终于在1805年全国性地展开了彻彻底底地大禁教活动，清政府制定了禁止外来刻书传教活动，并且查办有关西洋教程。1811年又发生一次全国性大教案，1812年发生了西藏齐马事件和贵州驱教案，1813年-1814年又在湖北、广东发生多次驱教案。由于天主教活动在国内已具有扎实的影响，所以在雍、乾、嘉三朝大规模的禁教之下，仍然不能从中国彻底消灭和根除。至鸦片战争前，中国天主教徒达二十万以上。这说明，宗教作为一种文化现象，绝不是以行政方式或暴力手段所能消灭的。清政府在禁教的同时实行了“闭关”政策，断绝了中国与西方的联系，这又在一定程度上延缓了中国文明的发展，导致中国文明闭塞倒退。
