康熙二十九年（1690年）和康熙三十五年（1696年），康熙帝通过两次亲征蒙古噶尔丹后，噶尔丹部已元气大伤，陷于灭亡的绝境。但噶尔丹仍试图作垂死挣扎。为此，康熙三十六年（1697年）二月，康熙帝又一次亲征噶尔丹，率军西渡黄河进至宁夏。康熙帝亲自部署军事，命马思哈、费扬古出贺兰山，萨布素往克鲁伦河，两路进兵。而此时，噶尔丹的倒行逆施和残酷搜刮，早已激起各族人民的愤慨。噶尔丹的部属也分崩离析，纷纷向清政府投诚，并积极担任向导，带领清军深入平叛。噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦配合清政府的进攻，在阿尔泰山设伏，准备捉住噶尔丹献给朝廷立功。闰三月九日，康熙帝命孙思克和李林隆各率二千精兵分路搜剿噶尔丹。十三日，噶尔丹在绝望中服毒自杀。噶尔丹叛乱平定后，清政府即遣送喀尔喀各部重返自己原来的牧场休养生息，蒙古高原恢复了宁静。
