三藩之乱过后，清朝大陆上基本实现了安定、统一，于是清政府开始着手解决台湾问题。此时郑成功已死，其子郑经与叔父郑袭为争权发生火并，局势混乱不堪，1681年，郑经死，其子郑克最后占据了权位。康熙二十二年（1683年），福建水师提督施琅率领战舰二百多艘，兵士二万人，从福州出海，攻取了澎湖。郑克主动投降，清军顺利收复台湾。第二年，清朝在台湾设置台湾府，下设台湾、凤山、诸罗三个县，归于福建省管辖；并派兵万人驻防台湾。台湾府的设置，加强了台湾同大陆的联系，巩固了国家的海防。
