反舰导弹是指从舰艇、岸上或者飞机上发射攻击水面舰船的导弹，它是对海作战的主要武器。通常包括舰舰导弹、潜舰导弹、岸舰导弹和空舰导弹。
目前世界上反舰导弹发展非常迅速，且射程都在100千米以上，速度超过1.2马赫。俄罗斯反舰导弹非常先进，其“白岭”超音速反舰导弹速度高达2.8马赫，并具有“发射后不用管”的能力。在其射程范围内，航母根本没有足够的反应时间，也就无法实施拦截。另外，正在研制中的俄罗斯KH-15S型反舰导弹，能爬升至40千米高空然后以5马赫的速度俯冲目标，被拦截概率几乎为零。尽管航母战斗群装备有导弹防御系统，其中包括中、远距反导弹和近程速射炮，但目前的技术水平尚难以真正有效地对付导弹攻击。
总之，航母战斗群虽然具有水面、对潜、对空和电子等综合性作战能力，但并非无懈可击。首先，航母战斗群阵容庞大，电磁、红外、声场、热场等各项物理特征明显，易遭到对方导弹、鱼雷和潜艇的攻击。其次，航母战斗群作战能力会随环境因素的变化而变化，如航母战斗群在地形复杂、岛礁众多的近岸海域活动时，机动能力下降，不利于反潜作战。再者，航母战斗群燃油、弹药和弹射器等物资消耗量大，在进行海上补给时防御能力明显降低，这就为对方对其实施打击提供了条件。另外，卫星定位、水雷封锁、远程突袭和电子对抗等，也都是对付航母战斗群的有效方法。