据分析，饮水机污染主要是由于放水同时会进入空气。一般情况下，室内每立方公尺空气中约有4000个细菌，对人体影响不太大，但在疾病流行季节，一些致病菌被带入室内，在饮水机放水时随空气进入饮水机的储水缸，并在温度适宜的水缸内迅速繁殖，几天后每桶水中茵落总数成千上万就不为奇了，这给桶装水用户的健康带来了潜在危害。
肝癌与饮水中的藻类毒素有关。专家认为，如果净水器内长期存有积水而又不能及时更换，在温度适宜的条件下，净水器内就会生长蓝绿色的水藻。这种水藻的毒素即使煮沸也无法破坏，漂白粉对其也只能产生一定的作用。所以，专家提醒使用净水器时应尽可能在每次使用完毕后，放出净水器内的枳存水。另外，如果使用塑胶透明净水器，还应避免阳光照射。
为解决饮水机的”二次污染问题，目前常用的方法是清洗对于消除污垢、杀灭细菌是很有效的，但从大量调查情况来看，因饮水机和水本身无任何灭菌措施，细菌仍然会迅速繁殖。