岭南主要包括广东、广西两省。广西自古多有少数民族聚居，其中包括壮、瑶、苗、侗、仫佬、毛南、回、京、彝、水、仡佬等。时至今日，广西的少数民族人口数量仍居全国首位。1527年，王阳明以左都御使身份任两广总督，甫上任即平定思田土司之乱，继而再次征伐大藤峡。在社会动乱以及官兵大规模征讨后，广西经济凋敝，民生困苦，加上发生自然灾害，庄稼失收，粮价暴涨，甚至出现了人食人的惨况。这是明朝以来广西地方最为贫困的时期。
1528年，黄佐来到桂林，出任广西提学佥事，负责全省教育事务。刚到桂林，面对动乱灾难后的社会，如何尽快恢复正常的社会秩序，成为摆在黄佐等官员面前的难题。在教育方面，黄佐认为只有建设学校、厉行教化才能真正达到稳定人心、安定社会的目的。他立刻将原来破旧不堪的宣成书院和提学公署修复，以振作当地的文教。
广西教育一向落后，黄佐认为当地学校之所以效率不高，是因为缺乏良好的教育制度。此前黄佐在广州开办书院，以严厉闻名。当时在街上见到穿着整齐、气度雍容的青年，人们不必询问便知道是黄佐的弟子。根据以往的教学经验，黄佐提出要革新学风。他反复强调过去学校一事无成是因为师道不立。他主张老师要用道德伦理启发学生，以身作则做学生的表率，用儒家经典教育学生，教导学生要守信用、讲义气，还要对优秀学生给予奖励。
开办射礼是明初重整社会秩序的一项教育新举措，本意是使县学生能知礼习艺，以符合孔子“六艺”之道。早在1370年，桂林府学即建立了射圃，让青年学生练习射艺。黄佐强调既要恢复传统的射礼，又要重新编写儒学教材。他亲自到学校主持学生的射礼教学。于教育学说，黄佐自成一体，既不同意朱熹“理”即“气”的说法，也不赞成王阳明“知行合一”的观点。王阳明当时任两广总督，地位远在黄佐之上。但黄佐不顾虑职位高低，以学术为重，直抒对王学的见解。黄佐说：“王阳明的学术，全部依据自己内心去认识事物。其实他是受到佛教的影响，凭一味良好感觉，彻头彻尾，无始无终，认为前念不来，后念不生，这正合佛经里的‘不生不灭，入湮槃觉’。他哪里知道什么是中庸之道啊！”黄佐力排阳明学说对当地青年学生的影响，与学生一起研究宋儒的“理一分殊”学说。黄佐带领学生一起编辑《理学本源》，颁行郡邑。有人问黄佐：“你来广西主持的是基础教育，推广普及儒家道德观念会更切合实际一些，为何要编写如此深奥的教材呢？”黄佐回答说，儒家理论主要在于教导心学，心是统领性情，诗则抒发性情，礼是性情的最佳位置，乐是表达感情的最佳方式。因此，“兴于诗，立于礼，成于乐”，是教育最重要的三个方面。
在黄佐眼里，广西官府连年征伐，换来的却是社会动乱，深受其害的是老百姓，少数民族最为贫苦。为此，黄佐提出了体恤民情、以民为本的理论。黄佐说，如果我们阅读古书，不难发现开明的帝王都以民心作为自己的意愿取向，这是因为帝王的视听对象是人民，人民的聪明才智为的是帝王，人心相背则帝王地位不保，所以说帝王替天行道，一定要以民意为重，对民意毕恭毕敬。舜的大臣皋陶说的“达于上下”，商汤大臣伊尹说的“天佑民归”就是这个意思。而尧、舜以及后稷等人亲自耕种养蚕，体察民情，他们的统治才能够稳固。这就是《论语》所说的“禹、稷躬稼而有天下”。
正是抱着顺应民心，安抚民意的信念，黄佐在广西推行教育时把不少精力放在社会中下层。他最早提出“择土民及瑶僮之子弟而教之”的教育方针。尽管早在1475年，官府已有计划教化“蛮夷”，时有“土官子弟，许入附近儒学，无定额”的规定，但这仅局限于土官，即少数民族首领的子弟，其规模和影响十分有限。随着政府大规模地招抚瑶僮，使之成为国家编户，如何解决少数民族子弟入学读书也就成了官府要考虑的问题。“择瑶僮之子弟而教之”，即送瑶族、僮族的子弟入社学读书。黄佐提出这一教育方针，使到广西风气渐开，土司、瑶僮多有向化。在黄佐到任后，藤峡、府江、古田等地的大规模动乱基本上结束了。
黄佐刚到桂林的时候，得知广西苍梧、府江一带瑶民占据大藤峡的险滩地利，每见路过的船只就用铁钩钩住，收取买路钱。时间一久，这种做法成了惯例，官府也无可奈何，只好姑息迁就。此风愈演愈烈，1526年，当广东左布政使李寅的船路过大藤峡时还要留下百两银子才能通过。当时有官员将这个情况告诉黄佐，黄佐回答说：“我哪里有钱交买路费啊！”黄佐立即带领人员前往大藤峡宣传上下礼法。他对当地人说：“人的本性是善良的，人人必须孝顺父母。父母养育你们非常艰辛，为什么要做坏事去损害父母给予你们的生命呢？如果大家愿意孝顺，从善向好，我会送你们的子弟入学读书，让他们知书识礼，将来用孝顺报答你们，到那时你们大藤峡就有出头之日了！在不远的柳州有僮人考取了进士，相信日后你们瑶族也会出状元的。人能为善，天必报之。”黄佐一番话打动了在场的百姓，他们一传十，十传百，安抚政策渐渐深入人心。一次，黄佐乘坐的船经过大藤峡，几百个瑶人埋伏在草丛中，三个首领出来拜见黄佐，他们将竹帽举在头上，高兴地大声叫喊：“您是上天派来教导我们的大官。”黄佐将两本历法赏赐给瑶民，三个首领拜跪称谢，高兴而去。大藤峡瑶民收买路费的恶行从此绝迹，瑶民还前来贡献土产，他们对官员曰：“我们已感教化，不敢复索金矣。”
黄佐撰写劝化文在广西全省颁行，平乐、龙守等地的瑶民从此知书循礼，入学读书。以往来广西任督学的官员因害怕少数民族，每每出门都要手拿木棒，全副武装。自黄佐来任提学佥事，将四书、五经以及自编的《小学古训》教育引导包括少数民族在内的当地人后，风气渐变。一天，黄佐看到不少瑶民、僮人前来桂林较场观看射箭时鸦雀无声，他十分高兴地说：“其实少数民族是可以通过教化改变其生活习惯的。”黄佐曾写过一首《大藤峡瑶老》诗，记下这段难忘的经历：
大藤勋业使人疑，今日褰帷始见之。每忆韩公成感叹，且令瑶老望威仪。江山道梗空千里，兵甲屯云又一时。闻道招安成妙算，从前真觉费王师。
明洪武初年，朱元璋曾两度下令建立社学，各地普遍兴建，两广亦不例外。社学的普及，推动了小学教育的发展。但面对社会日益严重的迷信风气，政府需要不断采取禁止地方巫术乃至捣毁寺观的行动。明成化年间，为了建立一种符合儒家规范的地方秩序，两广官吏开始严厉打击僧、道势力，揭开了地方社会教化改革的序幕。嘉靖初，广东提学使魏校在大兴社学的同时，雷厉风行地捣毁寺观淫祠，移风易俗，还利用寺庙宅地建筑学校。有记载说，从此僧尼多还俗，巫观不再祀鬼，广东风俗为之大变，教育事业兴起。
黄佐主持广西教育时，也曾破除迷信，拆毁淫祠。但他不像魏校的行为那样过激，而是着重教育和感化。当地称他“出令严士习，撤淫祠，行射礼，举节孝，立乡社，择土民之秀者为弟子员，以风励之，瑶僮感悦”。刚到广西时，黄佐发现当地许多人迷信天武婆庙之类的淫祠，比起广东是有过之而无不及。针对巫术迷信盛行的情况，黄佐着力进行整顿治理，严厉打击地方迷信势力。当时广西的风俗是专敬淫祠，男女混杂，行而为奸。其中临桂县东乡桐罡岭上的天武婆庙，吸引了许多民众前往烧香，巫师在庙里用邪术骗人，以达到其敛财目的。黄佐在一篇《仙道释》的文章里说：“不宣传正确的道德规范，民众就会出现困惑；不宣示儒家传统思想，那些无稽的言行就要肆行，其主要表现为道、佛二教对儒学的干扰。广西人民十分贫困，但到处都是寺庙和道观。”黄佐下令桂林府知事王彻派人前往临桂县抓捕巫师，拆毁天武婆庙，并将庙里的鬼神塑像押回桂林城隍庙前砸烂，焚毁示众。他以此告诉人民，邪鬼都自身难保，又怎么能保佑大众！说来也奇，此前当地天气一直乌云密布，阴雨连绵。在官府派人拆毁天武婆庙后，雨过天晴，阳光灿烂。黄佐亲自撰写并公布《禁淫祠榜谕》，通令广西全境拆毁淫祠，每乡每里各建一社庙，请有学问的人担任社师，社庙内有神像，每月初一、十五，由社师引导民众焚香发誓，务要孝顺父母，尊敬长辈，和睦乡里，不能做不孝不悌、赌博盗窃等害人坏事，否则必会遭到报应惩罚。
黄佐在广西推广礼仪孝行。他开始撰写《乡礼》一书，希望以此规范人们的道德行为，引导社会孝顺父母、尊敬长上、和睦乡里。他反复强调，每个人都要追求文、行、忠、信四个字。广西全州有个叫窦桂的农民，节俭事亲，以孝闻名。据说其父窦贤、母亲黄氏患了重病，窦桂割开左臂，用自己的肉煮成羹治愈了父母的病。后母亲病逝，窦桂守墓三年。窦桂孝敬父母的事广泛流传，黄佐闻此，当即派鼓乐手将窦桂接到桂林府明伦堂相见，敦厚老实的窦桂见到黄佐，只顾叩头，一无所言。黄佐之所以如此重视窦桂这个今天看来近似神话的故事，是希望通过宣传窦桂来引导社会以孝为先的风气。
在广西，黄佐主持编纂《广西通志》六十卷，是他对广西文化教育的一大贡献。此志的编纂最早由前任广西提学佥事唐胄提出。唐胄，字平侯，广东琼山人，弘治进士。正德年间曾编纂过《琼台志》。1525年，唐胄与广西乡贤郑琬、徐淮、杨梁等人筹划编纂之事，后因唐胄升迁外地而落空。唐胄离桂，修志一事改由总督都御使姚镆负责，姚镆又委托右参政黄芳继承编务，但后来该志亦因姚、黄调离广西而未能完成。1529年，时任广西右布政使的林富提出《广西通志》是地方官员施政必读之书。他找到了黄佐，请他主持编纂事宜。黄佐着手草拟《广西通志》的宗旨、编例、大纲等，继而确定整部志书的格局。黄佐采用图、表、志、列传、外志等编纂方式，即以纪传体编撰，以保存史料为宗旨的编纂体例，分为图经、沿革、分野、选举、藩封、山川、沟洫、风俗、户口、田赋、食货、公署、学校、书院、兵防、坛庙、宫室、古迹、祥异、名宦、列传、外志等，后人称此为“历史派”的修撰方法。黄佐还邀请广西本地名儒学者参与此事，其中有大名鼎鼎的户部尚书蒋冕。蒋冕是当朝的名臣，其兄蒋升等曾中进士，人称“阁臣世家”。黄佐与蒋冕交情甚笃，他请蒋冕负责编写列传、外志两部分。大儒名人的参与，令《广西通志》增色不少。1530年冬天，黄佐因母亲生病离开广西，把修志一事托付梧州知府同知舒柏、周以及诸生严肃、李承简、李廷礼、莫遗贤、廖绍禋等人。1531年，该志完成编纂，刊行面世，黄佐撰《广西通志后序》。除《广西通志》外，黄佐还撰有《广西平蛮录》《广西图经》等。广西民众一直对黄佐颇为尊重，万历《广西通志·名宦》有《黄佐传》。清朝初年，黄佐与王阳明等一道被列入广西名宦祠。
古人强调忠、孝二字，黄佐视“孝”高于一切，甚至在“忠”之上。1526年，黄佐因母病，日思一见，曾四次上疏，希望能请假回家探亲，终于在当年十月获得批准。次年七月，黄佐眼看吏部给自己的假期将近结束，便以自己和母亲患病为由，两度上疏请假，拖延复职时间。1528年，在前往广西任职的路上，黄佐谈了自己在忠、孝之间的选择。黄佐在上疏中说：“做官任职，是君子的事业，但孝敬父母也是君子应尽的义务。君子为官不能挑肥拣瘦，事事尽心竭力，显示一个忠字。而作为儿子，要全心全意为了父母平安，一切都要服从父母的意志，处处体现孝道。我一心希望报答皇上的恩赐提拔，本应出生入死，全力以赴。但无奈福缘浅薄，忧病相仍，虽欲尽心职守，却力不从心，方寸已乱，辜负了陛下。天下人人有母亲，对父母不孝顺的话不可以做儿子，用‘五刑’惩罚罪犯所涉及的罪行有三千种，最大的罪就是不孝。希望皇上能体谅我患病的身体，指示吏部同意我辞职回家照顾母亲，我和母亲的性命赖此生存。”但嘉靖不同意黄佐的退休请求，吏部催促他赶快到广西任职。黄佐人在官场心在家，他日夜想念母亲。1530年九月，黄佐接获家书，得知母亲患病。他立即上疏，乞休侍养。未待批准，黄佐自行放弃职务，连夜交出官印，坐上返回广州的渡船。他在船上写诗道：
十载行囊一素琴，寥寥天地几知音。
渊明已有归来赋，和靖初无禄养心。
北郭晚田堪白酒，东篱秋菊尽黄金。
扁舟一去随明月，回望苍悟空绿阴。
此时的黄佐心情轻松，他以廖扶和陶潜为榜样，决心返粤，陪伴和照顾自己的母亲。