辽金元时期，长期的战乱使经济文化都受到了极大的破坏。随着宋朝在金兵的攻击下崩离而屈于江南，各方工业技术在战乱中逐渐流失。中国传统的琉璃工业，在隋唐时期好不容易得到的恢复，又在战火中失落。
辽金元政权作为少数民族政权，在相当长一段时期内和南宋政府相峙。琉璃在这种相峙阶段，作为中原文化之一也在不断渗透中影响了少数民族。
一、辽代琉璃辽代因其国教为佛教，大部分和琉璃有关的事物都带有浓郁的宗教色彩。辽代佛教流行甚广，从皇室贵卿至士庶平民，自大德高僧到一般民众，无不信奉。沿袭佛教经典，加上与南宋之间频繁的贸易活动，琉璃制品是佛教圣物的看法也普遍存在于辽国佛教信徒的心目中。
由于受到战乱的影响，琉璃制品不管是贸易还是制造都存在不少困难。因此，大部分琉璃制品也只出现于贵族墓地和佛教高僧死后的供养品中。与中原地区传统的土葬不同的是，当时辽国传统修习密宗，流行火葬习俗。大部分火葬的佛教信徒为自己身后准备了埋藏有琉璃的舍利塔或者烧制的人形骨灰盒。如沈阳塔湾出土的舍利塔，又称无垢净光舍利佛塔（即琉璃塔），为八角十三层，是辽代佛塔的代表之一。琉璃宗教礼器用品的推广在这里得到了巨大的发展，甚至影响了后期的金代和元代琉璃制品的发展方向。
在鲜见琉璃制品的辽代皇室传统饰品中，在出土的内蒙古辽陈国公主墓内，除了大量传统的辽代琥珀、金石等装饰品，还出土了部分玻璃器物，如带有乳丁装饰的玻璃盘、带有精美刻花的玻璃瓶、成套的玻璃杯等。之所以称之为玻璃器，而不是琉璃，是因为这些器皿经过核实，已确认是由西亚国家输入的伊斯兰进口玻璃。
辽国政府在琉璃的制作上对原本称之为“琉璃瓦”的低温彩釉瓦进行了大规模的应用，在华严宗流行的辽国领域，当时的庙宇纷纷采用了这种“琉璃瓦”作装饰。虽然这种“琉璃”和传统意义上的琉璃不同，但此时这种新命名的“琉璃”在之后的文化记录中占据了大量的篇幅，以至于许多后人都无法将其与传统的铅玻璃琉璃相区分。
二、金代琉璃金灭辽后，取代了其与宋朝的对峙地位。作为强悍的游牧民族，金人对于高级装饰物品的理解似乎没有那么强烈，但在文化上却更多地吸收和发展了辽代文化和宋代文化的特点，并沿袭和发展了许多辽代琉璃器具的使用方法。
如始建于辽代的大同华严寺大雄宝殿，毁于战火之后，于金天眷三年（1140）在旧址重建。在重建的庑殿项正脊上装饰有一琉璃鸱吻（低温釉器），规模甚大，高达 4.5 米。而金代出土的琉璃龙纹瓦当更是作为此种建筑琉璃的进一步发展。
而一般民众则被禁用普通的铅玻璃琉璃制品，《金史》中记载完颜氏政权对琉璃器的使用做出了明确的限制，规定“庶人不得以金玉犀象诸宝、玛瑙玻璃之类为器皿及装饰刀把鞘、并银装订床榻之类”。这种以限用琉璃来确定人种分级的做法，使琉璃成为金人划分等级的标准。
金代琉璃发展比较迟缓，随着后期兴起并一统天下的元代，金代只是起到了承上启下的作用。
三、元代琉璃在中国历史上，元代政权存在的时间较短，因此后期发现的琉璃制品较少。但是我们依然可以从这些少量存在的琉璃制品中，探知当时琉璃制品的发展趋向。
在元代，由于草原民族入主中原，经过巨大的社会变革，炼制透明高铅琉璃的制法可能已经失传。在政府设置的官办作坊中只能生产出早期仿玉阶段的混浊琉璃――铅钡琉璃，这一机构被《元史》称之为“玉局”，“玉局”是专门烧制“子玉（药玉）”的管理机构。由于技术的失传，在唐宋时期好不容易恢复的古法琉璃配方回到了早期，出现了中国迄今已发现的最早玻璃类作坊――博山元末明初的琉璃作坊遗址，但在技术上却始终没能恢复到战乱之前的水平。
元代琉璃缓慢发展。这一时期，反倒是低温釉琉璃在建筑方面得到了广泛应用。1267年，元朝政府定于燕京兴建元大都，受到密宗影响，元朝统治者以喇嘛教为主。他们将辽金时代用于宗教建筑的琉璃瓦直接引入了皇家建筑。为了修建大规模的建筑群落，将全国各地的工匠召到大都，在今天的北京和平门外琉璃厂附近开设琉璃窑，为元朝的皇家烧造琉璃瓦。北京琉璃厂的地名由此而来。
烧琉璃瓦所需的矿料叫“坩子土”，产自永定河西岸琉璃渠村的对子槐山一带。《元史·百官志》记载，元大都曾设有4个窑场，其中一个叫琉璃局。相传北京琉璃渠的村名，就是由“琉璃局”一词演化而来。自此，琉璃最终囊括了这种特性最不像琉璃的琉璃，也是最为世人熟知的琉璃品种。