“池田屋事件”让长州藩的元老们大为不快，想想自己到处杀人，没想到今天却被一帮无名小卒给砍了，非常生气。而这件事也引起了全藩上上下下的愤怒。在怒火之中长州藩的尊攘志士带领着一支队伍要为死去的人报仇。1864年 8月 20日，长州军在尊攘志士的带领下到达了京都城，进城后他们做的第一件事就是与幕府联军激战。幕府也是聪明的，知道如果只是自己一方与长州对抗，并不一定会取胜，于是联合了萨摩藩、会津藩组成联军，一起对付长州军。毕竟是一对三的较量，最终长州军惨败，除了战死的志士外，剩下的大部分都选择了在战场上切腹自杀，结束自己的生命。这场激战在日本的历史上被称为“禁门之变”，并永远地载入了史册。
日本的幕末时期是个多事之秋， 1868年戊辰战争爆发。在维新军队炮火的猛烈进攻之下，幕府的军队节节败退，溃不成军。面对如此的景象，德川幕府的末代将军——德川庆喜只有选择将政权交还天皇。新选组是幕府招集的浪士，主子不顶用了下面奴才的日子自然不好过。戊辰战争后，新选组的残余人马在土方岁三的带领下投奔了会津藩，并继续抵抗维新政府。但在之后接连几次与维新军的战役中，都以战败告终。在津若松城战役失败后，新选组死伤惨重，剩余的力量只能继续向北逃奔，到北海道的函馆避难。新选组在北海道函馆继续撑了一年的时间。箱馆战争中土方岁三独自骑新选组第一任局长芹泽鸭马，举着大刀冲入敌方的阵地，被敌方的步枪一枪射穿胸部，当场战死。建立仅五年的新选组，在头领阵亡后，残余的部队以解散告终，新选组也正式结束了它短暂的命运，消失在日本的历史中。新选组的命运虽然短暂，却是耀眼的，它是日本近代史中秘密警察组织的雏形。可以毫不夸张地说，迄今为止，新选组是日本历史上最受欢迎的团体之一，也是日本近代史中，最早有统一制服的组织。幕末的新选组是一个具有浓厚悲剧色彩的组织，他们的悲剧来源于德川幕府的腐败。
一帮肝胆英雄在盲目忠诚的引导之下，成为新时代的反动者。这是历史的悲哀，同时也是这帮英雄的悲哀，但无论如何他们在战场上奋勇杀敌的英姿，将永远铭刻在这段血腥的历史中，被后世千古传唱。天皇的胜利——第一次征长之役新选组发动的“池田屋事件”让长州藩的“天诛”死伤惨重，于是，长州将复仇的炮火正对着天皇的宫殿大门，演变出了“禁门之变”，从而给自己招来了杀身之祸。在日本幕末这个动荡的时代，政局的中心逐渐地从幕府的掌控下，再次转移到了天皇的手中，让天皇日渐占据了政治的中心力量。谁得罪了老大，自然日子不好过，长州藩攻打宫门的大胆无礼，自然让自己成为这个可怜的倒霉蛋。
1864年 8月，孝明天皇向禁里守卫总督——德川庆喜下达了进剿长州穿着朝服的德川庆喜藩的敕命。其理由是长州藩的藩主放纵家老福原越后等人，假托请愿而兵谏强诉，不仅如此，他们还自启事端，向天皇居住的城门开炮，纯粹是有点儿活腻了的意思，难道是想谋反了不成。如此结下的梁子，让大逆不道的长州藩成为了朝廷之敌，罪在不赦，必须将其讨伐到底。俗话说：墙倒众人推。天皇 24日下达了征长之命，25日幕府就召集了西南地区二十一个藩的大名，一起派兵围剿长州，在天皇与幕府联合力量的作用之下，最终让征长的藩数达到了三十五个之多，总兵力超过十五万人。这就是日本历史上第一次征长之役。征长的部队如此声势浩大，总要有个带头的吧，尾张藩的前藩主——德川庆胜成为了这号人物，他作为总督和副总督越前藩的藩主——松平茂昭，一起率领着大军从各个方向展开了包围战攻势，一步步地进逼长州。在这35个征长诸藩中，萨摩藩的表现最为积极，一马当先地冲在最前头，与此同时，德川庆胜也将征长的希望寄托于强悍善战的萨摩藩兵，他特意挑选出萨摩藩的西乡隆盛任征长军的总参谋，并赐予其参加所有的谋划和协调诸藩军事行动的权力。
祸不单行，倒霉的事通常都是结伴而来的。就在这个战云雷动的闷热 8月，天皇与幕府点燃的内战之火正要烧向长州的紧急关头，英国人也来凑热闹了。由英国驻日本公使——阿礼国策划的征服长州的军事行动，正在紧锣密鼓地进行中。这让原本心情沉重的长州军民，更加压抑不堪，大战在即、生死未卜，人心惶惶！9月 4日，以英国海军中将库巴为司令官、法国海军少将杰莱斯为副司令官的英国、法国、美国、荷兰四国联合舰队出现在下关海峡。这支舰队一共由十七艘军舰组成，拥有各种口径的火炮二百八十八门，总兵员达到五千人，其中英国的兵力与武力最强，这次征长之役，英国人是抱着必胜的决心而来的。
战斗打响后，千百发炮弹如同骤雨般射向田之浦、串崎岬等炮台。在轰鸣不止的巨大炮声中浓烟滚滚，万丈的火光冲天而起。在如此强大的攻势面前，串崎岬炮台的三门大炮稍作抵抗，就立即被打哑了。联军打了胜仗，让长州藩兵力大减。面对天皇与幕府的征长之役，以惊梨藤太为首的长州藩门阀保守势力，以保全藩主的地位为借口，组成了“选锋组”，对幕府实行“纯一恭顺”的态度。实际上，他们的真正目的是想乘机打击主张“武备恭顺”的“正义派”的中下级武士，并且攻击藩厅改革派，世人将这一保守势力通称为“俗论派”。10月下旬，“正义派”与“俗论派”在决定对待幕府的政治会议上，发生了激烈的争辩。会后，“俗论派”将“正义派”的骨干人员——井上馨刺成重伤，并逼迫改革派代表人物——周布政之助自杀。
到11 月的下旬，“俗论派”彻底控制了长州藩的政权。其后，他们下令解散剩余的“奇兵”队，收缴了民间的武器，禁止农工商习武。在“俗论派”控制之下，长州藩不战而降，这让幕府第一次的征长之役不战而胜了。 1865年 月 24日，征长军总督德川庆胜正式下令撤除驻扎在长州的军队。2月1 0日，幕府再次向讨伐长州的诸藩发布公告，声称长州藩主父子已认罪、服罪，征长之役以胜利告终。长州的奋斗——第二次征长之役第一次征长之役的胜利，让幕府暂时掌控了长州藩的局势。可好景不长， 865年 5月，倒幕派通过武力驱逐了“俗论派”，再次执掌了长州藩的政权，并全面着手于富国强兵的改革热潮之中。为此，幕府将长州藩藩主父子召至江户给予了处分，企图重新恢复自己的权力。这一行为不但没有达到目的，反而恶化了幕府与长州藩之间的关系。在此局势之下，幕府于 5月 3日再次任命尾张藩前藩主——德川茂德为征长总督，开始筹划第二次征长之役。然而，第二次征长之役的道路并不顺利。
幕府 5月筹划征长，可一直没有下文。为了尽快取得天皇对征长的敕许， 10月德川家茂将军亲自进京，再次与朝廷协商，希望天皇能够尽快同意再征长州之事。家茂的这次协商，面对着多方反对的声音。随着形势的变化，更多的人不愿意再次征长。作为第一次征长之役的前总督——德川庆胜说到了要点上，他认为再征长州的目的不明确，如此盲目的行动，有导致天下大乱的可能，所以要慎重再慎重。其副将松平茂昭的观点和庆胜不谋而合：轻起兵戈将造成大名出现财政困难的窘迫，正所谓羊毛出在羊身上，到时必会加大百姓的税收，遭到公愤并导致对幕府的怨恨，天下大乱后最终危及的还是德川家族的统治地位。
除此以外，尾张、越前、纪州、肥后、筑前各藩都纷纷表示不赞成二度发兵征长。让我们倒回去看看第一次征长之役，它能够取得胜利最关键的是：英国、法国、美国、荷兰四国联合舰队首先替幕府击败了长州的“奇兵”力量，幕府坐收了胜利的果实。可今时不同往日， 1865年 7月，巴夏礼作为新任英国驻日的公使，在前往横滨就职的途中，特意在下关登陆，与长州藩的木户孝允、井上馨等主要的大名会晤，建立起了密切的关系。说白了，这叫做识时务者为俊杰。英国人要将日本作为转运站，长州藩在 1864年 9月 4日与联军代表签订的《停战协定》中，就明确了这一关系。只要你开放港口，大家就是朋友。当幕府提出第二次征长之役时，英国人不仅投反对票，还反过来贩卖给长州藩大量的军火，为反击第二次征长之役作好充分的准备。对幕府而言，这无疑是雪上加霜的残酷现实。当然，也不是所有的声音都是反对的意见，法国人就支持幕府再次征长的行动。天上没有白掉的馅饼，他们想通过这次支持幕府征长的机会，控制对日贸易的主导权，对抗已在对华贸易中占据优势的英国。
老外来凑热闹就不说了，如同第一次征长之役的元老们预言的那样， 1865年 7月，江户的贫民对物价暴涨发起了抗议。同年 10月，越后国农民孙右卫门等人，赶到京都二条城门外，向德川家茂将军请愿，要求平抑物价，救济穷民。事态发展到1 866年 3月，和泉国南郡、越后国高田郡的农民纷纷发起暴动；到了 6月，大阪的贫民也躁动不安起来，在兵库池田发生了打砸骚乱；7月，江户的贫民再次发生暴动。一时间，整座江户城接连数日骚乱不止，让幕府的警备力量手忙脚乱难以应付，东边的暴动被压制后，西边的又起。后院起火，严重影响到了征长的气势。如此的大局不利，让幕府发动第二次征长之役的确是胸无定算、凶多吉少。