努尔哈赤称汗的前五年即万历三十九年（1611）八月十一日，他把起兵后最亲密最得力的战友、对女真——满族的崛起立下不朽功勋的女真名酋、他的同母弟舒尔哈齐幽禁致死，年仅四十八岁。努尔哈赤下如此毒手自残骨肉、自毁长城，是有深刻的历史原因的。
本来努尔哈赤与舒尔哈齐手足情长，他们同为塔克世原配夫人喜塔腊氏所生。由于兄弟俩年幼丧母，继母薄情，彼此相依为命渡过了困难的岁月，磨炼了斗志。舒尔哈齐自幼就投入了戎伍，随军参战。他性格刚毅，沉勇有大度，富谋略。当其祖、父同时遇难后，他与其兄努尔哈赤共谋起事。努尔哈赤起兵后打着拥明的旗号，一口咬定仇人就是尼堪外兰，必欲除之而后已，不涉及其他，这样得以在明廷不许少数民族各部互相兼并的约束下，实际上进行了兼并。这种巧妙战略的精心策划，就有舒尔哈齐的一分智慧。所以他们起兵之后，尽管遇到了数不清的困难，但却一步步地向着预定目标胜利前进。兄弟俩团结奋战终于消灭了他们认定的仇人尼堪外兰，同时也实现了兼并诸部的目标。
艰苦的奋战使舒尔哈齐实力大增，由于他过人的胆识与才干，很快在建州女真中成为仅次于努尔哈赤的第二号实力派人物。当努尔哈赤筑费阿拉城，建“国政”称霸一方的时候，舒尔哈齐号称“船将”，成为建州两大首领之一。他威名远扬，明朝人称其为三都督，朝鲜人称努尔哈赤为老乙可赤，舒尔哈齐为小乙可赤。他是与努尔哈赤并驾齐驱的重要人物。万历二十四年（1596）年末，到过费阿拉城的朝鲜使者曾记录说，当年努尔哈赤麾下有精兵万人，战马七百余匹。而舒尔哈齐麾下精兵已达五千余名，战马四百余匹。其中能臣宿将多达四十余人。朝鲜人还说，他到建州后拜见努尔哈赤，努尔哈赤为他杀牛设宴，见舒尔哈齐时礼节同于努尔哈赤，舒尔哈齐也为他宰牛设宴。当时费阿拉城内正大兴土木为这二人建造房舍，虽然分别为两处，但规格一样，各为十座房屋，围以木棚，各造大门，还有阁楼三处，都是砖瓦之房。舒尔哈齐设宴招待朝鲜使者时曾说，日后你们朝鲜使如再来建州馈送礼物的话，应给我们兄弟俩各一份，不要分出等级。我们都会同样款待你的。
舒尔哈齐拥有实力的增强，确实使他成为一个政治人物。在朝鲜官方文献上，此时总是老乙可赤与小乙可赤并提，或单提老乙可赤兄弟，即努尔哈赤兄弟。明朝的记载也是如此。《明实录》记载了舒尔哈齐曾三次代表建州女真率员进京朝贡之事，即万历二十三年（1595）八月、二十六年（1598）七月及二十六年（1598）十二月。每次都获得了“如例宴赏”。《明实录》在记载他的身份时同努尔哈赤一样，或冠以“建州等卫夷人”，或冠以“建州等卫夷人都督、都指挥”的字样。可见在明人眼中舒尔哈齐同努尔哈赤一样都是建州女真的名酋，是同样重要的人物。万历三十三年（1605）舒尔哈齐妻病故，明辽东总兵李成梁和守备佟某就悉后，立即备办了祭礼，动用“夷税银两”，置办了桌席二十张，外加白羊只等物，派人专程前往赫图阿拉吊祭。这反映了舒尔哈齐在明人眼中的地位和明朝官员对他的重视情况。
舒尔哈齐的家庭婚姻状况也反映了他的社会地位。当时除建州女真外，海西女真势力强盛，而尤以叶赫、乌喇为最强。乌喇有雄兵强将数万，其首领布占泰因参与九部联军侵犯活动，曾被建州当阵俘虏过。努尔哈赤为与乌喇结好，同意与其联姻，从万历二十四年（1596）至三十六年（1608）的十二年间，建州与乌喇共有五起婚姻，其中与努尔哈赤有关的有两起，即努尔哈赤娶布占泰侄女即其兄满太之女阿巴亥为妻，努尔哈赤又将自己的女儿木库石嫁与布占泰为妻。与舒尔哈齐有关的则有三起，他娶布占泰的妹妹滹奈为妻，后又将自己的女儿额实泰与娥恩姐嫁与布占泰为妻。这种政治联姻，只有在政治地位相当者中进行。从此可以看出舒尔哈齐与努尔哈赤的政治地位的相等情况。还有当时明人一直传说的是，舒尔哈齐曾将自己的女儿嫁给辽东总兵李成梁之子、大将李如柏为妾，尽管清廷的官私书籍没有记载，但无风不起浪，明人的记载并非捕风捉影，其可能性很大。这样，舒尔哈齐对明朝的影响与作用更不一般了。
舒尔哈齐真正的地位与作用大小，还在于他对建州女真发展的卓越功勋方面。由于他死于非命，他以前的赫赫战功已多被掩盖不录，但仅是清官书上一鳞半爪的记载也足见他的卓著勋劳。万历二十七年（1599）努尔哈赤出兵进攻哈达，舒尔哈齐自告奋勇，请求为先锋，于是率兵一千名奔赴前线。但清官书又说，他见到敌兵出城又退缩了，还是努尔哈赤苦战夺下了哈达城。
这显然是故意贬斥他，一个身经百战之将领出征遇敌，尚未交战就吓破了胆，这简直是在编造童话，是不可信的。此次哈达部的覆败与舒尔哈齐战功有关。万历三十五年（1607），努尔哈赤令弟舒尔哈齐与长子褚英、次子代善及大将费英东、扈尔汉等，率兵三千前往东海互尔喀部蜚悠城迎接归顺的五百编户，归途中于乌碣岩之地遇到万余名乌喇兵的阻截，但终于被建州兵以少胜多，大败其众。此战关系重大。
原来建州实力不如乌喇，此战之后，建州实力远远超过乌喇。旁观的朝鲜人也看到了这点，认为建州从此大盛，雄于诸部，致使远近部落几尽服属。作为这次战役统兵主帅的舒尔哈齐当然功居其首。但清官书又一再贬斥他，说他犹豫不决，与乌喇交战时，率兵滞留山下，获胜时又未曾掩杀大敌，又把他描绘成一个无所作为的胆小鬼。其实这又是作伪，因为战后努尔哈赤在奖功论赏时，舒尔哈齐被授予“达尔汉巴图鲁”的称号。
达尔汉是满语神圣之意，而巴图鲁即为勇士、勇敢者之意。没有杰出的战功，何以授予如此美称？这足见舒尔哈齐在乌喇的乌碣岩大战中为建州的获胜起了关键性的作用，足见他的功勋卓著。舒尔哈齐正是以自己的非凡功勋，在建州女真中占有不可动摇的重要地位。当然，由于他的功高势重，已俨然与其兄努尔哈赤并驾齐驱成为建州的二主了。这不能不使努尔哈赤产生疑心，以致下定除掉他的决心。
舒尔哈齐自己也越来越感觉到其兄努尔哈赤对他的冷漠与威压了。当乌碣岩大战结束，舒尔哈齐受赏并进封美号的同时，努尔哈赤却以他的部将常书、纳齐布二人临战退缩，率兵一百陪同其主子舒尔哈齐在山下观望并不杀敌之由，定为死罪。
这无疑是杀鸡给猴看，打击舒尔哈齐。舒尔哈齐心里当然十分恼火，他坚决不同意努尔哈赤的决定，他奋起抗争说：“他们是我指挥的，你杀掉他们二人，也把我杀死吧。”努尔哈赤只好改判，免去二人死罪，但又施以重罚：分别罚银百两和收回全部所管辖的诸申（女真平民）。当然这对舒尔哈齐的打击也是相当大的。
乌碣岩战役之后，舒尔哈齐同努尔哈赤矛盾公开化了。他们兄弟二人矛盾如何展开，限于史料，不及其详，但舒尔哈齐已实在不能容忍努尔哈赤的排挤，大概在万历三十七年（1609）初他赴京朝贡回来之后不久，便在长子阿尔通阿、次子阿敏、三子札萨克图及诸部将、僚友的建议下，愤然离开赫图阿拉，移居浑河上游的黑扯木（今清原北三家乡黑石木村），选择地址，伐木造屋，另起炉灶，拉开了与努尔哈赤对峙的架势。
努尔哈赤对此当然不能允许，他采取断然措施。当年三月没收了他的所有财产、部众。逮捕并杀掉了他的长子阿尔通阿、三子札萨克图、向他提建议的族人阿萨布，又将其部将武尔坤吊在树上用火活活烧死。其次子阿敏，由于皇太极等人的说情免遭一死，但其所属人民也被罚没一半。正在黑扯木经营的舒尔哈齐遭此打击后神情惶惑。他在错误的棋盘上又走错了一步：突然回归赫图阿拉向兄长谢罪，以求努尔哈赤念一奶同胞的情分给予宽容。努尔哈赤却未因兄弟情分而模糊其政治视线，他毫不留情地将其囚禁，并吞其全部兵将。两年后，没有任何疾病的舒尔哈齐被其胞兄除掉，终年四十八岁。