2002年，湖北省林科院院长石鹏皋等12人到木林子考察；中国科学院植物研究所专家一行多人到木林子考察。
2003年，黄冈师院副教授蔡元三及湖北民院副教授向武良到木林子考察两栖动物；捷克专家一行2人到木林子考察森林植物资源；中国科学院武汉植物园副研究员杨波一行4人到木林子进行兰科植物资源调查；华中农业大学派出昆虫专家到木林子调查昆虫资源。同年，木林子自然保护区以生态旅游区纳入鹤峰县旅游发展总体规划。
2004年，湖北民院一行4人到木林子考察旅游资源。
2005年，加拿大私有林业协会主席和中国林科院首席专家李维长到木林子考察林业资源；湖北省林科院副研究员汤景明到木林子开展天然林资源保护及植被恢复调查。
2006年，湖北中医学院专家和广东康和药业总经理黄慢翔到木林子调查珍稀医用植物资源；湖北大学一行4人到木林子考察原始森林；中国地质大学教授葛继稳带队，组织武汉大学教授胡鸿兴等一行11人到木林子开展综合考察。根据专家学者建议，县委、县政府决定将木林子省级自然保护区申报晋升为国家级自然保护区。
2009年1月，由葛继稳等担任主编，凝集众多专家、学者心血的学术专著《湖北木林子自然保护区森林生物多样性研究》由科学出版社出版！
木林子神秘的面纱进一步被揭开！
众多的研究得出这样的结论——
木林子自然保护区地处中国地势第二阶梯向第三阶梯的过渡地带，属中亚热带，受第四纪冰川的影响较小，加上成陆时间早，使其成为古近纪至新近纪古热带植物的“避难所”和生物区系主要的富集区和保存地，是亚热带向温带过渡地域植物区系的“摇篮”，蕴藏着丰富的野生动植物资源。保护区有维管植物206科943属2797种，种数占湖北省的45。24％。珍稀濒危及保护植物种类丰富，列入第一批《国家重点保护野生植物名录》的有30种，其中国家一级保护的有红豆杉、南方红豆杉、伯乐树、珙桐、光叶珙桐、银杏6种。国家二级保护的有黄杉、篦子三尖杉、连香树、水青树、花榈木、红豆树、香果树等24种。另列入《中国物种红色名录》的有110种，其中濒危8种，易危58种，近危44种。在3万余亩原始森林中，有7个植被型，34个群系，其中常绿落叶阔叶混交林是其主体和精华，不仅兼具亚热带植被和温带植被的特点，而且蕴藏着大量珍稀植物及其群落和独特的植被，如伯乐树、水青树、珙桐、光叶珙桐、鹅掌楸、连香树、白辛树等形成的群落，发育良好的细叶青冈矮林，面积之大在华中地区极为罕见！由伯乐树与雷公鹅耳枥、檫木和亮叶桦形成的共优群落，以水青树占绝对优势的水青树群落，以红豆杉为主体的红豆杉群落也十分抢眼。以雷公鹅耳枥、檫木、伯乐树、亮叶桦、光叶珙桐形成的群落和以光叶珙桐、水青树形成的群落，在湖北为首次发现，在国内其它地区亦为罕见，这些珍稀植物群落均具有唯一性或典型性和代表性，具有很大的保护价值和研究价值。由于木林子植被的以上典型特征，1991年就作为鄂西山地森林植被垂直分布的范例列入《湖北森林》专著。
此外，木林子自然保护区已鉴定的陆生野生脊椎动物有4纲26目75科190属302种，种数占湖北省的42。66％，国家重点保护的野生动物有55种，占湖北省的50。46％，其中，一级保护的有豹、云豹、华南虎（1978年皮张标本）、林麝和金雕5种，二级保护的有大鲵、金猫、穿山甲、豺、大灵猫、斑羚、小灵猫、猕猴、黑熊、白冠长尾雉、红腹角雉等50种，列入《国家保护有益的或者有重要经济和科学研究价值的陆生野生动物名录》的有184种，列入《中国物种红色名录》的有65种（极危4种，濒危10种，易危31种、近危20种）。
至于名贵中药材头顶一颗珠、江边一碗水、文王一支笔之类，在木林子并不罕见。
新场长的“一号令”
木林子带着忧伤走完20世纪，当新千年第一个秋季来临时，第七任“场长”吴文杰一头扑进了她的胸怀。这位浓眉大眼的帅哥时年三十有八，正是年富力强的时候。
吴文杰是木林子老职工找县林业局“要”来的。他对木林子并不陌生，在1990年至1996年间，他曾在此当过场长，当时，场子十分兴旺，全场男女老幼的日子过得都不错。他调离时，公家的账上还留着不少的积累。可是眼下，不仅公家没有一分钱积累，而且已欠职工工资30多万元！这次老职工们把吴文杰“要”来，就是希望他能力挽败局，重建昔日“辉煌”！
吴文杰只身来到“场”部，只见一栋小小的办公楼门可罗雀，到偏檐食堂一瞄，到处挂满蛛丝，灶台坍塌，锅盆碗盏结满污垢，活脱脱一个丐帮的窝棚！
那个跟老虎“打架”的老人蹇永松见吴文杰来了，忙凑上去，一脸笑容地说：“哎呀，终于把你盼来了，不然，大家没法过日子了，这木林子也就干甩了！”
职工们听说吴文杰上任，都跑过来，对他说：“这就好，我们的愿望实现了。你是我们‘要’来的，场里怎么办，我们听你的！”
“场里积累没有分文，还欠你们工资几十万，据我所知，每年1千到几千立方米的木材砍伐计划是下达了的，那钱到哪里去了？”吴文杰皱着眉头问。
他的问题像是无意中点了一把火，让职工们激动了起来。他们异口同声地说：“这都是自收自支政策肥了少数人！”“到如今，一堆堆木材无影无踪了谁都不晓得！”“我们要过日子，要活命，希望你给我们指条路子。”
入夜，虫蛾蚊蝇在卧室里横冲直闯，纺织娘和秋蝉在外面长一声短一声地鸣叫，吴文杰躺在床上睁大眼睛构思着保护区的发展方向。眼前摆着两条路：一条是，为职工放宽“政策”，充分利用林区资源，利用烧炭、“小秋收”等扩大收入。同时，向上级多申报木材砍伐计划，让全“场”活起来。另一条是，采取果断措施，杜绝一切人为破坏，把保护区真正“保护”起来，同时积极搞好保护区基础设施建设，吸引更多专家学者为这座宝库说话，然后争取各级决策者对木林子的投入。如果走第一条路，或许可以抚平职工的某些心理创伤，立马树立自己的威信。如果走第二条路，无疑会给自己制造若干麻烦，职工的情绪很难稳定，结果可能骑虎难下！思来想去，他觉得，走第一条路可能有暂时的轻松，然而长此以往，将成为历史的罪人！走第二条路，虽然面临很多困难和矛盾，然而，决不会留下历史的污点！他认准了第二条路。
第三天，吴文杰召开原采育场所有新老职工大会，他在阐述木林子的地位和发展前景后，激动地说：“以往，我们只注意保护核心区，现在，我代表木林子省级自然保护区管理处宣布第一号令：禁止任何人进入保护区砍柴、烧炭、采药、打猎！包括缓冲区和实验区。”
有人问：“那我们用什么做饭？”吴答：“管理处指定山场，只许拣干柴，不许带刀入山！”又有人问：“干柴拣完了怎么办？”吴斩钉截铁：“那就到别处买柴！”
会后，蹇永松老人风趣地对吴文杰说：“我好多年没见到华南虎了，今天算是见到了，你就是华南虎呵！我坚决拥护你的第一号令，就是吃生的，也不进山砍一草一木！”
吴文杰笑道：“华南虎是国家一类保护动物，我算几类？不过，有您这样的人保护，我就心满意足了。”
蹇老豪气万丈：“我要给场里的人做工作，让他们都来保护你！”
吴文杰接过他的话：“不是保护我，是保护木林子！您听到没有，是保护木林子！借您的威望大力宣传：保护木林子，人人有责！”
从此以后，祖宗八代住在木林子的人，终于不再擅动木林子一草一木了！如今，“住在老林买柴烧”已传为佳话……转眼到了2004年，经州林勘院设计专家勘定，原采育场采伐更新的人工林业已成熟，已进入主伐期。一天，县林业局告诉吴文杰一个好消息：省林业厅已给木林子林场下达了500立方米木材砍伐计划！