１９１４年４月５日，北京政府公布、施行《县知事兼理司法事务暂行条例》，开始实施县知事兼理司法制度，审检所制度被废止。根据该条例，在未设法院的县，其司法事务委任县知事处理。从而使县级政权体制中行政、司法合一，行政包揽司法的体制合法化。为弥补县知事缺乏法律训练、不具备法律知识的缺陷，该《条例》仿行清朝宾幕辅助县令处理案件的做法，设立“承审员”一职，由其辅助县知事处理司法事务。根据该《条例》，承审员必须具备一定的法律知识，或曾在法政学校学习，或通过承审员考试，或曾任与法律相关的职务。而承审员的确定，由县知事提名，经高等审判厅厅长审定，即可任用。如果按规定不应设承审员的县，其县知事欲任用承审员，则由其自筹经费，任用承审员。承审员无论是与县知事共同审理案件，还是依法独自审理初级管辖案件，均对县知事负责。
１９１６年，袁世凯帝制被取消，黎段政权以恢复《临时约法》、重新召集国会为号召，采取了一系列新举措。在基层体制上，也再次推出行政、司法分离的措施。
１９１６年１１月，司法部召开由各省高等审判厅厅长、各省首席检察官参加的全国司法会议，就各界人士对于司法体制及审判制度所关心的问题集中讨论。会议开始前，司法部征求各地意见。从各地提交司法部及司法会议的意见书可以看到，人们对现行司法体制的意见焦点之一为县知事兼理司法问题。社会意见普遍要求在县级实施司法独立。湖南高等审判厅民庭庭长左赋才、湖南高等检察厅首席检察官康文旖等１６人于１９１６年１１月１４日联名向司法部提出《拟请废除县知事兼理司法制度、暂规复司法署办法意见书》，其中提出应迅速废除县知事兼理司法制度的五条理由。该《意见书》称：实施县知事兼理司法制度，“初犹以为该制度之不良，其流弊所极，不过如前清州县衙门而止。不谓目前现象乃甚于前清州县之黑暗，人民疾首蹙额，冤屈无伸，痛苦有不堪言状者。其情形大致各省相同”。在司法会议上，司法总长张耀曾也提出《县知事兼理司法应否废止咨询案》，认为：“现时制度中，以县知事兼理司法为最无理。则云改良，亦以此制为最不容缓”。
由于县知事兼理司法弊窦丛生，北京政府再次采取变通措施，于１９１７年５月１日公布、实施《县司法公署组织章程》，以求在司法独立与行政、司法合一体制中选择一居中的道路。根据该《章程》，在所有未设法院的县，应设立司法公署，主管司法审判。司法公署的设立，意在改变县知事兼理司法的弊病。该制确立的第一要点在于分权，从县知事掌理的司法权中分出一部分。该《章程》第６条规定：“关于审判事务，概由审判官完全负责，县知事不得干预。”第３条规定：“设司法公署地方初审民、刑事案件，不问事务轻微、重大，概归司法公署管辖。”司法公署由审判官及县知事组成。在职责分工上，审判官主管审判，县知事则主管以检察事务为主的司法职责，具体包括检举、缉捕、勘验、递解、刑事执行等。基于审判官与县知事的业务分工，前者受高等审判厅厅长监督，县知事关于司法事务则受高等检察厅检察长的监督。
与县知事兼理司法制度相比较，司法公署制在体制上向行政、司法分离、实现司法独立的道路上前进了一步。江庸也认为，兼理司法法院中的县司法公署较之原来的地方审检所、县知事兼理司法要好一些。因为县司法公署由审判官及县知事组织而成，审判官由高等审判厅呈司法部任命，受荐任待遇，不象审检所的帮审员须由县知事呈请高等审判厅委用。而且章程明定关于审判事务，由审判官完全负责。县知事不得干涉，经费也相对较为节省，故在普通法院未普及之前，此类制度，“似亦未可厚非也”。
应该说，江庸所评恰与政府设立此制的初衷相吻合。但在司法实践中，其积极意义却仍然有限。首先，该《章程》虽规定未设法院的县设立司法公署，但却同时允许“因特别情形不能设司法公署者”，通过特别程序，“经核准后得暂缓设置（司法公署），仍令县知事兼理司法事务”（第１条）。其次，在职权上，审判官仅主管狭义上的“审判事务”，而县知事职权则涉及检察事务及缉捕、勘验、刑事执行等方面，再加上已有的行政和财政职权，实际上县知事仍处于司法活动的重心地位。第三，从实际实施情形看，司法公署制同样也遇到重重阻力。据统计，截止到１９２６年，在全国两千多个县中，设有司法公署的县仅４６个，故县知事兼理司法情形依然非常普遍。
与此同时，由于简易程序的便于操作，北洋政府对其情有独衷、规定详备。仅１９１４年，就接连颁布了《地方审判厅刑事简易厅暂行规则》、《审检厅处理简易案件暂行细则》及《私诉暂行规则》。１９２０年颁布了《处刑命令暂行条例》，１９２２年颁布了《刑事简易程序暂行条例》。
《处刑命令暂行条例》规定，为了推动简易刑事案件的迅速结案，“对五等有期徒刑、拘役、罚金之案件，得因检察官之申请，不经审判，迳以命令处刑”。其对正常诉讼程序的冲击之大，可想而知。
另外，北洋政府时期，在华外侨达三十五万多人。１９１３年，北洋政府颁布《酌定华洋诉讼办法》，规定审理华洋诉讼案件以地方衙门为第一审，不服则以该省通商交涉使衙门或该省外交特派交涉员属为上诉机关。１９２０年公布的《审理无领事裁判权国人民犯罪变通处刑办法文》进一步规定，无领事裁判权国国民的重大犯罪，依照《暂行新刑律》应当判处死刑的，如果该犯所属国已废止死刑，酌处无期徒刑。对于华洋讼案归县知事办理而不归法院办理的规定，江庸认为，这种权宜办法有利有弊。从有利的角度看，法院不收华洋讼案，外国人不能观审，即无从干预，在一定程度上可保持法院的尊严；从弊端角度审视，国家虽设立法院，但不与外国人员接触，便不利于了解国外、改良司法。所以，这种办法是“一得一失”。但总体来说，这种制度不但破坏了中国司法机关的组织体系和审判权的统一行使，而且变相扩大了领事裁判权，其“失”要远远大于所谓的“得”。
二、特别司法制度
北洋政府时期的特别司法机关包括军事审判机关和特别区法院。
１９１５年３月２５日，北京政府公布《陆军审判条例》（此后又予两次修正），１９１８年５月２１日，公布《海军审判条例》。这两项法规规定，军事审判机关分为高等军法会审、军法会审和临时军法会审三种。
特别区法院包括热河、察哈尔、绥远三个特别行政区的都统署审判处，外蒙古部分地区镇抚使署审判处以及东省特别区域（即贯穿东北各省的中俄铁路沿线一定范围以内的区域）法院。耿文田在《中国之司法》一书中，对民国初期的特别区法院设置情形曾作过简要的叙述：
（１）新疆司法筹备处。民国元年，各正式法院尚未成立，乃设立各省司法筹备处。综理全省司法行政事务，覆判及上诉案件，亦归其管辖。此实过渡时代之权宜办法也。二年（１９１３年）九月，各省高等厅相继成立，司法部命令一律裁撤各省司法筹备处，惟新疆以财力不足，暂难筹设高等厅，独请缓裁。
（２）热河都统署、归绥都统署、察哈尔都统署审判处，恰克图审判处，库乌科唐镇守使署审判处。热河绥远察哈尔三特别审判处司受理察哈尔所属各盟旗及蒙古之诉讼事件，不采用检察制度，以审理员一人执行审判权。
这些特别法院对刑事案件的审理，采用与普通法院完全不同的程序，对普通诉讼程序形成极大冲击，反映了军阀专制的时代特点。
例如，根据北洋政府《修正陆军审判条例》的规定，各类军法会审，皆以审判长、审判官、军法官、录事等组成。他们的职权是，“军人犯陆军刑事条例，或刑法所揭各罪，或违警罚法及其他法律之定有刑名者，又虽非军人而犯陆军刑事条例第二条所记载之罪者，均依陆军军法会审审判之。其陆军官署或军人受有损害之附带私诉者，亦同”。
如此，不论军人犯罪还是非军人犯罪，不论是刑事案件还是民事案件，军法机关皆可进行会审。而且，各类军法会审机关在审理案件时，均秘密进行，不准旁听，不准辩护，不准上诉，较之普通司法程序，尤为武断专横，显示出军阀政府独裁的本质。当时的“调查法权委员会”在《调查报告书》中曾谓：“现在中国普通法律之施行，其重要之障碍，军人干涉政府机关，其一端也”；“军人干政及于司法，以致司法独立为之危害。此种异常举动，常借戒严以为口实，而公然为之”；“上述军人之权威，其最足以证明者，自本委员会在北京开会前后，北京及外省曾数次发现处人死刑及其他事情而不依通常法律者”。报告虽然没有把列强侵涉中国司法主权的领事裁判权列入中国普通法律施行的“重要之障碍”，但也较为真实地反映了当时刑事司法的状况。