由清末刑诉草案修改而成的民国《刑事诉讼条例》，第７０条用列举的方法巩固了这一制度：“讯问被告不得用强暴、胁迫、利诱、诈欺及其他不正之方法”，明确要求“犯罪事实应依证据认定之”（第３０５条），而且对口供问题作出了更加具体的规范：
首先，被告人的口供可以作为证据，但须合法取得。条例第３０３条规定：“被告之自白非出于强暴、胁迫、利诱、诈欺及其他不正之方法，且与事实相符者，得为证据”；其次，口供应与其他证据相互印证。
“被告虽经自白，仍应调查必要之证据，以察其是否与事实相符”（第３０３条）；大理院则进一步强调：“现行法例取证据主义，必证据充分，而后可以定罪科刑。不能仅据告诉人之供词为定案”；再次，被告人的口供并不是判决的主要基础。考虑到迷信并求取口供的旧习难改，为了避免刑讯逼供的死灰复燃，大理院特地强调：“犯罪人自白，虽作为证据之一种，然众证俱确，可不待犯罪人自白而为判决”。
条例第３０４条规定，“讯问被告后审判长应查证据”。其后附大理院的“判例”与“解释例”为：“查诉讼成例，系采用心证主义。取舍证据，一任审判官之判断。”并结合一个案例，对自由心证原则作了详尽的解释与说明。条例的第３０６条则成为体现自由心证原则地典型条款：“证据由法院自由判断之。”其后的“判例”为：“查诉讼通例，审判衙门审判案件，认定事实，应依证据。而证据之证明力，由审判官自由心证判断之。”在此基础上，民国十二年（１９２３年）由北京政府下令暂准援用的《县知事审理诉讼暂行章程》第１８条却言词稍嫌暧昧：“讯问方法由县知事或承审员相机为之，但不得非法凌辱。”
口供主义本与刑讯紧密相联。为此，刑讯的废存，自然成为我国法史中一个古老的话题。近世旧论重提，则始发于１９０１年五、六月间两江总督刘坤一、两广总督张之洞联衔会奏的“江楚变法三折”。三折中的第二折，主在整顿中法。其提出的十二条建议中，有一条为“恤刑狱”。此条含九项内容，其中两条为“省刑责”、“重众证”。二人对传统的案件审理方式严厉批驳道：“敲扑呼号，血肉横飞，最为伤和害理，有悖民牧之义。地方官相沿已久，漠不动心。夫民虽犯法，当存矜哀。供情未定，有罪与否尚不可知，理宜详慎”。由此，他们提出，以后除盗案命案证据已确而不肯供认者准其刑吓外，其余“凡初次讯供时及牵连人证，断不准轻加刑责”；而对于笞杖等罪，可由地方官体察情形，酌量改为羁禁，或数日，或数旬，但均不得凌虐。鉴于西人“众证既确，即无须本犯之供”的问案方式，他们建议此后问案应分别情形，除死罪仍必须有人犯之输服供词外，其余军流以下罪名，如果本犯狡赖不招，拖延限远，则据众证定罪。如此，“省刑责则廉耻可培养，重众证则无辜少拖毙”，其结果是可以仰裨圣朝尚德缓刑之治，同时，“驱民入教”之患亦可渐除。修订法律馆奉清廷之命核议刘、张之请，光绪三十一年三月（１９０５年），沈家本、伍廷芳上《议覆江督等会奏恤刑狱折》，赞同有保留的废除刑讯，对刘、张建议，采纳诸多。受此影响，近代刑事诉讼法律对诉讼证明问题的规定才有了较大改观。
自由心证制度排斥了“口供”的王者之位，可谓一大进步。但通观清末民初的相关刑诉规定，虽然拒绝刑讯的否定性条款日渐丰富，但指导检事、推事的正面规矩却无处可寻。在长达几千年的集权统治传统下，中国的政府及民众对控制犯罪、保持稳定有着极强的认同与追求。西汉时期的《沈命法》甚至规定：“群盗起不发觉，发觉而弗捕满品者，二千石以下至小吏主者皆处死。”在这种维护社会稳定的强大压力下，在传统理念及现实物用尽皆匮乏的情况下，在清末政局动荡、民初盗匪四起的社会环境下，靠“众证定案”而不倚重口供，谈何容易！为此，时人对废除刑讯逼供而采纳自由心证原则，颇不以为然，认为：“外国警察及检事，制度完备，各尽其职，能查种种证据，无庸拷问。中国警察检事，均甚幼稚，故刑讯不可废”。此种议论虽有借口之嫌，却也并非毫无根据。但沈家本等人在制定《大清刑事诉讼律》之时，即对此论调予以了明确批驳，认为“断案不必尽据口供已见唐律，所谓‘赃状露显，理不可疑，虽不承引，即据状断者’是也。案情应以众证为凭，当可十得八九。苟舍众证而取口供，殊未可尽信。
今各国无不采众证主义，亦以其合于法理与实益也。或谓现在中国警察尚未完备，若舍口供主义不易侦知实情。殊不知警察未备，理应从速改良警察，安可永守此不备之制度以保流弊无穷之旧法，况口供之未可信乎？”争论颇为激烈，立法也意在除弊，但实际上，清末民初时期的诉讼实践中，口供就从未被真正拉下“王位”，废除刑讯的理论与立法在实践中一再被置于尴尬的境地。御使刘彭年的非难自不待言，上海会审公堂蹈用积习、沿用严刑，更是公然蔑视新法之举。因此，法令已定，能否落实，实为一大问题。据当时资料，不唯上海，即使作为全国最高审判机构的大理院，仍存有刑讯逼供之举。于此可见，这种传统的求证方法，实非一纸法令所能轻易禁止。但涤垢纳新之举毕竟已然开始，“众证”重于“口供”的新型证据制度终得劈荆上路。
传统的诉讼证明模式之所以可以接受自由心证，这除了诸多方面的原因之外，重要的还应在于法律体系本身。人类文明在法律体系上的成就，并不将国度视为互相借鉴、吸收的障碍。当其“合理内核”与另一体系相协调，并为另一体系体用发展所需要时，它就可能会被另一体系所接受。在奉行刻求真是的目的、适用虚衷折要制度的中国传统模式中，曾经辅之以众证定罪的诉讼证明制度。众证定罪只适用于法律有特殊性的案件，大多数案件要以当事人的陈述即口供作为判断的重要依据，这种体用格局无疑会影响刻求真是的质量。而西方近代出现的自由心证制度，在诉讼认识论的诸多方面刚好与传统模式的众证定罪暗合，因而可以借鉴过来弥补传统模式的不足，这正是清末民初诉讼证明接受自由心证引入的内在原因。
自由心证主义是西方资产阶级革命的产物，它较之中国古代“罪从供定”的自由裁量制度有着进步意义，这是毫无疑问的。但是，资产阶级的诉讼学者过分夸大了它的作用，认为只有自由心证才能保证案件的客观真实。实际上，就诉讼客体来讲，自由心证的认识同中国传统模式一样，仍然没有超出“盖然性”的局限。随着诉讼文明的发展，西方自由心证原则成立初期的“内心确信”这一侧重于主观方面的证据评价标准也同样受到了越来越多的理论上的批评和反省，并导致了在诉讼实践中确立客观标准的不断努力。
四、由审理的纠问式到控辩式
翻开人类刑事诉讼史，我们可以发现，几乎每个国家的刑事诉讼都开始于弹劾式，后发展为纠问式，接着是近世以来的控辩式（或曰混合式）。法国大革命以后，旧的纠问式诉讼形式与改变了的政治和社会情况不相协调，于是，代表新兴资产阶级利益的法学家对其进行了猛烈抨击，随后，法国等大陆国家逐渐废除了纠问式诉讼，改行英国的弹劾式诉讼，而且原封不动。但照搬照抄中不免矫枉过正、不合国情。于是，稍后，又对固有的纠问式诉讼与外来的弹劾式诉讼加以折中、调和。１８０８年的法国刑事诉讼法典，标志着控辩式诉讼结构的诞生，开辟了人类司法史上的新纪元。清末民初的刑事诉讼法律修订，即以此最新之诉讼类型为借鉴。
适应于专制主义统治的需要，中国古代诉讼实行纠问式诉讼。
当时的诉讼，没有专门的公诉机关（御史监察组织行使纠弹职权，但还不能视为国家公诉机关），案件审判中亦未实行“不告不理”，审判机关有权主动追究罪犯，不但有权审判，而且兼施侦查与起诉职能。
与审判机关的超强形成强烈对比的是诉讼参与人的极弱。诉讼中，不但被告人没有辩护人的帮助，是受追查、拷讯的对象，处于基本无权的地位，即使“告诉人、证人都要受到拷打”。
光绪三十二年（１９０６年）四月初三，沈家本上奏《进呈诉讼律拟请先行试办折》，继之，又上奏初步编定的《大清刑事民事诉讼法草案》。
该草案规定，在法官的主持下，刑事案件的审理由原被告双方当庭对质、互为辩诘：
“承审官应准被告或所延律师得向原告当堂对诘”（第５４条）；
“原告供述后承审官即据所控情节向被告诘问”（第５５条）；
“如被告坚不承认被控之罪，承审官即分别令原告各证人供证实情，饬书记照供记录”（第５７条）；
“被告或所延律师均准向原告各证人对诘”（第５８条）；
“被告或所延律师对诘原告各证人后，原告或所延律师亦可覆问原告各证人”（第５９条）；
“原被告各证人均已供证后承审官即令被告申辩”（第６０条）；
“被告申辩后如被告亦有证人，准该证人代为供证”（第６２条）；
“原告或所延律师亦准向被告证人对诘。对诘之后，被告或所延律师亦可覆问被告各证人”（第６４条）；
“原告被告及两造证人均各供证后，准被告或所延律师向承审官申论曲直，原告或所延律师亦可当堂覆辩”（第６８条）；
“凡遇重大案件，于原告及各证人供证后，被告及各证人未供之前，应准被告或所延律师，当堂评论原告所控之是非，并将如何覆辩之处，先行略述”（第６９条）。
由以上规定可以看出，草案确立了代被告人辩护的律师制度，当事人在律师的帮助下，审理过程的重点在于双方的质疑、论辩与抗衡，而不再是高坐堂上的主审法官的“穷追猛打”。法庭审理阶段，口头和公开的审理方式取代了书面和秘密的审理方式。因此，从总体特征来看，已经带有控辩式诉讼的某些特征。不过，由于尚未引进检察制度，诉讼中没有代表国家的原告——检察官，在对罪犯进行追诉、审理时，法院拥有逮捕、侦查以致积极取证等权力。为此，与控辩式诉讼相比较，其纠问式色彩仍然相当明显。
由于各地新式审判机构建置在即，有关刑事案件的办案程序规定急为需要。为此，在沈家本等人的努力与推动下，宣统元年七月初十（１９０９年８月２５日），《各级审判厅试办章程》经修订后颁行，成为全国各地新式审判制度建构的准据。虽然章程已引进检察制度和代诉制度，但其《公判》一节中，具体规定法庭审理方式的法条，仅有“凡审判方法，由审判官相机为之，不加限制”（第３３条）一条非常笼统而宽泛的规定，《大清刑事民事诉讼法草案》中双方当事人的剑拔弩张、唇枪舌剑，已消失得无影无踪。宣统元年十二月二十八日（１９１０年２月７日），《法院编制法》颁行。其第七章《法庭之开闭及秩序》对法庭审理程序作出了纲要性规定。但通观全章，对刑事案件的被告人及其辩护律师、证人、鉴定人以及翻译人等违反法庭规定、妨害法庭秩序的行为，有着极为严格详备的处罚规定；对其审理中的权利规定却难觅踪迹。
宣统二年十二月二十七日（１９１１年１月２４日），沈家本、俞廉三将《大清刑事诉讼律草案》进呈，采用各国通例，以补中法之未备。其中，奏折将“诉讼用告劾程式”的建议与说明放在了八种改进措施之首位：
查诉讼程式有纠问、告劾之别。纠问式者，以审判官为诉讼主体，凡案件不必待人告诉，即由审判官亲自诉追，亲自审判，所谓不告亦理是也。告劾式者，以当事人为诉讼主体，凡诉追由当事人行之，所谓不告不理是也。在昔各国多用纠问式，今则概用告劾式，使审判官超然屹立于原告、被告之外，权衡两至，以听其成，最为得情法之平。
由于《大清刑事诉讼律草案》已经明确确立检察制度，沈家本所言“告劾式”诉讼，实为控辩式诉讼。但审视草案的具体内容，应该说作为原告的检察官诉权明显优于被告人；同时，本应居中“消极”裁判的法官，积极干预庭审的力度也非常之大。例如，草案规定：“言词辩论以前条检察官之陈述为开始期”（第３３２条）；“当事人请求传讯证人或实施检证鉴定及其他调查证据，审判衙门应以决定裁判之”（第３３５条）。与《大清刑事民事诉讼法草案》相比，双方尖锐诘问、激烈对抗的“火药味”明显减少，控、审一体纠问被告的传统色彩依然相当明显；但相对于《法院编制法》及《各级审判厅试办章程》，其对被告人的庭审权利规定仍然有所增加。
北洋政府时期，中国近代第一部颁布实施的刑事诉讼法——《刑事诉讼条例》于《审判》一节中，对庭审中的事实调查程序有着较多的规定，同时，对于原被告双方的对抗与辩论程序，也作出了一定原则性规范：
“调查证据完毕后，应命依左列次序，就事实及法律辩论之：检察官，被告，辩护人。”（第３２３条）
“辩论后审判长得命再行辩论，但被告有最后之辩论权。”（第３２４条）
“审判长于宣告辩论终结前，应询问被告有无陈述。”（第３２５条）
“辩论终结后，遇有必要情形，法院得命再开辩论。”（第３２６条）
除《大清刑事民事诉讼法草案》外，较之清末各类颁行或未颁行的刑事诉讼法律规定，北洋政府的《刑事诉讼条例》对于当事人双方的辩诘权给予了更多的关注。尤其是第３２６条“辩论终结后，遇有必要情形，法院得命再开辩论”的规定，更加充分显示出立法者欲更多地借助当事人本身的辩论而发现案件真实的强烈意图。
纵观清末民初时期刑事案件审理方式的由“纠”而“辩”的转变历程，我们能够明显感觉到传统庭审制度的渐次衰败。但新旧制度的嬗变往往是“剪不断，理还乱”。控辩式诉讼模式要求在控、辩双方的充分对抗中，主持和参与庭审的法官始终保持中立，“让争诉双方保持平衡而不要介入争论”。而纵观清末民初的案件审理，法官的“指挥”却远胜于两造的“争论”，透过控审初步分立、加强原被告对抗的新颜，控审一体、注重合作的纠问旧貌，一直清晰可见。
宣统元年颁布实施的《法院编制法》，对审、检机构进行了合属办公的设置，“地方及高等审判各分厅、大理分院，分别配置地方及高等检察分厅、总检察分厅”（第８５条）。审检两厅同衙办公，其彼此制约的效果尚且不论，世人对其名实难符的怀疑却会“油然而生”。不惟此，《检察厅》一章中还规定，“初级检察官如有不得已之事故，初级审判厅监督推事得因请求派该厅推事临时代理。其不设监督推事者，由该管地方审判厅厅丞或厅长行之；地方及高等检察官、总检察厅检察官如有不得已之事故，各审判衙门长官得因请求派各该推事临时代理；地方以下各检察厅，并用该厅候补检察官代理”（第１０３条）提起控诉的原告与中立裁决的审判官员本应相当疏远，但审、检两家却表现得如此体恤、合作，分工与制约又怎能尽如人意？与检方直接对立的被告，又怎能相信这种可以代理检方的推事？虽然条文末尾有“本条之代理，以紧急事宜为限”的条件约束，但在政府部门通力合作打击犯罪的传统观念与制度流行甚久的情况下，这样的约束又能起到多大的作用？况且，不论是清末还是民初，也只是在大、中城市的审判机关中才设有一定数量的检察官员。在众多的基层审判机关，则并无检察官之设置。可想而知，在这样的国情下，“紧急事宜”