首先，关于起诉书的形式要求。该条例规定，提起公诉，应由检察官向法院提出起诉状，记载被告犯罪事实、所犯法条及证据，此外，还应将卷宗及证物一并提交法院：“起诉应以书状为之，记载左列事项。一，被告之姓名及其他足资辨别之特征；二，犯罪事实及所犯之法条。起诉应将该案卷宗及证据物件一并送交法院。”（第２８１条）从而明确了“起诉应以书状为之”，取消了清律中“遇有急速情形得以言词行之”的规定。不过，这种卷宗移送主义的起诉程式，使法官在开庭审理前就对案件材料进行实质性的审查判断，从而难免产生“先定后审”的弊端。
其次，关于起诉的约束力。近代各国大多采行辩论式诉讼模式，坚持“不告不理”原则，强调“无原告即无法官”，检察官的起诉直接约束着法院的审判。清末修律以来，中国刑事案件的审理方式逐步摆脱纠问式而向辩论式靠拢。为此，《刑事诉讼条例》第２８２条、第２８３条即规定，“法院不得就检察官未经起诉之行为审判”；“起诉之效力不及于检察官所指定以外之人”。但大理院的“解释例”却借助一个案例对此做了修正：
试办章程（笔者注，指清末《各级审判庭试办章程》）第１３０条规定，非现行犯、附带犯罪、伪证罪，未经检察官起诉者，不能径付公判。惟问有检察官起诉文内只认甲、乙、丙有罪，而审理中发见丁有罪。又或检察官指定赵有罪。而审理结果，赵无罪，而李有罪。关于丁李之罪，检察官既当庭用口头起诉，若经补具起诉文或记明笔录者，均可一并判决。
第三，关于起诉的撤回。近代各国刑诉立法例一般规定，检察官既以原告资格起诉，其后虽发生起诉权消减事由，若经过一定时期，即不准撤销公诉。为此，条例明确，“起诉于第一审审判开始前得撤回之”。但同时强调，“起诉经撤回后不得再行起诉”。（第２８７条）不过，随着局势的变化，检察官的职权呈逐渐增大的趋势。
首先，在特定案件中，检察官拥有“不起诉”的权力。《刑事诉讼条例》第２８４条规定：“被告犯数罪时其一罪已受或应受重刑之判决，检察官他罪虽行起诉，于应执行之刑无重大关系者，得不起诉。”在此情形下，甚至即使“其他罪起诉在前者，法院得依检察官之声请，停止其审判”；其次，检察官在刑事简易案件中的起诉权增大。１９１４年，袁世凯政府颁布《地方审判厅刑事简易厅暂行规则》和《审检厅处理简易案件暂行细则》，１９２０年段祺瑞政府颁行《处刑命令暂行条例》，规定在刑事简易案件的起诉审判中，检察官有认定权、速诉权和定案权。而且，由于当时北洋政府规定刑事案件简易审判制度，意在快速打击日益增多的轻微犯罪，所以取消了此类案件的预审程序。因此，检察长对刑事案件是否适用简易程序的认定权，实际上涉及到对刑事被告人检、审中的法律保护问题。但为体现快速结案意旨，刑事简易案件中的公正性不可能被过多考虑，刑事被告人的权益保护势必减弱。
对于检察长已确定的刑事简易案件，法律规定提起诉讼的时间也极短。“这表面上是加强对检察官起诉的限制，但实际上却赋予了检察官速诉之权”。稍纵即逝的诉讼期间，非常不利于被告人利益的维护。
第三，部分案件的直接定案权。为加大打击力度，北洋政府的《处刑命令暂行条例》（民国九年十月二十八日部令第８６９号）还赋予了检察官直接定案权：“地方审判厅简易厅对于五等有期徒刑、拘役或罚金案件，得因检察官之声请，不经审判，径以命令处刑”。如此一来，检察官集侦、控、审于一身，破坏了三角形诉讼结构，司法机关之间失去制约与监督，为其上下其手留下了空间，提供了便利，严重违背了近代民主法治国家司法独立的原则。
抗辩式诉讼追求控、辩间的对等与平衡，作为原告方的检察官权高若此，势必对本处弱势的被告人形成更大压力而不利于案件的公正裁决。
另外，军人深染司法，也极大地冲击了普通的司法程序。例如，当时的《戒严法》即规定，戒严地域分警备地域和接战地域两种。在警备地域内，驻军司令官握有“与军事有关系”的地方行政及司法事务的管辖权，以及一般行政、司法事务的指挥权；在宣告戒严的“接战地区”，驻军司令官握有一切行政及司法事务的管辖权。民、刑案件由军政执法处审判，并且不得控诉及上告。１９１５年和１９１８年先后颁布的《陆军审判条例》和《海军审判条例》规定了军事审判的一些特殊程序，如不准旁听，不准聘请辩护人，会审判决后不准上诉等。这两个条例虽然规定只有战时或宣布戒严时才对非军人适用军法和军法审判，但由于北洋政府时期经常处于战争或戒严状态，因此，在相当程度上，军事审判代替了普通司法审判，非常程序代替了普通司法程序。
（第五节）强大的追诉者——检察机关的法律监督权
为确保审判公正，清末及民初政府继受大陆法系中德、日经验，除起诉权之外，在不干涉审判机关独立审判的原则下，通过对法院组织法、刑事诉讼律的修订，赋予了检察机关及检察官员极其广泛的法律监督权力。
（一）案件审理监督
１莅庭监督。清末法律规定，公诉案件开庭审理之时，检察官当然要出庭提起公诉并支持公诉；即使是必须亲告乃论的刑事案件，检察官也必须亲自莅庭。反之，如果必须检察官亲自莅庭而未及其莅庭即已判结的案件，其判决无效。《各级审判厅试办章程》的《各级检察厅通则》规定，检察官“监督审判并纠正违误”之权，强调“预审或公判时，均须检察官莅庭监督，并得纠正公判之违误”（第１１０条）。作为莅庭监督的延伸，章程还允许“检察官得随时调阅审判厅一切审判案卷”，不过必须“于二十四小时内缴还”（第１１３条）；２列席审判厅有关会议。为加强审判监督，清末修律时还详细规定了检察官有权参加审判厅会议的监督制度：
首先，高等检察长的权力。在定期于每年三月召开的推事总会中，高等检察长有权讨论、评决下级审判厅的报告；就有关法律章程执行，有请求召开同级推事总体会议的权力，并且于会议召开之时有权陈述意见；对高等以下各级审判厅上年成绩总结报告，有在高等推事总会议上演述的权力；对高等以下各级审判厅年终报告的评决演述，有上报法部或提法使之权，等等。
其次，地方检察长的权力。就有关法律章程执行，地方检察长有请求召开同级推事总体会议的权力，并于会议召开之时有陈述意见的权力；在推事总会议中，有权对初级审判厅报告评决讨论。
（二）裁判执行监督
被告人的自由与生命问题事关重大。为慎重起见，清廷的刑诉律及北洋的刑事诉讼条例都要求，死刑裁判执行时，应由检察官莅视，监督行刑。
清廷《大理院审判编制法》规定各检察局的检察长另一职责便是监督审判活动，并“监视判决后正当施行”（第１２条），可以说内容相当疏简。１９０７年１２月，根据《天津府属试办审判章程》的立法司法经验，兼采《法院编制法》草案而成的《各级审判厅试办章程》，则对此作了较为详细的规制：“凡判决之执行，由检察官监督指挥之”（第１１４条）；“凡死刑经法部宣告后，由起诉检察官监视行刑”（第１１５条）。
至北洋时期，１９１２年３月颁布、１９１５年６月修订的《中华民国暂行法院编制法》，几乎是清廷《法院编制法》的翻版，检察官法律监督权的规定完全相同。以后虽经几次修改，但并无大的变化。不过，随着时局变幻与社会动荡的加剧，检察官的执行监督权急剧扩展。在袁世凯政府时期，检察官甚至身负监督肉刑执行之责。袁世凯当政不久，力主恢复肉刑，明令“笞刑由检察官或知事会同典狱官，于狱内执行”，由此确定了检察官监督野蛮落后的肉刑执行的制度。
（三）审判统计监督
为保证案件审判数据的准确，便于政府有效掌握全国各类犯罪情况和评定法官工作效果，《各级审判厅试办章程》规定，各级检察官有“查核审判统计表”之权（第９７条），明令“各级审判厅审判统计表，非经各该检察厅查核，不得申报”（第１１８条）。
不过，清廷随后颁布的《法院编制法》虽也明确规定了检察监督权，但只是非常简略的规定检察官有“监察判断之执行”的权力，取消了对“案件审理”和“审判统计”的监督，转而特别强调“检察官不问情形如何，不得干涉推事之审判或掌理审判事务”（第９５条），而１９０７年的《各级审判厅试办章程》却并无此明文规定。由此可以看出，经过两年多的司法实践，立法者已经认识到，诉讼中检察机关的权力过大，不但会对被告形成强大压力，造成对抗失衡；也一定程度上干预了审判的独立，牵掣法官的中立裁判。这与世界诉讼潮流并不吻合，也与推动司法独立的改革方向相悖。为纠正偏颇，检察监督权在相关法律中受到了适当抑制，体现出立法者在探索之路上对西学法理的适当把握和对司法实践的高度重视。
总体看来，在新的诉讼制度下，身为原告的检察官在代表国家进行追诉时，要受到被告人的全力抗击和位于中立位置的法官的牵制，其权力的扩展受到相当的阻却和约束。但随着时局的变幻与社会的动荡，检察官的刑事职权呈现逐渐增大和与法官通力合作的趋势，大陆法系特征愈发明显。正如民国法学家杨兆龙先生所言：“大陆的检察官不但编制整齐，并且为法院的一部分，与法院的关系颇密切。他们的地位，在一般人看来，与推事相等。”这就必然使得控、辩、审三方组成的“三角形”诉讼结构失去应有的对抗性平衡，而向审检一体合作、共同打击犯罪的“两点式”传统结构靠近。这种反复与变化，是与中国古代司法中历来强调国家安全大于个人自由的诉讼价值取向相暗合的，体现了传统法律文化的巨大惯性及其强大影响力。