有清一代经学号称极盛，而史学则远不逮宋人。论者辄谓爱新觉罗氏以外族入主中国，屡起文字之狱，株连惨酷，学者有所畏避，因而不敢致力于史，是固然矣。然清室所忌讳者，不过东北一隅之地，晚明清初数十年间之载记耳。其他历代数千岁之史事，即有所忌讳，亦非甚违碍者。何以三百年间，史学之不振如是？是必别有其故，未可以为悉由当世人主摧毁压抑之所致也。夫义理词章之学及八股之文，与史学本不同物，而治其业者，又别为一类之人，可不取与共论。独清代之经学与史学，俱为考据之学，故治其学者，亦并号为仆学之徒。所差异者，史学之材料大都完整而较备具，其解释亦有所限制，非可人执一说，无从判决其当否也。经学则不然，其材料往往残阙而又寡少，其解释尤不确定，以谨愿之人，而治经学，则但能依据文句各别解释，而不能综合贯通，成一有系统之论述。以夸诞之人，而治经学，则不甘以片断之论述为满足。因其材料残阙寡少及解释无定之故，转可利用一二细微疑似之单证，以附会其广泛难徵之结论。……往昔经学盛时，为其学者，可不读唐以后书，以求速效。声誉既易致，而利禄亦随之。于是一世才智之士，能为考据之学者，群舍史学而趋于经学之一途。其谨愿者，既止于解释文句，而不能讨论问题。……虽有研治史学之人，大抵于宦成以后休退之时，始以余力肆及，殆视为文儒老病销愁送日之具。当时史学地位卑下如此。由今思之，诚可哀矣。此清代经学发展过甚，所以转致史学之不振也。这里，陈寅恪先生着重指出了清代考据学的发达全在经学而不在史学的事实。经学的阙文断简、诘屈聱牙、晦涩艰深的特点，限制了学者的“发散性思维”，加以利禄的诱惑，致使清儒群趋于经学之一途，“止于解释文句，而不能讨论问题”，走上了考据之路。反观清初，以亭林为首的学界士子，在标举出“经学即理学，舍经学无理学”的旗帜时，他们并没有轻视史学，舍弃史学，相反，清初学界极为重视史学，这是清初学风与乾嘉考据学的一个重大差别。而清初学子的重史，又表现为他们的重视史论。这一点，在亭林、梨洲、尤其是船山的治学中非常突出。（又，“浙东史学”至实斋之所以能集其大成，那也是因为清初学界之重史奠定的基础。）清初学子之所以治经不弃治史，经学的阙文断简、佶屈聱牙、难发挥不易通贯，恐怕也不能不是重要原因之一。身处明清易代的这一批晚明遗民，孤臣孽子，他们身遭亡国之痛，怀抱清算理学“空”言误国之思，他们是必须有“学”又有“论”的。其“学”即在治经，用治经返回儒学元典，以矫治晚明理学之“空疏”、重形上思辨，以及援“二氏”入儒；而其“论”，则需要落实于治史，借助“史学之材料大都完整而较备具”的特点，提出问题，讨论问题，给出一个“综合贯通”的“有系统之论述”，从历史的经验和教训中，总结明亡之因。而他们的目的则还在于“为学以明道，以救世”，寄希望于“有王者起，将以见诸行事，以跻斯世于治古之隆”。当然，即便是在清初，若是拿“经”和“史”相比，“经”毕竟还是先于“史”，重于“史”的，“经”毕竟还是第一位的。这是由于“经”的特殊地位，以及这种特殊地位长期以来在学者层的认知体系和价值选择的思维定势中沉淀的结果。所以，亭林提出的口号仍然是“经学即理学”而不是“史学即理学”。亭林提出的“经学即理学”这一口号，同时也成为了清初学术界最具影响力的口号。
就经学的具体治学门径来说，清初的重实学考据，所表现出来的学风特点，以及其“学”所“考”的内容，那是古文经学的遗绪。亭林等一辈人的经学取向，也在古文经学。清初的这种治学价值和治学内容上的取向值得重视。这也即是说，中国封建社会中“经”重于“史”的价值取向，以及这种价值取向所具有的历史惯性，并没有因为清初学者的兼治史学而被改变或遭受困难与阻碍。这也不能不是造成乾嘉考据学——实即古文经学——独盛而史学不振的历史原因之一。
康熙以至乾隆时的承平日久，自然可以由着学者们就自己擅长而又感兴趣的考据学的治学路径走下去。乾隆间章实斋已就考据学的饾饤繁琐、难通贯少发挥提出过严厉的批评。但章实斋生前对其撰著秘不示人，而愿藏之名山传诸后世，此已足见反对考据学风在当时的“不合时宜”。
戴震的《孟子字义疏证》系一部为清算程朱一派的援佛入儒而撰的谈“义理”之作。《疏证》一书，又是戴震生平最为得意之作。为迎合弥漫在学术界的那种惟考据学是尊是从，而鄙薄义理的学术风气，戴震以充满考据气的“疏证”二字名之书，可谓煞费苦心。戴震弟子洪榜深知其意，他在给朱笥河的信中写道：“戴氏论性道，莫备于其论孟子之书。而其所以名其书者，曰《孟子字义疏证》焉耳，然则非言性命之旨也，训诂而已矣！度数而已矣！”然而，学术界对戴震此举仍然不理解，“群惜其有用精神耗于无用之地”。洪榜撰《东原行状》，欲载戴氏的《与彭尺木书》，以明戴氏撰《疏证》之旨，戴氏的至交密友朱笥河竟然谓“可不必载，性与天道不可得闻，何图更于程朱之外复有论说！戴氏可传者不在此”。学术界对形上思辨之学的鄙薄与厌弃，从中亦可以尽见了。所以，乾隆间虽有考据圈外学者如许宗彦、邵晋涵等与章实斋持同一批评乾嘉考据学的观点；又有考据圈内专家如焦循、凌廷堪对考据学也不免有所踯躅，但风气所向，回应者寥寥而不成气候。学术风气的真正转向，那是要到嘉道以降社会的政治状况已经初步发生了深刻变化，产生了初步的社会危机之后。历史上，学术风气的每一次重大转向几乎都毫无例外地伴随着政治状况的变化——一般是伴随着政治状况的恶化——而发生，这在中国学术史上可以视为一条通律。所以，当康乾盛世已经成为明日黄花，嘉道统治已经露出破败之象时，抛弃汉学考据学的偏枯、艰涩、少通贯、难发挥，有“考”而无“论”，有“事实”而无“义理”的学风，而转向“诵史鉴，考掌故，慷慨论天下事”，提出问题，讨论问题，从而解决问题的学术转轨的时代来到了。
嘉道之际，一些思想敏锐的士大夫在透视出社会危机行将爆发的危险兆头后，他们要求学以“经世”，要求治学服务于现实政治。考据学的学术局限性，显然难以承担社会所需要的“处士横议”的新功用，史学则庶几当之，今文经学亦庶几当之。因此，到了中国近代，学术便主要地向两个方向——史学和今文经学发展：史学和今文经学是近代学者社会选择的两个主要的治学取向。关于今文经学的兴起，将在下文予以叙述，这里仅及古文经学与史学间的此消彼长。
龚自珍是段玉裁的外孙，受家学渊源的影响，定庵亦重小学，重汉学考据学。但他终不满斤斤于小学的饾饤繁琐，是故对于江藩所撰《汉学师承记》移书商榷，认为《汉学师承记》书名即不妥，有十不安，当改名为《国朝经学师承记》。龚自珍的理由是：“夫读书者实事求是，千古同之，此虽汉人语，非汉人所能专。……本朝自有学，非汉学。……琐碎饾饤，不可谓非学，不得谓汉学。……近有一类人，以名物训诂为尽圣人之道，经师收之，人师摒之，不忍深论，以污汉人，汉人不受。”龚氏又有《江子屏所作书序》：“孔门之道，尊德性，道问学二大端而已。二端之初，不相非而相同，祈同所归。……入我朝，儒术博矣，然其运实为道问学。……敢问：问学优于尊德性乎？曰否！否！是有文无质也，是因迭起而欲偏绝也。圣人之道，有制度名物以为之表，有穷理尽性以为之里，有训诂实事以为之迹，有知来藏往以为之神，谓学尽于是，是圣人有博无约，有文章而无性与天道也。”这是说，乾嘉考据学“儒术”虽博，但这只是“道问学”，他们还缺“尊德性”一环。“道问学”为什么不能优于“尊德性”？因为“道问学”是“有文无质”，有“博”无“约”，用今天的话来说也就是有“学”无“用”。圣人之道所需要具备的名物制度只是“表”，“穷理尽性”才是其“里”，“里”当然重于“表”。龚自珍对于乾嘉考据学的不满溢于言表。
值得注意的是，定庵在批判考据学的同时提出了“圣人之道，有知来藏往以为之神”。“知来藏往”之学即是史学。它被定庵冠为“圣人之道”的“神”，可见定庵对史学的重视。我们看定庵的《古史钩沉论》、《尊史》等文中的议论，他已将史学提升到了无以复加的崇高地位，谓“周之世官大者史。史之外无有语言焉，史之外无有文字焉，史之外无有人伦品目焉。史存而周存，史亡而周亡”。又说：“仲尼未生，已有六经；仲尼之生，不作一经。”甚至说：“孔子述《六经》，则本之史也。史也，献也，逸民也，皆于周为宾也，异名而同实者也。”经“本之”史，这也就是史重于经或是六经皆史的别解了。定庵自己则以史氏自许自律，并因欲治“天地东西南北之学”也就是因欲治史学而将早年的“写定群经”的夙愿予以舍弃。所以定庵终于由早年的治小学，治古文经学而改道，他终于由经学而向史学侧重，走上了治史之路。这种由经学而向史学的转移，在时代将变未变，大厦即倾未倾之际，具有某种重要的表征意义。所谓“风起于青萍之末”，又一次学风转轨的时代的到来，从定庵的学术路径的转移和变换中已经初露了端倪。
我们之所以说定庵的治学选择具有某种表征的意义，这是因为：（1）在定庵身上，比较集中，比较典型地蕴含了治学内容的新选择和学风转轨这二者推身移步的倾向；（2）像定庵那样由经学（考据学）转向史学的，并非只是一个孤例，而是有着一批人。——也就是说，定庵的学术选择和学风转轨在近代学术思想史上具有某种“先兆”的意义。沈尧早年也曾好名物训诂，后来“自知琐屑之非计”。他在给好友张履的信中说：“尧好用心于琐屑纷赜之处，颇亦自知其误究名物而弃微言，指示病根至为痛切，尧当以为座右铭。”对于乾嘉考据学，沈尧痛加诋责，认为社会风气之败坏即由于此：“乾隆中叶以后，士人习气，考证于不必考之地”，沈尧指出，当时的社会风气是“上下务为相蒙，学术衰而人才坏。”值得注意的是，沈尧在批判乾嘉考据学的同时，他也和龚自珍一样，走上了侧重于史学之路。沈氏的文集中有《立名篇》即借史论阐述社会风气变化之大要，谓：“古今治乱之故，系于当时之好尚。周汉而下，大概人争立名则世治，人争殖利则世乱。西京盛时，争为长者名；东都则以至行过人为名；唐之士大夫以功业济世为名；宋之士大夫以节高古人为名。则遇贤主，天下受其福；遇庸主，一己受其节。故其望峻。……二者虽异，有裨于世道人心则一也。……若夫殖利之祸，有不可胜言者。战国人好利，而焚坑之祸起；魏晋之人好利，而刘石之祸起；后魏宣武后，朝士多贪鄙，而河阴之祸起；唐大中后，令狐以贿用方镇，而庞勋、朱温之祸起。”又说：“览观史册，特古今利弊，亦略识其梗概。今日风气，备有元、成（西汉二帝）时之阿谀；大中（唐宣宗年号）时之轻薄；明昌（金章宗年号）、贞佑（金宣宗年号）时之苟且。海宇清晏，而风俗如此，实有书契以来所未见。”沈氏的史论，明确地针对着乾嘉间的因循苟且，蝇营狗苟，贪冒成风，腐败堕落而发。这正是“士大夫诵史鉴，考掌故，慷慨论天下事”的先声，是史学逐渐为知识界所重视的鲜明表征。
姚莹《中复堂集》：“自四库馆开之后，当朝老大，皆以考博为事，无复有潜心理学者，是以风俗人心日坏，不知礼义廉耻为何事。至于外夷交侵，辄皆望风而靡。无耻之徒，争以悦媚夷人为事，而不顾国家之大辱，岂非毁讪宋儒之过？”
这里，姚莹寻根溯源，将乾隆以后社会风俗的恶化，说成是乾嘉学者专事考据，摈斥理学所至。他在提倡宋学的同时，甚至已将近代以降中国积贫积弱的历史责任推到了乾嘉考据学者的身上。
鸦片战争的爆发，给了中国人以猛烈的冲击。随着内忧外患的不断加剧，亡国灭种的历史阴影由朦胧而逐渐清晰，它像铅块一样压迫在中国人民的心头，首先萦绕在敏感的文人士大夫的脑际。排斥汉学考据学，要求学以经世——实即资治——的思潮因此而迅速崛起，古文经学地位的衰落和史学地位的提高也在同步发展。
魏源说：“士之能九年通经者以淑其身，以形为事业，则能以《周易》决疑，以《洪范》占变，以《春秋》断事，以礼乐服制兴教化，以《周官》致太平，以《禹贡》行河，以《三百五篇》当谏书，以出使专对，谓之以经术为治术。曾有以通经致用为诟厉者乎？”对于考据学，魏源直斥为“无用之学”，指出：“自乾隆中叶以后，海内士大夫兴汉学，而大江南北尤盛。苏州惠氏、江氏，常州臧氏、孙氏，嘉定钱氏，金坛段氏，高邮王氏，徽州戴氏、程氏，争治诂训音声，爪剖［］析，视国初昆山、常熟二顾，及四明黄南雷、万季野、全谢山诸公，即皆摒为史学非经学，或为宋学非汉学。锢天下聪明智慧尽出于无用之一途。”魏源所论已将乾嘉考据学诸大家几乎一网打尽。他决然斩断了乾嘉考据学与清初学术之间的渊源承袭关系，谓乾嘉考据学者因重“经”而轻“史”，乾嘉考据学者甚至轻视亭林、梨洲等学界巨擘，可谓舍本逐末。魏源为清初学术鸣不平，在舍彼就此，表彰清初的“史学”而批判乾嘉考据学者的“经学”之间，已清楚不过地表明了魏源自己侧重于史学的学术选择和立场。魏源所撰《四洲志》、《海国图志》、《元史新编》、《道光洋艘征抚记》等，皆“近现代史”，实为激愤时艰，欲借史学挽清廷于颓败既倾而作。