1月13日，麦克阿瑟将他的前指转移到岸上，住在从海湾向内地走4英里的达古潘镇的一所中学里。他把操场上的一所平房作为自己的寓所兼办公室。在那儿的头几天，他心情乐观、兴高采烈，但后来便开始和克鲁格发生矛盾。他想让克鲁格在1月26日——他的65岁生日以前，（非常巧合的是克鲁格也是这一天过生日）——南下攻占马尼拉。而克鲁格担心，如果他大举南下，日本可能对他采取什么行动。他只想巩固登陆第一天所占领的滩头阵地，等待本月晚些时候增援部队到来。然而不仅仅是麦克阿瑟一个人催促他对马尼拉发动进攻，肯尼也叫嚷着要陆军占领大致位于林加延湾和马尼拉中间的克拉克机场。
在这个节骨眼上，麦克阿瑟收到了来自马歇尔的电文，马歇尔告诉他，陆军部计划向总统上报一份职务晋升名单。问麦克阿瑟是否要推荐什么人？为了推动克鲁格更加合作，3月18日，麦克阿瑟推荐克鲁格升为四星上将。
不知道是为四星上将的前途所打动，还是因为第6集团军需要它所能得到的所有空中支持，克鲁格动心了，允许第37师和第40师向克拉克机场进军。结果，就像推一扇没有上锁的门一样畅通无阻。部队沿着3号公路以每天10英里的速度长驱直入，它遇到的抵抗微乎其微。
事实证明，攻占克拉克很容易。难的是如何让这个地方发挥作用。成千上万的日本人埋伏在山上，居高临下，将这里的6个机场置于其炮火打击之下。第40师必须进入山区，把他们驱赶到火炮射程之外，并最终把他们从战壕里抠出来。
在第40师攻占克拉克以前，克鲁格就清楚地表明他不想朝马尼拉的方向再前进半步了。他确信埋伏在吕宋中央平原以北和以东的山区里成千上万的日本人会突袭连接林加延和马尼拉的主干线3号公路，并打垮他的右翼。在他的后援部队——主要是第1骑兵师和第32步兵师——从莱特调到林加延之前，他什么机会也不会有。
麦克阿瑟认为克鲁格对周围形势的判断是大错特错。他还批评了威洛比，因为他夸大日军的实力，无形中增加了克鲁格的恐惧心理。如果山下奉文让他的人进入平原地区，那就无异于要他们自己被美国的坦克、飞机和自行火炮消灭光。事实证明确实如此，在争夺克拉克的战斗中，当日本第2坦克师的一个装甲团从高地冲下来企图切断3号公路时，确实被美军一下子歼灭了。
1月31日，麦克阿瑟命令艾克尔伯格的第11空降师的两个滑翔团乘坐登陆艇在纳苏格布湾实施两栖进攻。3天后，该师唯一的伞兵团空降，攻占距离登陆滩头10英里处的高地。但空降师在接近马尼拉南部近郊时，遇到日军的顽强抵抗。日军严密防守着进入市区的唯一接近路，而第11空降师正试图由这条路上进入。部队在这里嘎然止步，日军防御部队迫使他们停留在尼科尔斯机场南两英里处。
与此同时第6集团军的两个最好的师，第1骑兵师计划1月27日到达林加延湾，然后沿5号公路进军；第37师从克拉克机场附近的驻地出发，沿3号公路向马尼拉市前进。事实上，第37师已经处于林加延到马尼拉的中间了，但第1骑兵师有更强的机动能力，丰富的作战经验和强烈的团队精神。他们自认为是美国陆军最好的师。
麦克阿瑟急于到达马尼拉的迫切心情常常驱使着他叫吉普车开到先遣部队的前面。1月30日，在克拉克机场附近，他设法让车开到交火地带的中间，日军的3挺机枪在他左侧不到100码处向他右侧不到100码处的美军炮兵连射击，而炮兵连则通过概略瞄准向藏在战壕里的日军射击。
在这个时候，第1骑兵师从林加延湾海岸向南挺进。当晚，麦克阿瑟见到维恩·D·马奇师长并告诉他：“去马尼拉。我不管你怎么去，到那儿就行，而且要快。要避免人员伤亡。你可以绕过日本鬼子，超越日本鬼子，但一定要到马尼拉，救出圣托马斯集中营的战俘，占领马拉卡南宫和议会大厦。"
马奇组织了一支由800名热情的志愿者组成的飞虎队，分乘吉普车、卡车和轻型坦克向马尼拉全速前进。两天后，飞虎队到达马尼拉东北74英里的甲万那端。骑兵师的战士们涉水过河，把日军赶出了甲万那端。上了5号公路。这支飞虎队在6小时之内行进了75英里，于2月4日黄昏时到达马尼拉市区第37师。沿3号公路紧赶慢赶，还是晚到了12个小时，于第二天凌晨到达马尼拉。
麦克阿瑟实现了他登陆后4个星期内到达马尼拉的誓言。他还希望用一支精干、行动快捷的力量迅速突破马尼拉，趁日本人正晕头转向时，让他的部队去解救被关押在市里和周边的几千名盟军战俘。如果能让部队迅速入城，就可以不战而拿下这些集中营，但是如果陷入艰苦而血腥的包围战，就很容易提醒日本人在无望的战斗的最后几天大举屠杀他们的战俘。这些天来，麦克阿瑟对盟国战俘的命运深深地担忧。
2月5日上午，第1骑兵师的飞虎队插入北部郊区并向圣托马斯大学进发，日军在那里关押着3500名战俘，主要是美国公民。与此同时，第37师前往比利比德监狱。他们赶在日军炸毁山谷上的一座桥梁之前将其占领，没开一枪一炮就占领了比利比德监狱，释放了那里的800名囚犯。
2月7日，麦克阿瑟、埃格伯格、莱尔巴斯和其他10来个司令部的先遣梯队参谋人员分乘几辆吉普车从打拉出发向马尼拉驶去。麦克阿瑟径直前往比利比德监狱。
麦克阿瑟和这个人不人、鬼不鬼的家伙握了握手，质朴地说：“我很高兴回到这里。”
进入监狱以后，他发现自己置身于但丁曾描绘过的那种惨不忍睹的景象之中，令人不堪忍受成为其中一员的巨大痛苦。几百人抬头凝视着他，这些人虚弱得除了从他们躺着的地方努力地向他微笑以外什么也做不了，他们像一具具尸体一样直挺挺地躺在污秽不堪的简易窄床上，虽生犹死，几乎已经为葬礼做好了准备。
他回到吉普车里，驱车前往圣托马斯集中营，这里的情况比比利比德监狱要好一些。但这里的景象也一样惨不忍睹。
当总司令部计划夺回科雷吉尔多时，麦克阿瑟采纳了参谋长萨瑟兰的采用空降部队和两栖部队同时发起进攻的办法。
2月16日，第503伞降步兵团大约2000人进行空降着陆，与此同时，1000步兵在悬崖底部的狭长海岸上登陆。这次进攻完全出乎日军意料之外，日军总共约有5000人。第二天美军又空降了1000人的增援部队。夺回罗克的战斗十分激烈，第5航空队的重型轰炸机用凝固汽油弹几乎炸平了科雷吉尔多的大部分地区，与此同时，海军驱逐舰在直射射程内从海上向岛上的岩洞和隧道入口处射击。
罗克之战是对装备精良、很好地隐蔽在战壕中的敌人的一次残酷的近距离作战。2月21日夜，共有2000日本人在马尼拉隧道中自杀，他们用数百吨烈性炸药将自己炸死。然而战斗还在继续。有组织的抵抗又持续了一个星期。美军收复科雷吉尔多的代价是1000人伤亡。
当这场战斗还在激烈进行时，麦克阿瑟对另一所监狱发动了突袭。马尼拉的南部有一个大潮，叫做拉古纳。拉古纳湖南岸耸立着洛斯巴诺斯拘留营，这里关押着2000多名美国人和菲律宾人，这些人当中主要是传教士和修女。2月24日，第11空降师几百名滑翔兵发起强渡大潮的两栖进攻。拘留营的日本卫兵惊讶得乱作一团，以致忘记屠杀他们的囚犯了。所有的被拘留者没有受到任何伤害，都获得了自由。
这次戏剧化的突袭是整个事件的闪光点，否则这里将是一幅悲剧性的场面。负责马尼拉作战指挥的日本海军上将岩渊山治手下有3.5万人。他拒绝执行山下奉文保全马尼拉的政策，而是把他自己无政府主义的观念强加给这座城市里无助的居民、古老的建筑和倒霉的军队。让马尼拉变成战场并不能使日本赢得丝毫的战略或战术优势，破坏这座城市也不能给日本带来荣誉和光彩。残杀马尼拉人不会让日本的失败推迟一天时间。一切都无济于事。守军拥有大量的自动武器，弹药库里充斥着军械。每一个主要路口都设置了路障；街道上布满地雷；数千建筑物里都理置了饵雷；马尼拉湾的海军舰艇被拆解了武装，船上的大炮被拖到岸上。就像他们征服其它地区时的做法一样，日本兵围捕了大批市民，然后不分青红皂白地将他们屠杀。这些暴行是根本没有任何理由、也开脱不了的。
麦克阿瑟发现自己不得不为这座城市而战，这是一场会毁灭这座城市的战斗。他尽力不伤害这里的人们。肯尼建议轰炸称为“内城”的有城墙的市区，把它夷为平地，免得步兵还要把守军从城里“抠”出来，麦克阿瑟对此建议不予考虑。“不，我不能让你这么做，”他告诉肯尼，“你可以全歼日本人，这没问题，但是那里还有几千菲律宾人也会死。”结果，麦克阿瑟不让肯尼向马尼拉的任何地方投放炸弹。因为当时轰炸的精度还不能保证让人口密集的城市中大量无辜市民免遭杀害。
起初，麦克阿瑟尽量避免在这场战斗中使用重型炮，但是当他的部队受到日军炮火的猛烈袭击时，他不得不解除了这些限制。当时的美国大炮是全世界最好的。这种火炮的协同动作与控制能力都很出色。麦克阿瑟发现，一旦开火，这种炮几乎能摧毁人类能建造出的任何东西。在马尼拉之战中，大部分建筑物是被美国的炮火毁坏的，而死难的数万菲律宾人中大部分则是日本人杀害的。
马尼拉市中心被打得四分五裂，建筑物和建筑物，房间和房间之间分崩离析。这一战制造出了历史中最血腥的也是本世纪里最壮观的火葬场之一。“火焰有1000英尺高，而它喷冒出来的大片大片的黑色浓烟则高达2000英尺。"一位胆战心惊的将军记录下了他在战斗开始阶段从飞机上看到的情景。
美军进入马尼拉后不久，麦克阿瑟司令部的参谋们就拟出了胜利大游行计划，但是战斗迫使这一计划推迟，再推迟，最后取消了。在收复马尼拉以前，整个城市只剩下4个没有遭到破坏的公共和商业建筑了。这座被称为“东方明珠”的城市已是废墟瓦砾堆。日军实际上被歼灭3.5万人。麦克阿瑟的战斗伤亡人数是6500人。
1945年7月，美国陆军数十万人从欧洲战区出发前往太平洋战区，陆军部时刻监视着日军在九州的大规模集结。一些激进分子描述了一幅令人生畏的场面，说是一个巨大的杀人场正在筹建之中。仓库里近5000架神风特攻机只加注了够飞单程的汽油。美军从8万日军手中夺取冲绳，却付出了伤亡5万人的代价。如果按这个比例推算正像马歇尔担心的那样，攻占九州美军将伤亡27.5万人。
日军参谋总长梅津美治郎代表日本在投降书上签字，左为美军麦克阿瑟将军。新近被授权指挥太平洋战略空军部队的卡尔·斯帕茨将军7月31日到达马尼拉，向麦克阿瑟出示了投放原子弹的命令。史汀生设法将日本文化中心——京都——从预定要轰炸的城市名单中撤销了。由长崎取而代之。斯帕茨说，一切都准备就绪。
麦克阿瑟断定这颗炸弹将使日本退出战争。8月2日，他告诉肯尼战争将在两个星期内结束。5天后，日本南部的天空万里无云。当天下午，麦克阿瑟在马尼拉市政大厅召开了异乎寻常的不准记录发表的记者招待会，邀请了25名战地记者参加。他谈到了这次战争，但是他脑海里真正想到的却是即将出现的新战争。他坐在舒适的真皮扶椅中讲了一个小时。他说：“子弹”将把战争恐怖扩大几万倍。现在是技术当家。他还清楚地记得，还只是在10年以前，第一架泛美大型远程客机到达马尼拉时，全世界都为这一巨大的成就欢呼。而1945年，每天有几百架飞机飞越太平洋，却没有人对此大惊小怪了。
至于日本，它已经被打败了，它的当权者也知道这一点。苏联准备加入对日战争，为这场战争增添他们的力量，他欢迎这种变化。“苏联士兵每牺牲一个就意味着美国可以少牺牲一个。”苏军将歼灭日军部署在满洲的两个野战集团军，他不希望冲突的时间持续太长。记者们回到他们的办公室，而来自华盛顿的消息刚刚通过电传打字机传来：广岛已经被一颗原子弹炸毁了。
然而直到此刻，代表日本政府的6位军官实际上绝拒投降。他们认为美国的入侵太血腥、太恐怖了，因此美国当然应该向他们提出更好的投降条件。在无记名投票表决中，他们投票主张继续战斗。
两天后，8月8日，苏联向日本宣战。斯大林不想在瓜分太平洋战争的胜利果实时被排除在外。8月9日，美国在长崎投放了第二颗原子弹。日本战时内阁投票结果是3比3，日本天皇自1941年来首次发表意见。他建议他的政府寻找投降的途径。
8月15日，麦克阿瑟被任命为盟军最高司令官，也就是说由他接受日本投降。他不想私下处理这一事件，不像艾森豪威尔那样，允许德国在上午很早的时候，在一间阴暗的普通教室里向他投降。麦克阿瑟想要一个仪式，要举办一个盛大的有纪念意义的仪式，让全世界都能看到。海军对让他接受投降的事不太高兴，但是在“密苏里”号战列舰上举行这一仪式有助于抚慰他们受伤的自尊心，还肯定会让哈里·杜鲁门高兴。总统的女儿玛格丽特曾为这个重达45万吨的庞然大物剪彩下水。9月2日这一天，在“密苏里号”军舰上，麦克阿瑟作为美国的全权代表，与中国、苏联、英国等代表一起，接受了日本的正式投降。全世界终于迎来了它短暂的没有硝烟的和平的日子。