和约签订之后，奕訢的心里并不轻松，英、法联军退至天津，可并没有南撤，原来洋人要求的两点：亲递国书、公使驻京并没有彻底解决。这可是咸丰帝最怕的两款。当然，奕訢心情沉重还有更重要的原因，现在和议已成，皇上会不会收回自己的权力？这些年来，他已摸透了皇上的心思，只有国家危难之时，万不得已，他才会把自己推向前台，一旦险情结束，他又会马上翻脸。而且这次议和，国力大伤，朝廷颜面尽失，追究起来，自己处在一线，当然难辞其咎，自己这一次会落得怎样的下场呢？奕訢经历过一次大起大落，此时变得谨小慎微起来。他思虑良久，最终决定给皇上写份奏折，申明情况，自请处置：
臣等自受命以来，与夷酋周旋数日，谨遵圣谕，与夷议和，草签和约，虽暂退夷兵，然危情未解，种种错误，虽由顾全大局，而扪心自问，目前之所失既多，日后之贻害无已，实属办理未臻完善，臣请皇上议处。
言词恳切，态度之谦卑谨慎，溢于言表。也许由于危难未过，咸丰帝反复权衡之后，在答复中说：“恭亲王办理抚局，本属不易，朕亦深谅苦衷。自请处分之处，著无庸议。”对奕訢的议和之勤勉和实绩给予了肯定。但是，言词当中也透露出心中的隐忧。条约签订，已成事实，此时的咸丰帝，心里最担心的是，英法侵略者能否撤兵南返？如果他们在天津过冬，而不南撤，那么他一旦回京，侵略者也许就会卷土重来，再次提出无理要求。另外，英法侵略者提出的公使驻京、亲递国书的要求，怎样解决？而这两项要求，咸丰帝心里实在很难接受。为此，咸丰帝谕令奕訢在他回京之前，务必将亲递国书、公使驻京及不得再有要求诸事“与之议定，以免再生枝节”。
对此，奕訢敏锐地察觉到，自己议和在外，声望日隆，皇上身边的一些别有用心的政敌难免会从中挑拨。他与皇上分开的时间越长，皇上对自己的疑忌会越深，自己的处境就越为不利。于是，奕訢和诸位留京大臣上奏道：“皇上为天下臣民之主，而京师乃四方拱极之区，宫禁虚悬，国基不稳，銮舆早日还宫，人心方能大定，天下才可安宁，乞望圣上早作圣断，择佳期回銮。”可咸丰的答复说：夷人虽退至天津，但天津距京较近，夷人又反复无常，难保不会来京挟制，又生事端，所以，不能答应奕訢等人的请求。
于是，奕訢等人又上奏，建议咸丰帝西巡，定都西安。认为西安地处关中，既有山河之险，又有四关可守，夷人绝对不能攻取。奕訢等人起初要求皇上早日回京，现在又建议西巡，难免不引起咸丰帝猜疑。肃顺等人更是从中诋毁：奕訢议和成功，留京诸臣对其多有倾慕，夷人也都支持他，司马昭之心，路人皆知，他想取代皇上而自立。一年前，当英法强盗兵临城下，肃顺等人力主逃奔热河，而奕訢等人力主不可，两人就已经结下仇怨，也由此形成了分别以他们为首的两个政治集团。肃顺之所以竭力阻止咸丰帝回京，也是出于他的野心。肃顺明白，咸丰帝龙体已垮，时日恐怕不多，而他惟一的儿子载淳年仅五岁，显然难担大任，咸丰帝临终前必然要托孤于亲信大臣，他肃顺必大权在握。所以他利用咸丰帝和奕訢之间的微妙关系，一再从中挑拨离间。肃顺的谗言，使咸丰帝回忆起他们兄弟二人以前争夺皇位时明争暗斗的一幕幕情景，不管他是否相信奕訢会自立为帝，但至少这大大加深了咸丰帝对奕訢的猜忌，心中的天平倾向了肃顺一边。
在此之前，当肃顺、载垣、端华等人在怂恿咸丰帝逃往热河之时，离京之议就已经遭到绝大多数大臣的反对。现在，他们对咸丰帝的蛊惑阻挠，更加激起留京大臣的不满和反对。胜保在上疏时就直截了当地指出：“欲皇上之留塞外者不过左右数人，而望皇上之归京者不啻以亿万计，我皇仁明英武，奈何曲徇数人自便之私，而不慰亿万未苏之望乎？”胜保此疏，因反映了当时的“民意”，被誉为“近年有数文字”。肃顺集团已经大失人心。
就在奕訢和咸丰、肃顺等人就是否回京问题上陷入僵局时，英法两国公使分别照会奕訢，表示亲递国书一事，决不勉强，同时表示不能亲递国书，一睹大皇帝风彩，甚感遗憾。
至于公使驻京一事，咸丰帝的长期担心成了多余。因为，早在中英《北京条约》签字的当天，伦敦陆军大臣通知额尔金说，英国公众对于这个战争已不感兴趣，相反，他们厌倦中国战争，不愿为它花钱。如果英军在中国过冬，为此英国将支付一百万镑的占领费，这是英国所不能承担的。
而在英法联军攻占北京之前，俄国公使伊格那提耶夫就“确信在中国京城设置外国常驻使团，对俄国决不会带来好处”，因为公使驻京，会使英国凭借其金钱和武力对中国各种事务产生“决定性影响”，而俄国在中国所拥有的手段，与英国相比是微不足道的。上述想法促使伊格那提耶夫“竭力阻挠在中国设立各国公使常驻代表机构”，他列举种种理由劝说额尔金，如果不能受到皇帝的隆重接见，那么常驻北京的代表机构也就失去了意义，而使节的尊严也将受到损害。因此，外国代表来北京只作短期居住才是比较有利的。额尔金最后对此表示同意。因此，中英《北京条约》对公使应否长驻北京，抑或随时往来，定为仍照《天津条约》第三款，“总候本国谕旨遵行”。而此时英国新任中国公使普鲁斯，得知法国公使布尔布隆明春才能来京，俄国公使又肯定不在北京过冬，于是决定驻在天津。英国政府和女王，也宁愿普鲁斯安全地驻在天津或上海，而“不愿他在北京遭受暴行和侮辱，那又需一场新的战争去报复，或以屈辱的心情去忍受”。用银子买面子，英国人已经厌倦了。于是他们借口使馆房屋不适宜公使居住，故不得不延期驻京，这样也很好地挽回了自己的面子。11月9日和12日，法英军队分别撤离北京，年底，大部分侵略军又从天津陆续撤退，不久，又南撤广州。
英法等国侵略者的殖民要求暂时得到了满足，为了巩固和扩大这些侵略权益，他们调整了对华政策，收起虎狼的凶恶嘴脸，把自己装扮成关心双方友好往来、关心中国繁荣稳定的友好使者。与清朝官员交涉时，他们一反逼签条约时的那种狂妄傲慢和盛气凌人的态度，竭力表现出一副诚挚友好的面孔。
10月底，奕訢搬进北京城内，在与英、法、俄三国公使几度会晤交谈，互赠礼品之后，也渐渐改变了对侵略者的看法，这在他给咸丰帝的历次报告中显露无遗。
11月13日，奕訢与额尔金会晤，交涉亲递国书一事之后，向咸丰汇报说，侵略者之所以坚持此事，“其意必欲中国以邻邦相待，不愿以属国自居，内则志在通商，外则力争体面，如果待以优礼，似觉渐形驯顺。且该夷前曾有言，并非争城夺地而来，实为彼此无欺起见。”并说夷人不至于心存叵测，当其进入北京城之时，带兵甚众，把守安定门，所有城内仓库及各衙门，彼亦深知，倘有包藏祸心，势必据为己有。而他们仅仅要求增加五十万现银的赔款和续增一些条款，所以说，他们确实是甘心愿和，不欲挑起事端。可见，奕訢已经被英法侵略者伪善的面孔所欺骗，从而改变了对他们的看法。在此之前，奕訢同咸丰帝一样，对外国侵略者，既充满了鄙视与排斥、又满怀恐惧与仇恨。他们最为担心的是，这些侵略者同中国古代那些问鼎犯边的“蛮狄”一样，志在夺取土地人口。而从封建立场看来，土地人口不仅是封建统治者的立国之本，又是其财富来源。夺取土地人口，即意味着推翻其统治。奕訢“督办和局”之后，眼见英法侵略者侵占北京，焚毁圆明园，甚至扬言攻占皇宫，加之俄使伊格那提耶夫又从中利诱，使得奕訢对英法联军究竟意欲何为，订约后究竟有无反复，心中一直没有把握。而现在侵略者在增索赔款、续定条约之后，竟能撤军南返，并不夺取清政府的土地人口，渐渐打消了奕訢对外国侵略者的疑虑，感到这些夷人同中国古代“蛮夷”大不相同，如果待之以礼，示之以信，是可以“驯服”的。