《马关条约》的割地、赔款、开商埠、允许日本人在中国通商口岸开工厂等敲诈勒索式的条款，使中国蒙受了巨大的损失，日本却从中获得了巨大的利益。
当正在日本议和谈判的李鸿章发出的“若欲和议速成，赔费恐须过一万万，让地恐不止台、澎”的电文传到国内时，朝野内外一篇哗然。
朝廷内的争吵从早到晚，从乾清宫一直到恭王府。从圣祖康熙爷耗费数年收复台湾开始说起，翁同龢力主迁都再战。奕劻、孙毓汶等则认为北洋水师尽丧、湘淮之军全溃，已无力再战，且为使龙兴之地和祖陵免遭战火、亿万生灵免遭涂炭，可弃台而保议和。
署理两江总督的张之洞积极主张联英抗日；在战争中一直表现消极的湘军将领刘坤一也表现出少有的战斗热情，致电军务处奏称“兵尚可用，和可暂缓”，表示拒约。国内反对条约的呼声甚高。
参加京考的举人们也骚动了！在光绪帝最后在条约文本上盖玉玺的那一个星期内，连续三天，18省举人会聚明代因弹劾奸臣严嵩而遭迫害的著名忠臣杨继盛的故居北京宣武门外达智胡同12号的松筠庵，抨击时政，大声疾呼，倡言变法，令举国震惊！
争吵的结果是主战的翁同龢对战争亦无良策，“和”派占了上风。光绪帝批准了李鸿章的方案，令其“权衡轻重，斟酌办理”。千名举人也在政府要人连夜赶往客栈要挟和警告下作罢。
为防和议进程再生变故，在孙毓汶、奕訢等的极力催促之下，光绪帝极为无奈地在条约上写下“恩允”二字，扔下御笔，径自而去。
在甲午中日战争中一直保持“中立”、作壁上观的列强这时不乐意了，中国是块肥肉，你吞进去的多了，我相应地就少了。于是在条约正式生效后的第六天，一份由俄、法、德三国发出的“最后通牒”送到了日本政府手中：日本占领辽东半岛，是对“远东和平的障碍”，日本必须放弃这个要求，若不答应，三国将“不惜一战”。
奕訢再次在这个重大的历史时刻发挥了关键性的作用。他要抓住机会，利用国际矛盾，争取挽回部分领土主权。
其实早在条约谈判过程中，奕訢主持下的总理衙门就已经向各国公使密告日方提出的领土要求，希望国际社会进行干涉。日本在远东的野心，尤其令俄国感到惴惴不安，因俄国觊觎东三省已久，怎忍他人虎口夺食！李鸿章赴日之前曾遵照奕訢意思特别访问过法、俄两国公使，双方已达成一定的默契。李鸿章从日本返回天津后，俄国公使正式通知总理衙门不要批准马关条约。
在李鸿章归国后的五天以后，三国驻日公使致日本外务省的照会文书发出。又过了两天，日本政府向三国驻日公使表示接受干涉。
在这关键时刻，奕訢又病倒了，夜不能眠，浑身乏力，动辄出汗。这驾全身几近散架的老机器不知还能为大清朝运转多久。光绪帝只得令军机大臣孙毓汶将近日有关和战的11封奏件拿给恭王阅看。
孙毓汶气喘吁吁地跑到恭王府时，奕訢刚喝完粥，他已经几天未进主食了。见孙毓汶带着大臣们的奏折前来，奕訢强撑着坐起来。边看，边倾听孙毓汶汇报：
“王爷，近日来法、德、俄三国通知大清，暂缓批约。皇上主意难定，请王爷给个对策。”
翻阅了几篇奏议之后，奕訢放下了。其实看与不看一样，奕訢心里早有定策。于是简单地对孙毓汶答复到：
“请孙大人代为回皇上，廷议徒扰，邦交宜联。我这两天还是无法起身进宫面圣。”表示要皇上避开群臣会议批准条约。
不几日，孙毓汶又来了。原因是太后下旨，群臣主战情绪高涨，倾向拒约；皇帝又犹豫了，令军机大臣孙毓汶请恭王速定和议大计。看了太后的懿旨“和战事关重大，两者皆有弊，不能断，令枢臣妥商一策以闻”后，奕訢觉得好笑。打了几十年的交道，奕訢太了解慈禧了；在这个谁都避之不及的时刻，她又在耍滑头，惟恐承担责任。但奕訢心里明白，太后内心其实是乐观和局的。
奕訢接着看了看举人们的上书和刘坤一的奏对，半晌无语。这时孙毓汶又呈上军机处拟定的宣示稿，请奕訢匡正。奕訢看了，点点头说：
“所谓宣示者，乃俟批准条约后告群臣之辞。”
暗示皇上应先批准条约，然后向群臣宣示，使大家接受既成事实。孙毓汶会意，收起宣示稿，嘱恭王要多注意身体，然后拜退。
送走孙毓汶之后，奕訢心神不安，无法静心养病。又歇了两日后，在家中仆人的搀扶下，强撑着上了轿，前往毓庆宫。光绪帝惊喜悲感交集，立即宣见赐座。看着六叔，光绪不由哽咽道：
“六叔，您都病成这样了，还亲自前来。朕不是让他们去府上与六叔商议了吗？”
“皇上，老臣确实放心不下，今我大清万不可再开战了。刘坤一复电，并非有真把握。张之洞之言，乃痴人说梦，英国一直在暗地里帮助日本，怎可能出手相助？举人们公车上书，更是书生意气。当下最现实的当为批准条约，争取国际同情以稍事补救。”一口气说了这么多，奕訢有些喘不过气来。光绪帝忙命人上茶，让奕訢休息。仔细思索恭王六叔的话，光绪帝克制住丧失国家利益的悲愤，幡然有批准条约之意。
从乾清宫回来，奕訢仍然不放心。为防和局遭人破坏，他又立即写信给因害怕受责回国后就一直住在天津而不敢进京的李鸿章，要求其速来京城，讲明当前各种利害。
李鸿章从天津赶回北京后的五天内，条约的批准与否遂不再成为大家争吵的主要问题；接下来的考虑是如期换约的问题。
日本首相伊藤博文拒绝延期换约，日本政府正式公开宣布接受三国干涉。德国和俄国也表示，如果如期换约就给予帮助，日本也才可能归还所占之旅顺。光绪帝决定派汉员伍廷芳和满员联芳前往烟台换约。
为避免俄、德、法国擅自瓜分日本答应归还的辽东半岛，奕訢又指示总理衙门电令伍廷芳务必出面参与“还辽”。情况果如翁同龢所料，日本在归还辽东的问题上确实曾想极力避开中国。
“还辽”对日谈判还是李鸿章和王文韶为全权大臣，与日本使臣林董“商约”。奕訢指示力图争取“无偿还辽”，通过总理衙门提出订立同盟并让予铁路修筑权的条件。日本不为所动。十几日后，日本外相照会三国驻日公使，提出中国应交纳5000万两的赎辽费。经双方讨价还价，日本再次向三国宣布将赎辽费降至3000万两，但并不以缔结商约为撤兵条件，而要求在赎辽费用付清后三个月内撤兵。八月二十六日（10月14日），光绪帝授李鸿章与日本公使林董谈判归辽问题的全权。李鸿章于当日电请中国驻俄、德、法使臣，要求他们向驻在国交涉削减赎辽费事宜，但未能发生作用。九月二十二日（11月8日），中日双方在北京签署《交还奉天南边地方条约》七条，中国所付赎辽费仍为3000万两，十月十三日（11月29日）开始实施。加上《马关条约》规定“赔偿日本军费”2亿两白银，年收入不过8890万两的清政府一共要向日本人支付2.3亿两白银。
在解决辽东归还问题的过程中，奕訢也曾指示总理衙门向三国探问干涉还台湾的可能性，希望通过努力能索回《马关条约》中被割让的台湾和澎湖。对要求三国干涉还台事，奕訢信心不大，且知其不可为而为之。在听到三国答复后的几天，奕訢又经常称病不朝了。
三国皆拒绝讨论台湾一事，无奈只好按约割台。台事筹商在恭王府进行，军机处议定由李经方去承担交割台湾一事。李鸿章坚决不同意，李经方是他的儿子。他签订《马关条约》已遭举国痛骂，怎么肯让儿子也陷进来呢？他指使李经方称病不出。
由于包括台湾人民在内的全国人民一致反对割台。总理衙门只得再作努力，争取保全。二十八日（22日），总署电令驻俄使臣许景澄鼓动俄国对日施加压力，使之归还台湾，并许诺：“俄真要动武，中国愿与俄国订立密约相酬”。事后证明，这项要求不仅多余，而且失策，台湾没有索回，反而引出了新的丧失主权的《********》。俄国对还台不表示兴趣，台湾必须交割，李经方被强令启程去完成使命。五月的一天，在一艘日本军舰上，李经方签署了割台证书。
日本为占领台湾付出了沉重的代价，这代价源于台湾人民不屈不挠的抵抗精神。早在《马关条约》签订的第二天，当台湾人民得知宝岛被割让的消息后，“若午夜暴闻惊雷，惊骇人色，奔走相告，聚哭于市中，夜以继日，哭声达于四野。”日本人登陆台湾，遇到的便是台湾军民长达半年之久的抵抗，日本必须用士兵的生命来换取台湾的每一个城镇和每一座村庄。后来日本人也在记述他们“接收”台湾省的书中写到：
无论何时，只要我军一出现，附近的村民便立刻变成我们的敌人。每个人甚至年轻的妇女都拿起武器来，一面呼喊着，一面投入战斗。我们的对手非常顽强，丝毫不怕死。他们隐蔽在村舍里，当一所房子被大炮摧毁，他们就镇静地转移到另一所房子里去，等一有机会就发动进攻。不仅台北的情况是这样，而且整个新竹的四郊也是这样。新竹的村民是以顽强和勇敢著称的。
据日本官方统计数字，日军在占领台湾的整个战斗中，共损失3.2万人，这个数字为日军侵台部队总人数的一半。然而不幸的是，台湾人民面对的是朝廷的出卖，孤军奋战的台湾民众终究敌不过疯狂的日本职业军人的进攻。从此台湾被日本占领并统治达50年之久。
朝廷上至慈禧、光绪帝、奕訢，下至李鸿章、翁同龢诸大臣在这次议和中均负有不可推卸的责任，他们也有着不同的表现。
在整个甲午中日战争的过程中，光绪帝都表现出积极的战斗热情，希望借对日战争扬国威于海内外，同时也树立自己在朝廷中的威望。然而在多年积弱之后，清朝政治军事均腐败已极，外有强兵压迫，内有诸多大臣掣肘，结果所有的希望与梦想皆付诸东流，他陷入深深的苦闷之中。如翁同龢在日记中所写，光绪帝因“时事如此，战和皆无可以恃，言及宗社，声泪并发”，真实地反映了光绪帝所处的进退维谷的尴尬境地。
甲午中日战争的关键时刻，以光绪帝为首的主战派打破慈禧太后的重重障碍，重新起用奕訢。本意是为壮大主战派的力量，以与慈禧为首的求和派相抗衡。可第四次踏入最高统治阶层的奕訢已没有了往日的朝气，他以保持清王朝的继续统治为最高目标，反战求和，十分注意察意观旨，明哲保身，一意以“和”为贵。在他的主持下，签订了屈辱的条约，民族权益遭到严重损失。
整个战争过程中，光绪帝对李鸿章都极为反感。战争初期，由于领导和指挥战争失利，光绪帝毫不留情地削了他的职，并令其永不得进京。战争和议之时，人人避之不及，奕訢和慈禧重新启用李鸿章，光绪帝这时也不得不倚重李鸿章。在国家大局面前，李鸿章选择不顾惜自己的声名而承担责任以保全国家，这种精神是值得称赞的。在日本咄咄逼人的攻势下，谈判过程非常艰难。然而从有荣辱羞耻与奋发向上之心的帝王的角度来看，光绪帝是不能接受国土在自己手中沦丧、国库在自己手中被赔光的事实的。所以李鸿章换约回来，光绪帝心情极坏。李鸿章进京请安之时，光绪帝曾当面斥责他“身为重臣，两万万之款从何筹措？台湾一省送予外人，失民心，伤国体”，义愤填膺，声色俱厉。
慈禧挪用海军军费修建花园，使国家武备大伤。在战火燃起的初期，为了不影响自己六十大寿的顺利进行而极力主张和议，动机非常自私。而当中国在平壤、黄海、辽东、威海战争中节节失利，和议不得不进行的情况下，慈禧又处处回避责任，将落骂名的议和事交由光绪帝、奕訢去伤脑筋。
同为朝廷重臣，翁同龢与李鸿章截然不同。翁同龢一直主战，即使战争的胜负未卜；他拒绝与“和”扯上关系，即使在和议已成定局的情况下。平时翁同龢一向以正色立朝，在关乎自身声名时，又特别懂得如何明哲保身。议和前后，光绪帝派翁同龢入总理衙门，军机大臣照例应兼任总理衙门大臣，但翁同龢知道总理衙门当下首要任务必为和议时，坚决辞掉了该职。李鸿章奉命与日谈判商约，翁同龢拒绝参加，显然是怕挨骂。
真可谓“时穷节乃见”，一个人的胆识、才略、品质、民族精神和气节在国家的危急时刻尤其能得到充分的体现。