拉马克根据自己的理论，还反对物种的概念，他认为物种只是一个人为的概念，事实上并不存在。因为根据用进废退理论，所有的生物应该存在连续的不可分隔的联系。之所以现在看上去似乎很多物种独自成形，与其他物种有明显的外形区别，那是因为我们没有收集足够的标本来填补物种与物种之间缺欠的链条。在世界的某一个角落，必定存在着这些模棱两可的动物。所有物种收集齐备以后，就可以看出生物是一个一连串连续的过渡形态联结在一起的整体。
不知道拉马克有没有听说过中文的“腐草化萤”这个成语，反正他也相信简单生物是可以从无机物中演化出来的。这是一种朴素的生命起源思想在作怪，毕竟，谁看到肉上无端生出蛆虫来，可能都会有类似的想法。这种想法后来被巴斯德用(LouisPasteur)的曲颈瓶实验彻底否定掉了。
拉马克还相信，既然所有物种都是一个连续变化的过程，那么，也就无所谓生物灭绝现象，他认为所有的物种都没有灭绝，而只不过是从一个物种转变成了另一个物种而已。这种说法挺有意思，现在公认鸟类正是恐龙的一支转变而来的。当然，这两个概念之间有着巨大的差异，并不能证明拉马克的物种转变理论是正确的，地质史上存在物种大灭绝现象已是不争的事实。
当然，人们之所以提起拉马克，往往是因为他“用进废退”的生物进化理论，这是一个相当具有迷惑力的理论，一度曾十分流行，甚至对达尔文的理论形成了不小的威胁。就算是到了现在，也仍然没有彻底退出历史舞台。在拉马克的理论中，目的就是动力，两者是合而为一的。而根据达尔文的理论，进化不需要目的，也没有目的，这是两个理论之间的重大分歧之一。就好像是百米赛跑，拉马克手下的所有运动员都是认准了百米终点用力冲去，他们有明确的目的，所以也有强烈的动机，跑起来很快。而达尔文的运动员呢，跑起来也很快，但与拉马克的运动员不同，达尔文的运动员全部被蒙上了眼睛，然后任由他们向四面八方乱跑，只有凭运气跑到终点的运动员是赢家，其他人全部被淘汰。
在达尔文的理论中，自然选择是进化的主要动力，甚至可能是唯一动力。而在拉马克理论中，动物的“欲望”和“意志”成为重要的动力，比如长颈鹿特别想把脖子长长一点，于是就真的长长了，这就是“意志”的力量。
人文学者们希望拉马克的理论是正确的，这样，人的意志，特别是善良的意志就会引导人类走向更美好的明天，甚至是天堂。所以他们非常排斥冷冰冰的毫无社会责任感的自然选择理论。后面会谈到社会进化的问题，如果有喜欢人文学科的朋友们加入到这个讨论中来的话，无疑会把这个讨论搅得一团糟。
而纯正的进化理论，必须把这种力量排除在外，因为对动物的“意志”的依赖，一不留意，就会滑向“神的意志”，有变为自然神学的危险。所以，拉马克和达尔文的共同点在于，都承认物种是变化的，也就是所谓“进化”。但在如何进化上，两者不可调和。
为了反驳拉马克的理论，作为达尔文理论的坚定支持者，德国著名动物学家魏斯曼(August Weismann)开展了一个有趣的实验。他养了一批老鼠，然后坚持不懈地把每一代的老鼠的尾巴都切下来，一直连续切了二十多代。结果发现，老鼠后代尾巴的长度并没有受到影响，重新生下来的小家伙们仍然一个个拖着长长的尾巴，据此，魏斯曼否定了拉马克的“获得性遗传”理论。
其实这个有趣的实验的设计是错误的，老鼠的尾巴是被“切掉”的，这根本不是环境造成的，也就是说，老鼠并没有不“需要”这个尾巴，而这个被切掉尾巴的悲剧也不能称为“获得性”，那只能是“强加性”。
但这个错误的实验的结论却是正确的，那就是“获得性”并不能遗传。为了全面驳倒拉马克，使自己的理论给人以更深刻的印象，魏斯曼还提到了中国妇女的裹脚现象，中国妇女们绵延万里的裹脚布并没有让后代的脚变得更小一点。其实还有一个更有力的证据魏斯曼没有想到，那就是处女膜一代一代地被顶破，但女人们仍然保留着那一层小小的膜，在这件事上，没有遗传发生。
反对者们提到了铁匠和他们的儿子的故事：铁匠因为天天打铁，所以肌肉都相当发达；但是，没有证据表明，铁匠的儿子们的肌肉也因此变得发达，铁匠辛辛苦苦打铁弄出来的一身好肌肉并没有遗传下去。除非子承父业，儿子们继续打铁。
随着达尔文理论的出现，拉马克遭到了越来越多的批评。最严重的困境在于，如果获得性遗传是那么有效的话，人类就会出现大量残疾人，由于战争等各种原因，缺胳膊断腿的悲惨故事实在是太普遍了。而且，还有一个更严重的问题，衰老算不算是获得性呢？如果是，岂不是小孩一生下来就成了小老头了么？
这个问题问得虽然有些无赖，但却是击中了拉马克的要害。
可拉马克的追随者们的反击也依然强劲，他们反问道：农民的双手经过不断的劳作，手掌的皮肤应该被打磨得越来越薄才是，为什么情况正相反，反而是手掌的皮肤越来越厚，有的地方甚至起了老茧呢？这难道不是生物对环境作出反应的有力证据吗？难道这不是获得性状吗？
因为拉马克追随者们一再纠缠茧子问题，后来遭到了达尔文支持者们的辛辣嘲讽。当代最具成就的进化论者之一道金斯(Richard Dawkins)在《盲眼的钟表匠》一书中笑话他们说：“拉马克学家从传统上喜欢老茧。”
令拉马克的追随者们失望的是，他们所提出的几乎所有证据，后来都被达尔文的支持者们纳入到了自然选择理论体系之下。
总而言之，尽管拉马克在进化论领域作出了不可磨灭的开创性的工作，但由于受到了居维叶的打压，所以在当时的影响较小。加上资料的缺乏和认识的不足，他对于进化途径的认识是不完善的，起码用现代的生物学知识来衡量，是不全面的，甚至是不正确的。他让人们认识到了进化现象，但又让人误解了进化过程，可谓功过参半。达尔文对拉马克的评价前后不一，也正好反映了他对拉马克的矛盾态度。
达尔文没有读过拉马克的原著，他是通过其他途径了解了拉马克的观点，曾赞扬拉马克是“第一个在物种起源的研究上取得了一定成就的人，这一成就对于后人的研究有巨大的推动作用”。达尔文认为，拉马克开始把上帝的作用排除在外了。但这并不意味着达尔文同意拉马克的观点，相反，他也对拉马克进行了讽刺，尽管在达尔文自己的理论里也能看到拉马克主义的影子。
有趣的是，达尔文曾经非常果决地否认他受到了拉马克的影响，他评论拉马克的作品说：“这些著作确实毫无价值，我从中没有汲取到任何事实依据或有益的观点。”但有的时候，他又会非常公允地说：“我得出的结论和他的结论相差并不太大，虽然演化的方式彼此全然不同。”
不过达尔文的支持者们显然不同意他的这句话，后来两派之间的争论几乎到了相当激烈的地步。拉马克本人对此显然并没有预见到这一点。
拉马克对待科学的态度是令人尊敬的，请让我们记住他的这一段话吧：“科学工作让我受益匪浅，给我们带来了一种温暖和纯洁的乐趣，这种乐趣足以补偿人生中因种种不足而带来的无穷烦恼。”
直到1909年，在人们纪念拉马克的名著《动物学哲学》出版 100周年时，巴黎植物园向各界募捐，才算为拉马克建立了一块纪念碑。碑上镌刻着他女儿的话：“我的父亲，后代将要羡慕您，他们将要替您报仇雪恨！”
虽然尘埃未定，但拉马克至今依然能被人提起，并看作是进化论的先驱者之一，并仍有大批的追随者。大概他也可以借此告慰自己了吧。
后来，拉马克主义者为了与“新达尔文主义”对抗，也提出了“新拉马克主义”的概念，这其实是一个大杂烩理论。虽然新拉马克主义者声称这仍然是以获得性遗传和用进废退为理论内核，并加进了环境对生物的影响，但没有人系统地阐述过拉马克主义的标准含义，只是一味地否认自然选择的力量，或认为自然选择只是进化的辅助因素。据说，从来没有两个新拉马克主义者的观点是相同的。他们根据自己的理解用自己的方式解释着拉马克，使“用进废退”变得乱七八糟。当基因突变现象被发现以后，新拉马克主义才迅速失去了吸引力。达尔文主义才得到了又一次发展的机会。
关于新达尔文主义和新拉马克主义的争论将在后面再详细介绍。现在先来看看地质学的发展对进化论的出现起到了什么样的促进作用。