此后，她在东柏林的科研院度过了12年。安格拉——不再姓卡斯纳，而姓默克尔——就像生活在甲板下面。她是一位科学家，但只是一位“小”科学家，这与她总想成为“第一”的抱负相抵触，而野心和抱负从学生时代开始就一直伴随着她，直到任职德国总理。她的研究工作没怎么得到重视，进展也非常缓慢。在民主德国每一项学术活动的典型特征就是缓慢。在这里，时间流逝得似乎也比其他地方缓慢。科研工作在一幢灰色的楼里进行，那里满是灰尘，令人抑郁。而安格拉曾是“典型的没有幻想的年轻科学家……只有在骑自行车去勃兰登堡孤独地郊游时她才会伤感”。迈克尔？辛德海姆在一本类似于自传的小说中这样写道。他曾经是安格拉的同事，后来成为柏林歌剧院的主管人。
从科学研究的角度看，与美国等国家相比，民主德国简直就处在史前状态。很多著名的物理学家在柏林安德尔斯霍夫科研院工作，那里的硬件条件相当简陋。罗博顿是德累斯顿州的一个生产电脑的联合企业，该企业制造了巨大的中央计算机。它以IBM公司的一个产品为模型，仍然使用打孔卡片。要得到计算结果需要几天的时间，每一项计算的进展总是缓慢得令人恼火。1986年1月8日，默克尔上交了她的量子化学博士论文，但是在论文后要附上一篇关于马克思列宁主义的文章。她的题目是《社会主义生活方式的风格是什么》。她表示该文章更多地论及了农民而不是工人的工作，她由此受到了当局的多次批评。2010年，《明镜》周刊发现，默克尔曾因那篇文章获得纯粹的满足。但这篇文章再也找不到了。除了与朋友们搭便车去 “异国”旅行之外，默克尔在柏林科研院的那几年似乎没留下什么太醒目的标记。旅行的目的地有亚美尼亚、阿塞拜疆、美国佐治亚州（这也证明了她能够在社会主义世界的狭隘中自由活动的显著能力）。辛德海姆讲述说，他与安格拉关系密切，并不是因为奇妙的科学的世界，而是因为他的同事安格拉每天都会去他办公室两次，手里端着一个放着两杯咖啡的托盘，就为了随便聊聊天。遗憾的是，正如2001年被发现的那样，辛德海姆在那些年里一直是一个“伊姆（Im）”，也就是民主德国国家安全部的“非官方线人”。他似乎只向安全部汇报一些诸如默克尔的文化消费习惯、艺术趣味以及其他日常问题。他似乎是一个最糟糕的间谍。2002年他表示，“从来没有说过关于安格拉？默克尔的任何一句话”，这引起了默克尔的极大愤怒，当时她已经成为联邦德国最大政党的领袖。
这就是关于民主德国国家安全部的内容。很显然，安格拉在民主德国时与国家安全部［Mfs，更机密一些的说法是史塔西（Stasi）］可能存在的关系问题，最微妙棘手，调查起来也最痛苦、最困难。她与史塔西可能存在的关系，有些时候仅仅只是一种猜测且并不能证明，但在另一些时候则是非常相关的。这个问题难以调查的原因，一方面是因为她本人对此很圆滑，另一方面现在相关文件经常是无从查询。本书开始就多次提到了卡斯纳与民主德国国家安全部的合作，尽管时间很短暂。卡斯纳真的与安全部有过联系吗？现在，回忆有多少人与民主德国安全机构有过关系，这是无用的，而且这也不是大做伦理道德文章的地方。然而从史塔西的文件档案中可知，当卡斯纳初来民主德国时，曾被视为“一个国家的对手”。朗古特参考了1972年的一份卷宗后转述，一些密探曾试图勒索卡斯纳，因为他手里有持不同政见的苏联人安德烈？萨哈洛夫的一篇文章。后来卡斯纳牧师同意将该文章充公，并且也同意在他的工作室里接受询问，而这也违反了教会的规定。总的来说，之后卡斯纳在与民主德国国家安全部可能发生的关系上并没有严格地保持距离，尽管他与安全部不定期的或者是定期的合作从来都没有被证实过。
然而，几年之后，关于安格拉与民主德国国家安全部的联系引起了种种思索和猜想。安格拉本人说，在1978年曾有两名安全部的官员接近她，向她提出了合作的提议。她当时还是一名研究员，她以不善于保守秘密为由拒绝了。说得更直白一些，她就是在装傻。根据安格拉的说法，在拒绝了安全部之后，她申请进入伊尔梅瑙工业大学当科研助理的请求就落空了。那两名官员是谁，人们不得而知。这位德国总理在2009年的一次电视节目上再谈到这个问题时，两名安全部的官员变成了一个。然后就有了安格拉的证件照事件。她的证件照在著名的异见分子、共产主义者罗伯特？哈维曼的卷宗中被找了出来，并且不停地被媒体，尤其是极右的媒体炒作（其意义和吸引力在于，这或多或少证明默克尔当时是一个热忱的共产主义者）。我们只是简单地转述完整的信息。
一般的说法是默克尔常常去哈维曼的家，因为他儿子乌尔利西是她的朋友，并且曾经帮助她从莱比锡搬家到柏林。作为回报，她去照顾他的孩子们。在情报网（The Intelligence）看来（我们还可以从各种其他网站上引证），事情并不是那么简单，就像一个右派作者辛里奇？罗博恩在他的《默克尔体系》一书中所写的一样。哈维曼从1976年开始就被软禁在家中。民主德国国家安全部不间断地监控着他。为WDR频道（德国公共电视三台）写了一篇题为《权力之眼——史塔西印象》通讯报道的作者们，在他们的调查中偶然发现了哈维曼卷宗里默克尔的证件照。那张照片是1980年拍的，是由安全部密探所做的系列“肖像”中的一张，那些照片是那些年里去过哈维曼家里的人的。也就是说，除了朋友和家人“正常的”拜访者以外，也包括安全部的首脑们逐渐派去的“非官方线人”。《瑞士杂志》（Schweiz Magazine）猜测她可能是那些奉命监视哈维曼的人之一。也就是说，默克尔曾经也是史塔西的一个“非官方线人”。这显然未经证实，也无法证实，也许是不合逻辑的。据信，哈维曼曾是默克尔的朋友。他也是一名物理学家，有一段时间默克尔还与他在科研院共用过一个办公室，这也使默克尔出现在哈维曼家变得非常“正常”。但是，WDR频道的纪录片作者们曾向默克尔询问是否可以在电视上展示那张照片，这位总理生硬地拒绝了。理由是，保护默克尔女士的个人隐私。此事在2005年被《明镜》周刊再次提及。问题是，在民主德国，间谍问题几乎总是最复杂的，没有经历过那些年、去过那些地方和体验过那种氛围的人，是很难重新还原和体验的。经常会有这样的故事，比如美术馆馆长拉弗？巴托洛迈乌斯，本来他生活在反政体的文化活动一线，突然就被一个与他关系亲近的女艺术家指控为史塔西间谍。因为当局发现这个女艺术家想离弃祖国，而能将此事告知当局的人就是拉弗？巴托洛迈乌斯，在民主德国他是唯一知道此事的人。然而她错了，在柏林墙倒塌之后，当史塔西的档案卷宗被翻开，人们发现那个背叛她的“深喉”竟是一个西方的朋友。
蛇蝎友人，在民主德国非常典型，就以弗兰克？施耐德的故事为例。他是安格拉的同事兼密友，当时所有人都称呼他为施耐菲。他也是“伊姆”，一个史塔西的“非官方线人”，代号是巴赫曼。在档案卷宗里他断言安格拉？默克尔“对于我们的国家是持批判态度的”，在别处则说这个女人“与普伦茨劳贝格地区的各界有联系，该地区与我国的政治鲜有相同之处。她也与年轻的艺术家以及福音派教会的成员有联系。尽管安格拉认为苏联的领导犹如独裁者，所有其他的社会主义国家都要屈从，但另一方面她对于俄国语言和文化充满了兴趣和热情”。为了说明这个话题有多么微妙，伊福林？罗尔在他的书中——可能有一些故意地——回忆：
在民主德国，当问题变成一个关于实现民主并且建立民主党派的问题时，据说在所有的政治构成中都是史塔西的人——或者用更谨慎一些的说法——是跟民主德国国家安全部相关的专门人士，那些手握民主政党领导权的人。时至今日，没有人知道当初是谁负责让这些带着史塔西牌照的人在每一个恰当的时候出现……
还有一个关于曾经活跃于西德的史塔西成员的话题。“那不只是几打人，而是好几千人。”玛丽安娜？比尔特勒曾经这样对《明镜》周刊说，她是“Gauk Behrde”的负责人。而默克尔总理则对《世界》说，她自己“非常有兴趣知道有哪些联邦议院的议员曾经是史塔西麾下的人”。然后她补充道：
我的“民主觉醒”的上司曾经与史塔西有染，民主德国社会民主党的头儿也曾与史塔西合作。我对此已经不抱幻想了。如果在西德也曾经有过类似的事情，就应该摆到桌面上来。即使事实会令人非常悲苦，而德意志联邦共和国是相当坚强的。我们不应该对此感到惧怕。我们会经历这一切而幸存。
直到今天，那些关于安格拉？默克尔民主德国国家安全部的文件都没有公开。