一般而言，多式联运经营人的合同义务包括两个方面。第一，多式联运经营人负有合理谨慎选择和监督区段承运人的责任；第二，多式联运经营人负有照管运输期间的货物的责任。多式联运经营人对多式联运货物的责任期间，自接收货物时起至交付货物时止。在此期间，多式联运经营人的义务主要体现在：了解所接管的货物性质并对货物予以必要的照管，依据托运人的指示履行合同的义务。
（四）多式联运经营人对责任期间所发生的货物灭失、损害或迟延交付承担责任
多式联运经营人的本质特征在于其是多式联运合同的主体，他应对运输组织负责，还应对在整个多式联运过程中，无论在任何地方发生的货物损失、损害或迟延交付负责。因为多式联运的特点使得在发生货物灭失、损害或迟延交付的情况下，货方只能起诉多式联运经营人要求赔偿，或者起诉其他直接责任方要求承担侵权责任。在司法实践中，也有货方起诉多式联运经营人和区段承运人要求他们承担连带责任，但这在法律上没有依据。
从上述对多式联运经营人法律特征的论述看，我们可对其法律地位得出如下结论：多式联运经营人是与托运人或发货人订立多式运输合同，且对多式联运全程承担责任的自成一类的货物多式联运合同主体。
五、多式联运组织与运作
多式联运是由专业人员组织的全程运输，他们对交通运输网、各类承运人、代理人、相关行业和机构都有较深的了解和较为紧密的联系。多式联运经营人通过选择最优运输路线、选择合理的运输方式、选择合适的承运人，实现最佳的运输衔接与配合，充分发挥现有设施和设备的作用，实现合理运输。
（一）多式联运主要业务程序多式联运经营人是全程运输的组织者。在多式联运中，其业务程序主要有以下几个环节。
1.接受托运申请，订立多式联运合同
多式联运经营人根据货主提出的托运申请和自己的运输路线等情况，判断是否接受该托运申请。如果能够接受，则双方议定有关事项后，在交给发货人或其代理人的场站收据副本上签章，以证明接受托运申请。自此，多式联运合同订立并开始执行。
发货人或其代理人根据双方就货物交接方式、时间、地点、付费方式等达成的协议，填写场站收据，并把其送至多式联运经营人处编号；多式联运经营人编号后留下货物托运联，将其他联交还给发货人或其代理人。
2.集装箱的发放、提取及运送
多式联运中使用的集装箱一般应由多式联运经营人提供。这些集装箱来源一般有三个：一是经营人自己购置使用的集装箱；二是由公司租用的集装箱，这类箱一般在货物的起运地附近提箱而在交付货物地点附近还箱；三是由全程运输中的某一区段承运人提供，这类箱一般需要在多式联运经营人为完成合同运输与该分运人订立分运合同后获得使用权。
如果双方协议由发货人自行装箱，则多式联运经营人应签发提箱单，或者把租箱公司或区段承运人签发的提箱单交给发货人或其代理人，由他们在规定日期到指定的堆场提箱并自行将空箱拖运到货物装箱地点准备装货。如发货人委托亦可由经营人办理从堆场装箱地点的空箱拖运。如是拼箱货或整箱货但发货人无装箱条件不能自装时，则由多式联运经营人将所用空箱调运至接受货物集装箱的货运站，做好装箱准备。
3.出口报关
多式联运货物的出口报关，若联运从港口开始，则在港口报关；若从内陆地区开始，应在附近的海关办理报关。出口报关事宜一般由发货人或其代理人办理，也可委托多式联运经营人代为办理。报关时应提供场站收据、装箱单、出口许可证等有关单据和文件。
4.货物装箱及接收货物
若是发货人自行装箱，发货人或其代理人提取空箱后在自己的工厂和仓库组织装箱，装箱工作一般要在报关后进行，并请海关派员到装箱地点监装和办理加封事宜。如需理货，还应请理货人员现场理货并与之共同作装箱单。若是发货人不具备装箱条件，可委托多式联运经营人或货运站装箱，发货人应将货物以原来形态运至指定的货运站由其代为装箱。如是拼箱货物，发货人应负责将货物运至指定的集装箱货运站，由货运站按多式联运经营人的指示装箱。无论装箱工作由谁负责，装箱人均须制作装箱单，并办理海关监装与加封事宜。
对于由货主自装箱的整箱货物，发货人应负责将货物运至双方协议规定的地点，多式联运经营人或其代理人在指定地点接收货物。如是拼箱货，经营人在指定的货运站接收货物。验收货物后，代表联运经营人接收货物的人应在场站收据正本上签章并将其交给发货人或其代理人。
5.订舱及安排货物运送
经营人在合同订立之后，即应制订货物的运输计划，该计划包括货物的运输路线，区段的划分，各区段实际承运人的选择确定及各区段衔接地点的到达、起运时间等内容。这里所说的订舱泛指多式联运经营人要按照运输计划安排制定各区段的运输方案，与选定的各实际承运人订立各区段的分运合同。这些合同的订立由经营人本人或委托的代理人办理，也可请前一区段的实际承运人作为代表向后一区段的实际承运人订舱。
6.办理保险
在发货人方面，应投保货物运输险。该保险由发货人自行办理，或由发货人承担费用由多式联运经营人代为办理。货物运输保险可以是全程投保，也可分段投保。在多式联运经营人方面，应投保货物责任险和集装箱保险，由经营人或其代理人向保险公司或以其他形式办理。
7.签发多式联运提单，组织完成货物的全程运输
多式联运经营人的代表收取货物后，经营人应向发货人签发多式联运提单。在把提单交给发货人前，应注意按双方议定的付费方式及内容、数量向发货人收取全部应付费用。
多式联运经营人有完成或组织完成全程运输的责任和义务。在接收货物后，要组织各区段实际承运人、各派出机构及代表人共同协调工作，完成全程中各区段的运输及各区段之间的衔接工作，运输过程中所涉及的各种服务性工作和运输单据、文件及有关信息等组织和协调工作。
8.运输过程中的海关业务
按惯例，国际多式联运的全程运输均应视为国际货物运输。因此该环节工作主要包括货物及集装箱进口国的通关手续，进口国内陆段保税运输手续及结关等内容。如果陆上运输要通过其他国家海关和内陆运输线路时，还应包括这些海关的通关及保税运输手续。
这些涉及海关的手续一般由多式联运经营人的派出机构或代理人办理，也可由各区段的实际承运人作为多式联运经营人的代表办理，由此产生的全部费用应由发货人或收货人负担。
如果货物在目的港交付，则结关应在港口所在地海关进行。如在内陆地交货，则应在口岸办理保税运输手续，海关加封后方可运往内陆目的地，然后在内陆海关办理结关手续。
9.货物交付
当货物运至目的地后，由目的地代理通知收货人提货。收货人需凭多式联运提单提货，经营人或其代理人需按合同规定，收取收货人应付的全部费用。收回提单后签发提货单，提货人凭提货单到指定堆场和集装箱货运站提取货物。如果整箱提货，则收货人要负责至掏箱地点的运输，并在货物掏出后将集装箱运回指定的堆场，运输合同终止。
10.货运事故处理
如果全程运输中发生了货物灭失、损害和运输延误，无论是否能确定发生的区段，发（收）货人均可向多式联运经营人提出索赔。多式联运经营人根据提单条款及双方协议确定责任并做出赔偿。如果已对货物及责任投保，则存在要求保险公司赔偿和向保险公司进一步追索问题。如果受损人和责任人之间不能取得一致，则需在诉讼时效内通过提起诉讼或仲裁来解决。
（二）多式联运的运输组织
在传统的分段运输情况下，货物从最初的起运地到最终目的地的运输要经过多个环节，由多个承运人采用接力的方式完成，货方通过与各段的承运人订立运输合同来实现各段的运输。从全程运输和各区段运输组织来讲，各区段的承运人仅负责自己承担区段的组织工作，而货方要负责大部分的组织工作，包括运输线路的确定、运输区段划分、中转地点的选择、各区段运输方式的选择及承运人的选择、各区段的衔接和所需的各种服务及手续的办理等。
这种做法使得货方不仅要在准备货物方面花费精力，而且也需要在运输问题上花费更多的精力。如果他们无精力或能力完成这些工作，则需要通过支付佣金委托代理人完成各项工作，这种做法给货方带来了许多不方便。由于货方难以对各种运输有较充分的了解，在运输组织和实施过程中，不可避免地会发生费时、费力，甚至多花费用等问题。
多式联运的产生和发展，为货主提供了最大程度的方便。作为一种新的、综合性的一体化运输，其提供了理想的“门到门”方式。多式联运经营人履行多式联运合同所规定的运输责任的同时，可将全部或部分运输委托区段由承运人完成，并订立分运合同。多式联运经营人通过承担货物全程运输组织工作，提供全面服务，使货主只要订立多式联运合同并在自己认为合适的地点将货物交给经营人，就可以完成货物的全程运输。发展货物多式联运不仅可为货主提供方便，也可以促进交通运输业的发展。
1.多式联运运输组织方法
货物多式联运的全过程就其工作性质的不同，可划为实际运输过程和全程运输组织业务过程两部分。实际运输过程是由参加多式联运的各种运输方式的实际承运人完成，其运输组织工作属于各方式运输企业内部的技术、业务组织。全程运输业务过程是由多式联运全程运输的组织者——多式联运经营人完成的，主要包括全程运输所涉及的所有商务性事务和衔接服务性工作的组织实施。其运输组织方法可以有很多种，但就其组织体制来说，基本上分为协作式多式联运和衔接式多式联运两大类。
1）协作式多式联运的运输组织方法
协作式多式联运的组织者是在各级政府主管部门协调下，由参加多式联运的各种方式运输企业和中转港站共同组成的联运办公室（或其他名称）。
在这种机制下需要使用多式联运形式，运输整批货物的发货人根据运输货物的实际需要，向联运办公室提出托运申请，并按月申报整批货物要车、要船计划。联运办公室根据多式联运线路及各运输企业的实际情况制订该托运货物的运输计划，并把该计划批复给发货人及转发给各运输企业和中转港站。发货人根据计划安排向多式联运第一程的运输企业提出托运申请并填写联运货物托运单，第一程运输企业接受货物后经双方签字，联运合同即告成立。第一程运输企业组织并完成自己承担区段的货物运输至与后一区段衔接地，直接将货物交给中转港站，经换装由后一程运输企业继续运输，直到最终目的地由最后一程运输企业向收货人直接交付。在前后程运输企业和港站之间交接货物时，需填写货物运输交接单和中转交接单。联运办公室或第一程企业负责按全程费率向发货人收取运费，然后按各企业之间商定的比例向各运输企业及港站分配。
在这种组织体制下，全程运输组织是建立在统一计划、统一技术作业标准、统一运行图和统一考核标准基础上的，而且在接受货物运输、中转换装、货物交付等业务中使用的技术标准、衔接条件等也需要在统一协调下同步建设或协议解决，并配套运行以保证全程运输的协同性。对这种多式联运的组织体制，在有的资料中称为“货主直接托运制”。协作式联运是计划经济体制下特有的一种形式，一般只为保证指令性计划的货物运输、重点物资和国防、抢险、救灾等急需物资的运输而开展的在国家和地区计划指导下的合同运输。这种联运最显著的特点是在国家统一计划下的全程性运输协作。随着计划经济体制向市场经济体制的转变，这种联运方式正在逐渐减少。
2）衔接式多式联运的组织方法。
衔接式多式联运的全程运输组织业务是由多式联运经营人完成的。
在这种组织体制下，需要使用多式联运形式运输成批或零星货物的发货人首先向多式联运经营人（MTO）提出托运申请，多式联运经营人根据自己的条件考虑是否接受。如接受，双方订立货物全程运输的多式联运合同，并在合同指定的地点双方办理货物的交接，联运经营人签发多式联运单据。接受托运后，多式联运经营人首先要选择货物的运输路线，划分运输区段，确定中转、换装地点，选择各区段的实际承运人，确定零星货物集运方案，制订货物全程运输计划并把计划转达给各中转衔接地点的分支机构或委托的代理人，然后根据计划与第一程、第二程、……第X程的实际承运人分别订立各区段的货物运输合同，通过这些实际承运人来完成货物全程位移。全程各区段之间的衔接，由多式联运经营人（或其代表或其代理人）采用从前程实际承运人手中接受货物再向后程承运人发运方式完成，在最终目的地从最后一程实际承运人手中接受货物后再向收货人交付货物。
在与发货人订立运输合同后，多式联运经营人根据双方协议费率收取全程运费和各类服务费、保险费等费用。多式联运经营人在与各区段实际承运人订立各分运合同时，需向各实际承运人支付运费及其他必要费用；在各衔接地点委托代理人完成衔接服务时，也需要向代理人支付委托代理费。
在这种多式联运组织体制下，承担各区段运输的运输企业的业务与传统分段运输形式完全相同，这与协作式体制下还要承担运输衔接工作是有很大区别的。这种联运组织体制，在有些资料中称为“运输承包发运制”。目前在国际货物多式联运中主要？用这种组织体制，在国内多式联运中？用这种体制的也越来越多。随着我国经济体制的改革，这种组织体制将成为国内多式联运的主要组织方式。
2.多式联运的运输组织业务
（1）货源组织：主要包括搜集和掌握货源信息，加强市场调查和预测，建立与货主联系机制，组织货物按期发运，组织货物均衡发运和组织货物合理运输。
（2）制定运输计划：主要包括选择各票货物运输路线、运输方式、各区段的实际承运人及代理人，确定运输批量，编制订舱计划，集装箱调运计划，装箱、接货计划及各批货物的运输日程计划等。