西医基于对慢性前列腺炎的病因、病理生理等方面的认识，目前治疗的主要方法有药物治疗（全身或局部用药）和手术治疗等。与之相比，中医治疗本病有如下优势：
其一，疗效好，无毒、副作用西医治疗慢性前列腺炎的主要手段之一是全身药物治疗，选择有效抗生素对部分细菌性前列腺炎无疑是有效的，但对相当部分的非细菌性（如病毒、寄生虫等）和无菌性前列腺炎却缺乏有效性。即使是细菌性前列腺炎，由于大多数抗菌药物难以弥散到前列腺内或在前列腺内达不到一定的药物浓度，因而常常影响疗效。况且，慢性前列腺炎往往病程较长，如长期使用抗菌药物或用药太多、太杂，必然会产生耐药性和副作用。中医治疗本病不仅仅着眼于病原微生物，而是从整体出发，根据病人的不同情况，进行分析归纳，然后采取不同的治疗方法（辨证论治），达到治愈疾病的目的。经临床和实验室初步研究表明，中医药治疗慢性前列腺炎除了对病原微生物有直接抑制或杀灭作用外，还能改善全身和局部免疫功能，调节前列腺液的酸碱度，解除前列腺管梗阻，通畅局部引流，促进血运，恢复局部功能。
从总体上看疗效较好，且长期服药无明显毒、副作用。
其二，方法多，可避免并发症、后遗症局部用药为西医治疗本病的又一重要途径，它可以弥补全身用药的不足，如经会阴或直肠前列腺内抗生素注入、双气囊三腔管尿道内灌注抗生素及激素、输精管内药物注射、前列腺周围封闭、后尿道药物涂布等。这些方法的运用能使部分病人的局部炎症得以控制，但全身症状得不到应有的改善，加之这些方法均有一定的痛苦，有的还会出现一些并发症；前列腺切除术仅适用于少数病例，且有容易复发或产生并发症、后遗症之虑。中医治疗除强调整体辨证论治外，局部治疗方面也摸索了一些有效的方法，如中药煎剂保留灌肠、会阴部熏洗、中药栓剂塞肛、中药离子透入、直肠内药物直流电导入、中药制剂局部外敷、针灸、按摩等，对消除有害因素、通畅局部引流、改善临床症状等都能起到良好的作用，而且无痛苦、无并发症及后遗症。