对于慢性细菌性前列腺炎而言，口服抗菌药是一种最基本、最简便的治疗方法，目的是杀灭前列腺内的细菌，恢复前列腺的正常形态和功能。但目前抗菌药的种类很多，其疗效、副作用、价格等方面差异很大，因此就必须考虑一下选择哪些抗菌药的问题。一般来说，应从以下两个方面加以考虑：
首先，应该根据慢性前列腺炎的常见病菌来选用针对性抗菌药。大量的研究表明，引起慢性细菌性前列腺炎的细菌主要是革兰阴性细菌，少数是革兰阳性细菌，所以应选用针对革兰阴性细菌的有效药物。当然，最为正确的方法是根据病人前列腺液的细菌培养和药物敏感试验来决定用药。也就是说，先看看前列腺液内是哪种细菌，这种细菌对哪种抗菌药最敏感，然后决定采用哪种抗菌药治疗。
其次，应选择能穿透前列腺上皮膜而达到前列腺内有效治疗浓度的药物。因为在正常的前列腺外面有一层上皮膜，形成了特殊的“屏障”作用，它对于来自于血液的抗菌药进入前列腺有一定的选择能力，有些抗菌药不易通过这层膜渗入前列腺组织内发挥作用。理想的选择应是脂溶性高、蛋白结合率低的非离子碱性药物，这类药物较易透过前列腺的生理屏障而发挥治疗作用。
目前在临床上被广泛采用的药物有：氟哌酸、复方新诺明、利福平、红霉素等，这些药物疗效较好，且价格低廉；而新近推出的氟嗪酸、氟啶酸、环丙氟哌酸、新菌灵等在前列腺内的药物浓度较高，治疗效果更好，但药物价格偏高，难以长期使用。