主要检查项目建设是否符合施工组织设计文件的要求，分析进度偏差产生的原因，并提出保证工程按期完成的建议。
３．概算执行情况审计
检查项目建设是否按照批准的初步设计进行，是否符合投资计划的要求；审查各单位工程建设是否严格按批准的概算内容执行；审查因原概算中存在不符合项目建设实际需要的部分进行修改、补充而编制的调整概算的合法性、合理性和准确性；审查项目建设是否存在超概算的问题，对超概算问题，应从勘察设计、建设管理、施工组织、外部条件等方面进行分析，发现问题，采取有效措施，对超概算合规部分加强控制，对不合规的依法查处，以加强对投资规模的控制。
４．资金来源、到位及使用情况审计
主要审计建设资金（含项目资本金）来源是否合法、是否落实、是否按计划及时到位；使用是否合规，有无转移、侵占、挪用建设资金问题；有无非法集资、摊派和乱收费问题，建设资金是否和生产资金严格区别核算；有无损失浪费问题。对审计中查出的问题，要分析原因，区别性质，依法做出处理，提出建议，以保证建设资金的合法、合规、合理使用，提高投资效益。
５．建设成本与财务收支核算审计
主要包括以下几个方面：
（１）工程价款结算审计。主要审计建筑安装成本的真实性；审查建设单位工程价款的支付是否合规、合法，有无任意拖欠施工企业工程款的情况；审查建设单位在采取按全部工程或单项工程竣工后结算办法与施工企业办理工程价款结算时，是否办理了竣工验收手续，有无未办手续，却已结算的情况；审查按分段结算办法结算工程价款时，建设单位与施工单位是否已办理验工计价手续，建设单位是否按规定保留了５％的工程尾款；审查建设单位是否利用市场开放和招投标机会，拖欠工程款，将资金筹措的矛盾转嫁给施工企业的问题。对自营工程价款结算的审计，要审查建设单位在财务上对其基本建设结算资金和生产结算资金是否实行分级管理，单独核算，有无其他建设资金混用；审查有无挤占工程建设成本或费用，特别是用基建结算资金支付不应由投资项目负担的生产设备购置费等问题。
同时，还要加强对“其他应收款”、“其他应付款”、“应付器材款”等其他基本建设结算资金的审计。审计有无巧立名目，支付虚假代购手续费，或者早已支付代购手续费的产品，长期不能购进的情况；审计有无利用其他应收款、其他应付款、应付器材款调节或截留利润；审计有无长期不清理应收款账余额，导致大量的坏账损失；审计有无将企业正常的水泥袋押金收入等隐匿在暂收款中；审计应付器材款长期挂账的原因等。
（２）待摊投资审计。主要审查建设单位所发生的待摊投资内容是否合理、合法，支出是否合规；审查实际发生的待摊投资是否与设计概算和年度投资计划相符；审查待摊投资完成额是否真实、准确；审查建设单位是否按规定合理分摊待摊投资。
（３）建设收入审计。主要审计项目建设期间试运转和试运行的收入的核算是否真实、完整，其他建设收入是否正当，有无隐瞒、转移收入的问题；审查建设收入是否按《基本建设收入管理规定》、《国营建设单位会计制度》进行核算和分配。
（４）其他成本核算及财务收支内容的审计。主要审计建设单位是否严格按概算口径及其有关制度对建设成本正确归集，单项工程成本是否准确，生产费用与建设成本以及同一机构管理的不同投资项目之间是否有成本混淆情况。
６．税费审计
主要审计与固定资产投资项目有关的各项税费的纳税对象、范围、额度、减免、征收、缴纳是否合规、合法。审查投资项目在土地征用、土地征用补偿费及安置补助费的支付等方面是否合规、合法；审查土地复垦及补偿费的确定、支付标准及违规处理情况等。
７．环境审计
主要审计环保资金的筹集和运用是否合法、合规；所提供环境资料是否真实正确；环境报告的反映是否符合国家有关环保法律、法规和政策；评价环境管理系统的充分性和有效性；确认企业在建设和生产经营活动中是否在保护环境、防止和治理污染方面作出了努力，环保政策和措施是否有效。
８．施工单位审计
主要审计施工单位有无违规转包、非法分包工程的行为；审计施工企业的资质和工程承包情况，审查施工单位是否按照规定的工程承包范围进行承包活动，有无越级承包工程；审查施工企业的等级是否与其施工能力、管理水平相适应；审计工程价款结算是否合法，有无偷工减料、高估冒算、虚报冒领工程款等问题；审计有无采用行贿、回扣、中介费等不正当手段获取工程任务；审查施工单位是否按有关规定缴纳税款。一旦发现有上述问题，应依法依规予以处理。
９．监理单位审计
主要审计监理单位是否依法取得监理资格，其资格证书的取得是否真实合法；审查有无未经批准、不具备监理资格而擅自进行监理工作的行为；审查有无假借监理工程师的名义从事监理工作；审查有无出卖、出借、转让、涂改《监理工程师岗位证书》行为；审查在影响公正执行监理业务的单位兼职的行为；审查监理工作是否根据合同的要求进行；审查有无超出批准的业务范围从事工程建设监理活动的行为；审查有无转让监理业务的行为；审查有无故意损害项目法人、承建商利益的行为；审查有无因工作失误造成重大事故；审查监理收费是否合规。在审计中，如发现有违规、违纪行为，应根据有关规定，视情节予以处理。
１０．工程质量审计
审计工程质量是否满足设计和规范的要求；重点审计施工记录资料、隐蔽工程验收资料以及施工签证资料是否真实、完整、合法、合规；审计已完工的施工质量是否达到了设计的要求，是否符合施工规范要求；审查有无重大质量事故和经济损失。
１１．建筑材料与设备购置的审计
主要审计购置过程是否合法、合规；重点审计材料、设备的数量、质量、价格是否满足设计和生产要求，在购买过程中是否有行贿受贿、收受回扣的问题；在对质量进行审计时要重点审计所有材料、设备是否有出厂合格证明，是否进行了试样测试；在对其价格审计时应注意购买时间、购买地点，购买时该地区的市场信息价标准以及与材料购买有关的原始凭证、合同内容是否真实，价格的测算过程是否准确，并以此找出疑点。
（三）建设项目竣工决算审计
加强对投资项目竣工决算的审计监督，对提高竣工决算的质量，正确评价投资效益，总结建设经验，改善投资项目管理有着重要意义。这项审计一般在初步验收之后，正式验收之前进行。其审计的主要内容包括：
（１）竣工决算编制依据的审计。主要审查决算编制工作有无专门组织，各项清理工作是否全面、彻底，编制依据是否符合国家有关规定，资料是否齐全，手续是否完备，对遗留问题的处理是否合规。
（２）项目建设及概算执行情况的审计（同前述）。
（３）交付使用财产和在建工程的审计。主要审查交付使用财产是否真实、完整，是否符合交付条件，移交手续是否齐全、合规；成本核算是否正确，有无挤占成本，提高造价，转移投资的问题；核实在建工程投资完成额，查明未能全部建成、及时交付使用的原因。
（４）转出投资、应核销投资及应核销其他支出的审计。主要审查其列支依据是否充分，手续是否完备，内容是否真实，核销是否合规，有无虚列投资的问题。
（５）尾工工程的审计。审计中要根据批复的概算和工程形象进度，检查尾工工程的真实性，防止将新增项目列作尾工项目、增加新的工程内容和自行消化投资包干结余；核实尾工工程的未完工程量，留足投资。
（６）结余资金的审计。重点要核实库存物资，防止隐瞒、转移、挪用或压低库存物资单价，虚列往来欠款，隐匿结余资金的现象。查明器材积压、债权债务未能及时清理的原因，揭示建设管理中存在的问题。
（７）基建收入的审计（见前述）。
（８）投资包干结余审计。审计的重点是根据项目总承包合同核实包干指标，落实包干结余，防止将未完工程的投资作为包干结余参与分配；审查包干结余分配是否合规。
（９）竣工决算报表的审计。主要根据竣工决算编制依据审计报表的真实性、完整性、合规性。
（１０）投资效益评价。主要审计投资效益的实现情况是否与投资决策的目标相一致，重点审计项目微观目标与国民经济的宏观目标是否达到或是否能够达到。
除了上述三个层次的审计内容外，建设项目的审计监督还包括投资项目的后评价，其内容主要包括投资项目的过程评价、效益评价、影响评价和项目持续能力评价。