慈安死了，她曾是慈禧儿时的伙伴，也曾和慈禧一同面对过庄严神秘的紫禁城深宫，后来因为没能为皇室增添子嗣，转而支持慈禧，多年来也曾懦弱无力地对抗慈禧，此时撒手人寰，再也不会给慈禧制造任何麻烦了。自此之后，慈禧想象着再也不受任何人的羁绊，独自驾驶着大清王朝这艘巨轮，成为唯一垂帘摄政的太后。
共同垂帘听政的伙伴已逝，慈禧急着摆脱所有的束缚和限制，想马上成为整个国家无可置疑的唯一统治者，成为名副其实的国家首脑。这条道路上最大的挡路石便是恭亲王了。
自从恭亲王与慈安太后一起处死了自己的心腹太监安德海，慈禧便与恭亲王不和。与此同时，她还嫉妒恭亲王的影响力和公认的政治才能。前文我们提到，早在几年前，她便除去了他议政大臣的头衔，但是就当时的情形来看，她还离不开他的辅助，还希望能够从他丰富的政治经验，尤其是卓越的外交能力中，有所收益。由此一来，她虽对他心存怨恨，但形势所需，也只好先将嫉恨之心放了下来。
1884年，慈禧感觉自己处理政事的能力已经成熟，能够独当一面了，再加上当时的中法战争（中国要求成为越南北部某地区的宗主国，由此引发战争）给了慈禧一个绝好的借口，她因此借机摆脱了恭亲王以及他在军机处的追随者。
慈禧当时撤去他们的职务的借口是，闽江一战中清军的舰队简直不堪一击，最终战败。然而真正的原因在于，她认为恭亲王正与皇帝密谋，要与自己为敌。再加上最近几位御史频频上奏，严厉指责慈禧道德败坏、奢侈无度，她也认定恭亲王为其主谋。
那封撤除恭亲王职务的圣旨，言辞巧妙，展示出了这位非凡女性能够长久统治大清朝的高超政治手腕与非凡品质。圣旨中所提到的事实与后来的历史有着直接且有趣的联系，现抄录如下：
现值国家元气未充，时艰犹巨，政虞丛脞，民未敉安，内外事务，必须得人而理，而军机处实为内外用人行政之枢纽。
恭亲王奕等，始尚小心匡弼，继则委蛇保荣，近年爵禄日崇，因循日甚，每于朝廷振作求治之意，谬执成见，不肯实力奉行，屡经言者论列，或目为壅蔽，或劾其委靡，或谓簠簋不饬，或谓昧于知人。
本朝家法綦严，若谓其如前代之窃权乱政，不惟居心所不敢，亦实法律所不容，祇以上数端，贻误已非浅鲜，若不改图，专务姑息，何以仰副列圣之伟烈贻谋？将来皇帝亲政，又安能诸臻上理？若竟照弹章一一宣示，即不能复议亲贵，亦不能曲全耆旧，是岂朝廷宽大之政所忍为哉？言念及此，良用恻然。
恭亲王奕、大学士宝鋆入直最久，责备宜严。姑念一系多病，一系年老，兹特录其前劳，全其末路。奕著加恩，仍留世袭罔替亲王，赏食亲王全俸，开去一切差使，并撤去恩加双俸，家居养疾。
宝鋆著原品休致，协办大学士吏部尚书李鸿藻？内廷当差有年，祇为囿于才识，遂致办事竭蹶。兵部尚书景廉、祇能循分供职，经济非其所长，均著开去一切差使，降二级调用。工部尚书翁同龢和甫直枢廷，适当多事，惟既别无建白，亦有应得之咎，著加恩革职留任，退出军机处，仍在毓庆宫行走，以示区别。
朝廷于该王大臣之居心办事，默察已久，知其决难振作。诚恐贻误愈深则获咎愈重，是以曲示矜全，从轻予谴。初不因寻常一眚之微，小臣一疏之劾，遽将亲藩大臣投闲降级也。
诏书下达，恭亲王随即淡出政治舞台，一直闲居在家，直到1894年，中日甲午战争中清军惨败，慈禧再一次向他寻求援助，他才重新踏入政坛。那时的慈禧比当年更多了一分老成，一分睿智，但即便如此，恭亲王也不能够像慈禧垂帘听政初的那几年般位高权重了。自他1894年再次回朝任职到1898年逝世，他在国内外尤其是在洋人中间颇有威望。尽管慈禧不喜欢恭亲王，但也不得不承认恭亲王在处理自己被降职一事时依然保留了尊严。
注释：① 慈禧不喜欢李鸿藻，因为正是李鸿藻在1861年时受肃顺指使，起草了那封咸丰帝的遗诏。
恭亲王被撤职后，接替他的是礼亲王，八大亲王家族之首，努尔哈赤小儿子的后代。同礼亲王一起进入军机处的还有张之洞的哥哥张之万和孙毓文？。这后者与太傅翁同龢素来互为死敌。不难明白，慈禧之所以将此人调入军机处，是为了在大臣之间制造间隙，维持朝臣间权力的均衡，牵制他们的权力，加固自己的权威。
接下来，慈禧的举措招来一片反对、谴责之声。她下诏：在向皇帝报告任何紧急事件前，军机处都要首先与皇帝的父亲醇亲王商讨，待皇帝长大成人，会在此事上下发新的指示。这样的事之前从未出现过。如若太后履行此诏，醇亲王就变成行政权力的真正拥有者，这有违1875年慈禧对臣民做出的郑重承诺：为同治皇帝立嗣。
此事又一次触动了大众的神经，大家担心在醇亲王的劝导下，光绪皇帝可能会无视为同治皇帝立嗣的承诺，以醇亲王为首成立一支新的皇族家系。醇亲王这样做的动机很强，这样他和自己的福晋（慈禧的妹妹）便能够在有生之年获得皇族头衔，死后还能够得到皇族谥号。但同时这也意味着同治皇帝的统治就此结束。
一个名叫盛昱的皇亲，与几名士大夫联名上书，言辞恳切，乞求慈禧太后收回之前成命，说如若真的需要醇亲王的意见，也应该是直接向她汇报而不是到军机处禀报。上奏者还提出了诸多论据，一方面极力保全醇亲王颜面，另一方面阻止他接受慈禧的任命。他们认为此职压力大、事务繁重，醇亲王身体状况欠佳，怀疑其无法承受如此压力。同时他们预见到授予醇亲王独裁者般的权力，无疑会让他不得人心，这定是慈禧太后本人不愿看到的。另外，嘉庆皇帝于1799年宣布：“仁宗睿皇帝圣训，本朝自设立军机处以来，向无诸王在军机行走等因，钦此圣谟深远。”
注释：①孙毓文一直身居要职，非常得宠。直到1894年12月，在翁同龢劝说下，光绪皇帝将其撤职。当时慈禧太后整日待在颐和园中沉迷在戏曲及其它娱乐之中，很少积极参与朝政的管理。对于朝政采取了一种观望的态度，因此，当时孙毓文生命确实受到威胁。
“事实上，”他们总结道：“凡皇族血亲，身份使然，不能如一般臣民受同样处分，由此不应担任朝中职务，虽恭亲王在朝中身居要职，然也仅仅是暂时之职，而这次赋予醇亲王的职务则更高更重。臣等恭请皇太后遵照祖制，收回赋予醇亲王军机处议事权力的成命。”
最后，上奏者建议，醇亲王不得日日上早朝，也不得将军机大臣带至自己的居所商讨军机事务，以避免篡权之嫌。如若亲王入主军机处，即使犯了错，御史大臣也不好指责。
御史赵尔巽？也因此事上奏，称如果军机处每件事都需先与醇亲王商讨，则军机处就浮于形式，又何必设立。醇亲王作为皇帝生父，断不能担任此职。他接着说道：“太后若真需要醇亲王建议，为何不直接召见他，当面陈述？如若太后如是下令，则群臣应无异议。”
对于这些满含谴责之声的奏折，慈禧批复如下：
圣谟深远，允宜永遵，惟自垂帘以来，揆度时势，不能不用亲藩进参机务，此不得已之深衷，当为在廷诸臣所共谅。本月十四日，醇亲王奕譞，与军机大臣会商事件，本为军机处现办紧要事件而言，并非寻常诸事，概令与闻亦断不能另派差使，醇亲王奕譞再四坚辞，碰头恳恩，当经曲加勉励。并谕，俟皇帝亲政后，再降懿旨，始暂时奉命。此中委折，尔诸臣岂能尽知耶。至军机处政事，委任枢臣，不准推诿，希图卸肩，以专责成。经此次剀切晓谕，在廷诸臣，自当仰体上意，毋再多渎。盛昱等所奏，应毋庸议。
如此诏书很容易让我们联想到英国伊丽莎白在收到恪职尽守臣子类似的请愿时的处理方法。
注释：① 一个正直的官员，曾任东北三省和四川省的总督。